• 한국작물학회지
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• 제60권1호
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• pp.97-106
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• 2015

Platycodon grandiflorum, commonly known as Doraji in Korea, has a wide range of pharmacologic properties, such as reducing adiposity and hyperlipidemia, and antiatherosclerotic effects. However, the mechanisms underlying these effects remain unclear. In order to profile proteins from the nodal segment, callus, root and shoot, high throughput proteome approach was executed in the present study. Two dimensional gels stained with CBB, a total of 84 differential expressed proteins were confirmed out of 839 protein spots using image analysis by Progenesis SameSpot software. Out of total differential expressed spots, 58 differential expressed protein spots (${\geq}$ 2-fold) were analyzed using MASCOT search engine according to the similarity of sequences with previously characterized proteins along with the UniProt database. Out of 58 differential expressed protein, 32 protein spots were up-regulated such as ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase, endoplasmic oxidoreductin-1, heat stress transcription factor A3, RNA pseudourine synthase 4, cysteine proteinase, GntR family transcriptional regulator, E3 xyloglucan 6-xylosyltransferase, while 26 differential protein spots were down-regulated such as L-ascorbate oxidase precursor, late embryogenesis abundant protein D-34, putative SCO1 protein, oxygen-evolving enhancer protein 3. However, frequency distribution of identified proteins using iProClass databases, and assignment by function based on gene ontology revealed that the identified proteins from the explants were mainly associated with the nucleic acid binding (17%), transferase activity (14%) and ion binding (12%). In that way, the exclusive protein profile may provide insight clues for better understanding the characteristics of proteins and metabolic activity in various explants of the economically important medicinal plant Platycodon grandiflorum.

• Applied Biological Chemistry
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• 제25권4호
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• pp.248-251
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• 1982

3가지 단백질과 CBG250과의 반응에 의해서 생성되는 복합체(複合體)의 분광학적(分光學的) 성질(性質)과 결합당량(結合當量)을 측정(測定)하였다. CBG250은 사용한 몇 가지 용매(溶媒)에 따라 최대흡광파장(最大吸光波長)$({\lambda}_m)$이 이동(移動)하였으며, ethanol용액 중 $({\lambda}_m=610nm)$에서 흡광계수(吸光係數)는 82.4, 몰 흡광계수(吸光係數)는 $70.4{\times}10^3$이었다. CBG250은 ethanol―인산(燐酸)―수용액(水溶液)에서 갈색$({\lambda}_m=465nm)$을 가지나 일단 단백질과 결합하면 청색(靑色)$({\lambda}_m=590nm)$으로 변환되었으며, 파장(波長) 590nm에서의 흡광도(吸光度)와 단백질 함량(含量) 사이에는 제한된 범위에서 비례관계를 나타냈다. 반응조건에서 단백질과 CBG250은 신속하게 복합체(複合體)를 형성하였다. 단백질의 CBG250에 대한 결합당량(結合當量)은 단백질의 종류(種類)와 함량(含量)에 따라 현저하게 변하였다. BSA, Cytochrome C, ${\gamma}-globulin$의 그것은 각각 110, 103, $88{\mu}g\;$CBG250/100{\mu}g$ protein이었다.

• 멤브레인
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• 제19권2호
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• pp.113-121
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• 2009

실리카 입자를 기공 형성제로 사용하여 물리적 강도와 단백질 결합용량이 높은 다공성 키토산 및 키틴 친화 막을 제조하였다. 키토산 친화 막의 BSA 단백질 결합용량은 최대 21.8mg/mL이었으며, 키틴 친화 막의 lysozyme 효소 결합용량은 최대 26.1mg/mL이었다. 제조된 다공성 키토산 및 키틴 친화 막을 사용하여 단백질 용액의 loading 유량, loading 양 및 농도 변화에 따른 BSA와 lysozyme의 친화 막 여과 크로마토그래피 분리 실험을 수행하였다. 친화 막 여과 크로마토그래피 분리 실험을 통해 얻어진 loading/washing/elution의 단계로 구성된 일련의 크로마토그램으로부터 단백질 용출량과 결합수율을 구하였다. 키토산 및 키틴 친화 막에의 BSA 및 lysozyme 단백질의 결합량과 결합수율은 loading용액의 유량이 작을수록, 주입량 및 농도가 클수록 증가하였다. 이 결과로부터 실리카 입자를 기공 형성제로 사용하여 제조된 다공성 키토산 및 키틴 막은 단백질의 대규모 여과 크로마토그래피 분리를 위한 친화 막으로서 효과적인 활용이 기대된다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제14D권7호
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• pp.743-752
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• 2007

단백질은 다른 물질과의 결합하여 기능을 수행하기 때문에 활성 사이트가 유사한 단백질은 유사한 기능을 가진다. 따라서 단백질의 바인딩 영역을 식별함으로써 단백질의 기능을 추론할 수 있다. 이 논문은 MCL (Markov Cluster) 알고리즘을 이용하여 단백질의 바인딩 영역을 추출하는 새로운 방법을 제시한다. 이를 위하여 단백질의 표면 잔기 거리를 나타내는 distance matrix를 생성하고, 여기에 MCL 프로세스를 적용한다. 제시한 방법을 평가하기 위해 Catalytic Site Atlas (CSA) 데이터를 사용하였다. CSA 데이터 (94개의 단일 체인 단백질)를 이용한 실험 결과, 알고리즘은 91개 단백질의 활성 사이트 주변의 바인딩 영역을 검출하였다. 이 논문은 단백질 활성 사이트를 분석하기 위한 새로운 기하학적 특징을 제시하였고, 활성 사이트와 관련이 없는 잔기를 제거함으로써 단백질 표면의 분석의 시간을 줄일 수 있는 장점이 있다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제43권4호
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• pp.231-235
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• 2000

담배 배양 세포의 성장과정 중의 칼모듈린 농도변화 및 칼모듈린 결합 단백질의 종류에 대하여 조사하고 이들 단백질들 중 글루탐산 탈탄산효소를 immunodetection과 활성측정으로 확인하였다. 담배세포는 유도기(초기 $1{\sim}2$일간), 대수증식기($3{\sim}5$일), 정지기 등의 전형적인 성장 패턴을 보였다. 칼모듈린의 농도는 비록 대수증식기에 약간 감소하는 경향을 보이다 정지기에 이르면서 유도기의 수준을 회복하는 것으로 나타났지만 전체적으로는 성장단계에 관계없이 유사한 수준을 유지하는 것으로 나타났다. 주요 칼슘-의존형 칼모듈린 결합단백질은 56, 46, 36, 32-kDa의 4종류인 것으로 조사되었고, 모노클로날 항체를 이용하여 immunodetection을 실시해 본 결과 56-kDa 단백질이 담배 글루탐산 탈탄산효소로 확인되었다. 56-kDa의 글루탐산 탈탄산효소는 대수증식기에 수확한 세포에서 가장 많이 검출되었고, 이와같은 패턴은 효소활성 측정에서도 확인되었다. 이러한 결과들은 담배세포의 성장과정 중에 칼슘/칼모듈린-의존형 글루탐산 탈탄산효소 농도가 조절되고 있음을 제안해 주는 것이다.

• Molecules and Cells
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• 제23권2호
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• pp.228-238
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• 2007

Since molecular structure of hnRNP is not available in foreseeable future, it is best to construct a working model for hnRNP structure. A geometric problem, assembly of $700{\pm}20$ nucleotides with 48 proteins, is visualized by a frame work in which all the proteins participate in primary binding, followed by secondary, tertiary and quaternary binding with neighboring proteins without additional import. Thus, 40S hnRNP contains crown-like secondary structure (48 stemloops) and appearance of 6 petal (octamers) rose-like architectures. The proteins are wrapped by RNA. Co-transcriptional folding for RNP fibril of FMR1 gene can produce 2,571 stem-loops with frequency of 1 stem-loop/15.3 nucleotides and 53 40S hnRNP beaded structure. By spliceosome driven reactions, there occurs removal of 16 separate lariated RNPs, joining 17 separate beaded exonic structures and anchoring EJC on each exon junction. Skipping exon 12 has 5'GU, 3'AG and very compact folding pattern with frequency of 1 stem-loop per 12 nucleotides in short exon length (63 nucleotides). 5' end of exon 12 contains SS (Splicing Silencer) element of UAGGU. In exons 10, 15 and 17 where both regular and alternative splice sites exist, SS (hnRNP A1 binding site) is observed at the regular splicing site. End products are mature FMR-1 mRNP, 4 species of Pri-microRNAs derived from introns 7,9,15 and 3'UTR of exon17, respectively. There may also be some other regulatory RNAs containing ALU/Line elements as well.

• 한국동물학회:뉴스레터
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• 제12권2호
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• pp.104.1-104
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• 1995

No Abstract, See Full Text

• 한국동물학회:뉴스레터
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• 제12권2호
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• pp.113.2-113
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• 1995

No Abstract, See Full Text

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1995년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.232.1-232
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• 1995

No Abstract, See Full Text

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1995년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.249.2-249
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• 1995

No Abstract, See Full Text