• 대한생식의학회:학술대회논문집
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• 대한불임학회 2004년도 제47차 추계학술대회
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• pp.59.1-59.1
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• 2004

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제33권1호
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• pp.41-48
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• 2009

Placenta is the main nutrition source for the fetus during pregnancy. Thus, it has a pivotal function in the pregnant process. Many functions of the placenta have been elucidated. An abnormal placenta is associated with a high rate of pregnancy failure in somatic cloned bovine. Differentially expressed genes (DEGs) were examined in a comparison between normal and cloned bovine placenta using annealing control primer (ACP)-based GeneFishing PCR. Using 120 ACPs, nearly 80 genes were identified and the fragments of 42 DEGs were sequenced. 38 of these genes were known genes and four were unknown. To determine the DEGs result, six target clones expressing on one-side of a normal and a clone placenta were selected. Through an analysis of the target genes using the real-time PCR, the expressing pattern was found to be somewhat different from the DEGs. Additionally, several genes appeared with the same expression pattern. Taken together, this suggests that the target genes would be essential for research into what influences the placental formative mechanisms during fetal development.

• 한국초지조사료학회지
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• 제37권3호
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• pp.231-236
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• 2017

Salt stress is one of the most limiting factors that reduce plant growth, development and yield. However, identification of salt-inducible genes is an initial step for understanding the adaptive response of plants to salt stress. In this study, we used an annealing control primer (ACP) based GeneFishing technique to identify differentially expressed genes (DEGs) in Italian ryegrass seedlings under salt stress. Ten-day-old seedlings were exposed to 100 mM NaCl for 6 h. Using 60 ACPs, a total 8 up-regulated genes were identified and sequenced. We identified several promising genes encoding alpha-glactosidase b, light harvesting chlorophyll a/b binding protein, metallothionein-like protein 3B-like, translation factor SUI, translation initiation factor eIF1, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 2 and elongation factor 1-alpha. These genes were mostly involved in plant development, signaling, ROS detoxification and salt acclimation. However, this study provides new molecular information of several genes to understand the salt stress response. These genes would be useful for the enhancement of salt stress tolerance in plants.

• 대한임상검사과학회지
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• 제54권2호
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• pp.119-124
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• 2022

녹농균(Pseudomonas aeruginosa), 대장균(Escherichia coli) 및 포도알균(Staphylococcus aureus)은 기회감염균이다. 또한 이들 세균은 다제내성(Multiple-Drug Resistance, MDR) 세균의 성질을 가지는 것으로 알려져 있다. 녹농균, 대장균, 포도알균에 대한 다양한 효능을 지닌 6가지 발효액의 항균활성을 분석하였다. 발효액을 섭취했을 때 대장균에서 유전적 발현 변화가 일어나는지 알아보기 위해 annealing control primer를 사용하여 유전자발현 분석을 수행하였다. 디스크확산법을 통해 무화과식초와 대봉감식초가 다른 발효액에 비해 억제대의 크기가 가장 크게 나타났고, 토종약초발효소는 항균효과가 없었다. 대장균에 5% 무화과식초를 처리하여 21일간 매일 계대배양하여 Escherichia coli O157:H7 OmpW gene for outer membrane protein W 유전자 발현이 감소하며, Synthetic construct Lao1 gene for L-amino acid oxidase, complete cds 유전자가 발현이 증가함을 확인하였다. 발효액 중에서 특히 무화과식초를 섭취하는 것은 우리 주변에 항상 존재하는 대장균에 대해 방어능력을 더욱 단단하게 가질 수 있음을 의미하며, 나아가 다제내성균에 대한 천연치료제로 유용하게 쓰일 수 있기를 기대한다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제7권2호
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• pp.127-136
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• 2003

본 연구에서는 이러한 초기 난포 발달 과정 중 원시난포-1차 난포 변화과정 시기에 발현하는 유전자를 알아보고 자 수행하였다. 원시난포로만 이루어져 있는 생쥐의 생후 1일자 난소와 원시난포 및 1차 난포로만 이루어져 있는 5일자 난소의 RNA와 총 80개의 annealing control primer(ACP) primer를 사용하여 PCR을 수행하여 서로 다르게 발현하는 유전자 (differentially expressed genes; DEG) 41개를 찾아내었다. 이들 중 33개는 BLAST에 등록되어 있는 유전자와 일치하였고 4개는 novel sequence였으며 나머지 4개의 유전자는 EST이었다. 실험결과, 1일자 난소에서 더 많이 발현되는 유전자를 9개, 5일자 난소에서 더 많이 발현되는 유전자 31개, 5일자 난소에서만 특이적으로 발현하는 유전자를 1개를 얻었다. 1일자 난소에서 높게 발현하는 Anx11과 Pepp2-pending, 반면에 5일자 난소는 Apg3/Autlp-like, BPOZ, Ches1, Kcmf1, NHE3, Nid2, Ninj1, SENP3, Suil-rsl, TIAP/m-survivin등의 유전자를 선택하여 semi-quantitative RT-PCR을 수행하여 이들 중에는 false positive 없음을 확인하였다. In situ hybridization을 수행하여 대부분의 유전자가 원시난포의 난자에서 발현하다가 1차 난포 이상의 발달단계에서는 난자 내 발현이 사라지면서 오히려 과립세포에서 높게 발현됨을 확인하였다. 또한 laser capture microdissection을 이용하여 원시난포와 1차 난포를 각각 오려내고, real-time PCR을 이용하여 실제로 BPOZ와 TIAP/m-survivin의 발현이 1차 난포에서 각각4.5배, 3.4배 높은 것을 다시 확인하였다. 본 연구결과로 얻어진 유전자 목록은 앞으로 초기 난포발달, 특히 원시난포-1차 난포 변화과정에 관여하고 있는 분자생물학적 기전을 연구하는데 기여하게 될 것이다

• Journal of Microbiology
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• 제44권1호
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• pp.72-76
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• 2006

Plasma-derived products are produced from plasma via fractionation and chromatography techniques, but can also be produced by other methods. In the performance of nucleic acid amplification tests (NAT) with plasma-derived products, it is necessary to include an internal control for the monitoring of all procedures. In order to avoid false negative results, we confirmed the usefulness of the bovine viral diarrhoea virus (BVDV) for use as an internal control in the detection of hepatitis C virus (HCV) RNA in plasma-derived products. These products, which were spiked with BVDV, were extracted and then NAT was performed. Specificity and sensitivity were determined via the adjustment of primer concentrations and annealing temperatures. BVDV detection allows for validation in the extraction, reverse transcription, and amplification techniques used for HCV detection in plasma-derived products.

• Toxicological Research
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• 제25권3호
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• pp.119-124
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• 2009

Genes related to Mycoplasma hyopneumoniae-induced inflammation were identified using the genefishing technology, an improved method for identifying differentially expressed genes (DEGs) using an annealing control primer (ACP) system in RAW264.7 cells. After treatment with M. hyopneumoniae, 16 DEGs were expressed in RAW264.7 cells using a pre-screening system. Among these 16 DEGs, 11 DEGs (DEGs 1, 4, 5-10, 12-15) were selected and sequenced directly, revealing that DEG12 (Grap), DEG14 (Gadd45), and DEG15 (secreted phosphoprotein 1) were related to inflammatory cytokines. This is the first report that intact M. hyopneumoniae induces the expression of Grap, Gadd 45${\beta}$, and secreted phosphoprotein 1 in RAW264.7 cells. Subsequently, these genes may be targets for screening novel inhibitors of the mycoplasmal inflammatory response.

• 한국수정란이식학회:학술대회논문집
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• 한국수정란이식학회 2006년도 The 6th Intermational Symposium on Developmental Biotechnology
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• pp.30-31
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• 2006

• 한국어류학회지
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• 제23권1호
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• pp.1-9
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• 2011

ACP (annealing control primer)를 사용하여 DDRT (differential display reverse transcription)-PCR 방법으로 볼락의 성장단계에 따라 발현량 차이를 나타내는 DEG (differentially expressed gene)를 확보하였다. ACP 120개를 분석하여 18개월령 근육조직에서보다 6개월령 근육조직에서 발현량이 많은 DEG 16개와 6개월령 근육조직에서보다 18개월령 근육조직에서 발현량이 더 많은 DEG22개의 염기서열을 분석하였다. DEG 염기서열을 BLAST 검색한 결과, parvalbumin (PVALB) 등 18개의 유전자(PVALB, NDKB, TPM, TnI, GAPDH, CKM2, factor 2 SERF2, AMPD, TRICA, ARHGAP15, ESD, hsp70, COL1A2, GST, Midllip1, MYL1, SERCA1B, FTH1)와 69~95%의 상동성을 나타냈다. Real time PCR 분석법으로 6개월령 근육조직에서 발현량이 많은 DEG14와 PVALB 유전자의 성장단계별 발현양상을 조사한 결과, 볼락이 성장함에 따라 발현량이 감소하였으며, 특히 PVALB 유전자는 6개월령 이후에는 발현량이 극히 적었다. 6개월령 근육조직에서보다 18 개월령 근육조직에서 발현량에서 많았던 CKM2 유전자는 성장함에 따라 발현량이 계속 증가하였고, 4세 이후에는 발현량이 감소하였다. DEG의 조직특이적 발현양상을 분석한 결과, DEG14는 근육, 간, 신장, 및 비장조직에서 발현되었으며, PVALB 유전자는 근육과 신장조직에서 발현되었고, 간과 비장조직에서는 발현되지 않았다. CKM2 유전자는 근육, 신장 및 비장조직에서 발현되었고, 간 조직에서는 발현되지 않았다. PVALB 유전자의 mRNA 크기는 659 bp 이며, 110개의 아미노산으로 구성되어 있다. Parvalbumin과 CKM2 유전자는 성장속도가 빠른 어류 선발에 이용할 수 있는 분자마커 개발에 활용하고자한다.

• 한국초지조사료학회지
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• 제35권3호
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• pp.264-268
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• 2015

The present research investigated copper and cadmium stress-induced differentially expressed genes (DEGs) using annealing control primers (ACP) with the differential display reverse transcription polymerase chain reaction technique in alfalfa (Medicago sativa L. cv. Vernal) leaves. Alfalfa leaves were subjected to $250{\mu}M$ of copper and cadmium treatment for a period of 6 h. A total of 120 ACPs was used. During copper and cadmium treatment, 6 DEGs were found to be up or down regulated. During copper stress treatment, 1 DEG was up-regulated, and 3 novel genes were discovered. Similarly, during cadmium stress treatment, 1 DEG was up-regulated and 5 novel genes were identified. Among all 6 DEGs, DEG-4 was identified as the gene for trans-2,3-enoyl-CoA reductase, DEG-5 was identified as the gene for senescence-associated protein DIN1 and DEG-6 was identified for caffeic acid O-methyltransferase. All the up-regulated genes may play a role in copper and cadmium stress tolerance in alfalfa.