• The Korean Journal of Ecology
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• 제23권2호
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• pp.101-106
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• 2000

The grand challenge for the 21$^{st$ century is to harness knowledge of the earth`s biological and ecological diversity to understand how they shape global environmental systems. This insight benefits both science and society. Biological and ecological data are among the most diverse and complex in the scientific realm. spanning vast temporal and spatial scales, distant localities. and multiple disciplines. Environmental informatics is an emerging discipline applying information science, ecology, and biodiversity to the understanding and solution of environmental problems. In this paper we give an overview of the experiences of the San Diego Supercomputer Center (SDSC) with this new multidisciplinary science, discuss the application of computing resources to the study of environmental systems, and outline strategic partnership activities in environmental iformatics that are underway, We hope to foster interactions between ecology, biodiversity, and conservation researchers in East Asia-Pacific Rim and those at SDSC and the Partnership for Biodiversity Informatics.

• 한국산림과학회지
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• 제110권2호
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• pp.179-188
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• 2021

생물다양성정보학(Biodiversity Informatics)은 정보과학을 생물다양성정보에 접목한 분야로 정이명으로 구성된 학명을 비롯한 종정보를 기초로 일차종발생자료를 구축하고 이를 활용한다. 본 연구에서는 생물다양성 정보의 이용적합도를 기준으로 세계생물다양성정보기구(GBIF)에 출판된 동북아시아 자료의 품질을 BRAHMS 프로그램을 이용하여 평가하고 이를 통해 생물다양성자료 정제의 필요성을 확인하였다. 국립생물자원관, 국립생태원, 국립수목원 등의 국내 생물다양성 관련기관과 더불어 일본, 중국, 대만의 출판 자료는 자료정제과정의 문제로 학명, 지리정보, 채집자, 날짜 등에 대한 오류가 확인된다. 기본적인 속성자료에서 오류가 발생하는 원인은 동아시아의 생물다양성관리기관들이 구조화되지 않은 데이터베이스를 사용하고 평면적인 스프레드시트형 정보를 사용하기 때문이다. 생물다양성 정보 특성상 다양한 정보가 구조화가되지 않을 경우 학명, 인명, 지명, 문헌, 생태정보에 대한 데이터 무결성을 해결하지 못한다. 동아시아 생물다양성정보 관리문제를 극복하기 위해서는 자료의 구조화와 함께 자료정제에 대한 이해도를 높이고, 오류 수정을 위한 지속적인 자료 관리자인 전문 분류학자 양성이 필요하다. 생물다양성 정보관리자는 오류 원인분석을 통해 문서화된 관리 지침을 수정, 추가하는 등 향후 오류 예방을 위한 대책이 필요하며 시스템에 적용시켜야 한다. 이런 모든 과정은 데이터베이스를 기반으로 진행되고 기록되어야 한다. 동아시아의 생물다양성 출판자들은 현재 수준의 단순한 자료구조보다는 생물다양성 정보 관리를 위해 전문적인 선진 프로그램의 사용 혹은 이에 준하는 수준의 고도화된 데이터베이스의 개발이 필요하다.

• Genomics & Informatics
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• 제13권3호
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• pp.90-92
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• 2015

Biological diversity, also known as biodiversity, is an important criterion for measuring the value of an ecosystem. As biodiversity is closely related to human welfare and quality of life, many efforts to restore and maintain the biodiversity of species have been made by government agencies and non-governmental organizations, thereby drawing a substantial amount of international attention. In the fields of biological research, biodiversity is widely measured using traditional statistical indices such as the Shannon-Wiener index, species richness, evenness, and relative dominance of species. However, some biologists and ecologists have difficulty using these indices because they require advanced mathematical knowledge and computational techniques. Therefore, we developed VBioindex, a user-friendly program that is capable of measuring the Shannon-Wiener index, species richness, evenness, and relative dominance. VBioindex serves as an easy to use interface and visually represents the results in the form of a simple chart and in addition, VBioindex offers functions for long-term investigations of datasets using time-series analyses.

• 환경정책연구
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• 제13권2호
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• pp.3-20
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• 2014

세계적으로 인간의 활동에 따른 서식지 훼손 및 기후 변화에 의해 생물다양성이 감소하고 있다. 이에 따라, 생물 다양성의 감소를 막기 위해서 국제사회는 생물다양성 협약과 같은 협력 체제를 마련하는 등의 노력을 하고 있다. 지금까지 우리나라의 생물다양성 전략 및 계획은 주로 정부의 주도하에 정책적으로 진행되었으나, 국가에 의한 생물다양성전략은 보수적이며, 실행 계획이 구체적이지 않다는 단점을 가진다. 따라서 지자체 생물자원을 관리하기 위한 방법으로 지자체 생물다양성 관리전략을 제안하였다. 지자체 생물다양성 관리전략 수립을 위한 전략계획 및 세부계획을 제시하기 위해 생물다양성 협약, '2011~2020 생물다양성 전략계획', 우리나라 생물다양성 전략 및 이행계획과 해외 지자체 생물다양성 관리전략 우수 사례를 분석하였다. 결과적으로, 각각의 사례에서 중요하게 제시하고 있는 개별 생물종의 조사 및 보호, 보전지역의 지정 및 모니터링, 통합적 생태네트워크 관리, 생물다양성 전문기관의 설립과 전문가 양성방안, 지역의 인적 네트워크와 전통지식 활성화 방안, 생물산업 육성방안의 추진전략을 도출할 수 있었다. 이러한 지자체 생물다양성 관리전략의 이행은 '2011~2020 생물다양성 전략계획'의 목표를 달성하여 생물다양성을 보전하고 증진하는 데 큰 도움이 될 것이다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제64권1호
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• pp.49-55
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• 2021

The diet plays a fundamental role in the formation of the gut microbiota, determining the interrelationship between the gut microbiota and the host. The current study investigated the effect of Chlorella vulgaris on the gut microbiota by using simulated in vitro digestion and colonic fermentation. Bioaccessibility was measured after in vitro digestion, and SCFAs and microbial profiling were analyzed after colonic fermentation. The bioaccessibility of C. vulgaris was 0.24 g/g. The three major SCFAs (acetate, propionate, and butyrate) increased significantly when compared to the control group. In microbial profiling analysis, microorganisms such as Faecalibacterium, Dialister, Megasphaera, Dorea, Odoribacter, Roseburia, Bifidobacterium, Butyricmonas, and Veillonella were high in C. vulgaris group. Among them, Faecalibacterium, Dialister, Megasphaera, Roseburia, and Veillonella were thought to be closely associated with the increased level of SCFAs. Finally, it can be expected to help improve gut microbiota and health through ingestion of C. vulgaris. However, further studies are vital to confirm the changes in the gut microbiota in in vivo, when C. vulgaris is ingested.

• Genomics & Informatics
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• 제18권1호
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• pp.7.1-7.7
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• 2020

In this paper, we present few technical notes about the distance distribution paradigm for Mosaab-metric using 1, 2, and 3 grams feature extraction techniques to analyze composite data points in high dimensional feature spaces. This technical analysis will help the specialist in bioinformatics and biotechnology to deeply explore the biodiversity of influenza virus genome as a composite data point. Various technical examples are presented in this paper, in addition, the integrated statistical learning pipeline to process segmented genomes of influenza virus is illustrated as sequential-parallel computational pipeline.

• 한국해양생명과학회지
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• 제8권2호
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• pp.136-149
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• 2023

우리나라 여러 해양환경 지역으로부터 확보한 370주의 해양세균, 균류, 미세조류로부터 기초생리활성(항산화, 항염, 항균, 항암, 항바이러스)을 조사하여 채집지, 분리원, 종(種) 수준에서의 활성결과를 비교하였다. 해양세균의 경우, 일반적으로 유용성이 많이 알려진 Streptomyces 속과 Bacillus 속에 속하는 균주들이 두드러진 강한 효능이 관찰되었고, 주로 해양퇴적물로부터 유용한 자원을 분리할 수 있었다. 해양균류와 미세조류의 경우에도 종 특이적으로 활성이 강하게 나타나는 결과를 확인할 수 있었고, 효능 특이적으로 활성을 보이는 결과도 얻을 수 있었다. 이러한 결과를 바탕으로 추후 특정질병에 선택적으로 효능을 보이는 화학물질 연구 또는 자원 기반 연구 수행 시 유용성을 전제로 한 자원 확보 전략 수립과 산업 활성화를 위한 전략소재로 우선적 접근이 용이할 수 있는 연구결과라 생각된다. 또한, 이들 결과를 해양바이오 뱅크를 통한 분양소재로 활용함으로써 학계, 산업계에서 활용하여 해양바이오산업 활성화에 좀 더 빠른 접근을 도울 수 있다고 생각한다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제64권1호
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• pp.33-38
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• 2021

해면동물은 강력한 세포독성을 나타내는 함유성분으로 의약후보물질 탐색의 중요한 소재로 이용되고 있으나 최근 해양생태계 보전에 관심이 높아짐에 따라 해면동물 확보는 더욱 어려움을 겪고 있다. 이러한 경향에 대응하고 해양 천연물연구의 활성화를 위한 해양생물자원 데이터베이스 구축을 위하여 181개 해면동물 추출물에 대한 HPLC 프로파일을 생성하고 항염증 및 신경세포보호 활성을 탐색하였다. 이를 통하여 해면동물 추출물 간의 HPLC를 통한 함유성분에 따른 클러스터링이 가능하였고 또한 각각 17개, 14개 시료에서 항염증 활성과 신경세포보호활성이 확인되었다. 이와 같은 연구는 해면동물을 포함한 해양생물자원에서의 효과적인 생리활성 탐색에 도움이 될 것이라고 판단한다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제64권1호
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• pp.25-32
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• 2021

식물 유래 화합물은 다양한 생리활성과 구조 다양성으로 많은 연구자에게 관심을 받고 있으나 화합물 분리는 많은 시간 소요, 과량의 유기용매 소모와 분리과정 중의 활성성분의 유실 등의 어려움을 겪게 된다. 이러한 점을 극복하기 위하여 HPLC/SPE/HPLC를 결합한 Sepbox 분리시스템을 이용하여 고추잎 추출물에서 288개 분획물을 획득하였고 이 중에서 alpha-glucosidase 저해효능을 가지는 화합물인 luteolin 7-O-glucoside를 효과적으로 확인할 수 있었다. 또한 고추잎에 풍부한 플라보노이드 다당체를 가수분해함에 따라 해당 활성이 증가함을 검증하였다. 그러므로 본 연구결과는 Sepbox 시스템이 생리활성 평가와 결합할 경우 식물 내 유용물질 탐색에 효과적임을 보여주었다.

• Genomics & Informatics
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• 제10권3호
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• pp.206-211
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• 2012

DNA barcoding has been widely used in species identification and biodiversity research. A short fragment of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) sequence serves as a DNA bio-barcode. We collected DNA barcodes, based on COI sequences from 156 species (529 sequences) of fish, insects, and shellfish. We present results on phylogenetic relationships to assess biodiversity the in the Korean peninsula. Average GC% contents of the 68 fish species (46.9%), the 59 shellfish species (38.0%), and the 29 insect species (33.2%) are reported. Using the Kimura 2 parameter in all possible pairwise comparisons, the average interspecific distances were compared with the average intraspecific distances in fish (3.22 vs. 0.41), insects (2.06 vs. 0.25), and shellfish (3.58 vs. 0.14). Our results confirm that distance-based DNA barcoding provides sufficient information to identify and delineate fish, insect, and shellfish species by means of all possible pairwise comparisons. These results also confirm that the development of an effective molecular barcode identification system is possible. All DNA barcode sequences collected from our study will be useful for the interpretation of species-level identification and community-level patterns in fish, insects, and shellfish in Korea, although at the species level, the rate of correct identification in a diversified environment might be low.