• 제목/요약/키워드: agarose

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제주도 연안 해양에서 분리한 한천분해 미생물 Vibrio sp. S4의 동정 및 내열성 agarase의 생화학적 특성 (Identification of a New Agar-hydrolyzing Bacterium Vibrio sp. S4 from the Seawater of Jeju Island and the Biochemical Characterization of Thermostable Agarose)

  • 이창로;지원재;배창환;홍순광
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.314-321
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    • 2015
  • 대한민국 제주도 연안 해수로부터 agarase를 생산하는 균주 S4를 분리하였다. 균주 S4는 그람-음성의 막대형 세포로 부드러운 베이지색 원형 콜로니를 형성하며, 한 개의 극성 편모를 갖는다. S4 균주는 $15-42^{\circ}C$, 0.5-5%(w/v) NaCl, pH 6.0-9.0, 0.5-5%(w/v) NaCl 농도에서 안정된 성장을 보인다. S4 균주의 G+C content는 49.93 mol%, 세포내 주요 지방산 (>15%)은 $C_{18:1}{\omega}7c$, $C_{16:0}$, Summed feature 3(comprising $C_{16:1}{\omega}7c/iso-C_{15:0}$ 2-OH)이다. 16S rRNA 염기서열, 생화학적 및 분류학정 특징에 기초하여 S4 균주를 Vibrio sp. S4로 명명하였다. 0.1% agar를 첨가한 액체배지에서 S4 균주는 72시간에 세포농도와 agarase 활성이 최대치를 보였다. 반면, agar 를 첨가하지 않은 배양액에서의 agarase 활성은 무시할만한 수준이었으며, 이는 균주의 agarase 유전자 발현이 agar에 의해 유도됨을 시사하고 있다. 균주 S4가 세포외부로 분비하는 총 agarase는 $45^{\circ}C$와 pH 7.0에서 최상의 효소 활성을 보였으며, agarose를 분해하여 (neo)agarotetraose와 (neo)agarohexaose를 생산하였다.

팬텀연구에서 경직장 전단파탄성초음파의 가변성 (Variability of Transrectal Shear Wave Elastography in a Phantom Model)

  • 이지현;윤성국;조진한;권희진;김동원;이준우
    • 대한영상의학회지
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    • 제84권5호
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    • pp.1110-1122
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    • 2023
  • 목적 본 연구는 제작한 팬텀을 사용해 경직장 전단파탄성초음파의 가변성을 알아보았다. 대상과 방법 아가로즈와 실리콘에멀전을 각각 1, 2, 3 cm 크기의 둥근 모양과 사각 모양의 팬텀 물질로 제작하였다. 1, 2, 3 cm의 깊이에 팬텀을 놓고, 크기, 깊이, 모양에 따른 굳기값(coefficient variant)의 차이를 중심부/주변부에서 확인하였다. 두 명의 영상의가 경직장 초음파 탐촉자를 이용해 각각 3회씩, 두 개의 초음파기계로(기계 A, B), 굳기값을 확인하였다. 가변성은 변동계수로 표현하였다. 결과 팬텀의 크기가 커질수록 변동계수는 감소하였다. 크기에 따른 굳기값은, 아가로즈 팬텀은 기계 A 3 cm 깊이(p < 0.001), 기계 B 1 cm 깊이에서(p = 0.010), 실리콘에멀전 팬텀은 2 cm 깊이에서 두 기계 모두 유의한 차이를 보였다(p = 0.047, p = 0.020). 깊이가 깊어질수록 변동계수는 증가하였다. 깊이에 따른 굳기값은, 1 cm 크기 아가로즈 팬텀은 두 기계 모두(p = 0.037, p = 0.021), 2 cm 크기 아가로즈 팬텀은 기계 A에(p = 0.047) 유의한 차이를 보였다. 기계 A 실리콘에멀전에서만 모양에 따른 굳기값의 유의한 차이를 보였고(p = 0.032) 기계 B는 두 물질 모두 관심영역에 따른 굳기값의 유의한 차이가 보였다. 굳기값은 두 기계 간 유의한 차이가 있었고(p < 0.05), 시술자 내/시술자 간 일치도는 높았다(급내상관계수 > 0.9). 결론 팬텀의 크기, 깊이, 사용된 기계가 전단파탄성초음파 가변성에 영향을 주는 요소로 나타났다.

Detection of the cell wall-affecting antibiotics at sublethal concentrations using a reporter Staphylococcus aureus harboring drp35 promoter - lacZ transcriptional fusion

  • Mondal, Rajkrishna;Chanda, Palas K.;Bandhu, Amitava;Jana, Biswanath;Lee, Chia-Y.;Sau, Subrata
    • BMB Reports
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    • 제43권7호
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    • pp.468-473
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    • 2010
  • Previously, various inhibitors of cell wall synthesis induced the drp35 gene of Staphylococcus aureus efficiently. To determine whether drp35 could be exploited in antistaphylococcal drug discovery, we cloned the promoter of drp35 ($P_d$) and developed different biological assay systems using an engineered S. aureus strain that harbors a chromosomally-integrated $P_d$ - lacZ transcriptional fusion. An agarose-based assay showed that $P_d$ is induced not only by the cell wall-affecting antibiotics but also by rifampicin and ciprofloxacin. In contrast, a liquid medium-based assay revealed the induction of $P_d$ specifically by the cell wall-affecting antibiotics. Induction of $P_d$ by sublethal concentrations of cell wall-affecting antibiotics was even assessable in a microtiter plate assay format, indicating that this assay system could be potentially used for high-throughput screening of new cell wall-inhibiting compounds.

BSH 존재시 중성자 및 ${\gamma}$-ray 조사에 따른 plasmid DNA의 손상 (Plasmid DNA damage by neutron and ${\gamma}$-ray in the presence of BSH)

  • 천기정;서원숙
    • Journal of Radiation Protection and Research
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    • 제31권2호
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    • pp.65-68
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    • 2006
  • 본 연구에서는 boron 화합물인 BSH(Boron Sulfhydryl Hydride)의 농도와 중성자 및 감마선 방사선 조사선량에 따른 plasmid DNA의 손상 정도를 관찰하였다. Plasmid는 pBR 322(2870 bp)와 ${\Phi}X174$ RF DNA(5386 bp)를 사용하였고 조사 후 DNA의 손상 정도는 agarose gel 전기영동 상에서 관찰하였다. 중성자 조사에서는 plasmid DNA의 손상 정도는 BSH의 농도 및 조사 선량이 증가함에 따라 증가하였으나 감마선 조사에서는 조사하지 않은 대조군과 큰 차이를 나타내지 않았다. Plasmid DNA의 손상 양상은 BSH 존재시 중성자 및 감마선 조사에서 다소 다름을 알 수 있었다.

Hypolipidemic Activities of Dietary Pleurotus ostreatus in Hypercholesterolemic Rats

  • Alam, Nuhu;Yoon, Ki-Nam;Lee, Tae-Soo;Lee, U-Youn
    • Mycobiology
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    • 제39권1호
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    • pp.45-51
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    • 2011
  • This work was conducted to investigate dietary supplementation of oyster mushroom fruiting bodies on biochemical and histological changes in hyper and normocholesterolemic rats. Six-week old female Sprague-Dawley albino rats were divided into three groups of 10 rats each. Feeding a diet containing a 5% powder of Pleurotus ostreatus fruiting bodies to hypercholesterolemic rats reduced plasma total cholesterol, triglyceride, low-density lipoprotein (LDL), total lipid, phospholipids, and LDL/high-density lipoprotein ratio by 30.18, 52.75, 59.62, 34.15, 23.89, and 50%, respectively. Feeding oyster mushrooms also significantly reduced body weight in hypercholesterolemic rats. However, it had no adverse effects on plasma albumin, total bilirubin, direct bilirubin, creatinin, blood urea nitrogen, uric acid, glucose, total protein, calcium, sodium, potassium, chloride, inorganic phosphate, magnesium, or enzyme profiles. Feeding mushroom increased total lipid and cholesterol excretion in feces. The plasma lipoprotein fraction, separated by agarose gel electrophoresis, indicated that P. ostreatus significantly reduced plasma ${\beta}$ and pre-${\beta}$-lipoprotein but increased ${\alpha}$-lipoprotein. A histological study of hepatic cells by conventional hematoxylin-eosin and oil red O staining revealed normal findings for mushroom-fed hypercholesterolemic rats. These results suggest that a 5% P. ostreatus diet supplement provided health benefits by acting on the atherogenic lipid profile in hypercholesterolemic rats.

Quantitative Assay for the Binding of Jun-Fos Dimer and Activator Protein-1 Site

  • Lee, Sang-Kyou;Park, Se-Yeon;Jun, Gyo;Hahm, Eun-Ryeong;Lee, Dug-Keun;Yang, Chul-Hak
    • BMB Reports
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    • 제32권6호
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    • pp.594-598
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    • 1999
  • The Jun and Fos families of eukaryotic transcription factors form heterodimers capable of binding to their cognate DNA enhancer elements. We are interested in searching for inhibitors or antagonists of the binding of the Jun-Fos heterodimer to the activator protein-1 (AP-1) site. The basic-region leucine zipper (bZIP) domain of c-Fos was expressed as a fusion protein with glutathione S-transferase, and allowed to form a heterodimer with the bZIP domain of c-Jun. The heterodimer was bound to glutathione-agarose, to which were added radiolabeled AP-1 nucleotides. After thorough washing, the gel-bound radioactivity was counted. The assay is faster than the coventional electrophoretic mobility shift assay because the gel electrophoresis step and the autoradiography step are eliminated. Moreover, the assay is very sensitive, allowing the detection of picomolar quantities of nucleotides, and is not affected by up to 50% dimethylsulfoxide, a solvent for hydrophobic inhibitors. Curcumin and dihydroguaiaretic acid, recently known inhibitors of Jun-Fos-DNA complex formation, were applied to this Jun-GST-fused Fos system and revealed to decrease the dimer-DNA binding.

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Apoptosis Induction by Menadione in Human Promyelocytic Leukemia HL-60 Cells

  • Sa, Duck-Jin;Lee, Eun-Jee;Yoo, Byung-Sun
    • Toxicological Research
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    • 제25권3호
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    • pp.113-118
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    • 2009
  • Cell death induced by menadione (vitamin K-3,2-methyl-1,4-naphthoquinone) has been investigated in human promyelocytic leukemia HL-60 cells. Menadione was found to induce both apoptosis and necrosis in HL-60 cells. Low concentration ($1{\sim}$50 ${\mu}$M) of menadione induced apoptotic cell death, which was demonstrated by typical DNA ladder patterns on agarose gel electrophoresis and flow cytometry analysis. In contrast, a high concentration of menadione (100 ${\mu}$M) induced necrotic cell death, which was demonstrated by DNA smear pattern in agarose gel electrophoresis. Necrotic cell death was accompanied with a great reduction of cell viability. Menadione activated caspase-3, as evidenced by both increased protease activity and proteolytic cleavage of 116 kDa poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) into 85 kDa cleavage product. Caspase-3 activity was maximum at 50 ${\mu}$M of menadione, and very low at 100 ${\mu}$M of menadione. Taken together, our results showed that menadione induced mixed types of cell death, apoptosis at low concentrations and necrosis at high concentrations in HL-60 cells.

Purification of Nitric Oxide Synthase from Bovine Pancreas

  • Nam, Suk-Woo;Seo, Dong-Wan;Lee, Young-Jin;Sung, Dae-Seok;Han, Jung-Whan;Lee, Hyang-Woo
    • 한국응용약물학회:학술대회논문집
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    • 한국응용약물학회 1996년도 춘계학술대회
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    • pp.184-184
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    • 1996
  • Nitric Oxide Synthase(NO synthase: EC.1.14.13.39)는 생체내에서 L-arginine을 기질로 하여 nitric oxide(NO)와 L-citrulline의 생성을 매개하는 효소로서 뇌, 간장, 신장, 체장등 대부분의 주요장기와 근육세포, 신경세포 등 거의 모든 조직에 분포하고 있다. NO synthase에 의해 생성되는 NO는 혈관이완작용, 신경전달 물질로서의 작용, 면역 담당세포에서의 세포 독작용 등 많은 생리현상에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 특히 체장에서는 췌외분비 기능의 항진에 있어 세포내 cGMP level의 변동이 NO와 연관된다는 사실에 주목하고 있으며 본연구실에서도 이에 관한 연구가 진행중이다. 따라서 본 연구에서는 소 췌조직의 100,000$\times$g cytosol을 효소원으로 하여 다음과 같이 NO synthase의 분리, 정제를 시행하였다. Ammonium sulfate로 30%(176g solid ammonium sulfate/$\ell$) 포화, 침전 후 2',5'-ADP agarose 및 calmodulin-agarose affinity chromatography를 연속적으로 시행하여 NO synthase를 분리하였으며 electrophoresis상에서 약 160kd의 분자량을 나타내었다.

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