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Overcoming taxonomic challenges in DNA barcoding for improvement of identification and preservation of clariid catfish species

  • Piangjai Chalermwong;Thitipong Panthum;Pish Wattanadilokcahtkun;Nattakan Ariyaraphong;Thanyapat Thong;Phanitada Srikampa;Worapong Singchat;Syed Farhan Ahmad;Kantika Noito;Ryan Rasoarahona;Artem Lisachov;Hina Ali;Ekaphan Kraichak;Narongrit Muangmai;Satid Chatchaiphan6;Kednapat Sriphairoj;Sittichai Hatachote;Aingorn Chaiyes;Chatchawan Jantasuriyarat;Visarut Chailertlit;Warong Suksavate;Jumaporn Sonongbua;Witsanu Srimai;Sunchai Payungporn;Kyudong Han;Agostinho Antunes;Prapansak Srisapoome;Akihiko Koga;Prateep Duengkae;Yoichi Matsuda;Uthairat Na-Nakorn;Kornsorn Srikulnath
    • Genomics & Informatics
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    • 제21권3호
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    • pp.39.1-39.15
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    • 2023
  • DNA barcoding without assessing reliability and validity causes taxonomic errors of species identification, which is responsible for disruptions of their conservation and aquaculture industry. Although DNA barcoding facilitates molecular identification and phylogenetic analysis of species, its availability in clariid catfish lineage remains uncertain. In this study, DNA barcoding was developed and validated for clariid catfish. 2,970 barcode sequences from mitochondrial cytochrome c oxidase I (COI) and cytochrome b (Cytb) genes and D-loop sequences were analyzed for 37 clariid catfish species. The highest intraspecific nearest neighbor distances were 85.47%, 98.03%, and 89.10% for COI, Cytb, and D-loop sequences, respectively. This suggests that the Cytb gene is the most appropriate for identifying clariid catfish and can serve as a standard region for DNA barcoding. A positive barcoding gap between interspecific and intraspecific sequence divergence was observed in the Cytb dataset but not in the COI and D-loop datasets. Intraspecific variation was typically less than 4.4%, whereas interspecific variation was generally more than 66.9%. However, a species complex was detected in walking catfish and significant intraspecific sequence divergence was observed in North African catfish. These findings suggest the need to focus on developing a DNA barcoding system for classifying clariid catfish properly and to validate its efficacy for a wider range of clariid catfish. With an enriched database of multiple sequences from a target species and its genus, species identification can be more accurate and biodiversity assessment of the species can be facilitated.

HepG2 세포에서 대계 추출물에 의한 산화적 스트레스 유발 세포 손상의 억제 (Attenuation of Oxidative Stress-Induced HepG2 Cellular Damage by Cirsiumjaponicum Root Extract)

  • 하다정;김서휘;손변우;진명호;조성우;홍상훈;최영현;박상은
    • 생명과학회지
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    • 제33권12호
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    • pp.1002-1014
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    • 2023
  • 다양한 질병의 발병 및 진행을 예방하기 위해 오랫동안 사용되어 온 대계는 항산화 활성을 포함하여 광범위한 생리 활성을 갖는 것으로 보고되었으나, 간세포에서의 효능에 대한 연구는 여전히 미비한 실정이다. 본 연구에서는 간세포에서 대계 에탄올 추출물(EECJ)의 항산화 활성 및 관련 기전을 조사하기 위해 인간 간세포암종 HepG2 세포주를 선택하였고, 산화적 스트레스를 모방하기 위해 H2O2를 처리하였다. 본 연구 결과에 따르면 EECJ는 H2O2가 처리된 HepG2 세포에서 세포 생존율의 감소와 LDH의 방출을 유의적으로 억제하였다. EECJ는 또한 세포 형태학적 변화의 관찰, 유세포 분석 및 LC3의 발현 결과에서 입증된 바와 같이 H2O2에 의해 유도된 자가포식을 유의하게 감소시켰으며, H2O2에 의해 유도된 세포사멸과 세포주기의 교란을 약화시켰다. 이는 H2O2에 노출된 HepG2 세포가 EECJ에 의하여 지속적인 세포 분열과 증식이 유지되고 있음을 의미한다. 또한, EECJ가 강력한 항산화 활성을 가지고 있음을 세포 내 ROS 및 미토콘드리아 슈퍼옥사이드 생산의 차단으로 확인하였으며, 이는 H2O2에 의해 감소된 세포 내 GSH 함량의 회복과 MnSOD 및 GPx의 발현 및 활성을 보존과 연관성이 있었다. 비록 EECJ에 함유된 활성 성분의 분석과 in vivo 동물 모델에서의 검증이 요구되지만, 본 연구의 결과는 EECJ가 산화적 스트레스로 인한 간세포의 손상을 예방하고 치료하기 위한 잠재적인 후보로 사용될 수 있음을 의미한다.

신(新)무역물류환경의 특성을 적용한 수출대금 결제유형 선택연구 (A Study on the Choice of Export Payment Types by Applying the Characteristics of the New Trade & Logistics Environment)

  • 김창봉;이동준
    • 무역학회지
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    • 제48권4호
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    • pp.303-320
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    • 2023
  • 최근 수출입기업은 무역대금 결제과정과 방식을 선택하면서 신용장보다 T/T 송금과 Surrender B/L을 더 유용하게 이용하고 있으며 신(新)무역물류환경의 특성이 4IR 시대에 들어 강력하게 작용하고 있어 서류에 기반한 무역거래가 선하증권의 전자화나 스마트 계약의 발전으로 인해 새로운 국면을 맞이하고 있다. 본 연구의 목적은 수출기업이 협상 요인에 따라 수출대금 결제유형 선택이 달라지는지를 검증하고 신(新)무역물류환경의 특성을 적용하여 논하는 것이다. 분석을 위한 데이터는 설문을 통해 수집하였으며, 업체 직접방문, e-mail, fax, 온라인 설문, 등기우편회수 등으로 회수하였다. 설문배포기간은 2023년 2월 1일~2023년 4월 30일까지이며 2,000부가 배포되어 447부가 회수되고(회수율 22.4%), 본 연구의 목적에 부적합한 111부를 제외한 최종 336부의 데이터가 사용되었다. 아래는 연구의 결과를 나타낸다. 첫째, 협상 요인 중 수출기업이 가지는 제품 차별성은 수출대금 결제유형 선택에 유의한 영향을 미치지 못하였다. 둘째, 협상 요인 중 수출기업이 인식하는 수입기업 구매우위가 높아질수록 사후송금방식이 더 큰 가능성으로 선택되었다. 본 연구는 이와 같은 분석 결과에 더하여 향후 수출기업이 수출대금 결제유형을 선택하면서 신(新)무역물류환경의 특성이 적용된 블록체인기술기반 선하증권, 무역금융플랫폼 등과 같은 새로운 방식의 결제를 고려해야 할 필요성을 제언하였다. 따라서 수출기업은 예컨대 선하증권 위기현상에 대응하는 무역서류의 디지털화 시도 등에 지속적인 관심을 보여야 할 것이고, 후속 연구에서는 국내의 부족한 사회적 인식을 해외선진연구를 통해 제고할 필요가 있을 것으로 기대한다.

LC-MS/MS를 이용한 축산물 중 유기주석계 농약 Azocyclotin, Cyhexatin 및 Fenbutatin oxide의 동시시험법 개발 (Development of a Simultaneous Analytical Method for Azocyclotin, Cyhexatin, and Fenbutatin Oxide Detection in Livestock Products using the LC-MS/MS)

  • 김남영 ;박은지 ;박소라;이정미 ;정용현 ;윤혜정
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제38권5호
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    • pp.361-372
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    • 2023
  • 축산물 중 잔류허용기준이 설정되어 관리하고 있는 농약 azocyclotin, cyhexatin, fenbutatin oxide는 대표적인 유기주석계 살비제이다. 기존 시험법은 가스크로마토그래피를 사용하여 정량한계가 높고 분석 시 재현성이 떨어져 이에 대한 개선이 필요한 실정으로 본 연구에서는 비교적 간편하며 시간이 적게 소요되는 QuEChERS법을 활용하여 azocyclotin, cyhexatin, fenbutatin oxide의 시험법을 마련하고자 하였다. 1% 아세트산을 함유한 아세트산에틸:아세토니트릴(1:1) 혼합액을 이용하여 진탕 추출 후 d-SPE로 정제하고 이를 농축 후 LC-MS/MS를 이용한 시험법을 개발하였다. Azocyclotin, cyhexatin 및 fenbutatin oxide의 결정계수(R2)는 0.99 이상으로 높은 직선성을 확인하였으며 정량한계는 0.01 mg/kg으로 높은 감도를 나타내었다. 대표 축산물 5종(소, 돼지, 닭, 계란, 우유)에서 LOQ(0.01 mg/kg), MRL(0.05 mg/kg), MRL 10배(0.5 mg/kg)의 농도에서 회수율 실험을 한 결과 평균 회수율이 76.4-115.3% 및 84.4-110.8%이었으며, 상대표준편차는 25.3% 이하로 나타났다. 본 연구는 Codex 가이드라인(CAC/GL 40-1993, 2003) 및 '식품의약품안전처 식품의약품안전평가원의 식품등 시험법 마련 표준절차에 관한 가이드라인(2016)'에 적합한 수준임을 확인하였다. 따라서 본 연구에서 확립한 시험법은 축산물 중 잔류할 수 있는 azocyclotin, cyhexatin, fenbutatin oxide의 안전관리를 위한 공정시험법으로 활용 가능할 것으로 판단된다.

청소년기 신뢰의식의 형성과 집단별 차이 비교: 인간관계 신뢰에서의 토착심리를 중심으로 (Factor influencing trust among Korean adolescents: Indigenous psychological analysis of relational trust)

  • 박영신;김의철
    • 한국심리학회지 : 문화 및 사회문제
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    • 제12권3호
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    • pp.85-127
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    • 2006
  • 이 연구에서는 청소년기 인간관계 신뢰의식에서의 토착심리를 규명하고, 이러한 신뢰의식이 어떻게 변화하는가를 살펴보고자 하였다. 이를 위해 초 중 고 대학생의 부모 교사 친구에 대한 신뢰의식의 차이를 분석하였다. 더불어 주위사람과 기관에 대한 신뢰, 일반적 신뢰의식의 차이도 분석하였다. 분석대상은 남녀 청소년 968명이었다(초 227, 중 284, 고 213, 대 244). 인간관계 신뢰 변인을 측정하는 질문지는 신뢰에 대한 토착심리분석 결과에 토대하여 연구자가 제작(박영신, 김의철, 2005c)했으며, 일반적 신뢰의식은 Yamagishi (1998)의 질문지를 활용하였다. 연구 결과는 다음과 같다. 첫째, 부모에 대한 신뢰의식을 형성하는 가장 대표적인 구인은 부모의 희생에 대한 지각이었으며, 그 다음은 지도 조언, 의지함, 혈연관계, 존경함이 거의 비슷한 수준으로 중요하였다. 교사에 대한 신뢰는 지도 조언, 존경함, 희생, 믿어줌이 중요하였으며, 이외에도 의지함과 스승제자관계가 포함되었다. 친구에 대한 신뢰에서는 조언, 공감, 믿어줌, 의지함, 친구관계, 희생이 중요하였다. 둘째, 청소년기 동안 부모에 대한 신뢰는 초등학생 시기에 가장 높고 중학생 이후부터 낮아졌다. 교사에 대한 신뢰도 초등학생 시기에 가장 높고 중학생 시기에 낮아지나, 고등학생 시기에 다시 증가하였다가 대학생 시기에는 다시 감소하였다. 이와 달리 친구에 대한 신뢰는 초등학생 이후에 성장함에 따라 점차 증가하였다. 셋째, 주위사람과 기관에 대한 신뢰를 분석한 결과, 가족이나 가정에 대한 신뢰가 가장 높았으며, 정치가나 정당에 대한 신뢰는 매우 낮았다. 친구에 대한 신뢰를 제외하고 대부분의 사람(가족, 교사, 이웃, 기업가, 정치가)에 대한 신뢰는 초등학생이 가장 높고, 대학생 시기까지 전반적으로 감소하는 경향을 보였다. 넷째, Yamagishi에 의해 제안된 일반적 신뢰의식은 초등학생이나 중학생보다 고등학생과 대학생이 높았다. 따라서 일반적 신뢰의식의 변화 패턴은 한국 청소년의 인간관계 신뢰에서의 다양한 변화 패턴을 충분히 설명하지 못하였다. 따라서 한국인 인간관계 신뢰에 대한 토착심리학적 이해의 중요성이 시사되었다.

태안 해빈 천해 어류 종조성의 계절 변화 (Seasonal Variation in Species Composition and Abundance of Shallow Water Fishes at Taean Beaches, in the Yellow Sea of Korea)

  • 노형수;육관수;황학빈;이태원
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제14권3호
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    • pp.145-154
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    • 2009
  • 태안 반도의 학암포와 연포 해빈 천해 역에서 2007년 1월부터 12월까지 월별로 지인망으로 어류를 채집하여 계절에 따른 종조성 변화를 분석하였다. 조사 기간 동안 학암포에서는 총 30종, 964마리, 10,564.1 g의 어류가 채집되었으며, 연포에서는 총 46종, 4,447 마리, 28,622.4 g의 어류가 채집되었다. 가숭어(Chelon haematochelius)를 비롯하여 연안종인 넙치(Paralichthys olivaceus), 돛양태(Repomucenus lunatus), 조피볼락(Sebastes schlegelii), 복섬(Takifugu niphobles) 등이 우점하였고, 여름과 가을에는 전어(Konosirus punctatus), 밴댕이(Sardinella zunasi), 멸치(Engraulis japonicus)와 같은 회유성 부어류의 유어들이 대량 출현하였다. 출현한 어류는 소형어류이거나 유어들이었으며, 가숭어와 회유성 어류는 당년생 유어들이었고, 조피볼락, 넙치, 문치가자미(Pleuronects yokohamae), 쥐노래미(Hexagrammos otakii) 등과 같은 유용성 어류는 1-2년생 미성어들로, 이들은 조간대 천해역을 성육장으로 이용하며 자라면서 깊은 곳으로 이동하는 것으로 보인다. 저질이 단순한 세립 모래질 학암포 해빈에 비하여 펄이 섞인 세립 모래질이고 곳에 따라 잘피가 자라는 연포 해빈에서 출현종수와 채집 개체수가 학암포 해빈에 비하여 많았다. 두 해역에서 주거종과 여름 가을 사이 회유어종의 유어들이 출현하는 양상을 비슷하였으나, 연포에서는 봄에 펄을 선호하는 얼룩망둑(Gymnogobius mororanus), 잘피에 서식하는 실고기(Syngnathus schlegeli) 등의 성어들이 출현하였고 주거종의 미성어들의 생물량도 높았다. 황해 남쪽의 천해 역에는 외해에서 월동하고 수온이 높아지며 북쪽으로 이동하는 회유성 부어류의 비중이 높았던 반면, 황해 중북부에 위치한 태안 천해역에는 회유종의 비중은 낮았고 주거종의 비중이 상대적으로 높았다.

금강하구 연안역에서 HF radar로 측정한 유속의 정확도 (Accuracy of HF radar-derived surface current data in the coastal waters off the Keum River estuary)

  • 이상호;문홍배;백혜연;김창수;손영태;권효근;최병주
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제13권1호
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    • pp.42-55
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    • 2008
  • 금강하구 연안역에서 HF radar로 측정한 유속의 정확도를 평가하기 위해 HF radar의 마주보는 radial 유속들을 비교하고, HF radar로 측정한 유속을 현장측정 유속과 비교하였다. 비교 자료들에 대한 회귀선과 편차는 주성분 분석(Principal Component Analysis)으로 구하였다. HF radar site를 연결하는 선의 중간지점에서 마주보는 radial vector를 비교하였을 때 RMS 편차는 동계에 4.4 cm/s, 하계에 5.4 cm/s이었다. HF radar와 유속계로 측정한 유속성분을 비교하여 분석된 RMS 편차에서 GDOP(Geometric Dilution of Precision) 효과를 제거하였을 때 HF radar의 합성 속도 측정오차는 GDOP 값이 적절한 정점들에서 5.1 cm/s 이내였다. 서로 다른 두 방법에 의해 구해진 이 결과는 연구해역에서 HF radar로 측정된 유속의 정확도 하한이 5.4 cm/s임을 제시한다. 기존의 연구에서와 같이 RMS 편차는 섬 주변에 있는 관측점에서 크게 되고, 두 radar에서 평균거리가 멀어질수록 신호 대 잡음수준과 radial vector 교차각의 감소로 인해 증가하였다. GDOP 값을 이용한 오차분리 과정에서 속도성분별 GDOP 값이 유사하고 비교 유속의 성분별 RMS 편차도 비슷한 값을 보이는 경우 HF radar 유속의 오차가 불확실한 값으로 도출될 수도 있음이 밝혀졌다. GDOP가 정상적인 radar 관측 범위 내에 있는 정점에서 측정된 유속을 조류와 해류로 분리하였을 때 HF radar 유속에서 구해진 조류타원의 특성은 유속계로 측정된 타원특성과 잘 부합하였고, 해류의 시간적 변화는 바람과 밀도장의 외력에 의한 물리적 과정을 반영하는 반응을 보였다.

2022 개정 수학과 교육과정에 대한 초등학교 교사들의 인식 조사 (Survey of elementary school teachers' perceptions of the 2022 revised mathematics curriculum)

  • 권점례
    • 한국수학교육학회지시리즈C:초등수학교육
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    • 제27권2호
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    • pp.111-137
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    • 2024
  • 본 연구는 2022 개정 수학과 교육과정을 초등학교에 적용할 때 예상되는 어려움과 필요한 지원을 파악하여 현장안착을 위한 지원을 파악하는 데 목적이 있다. 이를 위해 2022 개정 수학과 교육과정의 주요 변화를 탐색하고, 이를 토대로 초등학교 교사를 대상으로 설문조사를 실시하여 현장 적용 시 예상되는 어려움과 필요한 지원을 파악하였다. 특히 결과 분석 시 학교가 소재하는 지역 규모와 교사의 교육 경력에 따라 예상되는 어려움과 필요한 지원에서 차이가 있는지도 살펴보았다. 연구 결과, 첫째, 2022 개정 수학과 교육과정 적용 시 어려움을 예상하는 교사의 비율은 대부분 50% 이하로 나타났지만, 지원을 요구하는 교사의 비율은 80% 내외로 훨씬 높게 나타났다. 둘째, 2022 개정 수학과 교육과정 적용 시 예상되는 초등학교 교사들의 어려움은 평가에서 가장 크게 나타났다. 셋째, 에듀테크 활용과 관련해서 학생의 디지털 소양 함양을 위한 교수·학습 방법, 교구나 공학 도구를 활용하는 평가, 온라인 환경에서의 평가 등에서도 초등학교 교사들의 어려움이 예상된다. 넷째, 2022 개정 수학과 교육과정 적용 시 예상되는 초등학교 교사들의 어려움은 수학 교과 역량과 관련해서도 크게 나타났다. 다섯째, 성취기준과 관련해서 성취기준의 추가, 삭제, 조정 등을 포함하는 주요 변화와 그에 따라 다른 성취기준 학습에 미치는 영향을 파악하는 데도 어려움이 예상되는 것으로 나타났다. 마지막으로, 2022 개정 수학과 교육과정 적용 시 예상되는 어려움과 필요한 지원에 대한 초등학교 교사들의 반응이 학교가 소재하는 지역 규모에 따라서는 차이가 없었으나 다수의 항목에서 교사의 교육 경력에 따라 통계적으로 차이가 나타났다. 이러한 연구 결과를 바탕으로 2024년부터 연차적으로 적용될 2022 개정 수학과 교육과정에 대한 다양한 지원이 이루어지길 기대한다.

디지털 이미지 처리와 강형식 기반의 무요소법을 융합한 시험법의 모서리 점과 이미지 해상도의 영향 분석 (Analysis of the Effect of Corner Points and Image Resolution in a Mechanical Test Combining Digital Image Processing and Mesh-free Method)

  • 박준원;정연석;윤영철
    • 한국전산구조공학회논문집
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    • 제37권1호
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    • pp.67-76
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    • 2024
  • 본 논문에서는 역학적 변수들을 측정하는 방안으로 디지털 이미지 프로세싱과 강형식 기반의 MLS 차분법을 융합한 DIP-MLS 시험법을 소개하고 추적점의 위치와 이미지 해상도에 대한 영향을 분석하였다. 이 방법은 디지털 이미지 프로세싱을 통해 시료에 부착된 표적의 변위 값을 측정하고 이를 절점만 사용하는 MLS 차분법 모델의 절점 변위로 분배하여 대상 물체의 응력, 변형률과 같은 역학적 변수를 계산한다. 디지털 이미지 프로세싱을 통해서 표적의 무게중심 점의 변위를 측정하기 위한 효과적인 방안을 제시하였다. 이미지 기반의 표적 변위를 이용한 MLS 차분법의 역학적 변수의 계산은 정확한 시험체의 변위 이력을 취득하고 정형성이 부족한 추적 점들의 변위를 이용해 mesh나 grid의 제약 없이 임의의 위치에서 역학적 변수를 쉽게 계산할 수 있다. 개발된 시험법은 고무 보의 3점 휨 실험을 대상으로 센서의 계측 결과와 DIP-MLS 시험법의 결과를 비교하고, 추가적으로 MLS 차분법만으로 시뮬레이션한 수치해석 결과와도 비교하여 검증하였다. 이를 통해 개발된 기법이 대변형 이전까지의 단계에서 실제 시험을 정확히 모사하고 수치해석 결과와도 잘 일치하는 것을 확인하였다. 또한, 모서리 점을 추가한 46개의 추적점을 DIP-MLS 시험법에 적용하고 표적의 내부 점만을 이용한 경우와 비교하여 경계 점의 영향을 분석하였고 이 시험법을 위한 최적의 이미지 해상도를 제시하였다. 이를 통해 직접 실험이나 기존의 요소망 기반 시뮬레이션의 부족한 점을 효율적으로 보완하는 한편, 실험-시뮬레이션 과정의 디지털화가 상당한 수준까지 가능하다는 것을 보여주었다.

한반도 연안에 분포하는 새우말의 탄소수지 계절적 변동 (Seasonal Whole-plant Carbon Balance of Phyllospadix iwatensis on the Coast of the Korean Peninsula)

  • 김승현;김종협;김혜광;구진우;김기영;이근섭
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제29권1호
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    • pp.28-41
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    • 2024
  • 탄소수지는 다양한 환경조건에서 식물의 생리적 상태를 평가할 수 있는 중요한 지표 중 하나이다. 우리 동해 연안에 분포하는 새우말의 수온 변화(5-30℃)에 따른 광합성률과 호흡률을 측정하여, 전체 식물 탄소수지의 계절적 변동을 추정하였다. 수온 처리에 따라 최대총광합성률은 유의한 차이를 보였지만, 광합성 효율은 유의한 차이를 보이지 않았다. 새우말의 최대총광합성률은 수온이 상승함에 따라 증가하여 20℃에서 최대값(101.65 μmol O2 g-1 DW h-1)을 보인 후 30℃에서 급격히 감소하였다. 수온 변화에 따른 새우말의 포화광도, 보상광도와 호흡률은 모두 유의한 차이를 보였다. 새우말의 포화광도는 20-25℃까지(121.59-124.50 μmol photons m-2 s-1) 증가하다가 30℃에서 급격히 감소하였다. 보상광도와 호흡률은 수온이 증가할수록 점차 증가하였다. 최대총광합성률과 호흡률의 비율은 5℃에서 가장 높았고, 30℃에서 급격히 감소하였다. 광합성 매개변수, 호흡률 및 생체량을 통해서 추정된 새우말 전체 식물의 탄소수지는 겨울과 봄에 증가하고, 여름과 가을에 감소하는 뚜렷한 계절적 경향을 보였으며, 봄에 생장이 가장 활발하고, 수온이 가장 높은 시기에 급격히 감소하는 새우말의 생장 패턴과 일치하였다. 새우말은 늦여름부터 겨울까지 음의 탄소수지를, 봄에서 초여름까지 양의 탄소수지를 보였다. 기후 변화에 의한 지속적인 수온 상승은 우리 동해 연안 암반생태계에 분포하는 잘피생육지의 구조와 기능에 영향을 미칠 것으로 판단된다.