• The Plant Pathology Journal
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• 제38권6호
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• pp.616-628
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• 2022

Resistance to pyraclostrobin due to a single nucleotide polymorphism at 143rd amino acid position on the cytochrome b gene has been a major source of concern in red pepper field infected by anthracnose in Korea. Therefore, this study investigated the response of 24 isolates of C. acutatum and C. gloeosporioides isolated from anthracnose infected red pepper fruits using agar dilution method and other molecular techniques such as cytochrome b gene sequencing, polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP), and allele-specific polymerase chain reaction (PCR). The result showed that four isolates were resistant to pyraclostrobin on agar dilution method and possessed GCT (alanine) codon at 143rd amino acid position, whereas the sensitive isolates possessed GGT (glycine). Furthermore, this study illustrated the difference in the cytochrome b gene structure of C. acutatum and C. gloeosporioides. The use of cDNA in this study suggested that the primer Cacytb-P2 can amplify the cytochrome b gene of both C. acutatum and C. gloeosporioides despite the presence of various introns in the cytochrome b gene structure of C. gloeosporioides. The use of allele-specific PCR and PCR-RFLP provided clear difference between the resistant and sensitive isolates. The application of molecular technique in the evaluation of the resistance status of anthracnose pathogen in red pepper provided rapid, reliable, and accurate results that can be helpful in the early adoption of fungicide-resistant management strategies for the strobilurins in the field.

• 식물조직배양학회지
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• 제24권2호
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• pp.113-117
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• 1997

Simple sequence repeats (SSR)는 진핵생물체에 널리 산재되어 있으며, 큰 다형현상을 나타내고, polymerase chain reaction (PCR)으로 쉽게 분석된다. 이 연구의 목적은 서로 다른 Chlamydomonas reinhardtii계통간의 다형현상과 Chlamydomonas의 SSR 좌위에서의 유전양상을 결정하는데 있었다. C. reinhardtii의 genomic DNA library를 만들어 $^{32}$P로 라벨링한 (AC)$_{11}$ probe를 이용하여 (CA/GT)n 반복서열을 가지는 clone을 선택하기위해 screen하였다. 선택된 clone을 sequencing하여 (CA/GT)n sequence에 인접한 PCR primer set를 제조하였다. PCR은 여러 C. reinhardtii 계통의 SSR 좌위를 증폭하기 위하여 사용하였다. 그 좌위는 및몇 C. reinhardtii 계통에서 다형현상을 보였다. 그러나 그 좌위에서 C. reinhardtii의 6계통중 4계통만 DNA가 PCR 증폭을 하였고 2계통은 증폭을 하지 않았다. C. reinhardtii와 C. smithii의 교배로 생긴 4배체에서 2:2의 분리비를 보여주었는데, 이는 단순한 멘델의 유전양상을 나타낸다. 이러한 결과로 미루어 SSR 다형현상은 Chlamydomonas의 개체 식별, 개체군 연구, 연쇄 분석, 그리고 유전자 지도 작성을 하는데 유용할 것이다.다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권11호
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• pp.1464-1469
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• 2009

To achieve more accurate and rapid detection of macrolide-lincosamide-streptogramin B resistance genes, erm(A), erm(B), and erm(C), we developed a TaqMan probe-based real-time PCR (Q-PCR) method and compared it with conventional PCR (C-PCR), which is the most widely using erm gene identification method. The detection limit of Q-PCR was 5 fg of genomic DNA or 5-8 CFU of bacterial cells of Staphylococcus aureus. The utilization of Q-PCR might shorten the time to erm detection from 3-4 h to about 50 min. These data indicated that Q-PCR assay appears to be not only highly sensitive and specific, but also the most rapid diagnostic method. Therefore, the appropriate application of the Q-PCR assay will permit rapid and accurate identification of erm genes from clinical and other samples.

• ALGAE
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• 제32권3호
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• pp.189-197
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• 2017

To quantify the abundance of the harmful dinoflagellate Cochlodinium polykrikoides in natural seawaters, we developed the innovative procedure using a droplet digital PCR (ddPCR) with C. polykrikoides-specific primers targeting the internal transcription sequence (ITS). The abundance of C. polykrikoides was estimated by the specific copy number of target ITS DNA segments per cell in cultures and natural water samples. The copy number per C. polykrikoides cell as acquired by ddPCR was $157{\pm}16$, which was evaluated against known cell numbers through a simplified protocol preparing DNAs. The abundances of C. polykrikoides in the waters of different locations estimated by ddPCR agreed with the number of cells visually counted under a microscope. This protocol was used to measure the abundance of C. polykrikoides close to and further off the southern coast of Korea in August of 2016 and 2017. The practical application showed that this method can reduce time for analysis and increase accuracy.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권2호
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• pp.177-181
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• 2003

경기도 내의 7개 하천 토양으로부터 terephthalic acid를 분해, 대사하는 미생물 11개 균주를 분리하고, 이들의 phthalic acid 이성질체 분해활성을 비교한 결과, 오염도가 높은 4개 지역에서 분리된 균들의 phthalic acid 이성질체 분해활성이 오염도가 낮은 3개 지역에서 분리된 균들에 비해 높은 것으로 나타났다. 분리된 균주들 중, 높은 terephthalic acid 분해활성을 보유하고 2개의 phthalic acid 이성질체의 분해가 가능한 4균주의 165 rDNA 부분 염기서열결정을 통하여 국내 토양에서 생육하고 있는 phthalic acid이성질체 분해미생물 중 많은 수가 C. testosteroni인 것으로 추정되었다. 이러한 결과에 근거하여 토양 중 C. testosteroni의 특이적 검출에 의한 phthalic acid 이성질체에 의한 토양오염의 모니터링 가능성을 검토하였다. C. testosteroni 특이적 PCR primer를 구축하고 토양으로부터 직접 추출한 DNA를 template로 PCR을 수행한 결과, 각 하천 주변 4 g의 토양으로부터 관찰 가능한 정도의 PCR산물을 얻을 수 있었다. 증폭된 PCR산물의 양은 굴포천＞안양천＞황구지천＞신천＞흑천＞북한강＞가평천의 순으로 청정지역에서 보다 오염지역의 토양에서 C. testosteroni가 많이 생육하고 있는 것으로 나타났으며, 각 지역의 토양에 존재하는 terephthalic acid 분해균의 생균수 또한 PCR에 의한 C. testosteroni의 검출과 동일한 양상으로 나타났다.

• 대한의생명과학회지
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• 제2권2호
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• pp.241-247
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• 1996

G+C 함량이 높은 primer를 이용한 중합효소 연쇄반응을 실시하는 경우 높은 annealing 온도로 인하여 특이 염기서열의 합성정도가 매우 미약하게 나타나는 경우가 많이 있다. 이와 같은 문제점을 보완하기 위하여 glycerol, formamide 및 dimethyl sulfloxide (DMSO) 등의 변성제를 반응용완충액에 첨가하고 중합효소 연쇄반응을 실시하여 그 결과를 비교 검토하였다. G+C 함량이 낮은 Borrelia burgdorferi의 Lyl 유전자의 primer set인 Bb 679와 Bb 680를 이용한 중합효소 연쇄반응에서는 변성체 첨가에 따른 합성 DNA의 양의 변화가 뚜렷하지 않았다. 그러나 G+C 함량이 높은 primer set인 Mycobacterium paratuberculosis의 IS900 유전자의 IS900/150C와 IS900/921를 이용한 중합효소 연쇄반응을 유도한 경우에는 변성제를 첨가함에 따라 합성된 DNA의 양의 증가가 뚜렷하였으며, 2.5％ glycerol과 1.25％ formamide를 혼합 첨가한 경우와 또는 2.5％ DMSO를 반응용 완충액에 첨가하였을 때 비특이적인 증폭비율이 낮아 특이 염기서열의 합성 결과가 양호한 것으로 나타났다.

• 한국축산식품학회지
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• 제25권2호
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• pp.203-209
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• 2005

유전자수준의 염기서열에 근거를 둔 유전자 감식기법을 활용하여 개체간의 유전적 차이로 한우육과 젖소육 혹은 수입육의 구별방법을 개발하기 위한 연구가 많이 수행되었다. 그 중 real-time PCR 판별방법은 기존 PCR의 단점인 허위양성을 배제시켜 그 결과의 신뢰성이 높으며, PCR 산물들의 제한효소에 의한 절단 및 겔에서의 확인 등의 과정을 생략시킬 수 있어 짧은 시간 내에 다량의 시료를 분석할 수 있고 민감도가 높아 쇠고기가 포함된 가공식품의 분석도 가능하다는 장점이 있다. 본 연구는 시중에서 한우로 유통되는 쇠고기(생육 또는 양념육)의 DNA를 추출하여 real-time PCR을 통해서 모색유전자의 유전자 형(C-type, C/T-type or T-type)으로 한우육과 젖소육 및 수입육을 구분하였다. 한우육만을 판매한다는 시중 음식점 41개소에서 쇠고기(생육 또는 양념육)를 수거하여 분석한 결과, 분석된 41개의 시료 중 29개가 한우 유전자형으로, 12개의 시료가 젖소 또는 수입육 유전자형으로 판별되었다. 따라서 분석된 시료들의 한우육(T-type) 비율은 $70.1\%$, 그리고 젖소육 또는 수입육 비율은 $29.3\%$(C/T-type; $12.2\%$, C-type; $17.1\%$)이었다.

• 대한의생명과학회지
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• 제25권4호
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• pp.407-416
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• 2019

Recent years have seen an increase in the incidence of candidiasis caused by non-albicans Candida (NAC) species. In fact, C. glabrata is now second only to C. albicans as the most common cause of invasive candidiasis. Therefore, the rapid genotyping specifically for C. glabrata is required for early diagnosis and treatment of candidiasis. A number of genotyping assays have been developed to differentiate C. glabrata sequence types (STs), but they have several limitations. In the previous study, multi-locus sequence typing (MLST) has performed with a total of 101 C. glabrata clinical isolates to analyze the prevalent C. glabrata STs in Korea. A total of 11 different C. glabrata STs were identified and, among them, ST-138 was the most commonly classified. Thus, a novel probe-based quantitative PCR (qPCR) assay was developed and evaluated for rapid and accurate identification of the predominant C. glabrata ST-138 in Korea. Two primer pairs and hybridization probe sets were designed for the amplification of internal transcribed spacer 1 (ITS1) region and TRP1 gene. Analytical sensitivity of the probe-based qPCR assay was 100 ng to 10 pg and 100 ng to 100 pg (per 1 μL), which target ITS1 region and TRP1 gene, respectively. This assay did not react with any other Candida species and bacteria except C. glabrata. Of the 101 clinical isolates, 99 cases (98%) were concordant with MLST results. This novel probe-based qPCR assay proved to be rapid, sensitive, highly specific, reproducible, and cost-effective than other genotyping assay for C. glabrata ST-138 identification.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제7권3호
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• pp.122-129
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• 2004

Harmful Cochlodinium polykrikoides is a notorious harmful algal bloom (HAB) species that is causing mass mortality of farmed fish along the Korean coast with increasing frequency. We analyzed the sequence of the large subunit (LSD) rDNA D1-D3 region of C. polykrikoides and conducted phylogenetic analyses using Bayesian inference of phylogeny and the maximum likelihood method. The molecular phylogeny showed that C. polykrikoides had the genetic relationship to Amphidinium and Gymnodinium species supported only by the relatively high posterior probabilities of Bayesian inference. Based on the LSU rDNA sequence data of diverse dinoflagellate taxa, we designed the C. polykrikoides-specific PCR primer set, CPOLY01 and CPOLY02 and developed PCR detection assays for its sensitive, accurate HAB monitoring. CPOLY01 and CPOLY02 specifically amplified C. polykrikoides and did not cross-react with any dinoflagellates tested in this study or environmental water samples. The effective annealing temperature $(T_{p})$ of CPOLY01 and CPOLY02 was $67^{\circ}C$. At this temperature, the conventional and nested PCR assays were sensitive over a wide range of C. polykrikoides cell numbers with detection limits of 0.05 and 0.0001 cells/reaction, respectively.

• 대한수의학회지
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• 제42권4호
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• pp.513-522
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• 2002

Antigenic ompC genes of S. gallinarum, S. pullorum and S. dublin were characterized among Salmonella spp. isolated from chickens and other animals to identify genetic variation. Salmonella ompC gene fragment (1,027 bp) was amplified by PCR and the amplicons were cloned for comparison of nucleotide sequences. The identity of the sequences between S. gallinarum and S. pullorum, S. gallinarum and S. dublin, S. pullorum and S. dublin was 99.8%, 97.6% and 97.8%, respectively. Also, we found that ompC has some diversity between S. gallinarum and S. pullorum, and other Salmonella spp. which may be useful to type the organisms. Similar to diagnosis in other organisms, the TaqMan PCR method can be applied to rapid and accurate diagnosis of salmonellosis in chickens and other animals. We designed PCR primers and TaqMan probe for flagellin gene (fliC) for detection of Salmonella spp. by TaqMan PCR. The TaqMan PCR method was 10,000 times more sensitive than conventional PCR.