• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권6호
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• pp.866-871
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• 2007

Testis-specific protein (TSPY) is a Y-specific gene, with up to 200 copy numbers in bulls. In order to make bovine embryo sexing under farm condition more feasible, the possibility of using a non-electrophoretic method to detect the TSPY gene for sexing bovine early embryos was examined. Primers were designed to amplify a portion of the TSPY gene and a common gene as an internal control primer. PCR optimization was carried out using a DNA template from bovine whole blood. Furthermore, embryo samples were diagnosed by this method and the sexing results were contrasted with those of the Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method. The results showed that TSPY was as reliable a sexing method as LAMP. Forty-three morula and blastocyst embryos collected from superovulated donor dairy cattle were sexed by this method, and twenty-one embryos judged to be female embryos were transferred non-surgically to recipients 6 to 8 days after natural estrus. Out of 21 recipients, 9 were pregnant (42.86%) and all delivered female calves. The results showed that the sex predicted by this protocol was 100% accurate. In conclusion, the TSPY gene was a good male specific marker and indicated that a non-electrophoretic method was feasible and accurate to detect the TSPY gene for sexing preimplantation bovine embryos.

• 대한수의학회지
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• 제47권2호
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• pp.163-167
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• 2007

Bovine viral diarrhea (BVD) is very important disease in cattle industry with a worldwide distribution. Detection and elimination of persistently infected calves with bovine viral diarrhea virus (BVDV) was valuable strategy for BVD eradication because those calves were main source for transmission. We surveyed persistent infection with BVDV by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and immunohistochemistry (IHC) using whole blood and skin. Five hundred thirty nine Korean native calves were tested. Four calves (0.7%) were positive for BVDV antigen for both tests. Those calves remained positive for follow-up by RT-PCR and IHC. Therefore they were identified as persistently infected with BVDV. We confirmed that immunohistochemistry using skin biopsy samples was very useful tool to detect persistently infected calves with BVDV. As far as we know, this would be first report on persistent infection with BVDV in Korea.

• Journal of Preventive Medicine and Public Health
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• 제36권3호
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• pp.209-212
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• 2003

Because of advances of technologies in the field of genmic epidemiology in the recent years, specimen collection, storage and analysis became an essential part of research methodologies. DNA is now being used in epidemiologic studies to evaluate genetic risk factors and specimens other than the fresh whole blood can De used for PCR. Therefore, All nucleated cells, such as buccal swabs and urine specimens, are suitable for DNA analysis. For an unlimited source of genomic DNA, EBV transformation of lymphocytes can be used for immortalization. However, the type of specimen collected in genomic epidemiologic studies will depend on the study where the epidemiologist play a leading role for the design. We also briefly described various finds of analysis for SNP that is an essential part of the genomic epidemiology.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제62권3호
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• pp.294-301
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• 2024

Toxoplasma gondii, a common protozoan parasite, poses significant public health risks due to its potential to cause toxoplasmosis in humans and can be contracted from pigs, which are considered its critical intermediate host. The aim of this study is to evaluate the prevalence of T. gondii in slaughtered pigs for human consumption, emphasizing the zoonotic implications and the need for improved biosecurity and monitoring practices in pig farming. A total of 1,526 pig samples (1,051 whole blood samples and 384 lung tissue samples from the local slaughterhouse and 91 aborted fetus samples from local farms) were collected throughout the whole country of Korea in 2020. Among them, 6 (0.4%) were found to be infected with T. gondii by nested PCR. When compared by sample type, the prevalence of T. gondii was significantly higher in the aborted fetus samples (2.2%, 2/91) than in the blood (0.3%, 3/1,051) and lung tissue samples (0.3%, 1/384). The B1 gene sequence of T. gondii was similar (97.9-99.8%) to that of the other T. gondii isolates. This study represents the first molecular genotyping survey of T. gondii in the lung tissue of fattening pigs and aborted fetuses in Korea. Our findings indicated the importance of adopting preventive measures including the implementation of rigorous farm hygiene protocols and the promotion of public awareness about the risks of consuming undercooked pork. By addressing the gaps in current control strategies and encouraging the One Health approach, this study contributes to the development of more effective strategies to mitigate the transmission of T. gondii from pigs to humans, ultimately safeguarding public health.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제44권6호
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• pp.274-279
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• 2014

Purpose: To evaluate whether the levels of immunoglobulin G (IgG) antibody to Tanerella forsythia are associated with periodontal status. Methods: Patients with a diagnosis of chronic periodontitis were considered candidates for the study; thus 80 chronic periodontitis patients and 28 healthy persons (control group) were invited to participate in this investigation. The presence of T. forsythia was detected by polymerase chain reaction (PCR) analysis using primers designed to target the respective 16S rRNA gene sequences. Peripheral blood was collected from each subject to identify the IgG1 and IgG2 serum antibodies against T. forsythia. All microbiological and immunological laboratory processes were completed blindly, without awareness of the clinical status of the study patients or of the periodontal sites tested. Results: The bivariate analysis showed that lower mean levels of clinical attachment level (CAL) and probing depth were found in the presence of the IgG1 antibody titers against whole-cell T. forsythia; however, only the difference in CAL was statistically significant. In the presence of the IgG2 antibody titers against whole-cell T. forsythia, the periodontal parameters evaluated were higher but they did not show statistical differences, except for plaque. The unadjusted linear regression model showed that the IgG1 antibody against whole-cell T. forsythia in periodontitis patients was associated with a lower mean CAL (${\beta}=-0.654$; 95% confidence interval [CI], -1.27 to -0.28; P<0.05). This statistically significant association remained after adjusting for possible confounders (${\beta}=-0.655$; 95% CI, -1.28 to -0.29; P<0.05). On the other hand, smoking was a statistically significant risk factor in the model (${\beta}=0.704$; 95% CI, 0.24 to 1.38; P<0.05). Conclusions: Significantly lower mean levels of CAL were shown in the presence of the IgG1 antibody titers against whole-cell T. forsythia in periodontitis patients. Thus, the results of this study suggest that IgG1 antibody to T. forsythia may have been a protective factor from periodontitis in this sample.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제31권1호
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• pp.1-16
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• 2006

최근 진단분야에 있어서의 가장 획기적인 진보로는 향상된 진단 술식의 민감도와 특이도를 들 수 있으며 이는 다양한 면역 화학물질과 분자생물학적 시약의 활용도가 증가되고 이와 더불어 진단용 기구의 수준 향상으로 가능해진 미세 술식의 발달에 따른 결과이다. 이러한 기술의 발전은 임상검사용 검체 뿐만 아니라 DNA의 공급원으로서의 타액의 진단학적 가치를 고려하게 되었다. 본 연구는 인체의 타액에서 genomic DNA를 분리하고 이를 혈액 및 협점막 swab에서 분리한 genomic DNA와 비교 검토해 봄으로써 타액 검체의 진단학적 활용도를 살펴보고, 타액 검체의 다양한 보관 과정이 genomic DNA의 분리에 미치는 영향을 살펴보고자 시행되었으며, 또한 분리된 genomic DNA의 안정도를 살펴보고자 중합효소 연쇄반응 분석법을 이용하여 $\beta$-globin 유전자의 증폭을 시행하였다. 10명의 피검자(평균 나이: $29.9{\pm}9.8$ 세)를 대상으로 혈액, 비자극성, 자극성 전타액 및 협점막 swab을 채취한 후 이로부터 genomic DNA를 분리하였다. 여러 다양한 보관조건이 genomic DNA에 미치는 영향을 알아보기 위하여 건강한 20명의 피검자(평균 나이: $32.3{\pm}6.6$ 세)를 대상으로 자극성 전타액을 채취하여 실온, $4^{\circ}C$, $-20^{\circ}C$, $-70^{\circ}C$, 자연 건조 및 동결 건조 상태에서 1, 3, 5 개월 동안 보관한 후 genomic DNA를 분리, 조사하였으며, 분리된 genomic DNA의 안정도를 살펴보고자 중합효소 연쇄반응 분석법을 이용하여 989-bp의 $\beta$-globin 유전자를 증폭한 후 전기영동 검사를 시행하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. 타액으로부터 분리한 genomic DNA의 농도는 혈액의 경우에 비하여 유의하게 낮았으며(p<0.05), 타액군 간에는 유의한 차이가 없었다. 자극성 전타액과 이를 동결 건조한 검체에서 분리한 genomic DNA의 순도는 혈액의 경우에 비하여 유의하게 높았으며(p<0.05), 협점막 swab으로부터 분리한 genomic DNA 의 순도는 타액의 경우에 비하여 유의하게 낮게 나타났다(p<0.05). 2. 실온에서 보관한 타액 검체로부터 분리한 genomic DNA의 농도는 1 개월 후부터 점차적으로 감소되었으며, 3 개월과 5개월 동안 보관한 타액 검체에서는 유의하게 감소되었다(각각 p<0.05, p<0.01). DNA의 순도 또한 점차적으로 감소되어 3 개월과 5 개월 동안 보관한 타액 DNA의 순도는 신선한 타액과 1 개월 동안 보관된 타액 검체의 순도보다 낮게 나타났다(p<0.05). 3. 타액 검체를 $4^{\circ}C$와 $-20^{\circ}C$에서 보관한 후 분리한 genomic DNA의 농도는 3 개월의 보관 기간 동안 유의한 변화가 없었으나, 보관 기간 5 개월 후의 검체에서는 유의하게 감소되었다(p<0.05). 4. 타액을 $-70^{\circ}C$에서 보관한 검체와 동결 건조한 후 보관한 검체로부터 분리한 genomic DNA의 농도는 보관 기간에 따른 유의한 차이를 보이지 않았으나, 보관 후 5 개월 후의 검체에서는 DNA의 농도가 감소되는 경향을 보였다. 5. 타액을 자연 건조한 후 즉시 genomic DNA를 분리한 결과, 신선한 타액에 비하여 약 60%의 DNA를 얻을 수 있었다. 자연 건조한 후에 실온에서 보관한 타액 검체로부터 분리한 genomic DNA 농도는 보관 2 주 만에 급격하게 감소되었다(p<0.05). 6. 중합효소 연쇄반응 방법을 이용한 $\beta$-globin 유전자의 증폭은 동결 건조한 후 보관한 타액의 경우 보관 기간 5 개월까지의 모든 검체에서 가능하였으며, 보관 기간 1 개월을 기준으로 보았을 때 $-20^{\circ}C$와 $-70^{\circ}C$에서 보관한 타액의 경우 모든 검체에서, $4^{\circ}C$에서 보관한 타액의 경우 일부분의 검체에서만 증폭이 가능하였고, 실온에서 보관한 타액과 자연 건조 후 실온에서 보관한 타액의 경우는 증폭이 이루어지지 않았다.

• 생명과학회지
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• 제24권2호
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• pp.105-111
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• 2014

본 연구의 목적은 말의 열충격 단백질 유전자의 특성을 구명하고 말의 각 조직과 운동 전과 후 혈액에서 열충격 단백질 유전자의 발현량을 분석함에 있다. 이전의 연구를 통해, 대표적인 경주마인 더러브렛의 혈액과 골격근에서 운동 전, 후 RNA-sequencing을 통해 차등발현유전자 분석을 실시하고, 본 연구를 위해 운동 전과 후에 차등 발현된 유전자 중, 열충격 단백질 유전자(HspH1, Hsp90${\alpha}$, Hsp70)를 선택하였다. 세 개의 열충격 단백질 유전자는 각각의 혈액이나 근육에서 운동 전에 비해 후에 발현이 증가된 것으로 확인됐다. 본 연구팀은 선정된 유전자에 대한 검증과 분석을 위해, 말의 조직별 RT-PCR 분석과 운동시간별 백혈구에서 real time qPCR 분석을 실시하였다. 그 결과 말의 각 조직(갑상선, 결장, 골격근, 맹장, 신장, 심장, 척수, 폐)에서 세 개의 열충격 단백질 유전자 mRNA가 모두 존재함을 알 수 있었다. 또한, 말의 운동 시간 별 혈액에서 mRNA를 추출하여 열충격 단백질의 운동 시간에 따른 발현 양상 분석을 실시한 결과, 운동 전에 비해 운동 120분 후 열충격 단백질 유전자의 발현량이 증가함을 확인하였다. 이러한 결과는 인간과 다른 동물 실험의 결과와 일치하며, 열충격 단백질 유전자 전사 조절기작이 종간에 보존이 되어왔음을 시사한다. 또한, 운동에 따른 열충격 단백질 유전자의 발현 양상과 운동 수행 및 회복 기작간의 상관관계에 대한 추가적인 연구가 필요함을 제안하는 바이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권8호
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• pp.1044-1050
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• 2014

Since there is no consensus about the most reliable assays to detect invasive aspergillosis from samples obtained by minimally invasive or noninvasive methods, we compared the efficacy of an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for galactomannan (GM) detection and quantitative real-time PCR assay (qRT-PCR) for the diagnosis of invasive pulmonary aspergillosis. Neutropenic, male Sprague-Dawley rats (specific pathogen free; 8 weeks old; weight, $200{\pm}20g$) were immunosuppressed with cyclophosphamide and infected with Aspergillus fumigatus intratracheally. Tissue and whole blood samples were harvested on days 1, 3, 5, and 7 post-infection and examined with GM ELISA and qRT-PCR. The A. fumigatus DNA detection sequence was detected in the following number of samples from 12 immunosuppressed, infected rats examined on the scheduled days: day 1 (0/12), day 3 (0/12), day 5 (6/12), and day 7 (8/12) post-infection. The sensitivity and specificity of the qRT-PCR assay was 29.2% and 100%, respectively. Receiver operating characteristic curve (ROC) analysis indicated a Ct (cycle threshold) cut-off value of 15.35, and the area under the curve (AUC) was 0.627. The GM assay detected antigen in sera obtained on day 1 (5/12), day 3 (9/12), day 5 (12/12), and day 7 (12/12) post-infection, and thus had a sensitivity of 79.2% and a specificity of 100%. The ROC of the GM assay indicated that the optimal Ct cut-off value was 1.40 (AUC, 0.919). The GM assay was more sensitive than the qRT-PCR assay in diagnosing invasive pulmonary aspergillosis in rats.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제45권10호
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• pp.1263-1272
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• 2002

목 적 : 레트증후군이란 1966년 Andreas Rett에 의해 처음 기술되었으며 생후 6개월에서 18개월 정도까지 비교적 정상 발달을 한 후 두위 발달의 감소와 함께 습득했던 인지 및 운동능력의 상실, 언어기능의 상실, 그리고 특징적인 손동작(상동행동)을 보이는 X 염색체 우성유전으로 생각되는 질환이다. 1999년 미국에서 그 결함 유전자인 MECP2 유전자가 Xq28에서 밝혀졌으나 우리 나라에서는 이 질환에 대한 전반적 이해가 부족하며 유전자 연구는 거의 전무한 상태이다. 이에 저자들은 우리 나라의 Rett 증후군 환아에서 MECP2 유전자의 결함이 어느 정도 나타나는지를 알고자 이 연구를 시행하였다. 방 법 : 2000년 2월부터 2001년 3월까지 본원을 방문한 Rett 증후군 환아 34례의 말초혈액을 EDTA (Ethylenediaminetetraacetic acid) 처리하여 5 cc 채취하여 냉동 보관한 후 해빙하여 DNA 표본을 추출했다. DNA의 추출은 E.Z.N.A blood DNA kit을 사용하였다. MECP2 유전자 네 종류의 axon은 PCR을 이용해 증폭하였고 primer sequence는 1999년 Amir 등에 의해 디자인 된 것(AF030876)을 사용하였다. ABI 377 DNA sequencer와 ABI PRISM dye cycle sequencing reaction kit을 사용하여 DNA sequencing을 시행하였고 우리 나라에서 최초로 발견된 유전자 변이에 대해서는 RFLP 분석을 통해 확인하였다. 결 과 : 1) MECP2 유전자의 변이를 보인 환아는 23례로 67.6%에서 관찰되었다. 2) 9종의 missense mutation과 3종의 nonsense mutation을 합해 총 12종의 유전자 변이가 관찰되었다. 3) 이들 돌연 변이 중 L100V, G161E, 그리고 T311M은 전세계적으로 우리 나라에서 처음 발견된 변이이다. 4) 23례의 유전자 변이는 대부분(78.3%) MBD와 TRD라는 기능영역에서 발견되었다. 5) 본 연구에서 T158M, R270X, 그리고 R306C가 자주 나타나는 유전자 변이였다. 결 론 : 우리 나라의 Rett 증후군 환아에서도 MECP2 유전자의 변이는 비교적 흔히 관찰되어 MECP2 유전자의 이상이 Rett 증후군을 유발하는 주 유전자 이상임을 확인하였고 Rett 증후군 환아의 확진을 위해 MECP2 유전자 검사가 필요할 것으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권12호
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• pp.1691-1695
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• 2005

The bovine lymphocyte antigen (BoLA)-DRB3 gene encodes cell surface glycoproteins that initiate immune responses by presenting processed antigenic peptides to CD4 T helper cells. DRB3 is the most polymorphic bovine MHC class II gene which encodes the peptide-binding groove. Since different alleles favour the binding of different peptides, DRB3 has been extensively evaluated as a candidate marker for associations with various bovine diseases and immunological traits. For that reason, the genetic diversity of the bovine class II DRB3 locus was investigated by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism method (PCR-RFLP). This study describes genetic variability in the BoLA-DRB3 in Iranian Golpayegani Cattle. Iranian Golpayegani Cows (n = 50) were genotyped for bovine lymphocyte antigen (BoLA)-DRB3.2 allele by polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism method. Bovine DNA was isolated from aliquots of whole blood. A two-step polymerase chain reaction followed by digestion with restriction endonucleases RsaI, HaeIII and BstYI was conducted on the DNA from Iranian Golpayegani Cattle. In the Iranian Golpayegani herd studied, we identified 19 alleles.DRB3.2${\times}$16 had the highest allelic frequency (14%), followed by DRB3.2${\times}$7 (11%). Six alleles (DRB3.2${\times}$25, ${\times}$24, ${\times}$22, ${\times}$20, ${\times}$15, ${\times}$3) had frequencies = 2%. Although additional studies are required to confirm the present findings, our results indicate that exon 2 of the BoLA-DRB3 gene is highly polymorphic in Iranian Golpayegani Cattle.