• 미생물학회지
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• 제45권1호
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• pp.26-31
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• 2009

우리나라의 전통 발효 식품인 젓갈로부터 배양 분리법과 분자생물학적 분석법을 이용하여 원핵 세균 군집을 분석하고, 신규 미생물 분리를 목표로 하였다. 젓갈은 생산 지역과 주재료를 고려하여 17 종을 선정하였으며, 이들 젓갈 시료를 적정 희석배수로 희석하여 12종류의 미생물 선택배지에 도말, 배양한 후 나타난 집락(colony)을 형태학적 특성에 따라 무작위로 308개를 선정하여 분리하였다. 순수 분리된 미생물은 PCR 방법을 이용하여 16S rRNA 유전자의 염기서열을 분석한 후, 기존에 보고된 미생물 database와 비교함으로서 17종의 젓갈 내 미생물 군집을 확인하였다. 젓갈의 발효 및 숙성 과정에 관여하는 lactic acid bacteria (Leuconostoc 속, Weisella 속, Lactococcus 속, Lactobacillus 속, Carnobacterium 속, Marinilactibacillus 속, Tetragenococcus 속)와 Bacillus 속, Pseudomonas 속, Micrococcus 속, Brevibacterium 속, Microbacterium 속과 Kocuria 속이 17가지 젓갈에서 광범위하게 분리되었으며, Salinicoccus 속, Halomonas 속, Cobetia 속, Lentibacillus 속, Paracoccus 속, Psychrobacter 속이 소수 분리되었다. 또한 분리된 미생물의 계통학적 분석을 통하여 기존에 보고된 적이 없는 신규 미생물 14종을 분리하였다.

• 생명과학회지
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• 제18권12호
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• pp.1671-1678
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• 2008

본 연구에서는 탁수 발생이 식물플랑크톤 군집에 어떠한 변화를 미치는가에 대해 이해하는 연구의 일환으로 임하호의 네 지점(중평리, 댐축, 도수로, 지례리)에서 9회에 걸쳐 시료 채취 및 조사를 한 결과는 다음과 같다. 임하호의 수질의 경우 탁도와 $SiO_2$-Si의 농도는 그 수치가 비례하여 탁도가 높으면 $SiO_2$-Si의 농도도 증가하고 수심이 깊어질수록 탁도와 $SiO_2$-Si의 농도가 증가하는 것을 알 수 있다. Chl-a는 수심이 깊어질수록 농도가 낮아지고 있어 수심에 따라 수질의 상태가 변하는 것으로 조사되었다. 임하호에서 출현한 식물플랑크톤은 모두 70종류였고, 녹조강이 32종류(46%) 남조강과 규조강이 12종류(17%), 유글레나강이 6종류(9%), 시누라조강이 4종류(6%), 은편모조강이 3종류(4%), 그리고 와편모조강이 1종류(1%)로 구성되었다. 탁수와 조류의 상관관계에서 식물플랑크톤의 현존량이 매우 높게 나타난 것은 탁수와 함께 유입된 영양물질등이 식물플랑크톤의 증가에 영향을 준 것으로 판단된다. 즉, 탁수와 TN 및 $SiO_2$-Si 등과 높은 상관관계가 나타난 것은 TN과 $SiO_2$-Si가 탁수와 함께 임하댐 내로 유입된 것으로 짐작할 수 있다. 질소의 경우 토양 미립자에 단단하게 부착하지 않고 느슨하게 결합되어 있기 때문에 적은 강우라도 쉽게 유출된다. 그리고 $SiO_2$-Si는 탁수의 성분으로 고려해 볼 때 TN과 $SiO_2$-Si는 탁수와 함께 임하댐내로 유입되었음을 알 수 있다. 따라서 탁수 유입 후 그리고 탁수 소멸 이후에는 오히려 식물플랑크톤 현존량이 더욱 증가된 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제24권4호
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• pp.393-402
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• 2014

천연염색폐수시설 폐수의 세균 군집분석을 위해 배양 가능한 세균을 분리하는 방법과 비배양 방법인 denaturing gradient gel electrophoresis 방법을 이용하였다. 3개의 폐수 공정단계로부터 분리된 104개(폐수유입수, 48균주; 접촉포기조, 25균주; 침전조, 31균주) 균주들의 16S rRNA 유전자의 염기서열을 분석하였다. 104개의 분리균들은 Proteobacteria 문이 가장 많은 비율을 차지 하였으며, Actinobacteria, Firmicutes 와 Bacteriodetes 등 4개 문에 속했다. DGGE profile중 각 시료의 우점 군집을 대표하는17개의 band를 선택하여 부분 염기서열 분석 결과 분리균과 동일한 4개의 문에 속했다. 배양기법을 이용한 결과와 배양하지 않고 분석하는 방법인 DGGE결과 모두 Proteobacteria 문이 우점하였으며 Alphaproteabacteria강이 높은 비율을 차지하였다. 천연염색 폐수처리시설의 세균 군집들은 인간을 비롯한 동식물의 기생균, 다당류와 난분해성 화합물을 분해하는 세균 그리고 세포외 다당을 형성하는 세균들이 우점하고 있음을 알 수 있었다.

• Mycobiology
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• 제45권3호
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• pp.160-171
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• 2017

Larvae of Bradysia agrestis, an insect vector that transports plant pathogens, were sampled from geographically isolated regions in Korea to identify their cutaneous fungal and bacterial flora. Sampled areas were chosen within the distribution range of B. agrestis; each site was more than 91 km apart to ensure geographical segregation. We isolated 76 microbial (fungi and bacteria) strains (site 1, 29; site 2, 29; site 3, 18 strains) that were identified on the basis of morphological differences. Species identification was molecularly confirmed by determination of universal fungal internal transcribed spacer and bacterial 16S rRNA gene sequences in comparison to sequences in the EzTaxon database and the NCBI GenBank database, and their phylogenetic relationships were determined. The fungal isolates belonged to 2 phyla, 5 classes, and 7 genera; bacterial species belonged to 23 genera and 32 species. Microbial diversity differed significantly among the geographical groups with respect to Margalef's richness (3.9, 3.6, and 4.5), Menhinick's index (2.65, 2.46, and 3.30), Simpson's index (0.06, 0.12, and 0.01), and Shannon's index (2.50, 2.17, and 2.58). Although the microbial genera distribution or diversity values clearly varied among geographical groups, common genera were identified in all groups, including the fungal genus Cladosporium, and the bacterial genera Bacillus and Rhodococcus. According to classic principles of co-evolutionary relationship, these genera might have a closer association with their host insect vector B. agrestis than other genera identified. Some cutaneous bacterial genera (e.g., Pseudomonas) displaying weak interdependency with insect vectors may be hazardous to agricultural environments via mechanical transmission via B. agrestis. This study provides comprehensive information regarding the cutaneous microflora of B. agrestis, which can help in the control of such pests for crop management.

• 한국자원식물학회지
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• 제27권4호
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• pp.326-332
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• 2014

전남 완도군, 경남 양산시에서 한반도 미기록 귀화식물 2분류군을 발견하였다. 댕돌보리로 명명된 Lolium rigidum Gaudin(화본과)는 전남 완도군 보길면 예송리해변과 신지면 명사십리 해변 부근에서 확인되었다. 근연 분류군인 쥐보리(L. mutiflorum Lam)와 비교하여 소수의 길이가 10~20 mm로 짧고, 소화는 2-10(-13)개로 적으며, 호영의 끝부분이 둔하고 까락이 없거나 3-8(-10) mm의 짧은 까락이 있는 특징으로 구별된다. 또한 애기분홍낮달맞이꽃으로 명명된 Oenothera rosea L'H$\acute{e}$r. ex Aiton(바늘꽃과)는 경남 양산시 원동면 원동배후습지 부근에서 확인되었다. 본 분류군은 비스듬히 자라거나 직립하며, 꽃잎은 길이 5~12 mm, 분홍색부터 연한 보라색으로 달맞이꽃속 다른 분류군들과 구분된다. 주요형질에 대한 두 분류군의 기재 및 해부도와 서식지 식물사진 및 호밀풀속과 달맞이꽃속의 식물에 대한 검색표를 제시하였다.

• 식물분류학회지
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• 제45권4호
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• pp.362-368
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• 2015

꼬리고사리속의 두 개의 신교잡종과 한 개의 미기록교잡종이 발견되었다. 이들 종들의 형태적 형질에 있어 부모종들의 중간형태를 보였다. 거미사철고사리($A.{\times}uiryeongse$)는 서울 북한산 우이령길에서 발견되었고 거미고사리와 사철고사리의 교잡에 의해 분화되었다. 다른 교잡종, 산꼬리고사리($A.{\times}montanus$)는 경기도 연천군, 성산에서 발견되었고, 거미고사리와 차꼬리고사리가 교잡에 의해 만들어지고 다시 꼬리고사리와의 중복교잡에 의해 형성되었다. 아울러 미기록 교잡종인 거미돌담고사리($A.{\times}kitazawae$)는 대구 도동에서 발견되었고, 거미고사리와 돌담고사리의 교잡에 의해 형성되었다. 이들 교잡종들은 부모종들과 같은 장소에서 자란다. 각 분류군의 형질을 분석해 교잡종임을 입증해 보였으며, 이들에 대한 기재, 도해 및 자생지의 서식 사진을 수록하였다.

• 한국환경생태학회지
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• 제25권3호
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• pp.267-283
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• 2011

내장산국립공원지역에서 확인된 환경부 지정 멸종위기종은 진노랑상사화, 노랑붓꽃, 대흥란 및 백운란 4분류군이었으며, 식물구계학적 특정식물종은 총 159분류군으로 I 등급에 해당하는 분류군은 옥녀꽃대, 가는갈퀴나물 및 말오줌때등으로 91분류군, II 등급에 해당하는 분류군은 참개별꽃, 퍼진고사리 및 토끼고사리 등으로 17분류군, III 등급에 해당하는 분류군은 고려엉겅퀴, 어리병풍 및 솜분취 등으로 32분류군, IV 등급에 꼬리말발도리, 갈사초 및 측백나무 등으로 9분류군, V 등급에 백양더부살이, 진노랑상사화 및 백양꽃 등으로 10분류군이 확인되었다. 한국고유생물종은 애기닥나무, 참개별꽃 및 가는장구채 등으로 총 40분류군이 확인되었다. 굴거리나무림(제 91호)와 비자나무림(제 153호)이 천연기념물로 지정되어 보호되고 있다. 귀화식물은 닭의덩굴, 털여뀌 및 소리쟁이 등으로 30분류군이 확인되었고, 생태계교란야생식물은 나타나지 않았다.

• 생명과학회지
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• 제25권3호
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• pp.323-328
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• 2015

본 연구에서는 울릉도 성인봉지역의 근권 토양시료로부터 세균군집의 다양성을 조사하였다. 파이로시퀀싱에 의한 16S rRNA 유전자의 염기서열 분석결과 총 1,613개 OTUs를 확인했다. 세균 군집 조사결과 문 수준에서 Proteobacteria문이 42.29%, Acidobacteria문이 26.30%, 그리고 Actinobacteria문이 6.89%로 전체세균의 81.47%를 차지하였다. 강 수준에서는 α-proteobacteria강이 36.07%로 우점하고 있었으며, Acidobacteria_c강이 10.65% 차 우점하였다. 과 수준에서는 Bradyrhizobiaceae과가 22.83%로 우점하고 있었으며, Acidobacteriaceae과가 10.62%으로차 우점하고 있었다. 울릉도와 독도는 환경적으로 유사하지만 울릉도에서의 식물상이 보다 다양하고 개체수가 훨씬 많기 때문에 우점하고 있는 세균의 비율은 높은 차이를 보였지만 비우점 세균들이 차지하는 비율은 다양하게 나타났다. 울릉도와 독도의 세균군집의 다양성 차이는 환경요인에 의한 영향보다 지리적인 위치와 더 관련이 있으며 또한 식생의 유형에 따라 세균 군집의 다양성 영향을 미치는 것으로 보인다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권2호
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• pp.321-334
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• 2017

Process surveillance within agricultural biogas plants (BGPs) was concurrently studied by high-throughput 16S rRNA gene amplicon sequencing and an optimized quantitative microscopic fingerprinting (QMF) technique. In contrast to 16S rRNA gene amplicons, digitalized microscopy is a rapid and cost-effective method that facilitates enumeration and morphological differentiation of the most significant groups of methanogens regarding their shape and characteristic autofluorescent factor 420. Moreover, the fluorescence signal mirrors cell vitality. In this study, four different BGPs were investigated. The results indicated stable process performance in the mesophilic BGPs and in the thermophilic reactor. Bacterial subcommunity characterization revealed significant differences between the four BGPs. Most remarkably, the genera Defluviitoga and Halocella dominated the thermophilic bacterial subcommunity, whereas members of another taxon, Syntrophaceticus, were found to be abundant in the mesophilic BGP. The domain Archaea was dominated by the genus Methanoculleus in all four BGPs, followed by Methanosaeta in BGP1 and BGP3. In contrast, Methanothermobacter members were highly abundant in the thermophilic BGP4. Furthermore, a high consistency between the sequencing approach and the QMF method was shown, especially for the thermophilic BGP. The differences elucidated that using this biphasic approach for mesophilic BGPs provided novel insights regarding disaggregated single cells of Methanosarcina and Methanosaeta species. Both dominated the archaeal subcommunity and replaced coccoid Methanoculleus members belonging to the same group of Methanomicrobiales that have been frequently observed in similar BGPs. This work demonstrates that combining QMF and 16S rRNA gene amplicon sequencing is a complementary strategy to describe archaeal community structures within biogas processes.

• 한국수산과학회지
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• 제31권5호
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• pp.749-759
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• 1998

1996년 11월 동해에 형성된 전선역에서 동물플랑크톤의 분포를 살펴본 바, 그 양은 한수역보다는 작지만 난수역 보다는 큰 것으로 나타났고, 종 조성은 매우 풍부한 것으로 나타났다. 전선역의 동물플랑크톤 군집은 양적으로는 한류수의 영향을, 종류는 난류수의 영향을 받는 것으로 나타났다. 난수역과 한수역에서는 각 해역의 서로 다른 두 정점간에 채집 시간이 낮과 밤으로 차이가 있음에도 출현하는 동물플랑크톤의 종 조성과 분포 양상이 비슷하였지만, 전선역 두 정점에서는 하루중 비슷한 시간대에 채집되었음에도 종 조성과 분포 양상에 차이가 있었다. 이는, 전선역의 수괴 혼합 진행 정도를 반영하는 지리적 차이가 동물플랑크톤의 종 조성과 분포에 영향을 주고 있음을 의미한다. 한수역의 대표적인 요각류 Metri-dia pacinca 만이 주목할 만한 일주수직이동 양상을 보였으며, 이 종의 분포가 전체 동물플랑크톤의 분포 양상을 크게 좌우하였다. 그밖의 대부분 종들은 일주 수직이동이 매우 미약하였다. 수온이 동물플랑크톤의 분포에 큰 영향을 미치는 것으로 나타났다. 수온과 주요 우점 동물플랑크톤 분포량의 상관 관계는 난수역에서는 대체로 양의 상관관계를, 한수역에서는 매우 약한 음의 상관관계를, 그리고 전선역에서는 대부분 통계적 유의성이 없는 결과를 보였다.