• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권2호
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• pp.613-615
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• 2012

The aim of this study was to ana1yze T-cell lymphoma invasion and metastasis-inducing factor 1 (Tiam1) expression in 1ung cancer patients. A total of 204 patients with lung cancer tissue lesions were enrolled in the present study, along with 40 cases of normal lung tissue and 40 of normal fetal lung tissue. Tiam1 protein expression level was determined using intensity quantitative analysis, for comparison in lung cancer, metastatic, normal lung, and fetal lung tissue. The positive unit (PU) of Tiam1 was $13.5{\pm}5.42$ in lung cancer,$5.67{\pm}1.56$ in norma1 epithelial cells, and $5.89{\pm}1.45$ in fetal lung epithelial cells. The value in the lung cancer tissue was significantly higher than that in the normal lung tissue and the fetal lung tissue (P<0.01). The Tiam1 PU values with lymph node metastasis and without 1ymph node metastasis were $15.2{\pm}4.34$ and $12.5{\pm}4.23$, respectively, and the difference was statistically significant (P<0.05). The Tiam1 PU values in different tumor, nodes, metastasis (TNM) stages, III-IV period, and I-II phase were $14.7{\pm}4.14$ and $11.0{\pm}5.34$ (P<0.05). A correlation was found between Tiam1 expression and the age of patient, tumor size, tumor type, and tumor differentiation. Tiam1 protein expression in the lung tumor tissue is significantly higher than that in the normal lung tissue and fetal lung tissue. Tiam1 expression may be closely related to lung cancer development and metastasis.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제52권4호
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• pp.329-336
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• 2010

본 연구는 소의 부위별 근육에 특이하게 발현하는 유전자 마커를 발굴하여 소고기의 부위를 과학적으로 판명할 수 있는 기술을 개발하고자 실시하였다. 이러한 연구 목표 아래 먼저 사태(Beef shank), 등심(Longissimus dorsi), 양지(Deep pectoral), 홍두깨(Semitendinosus) 부위의 근육조직에서 MSC (myogenic satellite cell, 근육줄기세포)를 순수 분리하고 이를 MFC (myotube-formed cell; 근관이 형성된 세포)로 분화시키거나 ALC (adipocyte-like cell; 지방세포와 유사한 세포)로 이형분화 시킨 후 3가지의 세포로 부터 각각의 RNA를 추출하였다. 이렇게 추출한 RNA는 24,000개의 bovine oligo-nucelotide (70 mer)가 집적된 microarray를 이용해 4개의 조직 중 1개의 조직에서만 MSC의 분화(MFC) 또는 이형분화 과정에서 mRNA의 발현이 증감을 보이는 유전자 135개를 먼저 발굴하였다. 135개의 유전자에 대해 microarray 분석에 사용한 동일한 RNA를 이용하여 real-time PCR 기술로 검증한 결과 총 29개의 유전자가 microarray 분석 결과와 유사함을 보였다. 29개의 유전자를 다시 4개 부위의 생체 조직에서 추출한 RNA를 이용해 real-time PCR 방법으로 분석한 결과 TS (thymi- dlyate synthase), TE (tropoelastin), RAD52(similar RAD52 motifcontaining protein 1), unknown gene), MLC2 (myosin light 2, regulatory cardiac, slow), TXNIP (thioredoxin-interating protein) 6개의 유전자만이 다른 부위에 비해 사태 부위에서 현저한 발현의 차이를 나타냈다. 결론적으로 본 연구를 통해 소 부위별 근육을 구분할 수 있는 과학적 기술의 토대를 확립하였다.

• 한국어류학회지
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• 제18권2호
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• pp.65-77
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• 2006

우리나라 주요 담수 어종인 미꾸라지(Misgurnus mizolepis)를 실험 모델로 이용하여 실험적으로 설정한 고온 노출($32^{\circ}C$)에 특이적으로 반응하는 유전자들을 cDNA microarray 분석을 통해 탐색하였다. 미꾸라지 간조직 expressed sequence tag (EST) 데이터베이스 분석을 통해 1,124개의 unigene들을 선발하여 제작한 cDNA microarray을 이용하여 $23^{\circ}C$ 및 $32^{\circ}C$에 4주간 노출된 실험어의 간(liver)조직의 전사 발현 양상을 3반복 분석하였다. 다양한 유전자군이 $32^{\circ}C$ 고온 노출에 전사 발현의 증감 또는 감소 양상을 보였으며 $23^{\circ}C$에 비해 $32^{\circ}C$군에서 2배 이상의 발현 증가를 보인 클론들은 총 93종류로서 에너지 대사, 단백질 대사, 면역/항산화 기능, 세포골격 및 구조, 물질수송 및 세포 신호전달등에 관여하는 단백질들을 암호화하는 유전자들이었고 최대 15배 이상의 전사발현이 관찰되었다. 반면 고온 노출군에서 유의적인 발현 감소(50% 이하)를 보인 유전자들(n=85) 역시 탐색되어 상기 단백질 분류군외에 vitellogenin 전구체들 및 리보좀 단백질류에서 특이적인 전사활성의 저하가 관찰되었고, vitellogenin 유전자에서 가장 많은 mRNA 수준의 감소가 관찰되었다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제8권2호
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• pp.177-193
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• 2005

목 적: 담즙정체를 보이는 환자의 간조직에서 cDNA microarray를 이용한 유전자 발현 분석을 통 하여 담도 폐쇄증의 발생과정에 관여하는 유전자를 규명하고자 연구를 시행하였다. 방 법: 환자의 간조직은 담즙정체를 보이는 11명의 환자로부터 진단적 간생검시 얻은 간조직의 일부를 이용하였다. 이들의 원인 질환은 담도 폐쇄증이 7명, 신생아 간염 증후군이 4명이었다. 정상대조군의 간조직은 생체부분 간이식시 성인 공여자로부터 얻은 간조직의 일부를 이용하였다. 간조직에서 분리된 mRNA를 4.7K 인간유전자 cDNA microarray를 이용하여 유전자 발현의 양상을 분석하였다. 결 과: 분석한 4,700종의 유전자 중 담즙정체 환자 11명 모두의 간조직에서 발현이 증가된 유전자는 17종이 발견되었고, 발현이 감소된 유전자는 20종이 발견되었다. 담도 폐쇄증 환자와 신생아 간염 증후군 환자 사이에 49종의 유전자에서 발현의 차이가 관찰되었고, 특히 담도 폐쇄증에서는 발현이 증가하였으나 신생아 간염 증후군에서는 발현이 감소된 유전자는 24종이었으며 이들 유전자 발현의 차이에 의해서 두 군간의 감별이 가능하였다. 결 론: 신생아 간질환에서 담도 폐쇄증 환자들은 모두 일정한 양상을 보여주어 이에 대한 분석을 통하여 담도 폐쇄증의 조기 감별 진단을 할 수 있을것을 시사하였다. 또한 담도 폐쇄증에서 특이 발현을 보이는 유전자의 추가적인 기능 연구를 시행함으로써 담도 폐쇄증의 원인을 규명하는데 도움을 줄 수 있을 것으로 생각한다.

• 대한소아신장학회:학술대회논문집
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• 대한소아신장학회 2006년도 제13차 추계학술대회 및 정기총회 초록집
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• pp.6-6
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• 2006

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권2호
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• pp.513-517
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• 2015

Background: Growing evidence suggests that the members of the ubiquitin-proteasome system (UPS) are important for tumorigenesis. HERC4, one component, is a recently identified ubiqutin ligase. However, the expression level and function role of HERC4 in lung cancer remain unknown. Our objective was to investigate any correlation between HERC4 and development of lung cancer and its clinical significance. Materials and Methods: To determine HERC4 expression in lung cancer, an immunohistochemistry analysis of a tissue microarray containing samples of 10 lung normal tissues, 15 pulmonary neuroendocrine carcinomas, 45 squamous epithelial cancers and 50 adenocarcinomas was conducted. Receiver operating characteristic (ROC) curve analysis was applied to obtain a cut-off point of 52.5%, above which the expression of HERC4 was regarded as "positive". Results: On the basis of ROC curve analysis, positive expression of HERC4 was detected in 0/10 (0.0%) of lung normal tissues, in 4/15 (26.7%) of pulmonary neuroendocrine carcinomas, in 13/45 (28.9%) of squamous epithelial cancers and in 19/50 (38.0%) of adenocarcinomas. It showed that lung tumors expressed more HERC4 protein than adjacent normal tissues (${\chi}^2$=4.675, p=0.031). Furthermore, HERC4 positive expression had positive correlation with pT status (${\chi}^2$=44.894, p=0.000), pN status (${\chi}^2$=43.628, p=0.000), histological grade (${\chi}^2$=7.083, p=0.029) and clinical stage (${\chi}^2$=72.484, p=0.000), but not age (${\chi}^2$=0.910, p=0.340). Conclusions: Our analysis suggested that HERC4 is likely to be a diagnostic biomarker for lung cancer.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권4호
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• pp.1675-1679
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• 2014

Objectives: MicroRNAs (miRNAs) are important regulators of many physiological and pathological processes, including tumorigenesis and metastasis. In this study, we sought to determine the underlying molecular mechanisms of metastatic cervical carcinoma by performing miRNA profiling. Methods: Tissue samples were collected from ten cervical squamous cancer patients who underwent hysterectomy and pelvic lymph node (PLN) dissection in our hospital, including four PLN-positive (metastatic) cases and six PLN-negative (non-metastatic) cases. A miRNA microarray platform with 1223 probes was used to determine the miRNA expression profiles of these two tissue types and case groups. MiRNAs having at least 4-fold differential expression between PLN-positive and PLN-negative cervical cancer tissues were bioinformatically analyzed for target gene prediction. MiRNAs with tumor-associated target genes were validated by quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). Results: Thirty-nine miRNAs were differentially expressed (>4-fold) between the PLN-positive and PLN-negative groups, of which, 22 were up-regulated and 17 were down-regulated. Sixty-nine percent of the miRNAs (27/39) had tumor-associated target genes, and the expression levels of six of those (miR-126, miR-96, miR-144, miR-657, miR-490-5p, and miR-323-3p) were confirmed by quantitative (q)RT-PCR. Conclusions: Six MiRNAs with predicted tumor-associated target genes encoding proteins that are known to be involved in cell adhesion, cytoskeletal remodeling, cell proliferation, cell migration, and apoptosis were identified. These findings suggest that a panel of miRNAs may regulate multiple and various steps of the metastasis cascade by targeting metastasis-associated genes. Since these six miRNAs are predicted to target tumor-associated genes, it is likely that they contribute to the metastatic potential of cervical cancer and may aid in prognosis or molecular therapy.

• Radiation Oncology Journal
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• 제26권1호
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• pp.45-55
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• 2008

목적: 45세 이하의 유방암 환자의 종양조직의 파라핀 블록을 조직미세배열법(Tissue Microarray, TMA)으로 만들어 에스트로겐 수용체(ER), 프로게스테론 수용체(PR), HER-2, COX-2 및 Survivin 등 5가지의 생체표지자의 발현상태와 상호관계, 환자의 치료 후 추적관찰 상태와 관련성을 분석하여 예후인자로서의 의의를 연구하는 데 있다. 대상 및 방법: 1994년 3월부터 2005년 8월까지 수술을 시행한 45세 이하의 유방암 환자 중에서 TMA 분석이 가능한 212명의 환자를 대상으로 하였다. 환자의 나이는 23세부터 45세까지로 중앙 나이가 39세이었으며 최소 추적관찰기간은 24개월, 중앙 추적 관찰기간은 60개월이었다. 45세 이하의 환자를 선택한 후 수술 조직표본을 찾아 HE 염색된 슬라이드를 통해 암 부위를 표시한 후 TMA 장비를 통해 미세조직배열을 만들었다. 그리고 다섯 가지 생체표지자에 대한 면역조직화학 염색을 시행하였으며 병리전문의가 판독하였다. 그리고 이 결과와 환자들의 연령, 병기, 림프절 전이, 수술방법, 다양한 약물요법과 가족력 등 여러 가지 인자와 환자의 추적 관찰 결과를 입력하여 예후인자들을 분석하였다. 결과: T 병기에 따른 환자 분포는 T1이 90명, T2가 101명으로 다수를 차지하였고 105명(49.5%)에서 액와 림프절의 전이가 있었다. 모든 환자의 5년 무병 생존율과 5년 생존율은 각각 82.3%, 90.4%이었으며 36명의 환자가 국소 재발이나 원격전이가 추적 관찰기간에 발생하였고 20명은 암과 관련하여 사망하였다. ER, PR, HER-2, COX-2, 그리고 survivin의 양성 발현비율은 각각 38.2%, 45.3%, 25.9%, 41.5%와 43.4%이었으며 종양의 크기, 나이, 림프절 전이의 여부, 호르몬 수용체의 상태, 그리고 HER-2의 상태가 무병 생존기간에 대한 단변량 분석상 중요한 예후인자 이었으며 생존율에 미치는 영향은 종양의 크기, 림프절의 전이, 호르몬 수용체, 그리고 HER-2의 발현이었다. COX-2나 survivin은 예후인자로서의 역할을 찾을 수 없었으나 HER-2와 COX-2가 동시에 발현되는 경우에 예후가 나쁜 경향을 관찰할 수 있었다. 다변량 분석상 오직 T-병기와 림프절의 전이 여부만이 중요한 예후 인자이었고 ER은 경계의 의미가 있었다. 결론: 45세 이하의 여성 유방암 환자에서 호르몬 수용체 상태와 HER-2는 예후인자이었고 COX-2와 survivin은 예후인자로서의 역할을 찾을 수 없었다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제5권3호
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• pp.200-205
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• 2005

목적: Zinc finger를 가진 KLF4는 위장관 상피세포의 항상성 유지에 중요한 역할을 하는 종양억제유전자이다. 연구자들은 KLF4 단백의 발현 변화가 위암의 발생에 관여하는지를 파악하고 위암의 병리 지표들과 연관성이 있는지를 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 84예의 파라핀 포매된 위암조직에서 암세포들을 각각 3군데에서 펀치하여 새로운 파라핀 블록으로 옮겨 위암의 tissue microarray를 제작하였다. Tissue microarray 절편에서 KLF4 단백에 대한 항체로 면역화학염색을 실시한 후 발현 양상을 병리 지표들인 조직학적 소견, 침습 정도, 림프절 전이 및 복막파종 등과의 연관성을 조사하였다. 결과: KLF4 단백은 위점막의 표면과 소와 상피세포의 세포질과 핵에서 주로 발현되고 있었고 조사된 위암 84예 중 43예(51.2%)에서 발현이 현저히 저하되어 있거나 소실되어 있었다. 이러한 KLF4 단백의 발현 소실은 조직학적 소견, 침습 정도, 림프절 전이 및 복막파종과는 통계적으로 연관성이 없었다. 결론: 이러한 연구 결과는 KLF4 단백의 발현 소실이 위장관 상피세포의 비정상적인 성장과 분화를 유도하고 위암의 발생 초기에 관여한다는 것을 의미한다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제34권1호
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• pp.205-221
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• 2004

Periodontal ligament(PDL) cells have been known as playing an important roles in periodontal regeneration and gingival fibroblasts are also important to periodontal regeneration by forming connective tissue attachment. There were rare studies about the gene expression patterns of PDL cells and gingival fibroblasts, therefore in this study, we tried cDNA microarray-based gene expression monitoring to explain the functional differences of PDL cells and gingival fibroblasts in vivo and to confirm the characteristics of PDL cells. Total RNA were extracted from PDL cells and gingival fibroblasts of same person and same passages, and mRNA were isolated from the total RNA using Oligotex mRNA midi kit(Qiagen) and then fluorescent cDNA probe were prepared. And microarray hybridization were performed. The gene expression patterns of PDL cells and gingival fibroblasts were quite different. About 400 genes were expressed more highly in the PDL cells than gingival fibroblasts and about 300 genes were more highly expressed in the gingival fibroblasts than PDL cells. Compared growth factor- and growth factor receptor-related gene expression patterns of PDL cells with gingival fibroblasts, IGF-2, IGF-2 associated protein, nerve growth factor, placental bone morphogenic protein, neuron-specific growth- associated protein, FGF receptor, EGF receptor-related gene and PDGF receptor were more highly expressed in the PDL cells than gingival fibroblasts. The results of collagen gene expression patterns showed that collagen type I, type III, type VI and type VII were more highly expressed in the PDL cells than gingival fibroblasts, and in the gingival fibroblasts collagen type V, XII were more highly expressed than PDL cells. The results of osteoblast-related gene expression patterns showed that osteoblast specific cysteine-rich protein were more highly expressed in the PDL cells than gingival fibroblasts. The results of cytoskeletal proteins gene expression patterns showed that a-smooth muscle actin, actin binding protein, smooth muscle myosin heavy chain homolog and myosin light chain were more highly expressed in the PDL cells than gingival fibrobalsts, and ${\beta}-actin$, actin-capping protein(${\beta}$ subunit), actin- related protein Arp3(ARP) and myosin class I(myh-1c) were more highly expressed in the gingival fibroblasts than PDL cells. Osteoprotegerin/osteoclastogenesis inhibitory factor(OPG/OCIF) was more highly expressed in the PDL cells than gingival fibroblasts. According to the results of this study, PDL cells and gingival fibroblasts were quite different gene expression patterns though they are the fibroblast which have similar shape. Therefore PDL cells & gingival fibroblasts are heterogeneous populations which represent distinct characteristics. If more studies about genes that were differently expressed in each PDL cells & gingival fibroblasts would be performed in the future, it would be expected that the characteristics of PDL cells would be more clear.