• 제목/요약/키워드: Virus detection

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Development and Evaluation of a SYBR Green-Based, Real-time Polymerase Chain Reaction for Rapid and Specific Detection of Human Coxsackievirus B5

  • Cho, Kyu Bong
    • 대한의생명과학회지
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    • 제26권4호
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    • pp.302-309
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    • 2020
  • Human Coxsackievirus B5 (HuCoxV-B5) infection has been associated with various diseases such as myocarditis, aseptic meningitis, hand-foot-and mouth-disease, and insulin-dependent diabetes. HuCoxV-B5 is a virus transmitted through the fecal-oral route and is detected in clinics, aquatic environments, food, shellfish, etc. and is one of the more important viruses in public health because of its incidence rate reported worldwide. In this study, a combination of SYBR Green-based real-time PCR primers for molecular diagnosis including monitoring of HuCoxV-B5 was selected and the optimal reaction conditions were established. Compared with the previously reported TaqMan probe-based real-time PCR method, assessments including a sample applicability test were performed. Results showed that the real-time PCR method developed in this study was suitable for a molecular diagnostic technique for detecting HuCoxV-B5. This study is expected to contribute to efforts in responding to safety accidents in public health because the proposed method facilitates rapid diagnosis of clinical patients. It can also be used as a specific monitoring tool of HuCoxV-B5 in non-clinical areas such as aquatic environments among others.

First detection of ranavirus in a wild population of Dybowski's brown frog (Rana dybowskii) in South Korea

  • Park, Jaejin;Grajal-Puche, Alejandro;Roh, Nam-Ho;Park, Il-Kook;Ra, Nam-Yong;Park, Daesik
    • Journal of Ecology and Environment
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    • 제45권1호
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    • pp.10-16
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    • 2021
  • Background: Ranavirus is an emerging infectious disease which has been linked to mass mortality events in various amphibian species. In this study, we document the first mass mortality event of an adult population of Dybowski's brown frogs (Rana dybowskii), in 2017, within a mountain valley in South Korea. Results: We confirmed the presence of ranavirus from all collected frogs (n = 22) via PCR and obtained the 500 bp major capsid protein (MCP) sequence from 13 individuals. The identified MCP sequence highly resembled Frog virus 3 (FV3) and was the same haplotype of a previously identified viral sequence collected from Huanren brown frog (R. huanrenensis) tadpoles in South Korea. Human habitat alteration, by recent erosion control works, may be partially responsible for this mass mortality event. Conclusion: We document the first mass mortality event in a wild Korean population of R. dybowskii. We also suggest, to determine if ranavirus infection is a threat to amphibians, government officials and researchers should develop continuous, country-wide, ranavirus monitoring programs of Korean amphibian populations.

Nanotechnology in reproductive medicine: Opportunities for clinical translation

  • Shandilya, Ruchita;Pathak, Neelam;Lohiya, Nirmal Kumar;Sharma, Radhey Shyam;Mishra, Pradyumna Kumar
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제47권4호
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    • pp.245-262
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    • 2020
  • In recent years, nanotechnology has revolutionized global healthcare and has been predicted to exert a remarkable effect on clinical medicine. In this context, the clinical use of nanomaterials for cancer diagnosis, fertility preservation, and the management of infertility and other pathologies linked to pubertal development, menopause, sexually transmitted infections, and HIV (human immunodeficiency virus) has substantial promise to fill the existing lacunae in reproductive healthcare. Of late, a number of clinical trials involving the use of nanoparticles for the early detection of reproductive tract infections and cancers, targeted drug delivery, and cellular therapeutics have been conducted. However, most of these trials of nanoengineering are still at a nascent stage, and better synergy between pharmaceutics, chemistry, and cutting-edge molecular sciences is needed for effective translation of these interventions from bench to bedside. To bridge the gap between translational outcome and product development, strategic partnerships with the insight and ability to anticipate challenges, as well as an indepth understanding of the molecular pathways involved, are highly essential. Such amalgamations would overcome the regulatory gauntlet and technical hurdles, thereby facilitating the effective clinical translation of these nano-based tools and technologies. The present review comprehensively focuses on emerging applications of nanotechnology, which holds enormous promise for improved therapeutics and early diagnosis of various human reproductive tract diseases and conditions.

KM-based Treatment of Viral Hepatitis A accompanied with Pancreatitis: A case report

  • Son, Chang-Gue
    • 대한한의학회지
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    • 제41권4호
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    • pp.106-111
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    • 2020
  • Objectives: Hepatitis A is a typical acute hepatitis caused by hepatovirus, and then most patients recover easily without progression to chronic condition. However, certain cases have the risk of severe symptoms or even death. This case report presented a hepatitis A accompanied with pancreatitis, which had been completely recovered in a Korean medicine hospital. Case presentation: A 38-year woman had felt the malaise, mild chilling, muscle pain and abdominal discomfort for 10 days, which led her visit doctors and took anti-pyretic analgesics and digestants. The symptoms, especially epigastric pain and fatigue, became worse, and then she hospitalized in a Korean medicine hospital. Based on the drastic elevations of hepatic enzymes (aspartate transaminase 1,604 IU/L and alanine transaminase 2,825IU/L) with an anti-HAV IgM positive, she was diagnosed with hepatitis A. After bed rest and herbal drug treatment (CGX and Innae-Tang) for 5 days, the laboratory abnormalities and subjective symptoms had been improved gradually, except the upper gastric discomfort and pain. Those symptoms had anticipated the comorbidity with HAV-induced pancreatitis, supported by the high level of serum lipase release. Another 5-day hospitalized treatment improved all subjective symptoms and then the laboratory results were completely normalized including detection of anti-HAV IgG within 15 days after discharge. Conclusion: This study presented a typical hepatitis A accompanied with pancreatitis, which should be considered in diagnosis and management of hepatitis A.

닭과 야생사육조류로부터 야외샘플을 사용한 조류인플루엔자와 뉴캣슬병 바이러스 검출 키트의 평가 (Evaluation of Avian Influenza and Newcastle Disease Virus Detection Kit using Field Samples from Domestic and Semi-domestic Birds)

  • 라만 씨딕;마렉 압둘;이슬람 알리물;어딘 무하마드 자심;아산 샤민;챠크라바티 아미타보;사키브;채준석
    • 한국임상수의학회지
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    • 제29권4호
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    • pp.309-314
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    • 2012
  • 연구는 방글라데시에서 조류인플루엔자와 뉴캐슬 질병 바이러스가 국내의 현장 샘플에서 혼합항원키트의 민감도와 특이성을 평가하기 위하여 육계 및 산란계와 토종 닭 그리고 사육 야생오리, 거위, 비둘기와 메추라기로부터 야외 샘플을 수집하였다. 샘플은 방글라데시의 5 지역에서 발생한 조류인플루엔자 자연감염된 것으로 의심되는 닭과 야생사육조수로부터 수집되었다. 각 지역으로부터 2마리씩 선택적으로 샘플을 수집하였으며, 각 조류에서는 면봉을 이용하여 기도, 총배설강, 구-비강으로부터 3가지 유형의 샘플을 채취하였다. 70 마리의 조류에서 총210개의 야외 샘플이 수집되었으며, 조류인플레인자와 뉴캣슬병 바이러스 혼합항원신속진단키트를 검사하였다. 210개 샘플 중에서 15개(5 마리)가 조류인플루엔자 바이러스, 63개(21 마리)가 뉴캣슬병 바이러스, 27개(9 마리)에서 두 가지의 혼합감염이 나 타났으며, 그 외에서는 모두 음성으로 나타났다. 5 곳의 조류인플루엔자 양성 중에서 Mymensingh, Netrokona, Gibandha와 Kurigram의 마켓으로부터 산란계에서, Kurigram의 마켓에서 토종닭에서 양성이 나타났다. 야생사육조수는 뉴캣슬병에 양성이거나 또는 조류인플루엔자와 뉴캣슬병 바이러스에는 감염되지 않았다. 조류인플루엔자 및 뉴캣슬병 바이러스 신속진단키트로 기도, 총배설강, 구-비강으로부터 채집한 샘플에서 동시에 검출할 수 있는 것으로서 효과적으로 사용될 것으로 평가되었다. 조류인플레인자와 뉴캣슬병 바이러스 혼합 항원 검사 결과는 명확히 두 개의 바이러스 검출을 위한 테스트 키트로서 적은 노력과 대규모의 필드 샘플로부터 이들 바이러스의 검출에 효과적으로 사용될 수 있는 최신의 과학적 방법이며, 신속하게 질병을 진단할 수 있었다.

중합효소연쇄반응으로 확인된 엡스타인-바바이러스 재활성화가 소아 급성 A형 간염에 미치는 영향 (Effects of Reactivation of Latent Epstein-Barr Virus Using Polymerase Chain Reaction on Acute Hepatitis A in Children)

  • 백승현;김상용;고홍
    • Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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    • 제14권1호
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    • pp.59-66
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    • 2011
  • 목 적: 본 저자들은 급성 A형 간염 환아에서 EBV의 재활성화가 증가하였고 EBV의 재활성화가 A형 간염의 경과에 영향을 미치는 지 보고한 바 있으나 과거 연구의 한계를 극복하고자 중합효소연쇄반응을 시행하여 EBV의 재활성화가 확인된 급성 A형 간염 환아들의 임상경과를 분석하기로 하였다. 방 법: 과거 연구와 동일한 대상으로 2008년부터 2010년까지 세브란스병원에서 급성 A형 간염으로 진단받은 19세 이하의 환자 중 EBV PCR을 추가로 시행한 34명으로 제한하여 입원 당시의 나이, 성별, 간염으로부터 완전히 회복될 때까지 걸린 기간, 혈청검사 결과, 초음파검사 결과를 조사하였다. 대상 환아를 EBV의 비활성화군과 재활성화군으로 나누어 결과를 비교 하였고 10세를 기준으로 환아를 나누어 비활성화군과 재활성화군을 비교하였으며 이번 연구 결과와 과거연구 결과에서 유의하게 나온 항목을 비교분석하였다. 결 과: 재활성화된 비율은 35.3%였고 비활성화군과 재활성화군을 비교하였을 때 AST (p=0.001), ALT (p<0.001), AST/ALT ratio (p=0.002), 이환 기간 중의 최소 단백량(p<0.001), 이환 기간 중의 최소 알부민(p<0.001), 비정형림프구의 백분율(p=0.001), PT-INR (p<0.001), 간염회복기간(p<0.001), 비장비대(p<0.001)가 통계적으로 유의한 차이를 보였고 10세 미만에 비해 10세 이상의 환아에서 EBV가 재활성화 되었을 때 임상양상이 더 좋지 않았다. 지난 연구결과와 비교하였을 때 최소 혈청 단백농도(p<0.001)가 추가로 유의하였으며 10세 미만의 환아군에서 PT-INR의 차이가 사라지고 10세 이상의 환아군에서 최소 혈청 단백농도가 추가로 유의한 결과를 보였다. 결 론: 중합효소연쇄반응을 이용한 본 연구에서도 급성 A형 간염 환아에서 EBV의 재활성화가 흔하며 간염의 경과에 좋지 않은 영향을 미치고 나이가 많은 환아에서 더 좋지 않은 영향을 미치는 것으로 확인할 수 있었다.

혈청과 뇌척수액에서 B형 간염 바이러스 표식자 존재의 비교 (Comparision of Hepatitis B Virus Markers in the Serum and the Cerebrospinal Fluid)

  • 서상덕;김성민;이준;박건주;도현철;변영주
    • Journal of Yeungnam Medical Science
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    • 제12권2호
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    • pp.282-291
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    • 1995
  • 1994년 4월 1일부터 8월 31일까지 영남대학 의과대학 부속병원 신경과에 내원한 환자중에서 뇌척수액 검사를 시행한 환자 50례를 대상으로 혈청과 뇌척수액의 HBV 검출률과 HBV의 감염과 신경계질환의 관련성을 알아보기 위해 혈청과 뇌척수액에서 HBV 표식자를 검출하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 혈청 HBV 표식자 검출로 HBsAg 양성률은 12.0%, HBV 감염률은 74.0% 이었으며, HBV에 의한 감염을 표식자 검출 양상에 따라 A군은 12.0%, B군은 62.0%이었고, C군은 26.0%이었다. 뇌척수액 HBV 표식자 검출로 HBsAg 양성률은 6.0%, HBV 감염률은 36.0%이었으며, A군은 100.0%, B군은 38.7%이었고, C군에서는 검출되지 않았다. 신경계 질환별로 분류하면 VDA군은 26명, NVAD군은 24명이었다. 혈청 HBV 감염률은 VAD군은 88.5%, NVAD군은 58.3%로 두 군간의 유의한 상관관계가 있었다(p<0.05). 뇌척수액의 HBV 표식자 검출은 VAD군 53.8%, NVAD군 16.7% 검출되었다 (p<0.05). VAD군에서 혈청 HBV 감염이 있는 경우 60.9%, NVAD군은 28.6%에서 뇌척수액 HBV 표식자가 검출되었으며, 대상환자의 수가 적어 두 군간의 통계학적 유의수준은 없었다. 이상의 결과로 보아 혈청 HBV 표식자가 검출되는 경우 일부 뇌척수액에서 HBV 표식자가 검출되며, 혈청 HBsAg 양성일때 검출률이 증가하고, 바이러스와 연관된 신경계 질환에서 혈청과 뇌척수액의 HBV의 검출률이 높았다.

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소아에서 파라인플루엔자 바이러스 4형의 역학 및 임상 양상에 대한 단일기관 연구: 2015-2017 (Epidemiology and Clinical Characteristics of Parainfluenza Virus Type 4 in Korean Children: a Single Center Study, 2015-2017)

  • 손영주;최윤영;윤기욱;최은화;이환종
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제25권3호
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    • pp.156-164
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    • 2018
  • 목적: 본 연구는 국내 소아에서 parainfluenza virus (PIV) 4형 감염의 역학과 임상양상을 PIV 1-3형과 비교하여 분석하고자 하였다. 방법: 2015년부터 2017년까지 서울대학교 어린이병원에 내원한 소아들 중 실시간 중합효소연쇄반응법을 통해 PIV 1-4형이 검출된 환자들을 대상으로 의무기록을 후향적으로 분석하였다. 임상 진단은 열성 질환, 상기도 감염, 크룹, 모세기관지염과 폐렴으로 분류하였고, PIV 유형별 역학적 특징을 비교하였다. 인구학적 특징 및 임상적 특징은 건강한 환자만을 대상으로 분석하였다. 결과: 전체 PIV 감염은 472건이 확인되었고, 기저질환이 있거나 다른 바이러스가 중복 검출된 경우를 제외하여 최종 108건(22.9%)을 분석하였다. PIV 3형은 39건(36.1%), PIV 4형은 26건(24.1%), 1형은 24건(22.2%), PIV 2형은 19건(17.6%)이 검출되었다. PIV 4형 환자의 중간 연령은 11개월(0-195개월)이었으며, 2세 미만은 17명(65.4%), 2세 이상 5세 미만은 5명(19.2%)였다. PIV 4형환자군의임상진단은세기관지염(38.5%), 폐렴(30.8%), 상부호흡기감염(30.8%)의순이었다. 크룹은 PIV 2형 환자군에서 가장 우세하게 관찰되었고, PIV 4형 환자군에서는 한 명도 관찰되지 않았다(0% vs. 21.1%, P=0.026). 각 형 별 입원율의 유의한 차이는 없었다(P>0.05). 결론: PIV 4형은 우리나라에서 2015년과 2017년에 유행하였다. 입원 환자 중 5세 미만의 연령에서 주로 검출되었고, 입원을 필요로 하는 하기도 감염의 원인으로 고려되어야 할 것이다.

Snort 2.9.0 환경을 위한 TCAM 기반 점핑 윈도우 알고리즘의 성능 분석 (Performance Analysis of TCAM-based Jumping Window Algorithm for Snort 2.9.0)

  • 이성윤;류기열
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제13권2호
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    • pp.41-49
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    • 2012
  • 스마트 폰 이용자의 급격한 증가에 따른 무선 네트워크의 지원 및 모바일 환경은 언제 어디서나 네트워크를 이용할 수 있게 되었다. 이러한 인터넷 망의 발달로 인해 네트워크 트래픽이 급증함으로써 네트워크를 통한 분산서비스 공격, 인터넷 웜, 이메일 바이러스 등의 다양한 악의적인 공격이 증가되고 이에 따른 패턴이 급격하게 증가하는 추세이다. 기존 연구에서 침입탐지시스템인 Snort 2.1.0 룰의 약 2,000개 패턴으로 M-바이트 점핑 윈도우 알고리즘을 적용한 결과를 분석하였다. 하지만 점핑 윈도우 알고리즘은 패턴의 길이와 수에 큰 영향을 받기 때문에 더 긴 패턴과 더 많은 패턴을 갖는 새로운 환경(Snort 2.9.0)에서 TCAM 룩업 횟수와 TCAM 메모리 크기에 대한 새로운 분석이 필요하다. 이 논문에서는 Snort-2.9.0 룰에서 약 8,100개의 패턴을 이용하여 윈도우 크기별 TCAM 룩업 횟수와 TCAM의 크기를 시뮬레이션 했고 그 결과를 분석하였다. Snort 2.1.0에서는 16-바이트 윈도우에서 9Mb의 TCAM이 최적을 효과를 낼 수 있는 반면, Snort 2.9.0에서는 16-바이트 윈도우에서 18Mb TCAM 4개를 캐스케이딩으로 연결할 경우 최적의 효과를 낼 수 있다.

생물의약품 제조공정에서 Bovine Parvovirus 정량 검출을 위한 Real-Time PCR (Real-Time PCR for Quantitative Detection of Bovine Parvovirus during Manufacture of Biologics)

  • 이동혁;이정희;김찬경;김태은;배정은;김인섭
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.173-181
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    • 2008
  • 소의 혈액, 세포, 조직, 기관 등은 생물의약품과 조직공학제제, 세포치료제의 원료로 널리 사용되고 있다. 소유래 물질을 원료로 사용한 제제의 경우 소유래 원료 물질에 다양한 바이러스가 오염된 사례가 있기 때문에 바이러스 안전성 검증이 필수적이다. BPV는 소에게 가장 흔하게 감염되는 바이러스 중의 하나이다. 소유래 물질을 원료로 하는 생물의약품, 조직공학제제, 세포치료제 등에서 BPV 안전성을 확보하기 위해, 원료물질, 제조공정, 완제품에서 BPV를 정량적으로 검출하고, 제조공정에서 BPV 제거 검증을 위한 시험법으로 활용이 가능한 BPV real-time PCR 시험법을 확립하였다. BPV에 특이적인 primer를 선별하였으며, 형광염료 SYBR Green I을 사용하여 BPV DNA 정량 검출 시험법을 최적화하였다. 세포배양법에 의한 감염역가와 비교한 결과 real-time PCR 민감도는 $1.3{\times}10^{-1}\;TCID_{50}/mL$이었다. 확립된 시험법의 신뢰성(reliability)을 보증하기 위해 시험법 검증을 실시한 결과 특이성(specificity)과 재현성 (reproducibility)이 우수함을 확인하였다. 확립된 real-time PCR을 생물의약품 제조공정 검증에 적용할 수 있는지 확인하기 위하여 인위적으로 BPV를 오염시킨 CHO 세포주와 소유래 콜라겐에서 BPV 검출 시험을 실시하였다. BPV를 감염시킨 CHO 세포에서 세포변병효과를 관찰할 수 없었지만, 세포와 세포배양 상청액에서 BPV를 정량적으로 검출할 수 있었다. 소유래 콜라겐에서도 $1.3{\times}10^0\;TCID_{50}/mL$까지 정량적으로 검출할 수 있었다.