• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권7호
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• pp.910-913
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• 2004

Insulin-like growth factor binding protein-3 (IGFBP-3) gene is a structural gene associated with the growth and development of the animals. The present investigation was carried out to unravel nucleotide sequence and polymerase chain reactionrestriction fragment polymorphism (PCR-RFLP) of IGFBP-3 gene in buffalo. Genomic DNA was isolated from a total of 157 animals belonging to Murrah, Surti, Jaffarabadi and Nagpuri breeds of Indian riverine buffalo. A 655 bp of IGFBP-3 gene was amplified in all the breeds and amplicons were digested with Hae III, Taq I and Msp I restriction enzymes. On digestion with Hae III yielded single restriction pattern of 8 fragments of sizes 201, 165, 154, 56, 36, 19, 16 and 8 bp in all the animals studied. Similarly Taq I and Msp I also revealed single restriction pattern yielding fragments of sizes 240 and 415 bp and 145 and 510 bp, respectively. This shows nonpolymorphic nature of restriction sites in buffalo. Nucleotide sequencing of 587 bp of IGFBP-3 gene in Murrah buffalo was done and submitted to the GenBank (Accession No. AY304829). Nucleotide sequencing revealed an addition of 4 bases in the intronic region as compared to cattle.

• Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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• 제19권1호
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• pp.19-27
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• 2008

Objectives : The aim of this study was to examine the association of attention-deficit hyperactivity disorder (ADHD) in Korean populations with functional polymorphisms of six genes dopamine receptors (Ser311/Cys311 polymorphism, Taq1 A polymorphism, and Taq1 B polymorphism in DRD2, BalI polymorphism in DRD3, and promoter -521 C/T polymorphism and exon III 48 bp repeat polymorphism in DRD4) and one gene in dopamine transporter (DAT1). Methods : Participants were 58 children with ADHD and 110 control children. The genotypes were determined by PCR. Results : There was a statistically significant difference in genotype frequency of -521 C/T polymorphism within the promoter region of the DRD4 between two groups. Furthermore, in the male group, both genotype and allele frequencies showed statistically significant differences. Conclusion : Findings of the study indicate that -521 C/T polymorphism in promoter region of DRD4 appears to be a possible candidate gene for ADHD in Korean population.

• The Plant Pathology Journal
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• 제35권4호
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• pp.389-392
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• 2019

The studies on detection of the Strawberry mottle virus (SMoV) have been conducted in Poland for breeding programme purpose and for producers of strawberry plant material. Leaf samples collected from infected strawberry plants were grafted on Fragaria sp. Indicators which were maintained in greenhouse for further study. Seven Fragaria vesca var. semperflorens 'Alpine' indicators infected by SMoV were used for the study aimed on molecular characterization of virus isolates. Partial RNA2 was amplified from total nucleic acids using the RT-PCR method. The obtained amplicons separately digested with BfaI, FauI, HaeIII, HincI, and TaqI enzymes showed different restriction profiles. The nucleotide sequences analysis of RNA2 fragment confirmed the genetic diversity of the SMoV isolates as their similarity ranged from 94.7 to 100%. Polish isolates shared 75.7-99.2% identity with sequence of the virus strains from the Czech Republic, the Netherlands, and Canada. Phylogenetic analysis resulted in grouping of the isolates found in Poland together with one of the Czech strain whereas two other from the Czech and the strains from the Netherlands and Canada created the separate cluster.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권5호
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• pp.2019-2026
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• 2015

Much interest has been drawn to possible associations between vitamin D receptor (VDR) gene polymorphisms and colorectal cancer risk in conjunction with potentially protective effects of calcium and vitamin D. In a study of 685 cases of colorectal cancer and 778 community controls in Japan, we examined the associations of the FokI, BsmI, ApaI, and TaqI polymorphisms with colorectal cancer risk and effect modification by dietary calcium and vitamin D. Genotypes were determined by the PCR-RFLP method. The ApaI polymorphism seemed to be associated with a decreased risk of colorectal cancer, particularly of rectal cancer. The adjusted odds ratio of colorectal cancer for the ApaI AA and Aa genotypes combined versus the aa genotype was 0.83 (95% confidence interval [CI] 0.67-1.02), and the corresponding value for rectal cancer was 0.75 (95%CI 0.56-0.99). A decreased risk of colorectal cancer for the ApaI AA and Aa genotypes combined was more evident in individuals with high calcium intake (interaction p=0.055). The FokI polymorphism seemed to be associated with a decreased risk of colon cancer among those with high vitamin D intake (interaction p=0.09). The BsmI and TaqI polymorphisms were unrelated to colorectal cancer risk, and the null associations were not modified by calcium or vitamin D intake. In conclusion, the ApaI polymorphism may be associated with a decreased risk of colorectal cancer in Japanese, dependent on dietary calcium intake.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제40권1호
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• pp.25-31
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• 2002

We describe a riboprinting scheme for identification of unknown Acanthamoeba isolates at the species level. It involved the use of PCR-RFLP of small subunit ribosomal RNA gene (riboprint) of 24 reference strains by 4 kinds of restriction enzymes. Seven strains in morphological group I and III were identified at species level with their unique sizes of PCR product and riboprint type by Rsa 1. Unique RFCP of 17 strains in group II by Dde I. Taq I and Hae III were classified into: (1) four taxa that were identifiable at the species level. (2) a subgroup of 4 taxa and a pair of 2 taxi that were identical with each other. and (3) a species complex of 7 taxa assigned to A. castellanii complex that were closely related. These results were consistent with those obtained by 18s rDNA sequence analysis. This approach provides an alternative to the rDNA sequencing for rapid identification of a new clinical isolate or a large number of environmental isolates of Acanthamoeba.

• 식물병연구
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• 제10권3호
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• pp.194-197
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• 2004

풋고추 수경재배에서 tobamovirus 병의 발병률은 생육 후기 단계에서 100%였다 바이러스 종류별 감염 빈도는 PMMOY 34%, TMGMY 41.5% 및 이들 2종의 바이러스 복합감염이 24.5%로 나타났다. 다클론 항체로 제작된 DAS-ELISA에서 각각의 항체에 대하여 특이적인 반응을 보였다. 수경재배하는 풋고추에서 77개의 tobamovirus를 순수분리하여 tobamovirus의 pathotype을 구분한 결과, $P_{0}$은 61% 및 $P_{1,2}$는 39% 빈도로 분리되었다. 모든 TMGMV 분리주는 pathotype $P_{0}$에 속하였다. PMMOY에서 구분된 pathotype $P_{0}$ 및 $P_{1,2}$의 외피단백질유전자에 상응하는 cDNA를 합성하여 제한효소에 대한 분석을 실시한 결과, $P_{1,2}$는 TaqI 위치가 두 곳에 존재하였으나 $P_{0}$은 단지 한 곳에만 존재하였다.존재하였다.

• 한국축산식품학회지
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• 제28권3호
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• pp.276-282
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• 2008

우리나라는 전 세계 녹용의 약 80% 이상을 소비하고 있는 양록 대국이나 최근 국내 녹용시장에서의 녹용 둔갑판매 및 불법유통 현상이 문제점으로 대두되고 있다. 따라서 본 연구는 녹용의 종 감별 기술을 개발하고자 현재 국내에서 유통되고 있는 러시아산 원용, 북미산 대록, 국산화용, 중국산 깔깔이 및 알래스카산 순록 등 5종의 대표적인 녹용들을 대상으로 종간 염기서열 변이성이 매우 높은 유전자로 알려져 있는 mt DNA내 cytochrome b 및 D-loop 유전자 영역의 염기서열 분석 및 종간 변이성 비교분석을 수행하였다. 각 녹용시료에서 mt DNA를 분리하고 cytochrome b와 D-loop유전자의 특정 영역을 포함하는 primer를 설계 합성하고 PCR로 증폭한 후 DNA 증폭산물의 염기서열을 분석하여 종간 유전정보의 동일성 여부를 비교한 결과 녹용 종간에 명확한 차이를 보이는 염기서열 부위가 검출되었고 이러한 종간 염기배열 차이에 근거하여 녹용의 종 감별이 가능하였다. 또한, mt DNA cytochrome b유전자에서 종간 특이적 염기서열을 인지하는 두 종류의 제한효소(NlaIV 및 TaqI)을 이용한 PCR-RFLP 기법으로 녹용으로 인정되지 않는 순록의 종 특이적 RFLP 분자표지를 검출하였고 이를 이용하여 녹용과 순록간의 종 판별이 가능하였다. 한편, D-loop 유전자의 특정 영역 염기서열 분석기법을 이용하여 시중에서 러시아산 원용으로 유통되고 있는 녹용 절편 32개를 무작위표본 추출하여 녹용의 종 감별을 조사한 결과 러시아산 원용으로 인정되는 것은 62.5%에 불과하였고 나머지는 중국산 마록(25.0%)과 엘크 및 순록의 아종으로 추정되는 시료도 일부 검출되었다. 따라서 본 연구를 통해 사슴 녹용 mt DNA 유전자의 염기서열 유전정보 변이 차이를 이용한 염기서열 분석법과 특정 제한효소(NlaIV 및 TaqI)를 이용한 PCR-RFLP 기법은 녹용의 과학적인 종 감별과 이를 바탕으로 녹용 원산지의 추정도 가능할 것으로 기대된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권10호
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• pp.1368-1374
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• 2005

To investigate the genetic relationships among various cattle breeds, bovine mtDNA D-loop region was used in 411 animals of 18 cattle breeds, including 8 Asian Bos taurus, 7 European Bos taurus, 1 Asian Bos indicus, and 2 African Bos indicus. The size of amplified PCR products from mtDNA D-loop region was 964 bp and the products were digested by 15 different restriction enzymes. Two different band patterns were identified in eight restriction enzymes (BstXI, Hae III, Msp I, Apa I, Taq I, Alu I, BamH I, EcoN I) and the rest of restriction enzymes showed more than 3 different band patterns among which Apo I and MspR9 resulted in 7 different restriction patterns. The genotypes, number of haplotype, effective number of haplotype, and degree of heterozygosity were analyzed. Based on all the PCR-RFLP data, different haplotypes were constructed and analyzed for calculating genetic distances between these breeds using Nei's unbiased method and constructing a phylogenetic tree.

• 생물정신의학
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• 제13권3호
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• pp.178-190
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• 2006

목 적: 유전적 요인에 다른 금단 증상의 차이를 파악하는 것은 알코올 의존의 유전적 요인을 파악하는데 도움이 될 수 있으며, 유전적 요인에 따라 개인별 금단 증상을 예측할 수 있다. 본 연구의 목적은 유전자군의 다형성에 따른 금단 증상의 심각도 및 증상의 종류를 파악하는 것이며 이에 따른 치료적 접근을 다양하게 하는 것이다. 방 법: 대상군으로는 19세 이상 65세 이하의 남자 입원 환자 108명을 대상으로 하였고, 유전자 분포 비교를 위하여 76명의 대조군을 두었다. 금단 증상의 평가는 마지막 알코올 섭취로부터 48시간이 지난 시점에서 Clinical Institute Withdrawal Assessment for Alcohol(이하 CIWA-Ar) 척도를 사용하여 평가하였다. 도파민 수송체, 도파민 수용체(DRD2), Catechol-O-Methyltransferase(COMT) 유전자형을 분석하였다. 결 과: 나이, 교육 기간, 유전자 형에서 알코올 의존 군과 대조군 사이의 유의한 차이는 없었다. DRD2 Taq I : 동형 유전자형에서 환청 항목의 점수가, 이형 유전자형에서 CIWA-Ar 총점의 점수가 높았다. 환청 항목의 비교 위험도가 1.34이었다. DAT1 : DAT-9 대립유전자를 가지지 않은 유전자형 집단에서 발한, 불안, CIWA-Ar 총점 항목에서 높은 점수를 보였다. COMT : 유전자 빈도를 보면 이형 유전자형이 동형 유전자형에 비해 CIWA-Ar 총점의 점수가 높았다. 결 론: DRD2, DAT1, COMT 유전자 다형성은 다양한 알코올 금단 증상과 관련이 있으며, 이는 각 유전자와 관련된 신경전달 물질과 연관되어 작용하는 것으로 생각된다. 또한 금단 증상의 심각도와도 밀접한 관련이 있는 것으로 생각되어 알코올 금단 증상을 보이는 환자의 치료에 중요한 역할을 할 것으로 생각된다.

• 한국축산식품학회지
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• 제22권4호
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• pp.301-309
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• 2002

본 연구는 AFLP-PCR 유전자 지문분석 기법을 이용하여 우리나라 고유의 동물유전자원으로서 재래흑염소의 품종 및 흑염소육 감별을 위한 품종 특이적 DNA marker를 개발하고자 수행하였다. 흑염소로부터 추출한 genomic DNA를 EcoR I/Hind III 및 Taq I/Hind III 2종류의 제한효소 조합으로 이중 절단한 후 10종류의 two selective primer조합형을 이용하여 분석한 결과 각 printer 조합형당 검출된 AFLP band의 수는 36~74개의 범위로 평균 55.5개였다. 그리고 검출된 총 555개의 band 가운데 polymorphic band의 수는 149 개로 다형성 수준은 약 26.8%로 추정되었다. 재래흑염소 품종 특이적인 AFLP marker를 탐색하고자 육용종 수입흑염소 및 4품종의 유용종 염소와 AFLP 지문양상을 비교 검토한 결과 M13/H13 primer 조합형에서 2.01과 1.26 kb의 2개 band 그리고 E35/H14 primer 조합형에서 1.65 kb의 1개 band가 재래흑염소의 품종 특이적 AFLP marker로 검출되었다. 그리고 E35/H14 primer 조합형에서 수입흑염소의 2.19, 2.03, 0.96 및 0.87 kb band, Saanen종의 2.13 kb band, Nubian종의 2.08 kb band는 각 해당 품종에만 특이적으로 출현하는 품종 특이적 band로 확인되었다. 또한, E35/H13 primer 조합형에서 재래흑염소를 특히, Saanen종과 식별이 가능한 4개의 DNA band가 확인되었다. 따라서, 본 연구에서 AFLP-PCR 기법을 이용하여 검출한 품종 특이적 DNA band들은 우리나라 재래흑염소, 수입흑염소 및 유용종 염소품종들간에 명확히 구별되어 재래종 흑염소 육과 육제품의 품종판별에 매우 유용한 DNA marker로 이용 가능할 것으로 기대된다.