A ligand-receptor docking program is an indispensible tool in modern pharmaceutical design. An accurate prediction of small molecular docking pose to a receptor is essential in drug design as well as molecular recognition. An effective docking program requires the ability to locate a correct binding pose in a surprisingly complex conformational space. However, there is an inherent difficulty to predict correct binding pose. The odds are more demanding than finding a needle in a haystack. This mainly comes from the flexibility of both ligand and receptor. Because the searching space to consider is so vast, receptor rigidity has been often applied in docking programs. Even nowadays the receptor may not be considered to be fully flexible although there have been some progress in search algorithm. Improving the efficiency of searching algorithm is still in great demand to explore other applications areas with inherently flexible ligand and/or receptor. In addition to classical search algorithms such as molecular dynamics, Monte Carlo, genetic algorithm and simulated annealing, rather recent algorithms such as tabu search, stochastic tunneling, particle swarm optimizations were also found to be effective. A good search algorithm would require a good balance between exploration and exploitation. It would be a good strategy to combine algorithms already developed. This composite algorithms can be more effective than an individual search algorithms.
At the present time, container transportation plays a key role in the international logistics and the efforts to increase the productivity of container logistics become essential for Korean trucking companies to survive in the domestic as well as global competition. This study suggests an approach for determining fleet size for container road transportation with dynamic demand. Usually the vehicles operated by the transportation trucking companies in Korea can be classified into three types depending on the ways how their expenses occur; company-owned truck, mandated truck which is owned by outsider who entrust the company with its operation, and rented vehicle (outsourcing). Annually the trucking companies should decide how many company-owned and mandated trucks will be operated considering vehicle types and the transportation demands. With the forecasted monthly data for the volume of containers to be transported a year, a heuristic algorithm using tabu search is developed to determine the number of company-owned trucks, mandated trucks, and rented trucks in order to minimize the expected annual operating cost. The idea of the algorithm is based on both the aggregate production planning (APP) and the pickup-and-delivery problem (PDP). Finally the algorithm is tested for the problem how the trucking company determines the fleet size for transporting containers.
The model based method for energy saving of the separately excited DC motor drive system is proposed in the paper. The accurate power loss model is necessary for this method. Therefore, the adaptive tabu search algorithm is applied to identify the parameters in the power loss model. The field current values for minimum power losses at any load torques and speeds are calculated by the proposed method. The rule based controller is used to control the field current and speed of the motor. The experimental results confirm that the model based method can successfully provide the energy saving for separately excited DC motor drive. The maximum value of the energy saving is 48.61% compared with the conventional drive method.
Proceedings of the Korean Operations and Management Science Society Conference
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2006.05a
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pp.1609-1615
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2006
Overlay multicast technique is an effective way as an alternative to IP multicast. Traditional IP multicast is not widely deployed because of the complexity of IP multicast technology and lack of application. But overlay multicast can be easily deployed by effectively reducing complexity of network routers. Because overlay multicast resides on top of densely connected IP network, In case of multimedia streaming service over overlay multicast tree, real-time data is sensitive to end-to-end delay. Therefore, moderate algorithm's development to this network environment is very important. In this paper, we are interested in minimizing maximum end-to-end delay in overlay multicast tree. The problem is formulated as a degree-bounded minimum delay spanning tree, which is a problem well-known as NP-hard. We develop tabu search heuristic with intensification and diversification strategies. Robust experimental results show that is comparable to the optimal solution and applicable in real time
This paper addresses a fleet operation planning problem for a static freight container transportation system in which all the transportation requirements are predetermined at the beginning of a planning horizon. In the transportation system under consideration, a number of loaded containers are to be moved between container storage yards. An optimal fleet planning model is used to determine the minimum number of vehicles required. Based on the results from the optimal model, a tabu-search based algorithm is presented to perform a given transportation requirements with the least number of vehicles. The performance of the new procedure is evaluated through some experiments in comparison with two existing methods, and the it is found that our procedure produces good-quality solutions.
Proceedings of the Korean Society for Noise and Vibration Engineering Conference
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1995.10a
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pp.280-283
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1995
계층형 신경회로망은 학습능력이나 비선형사상능력을 가지고 있고, 그 특징을 이용하여 패턴인식이나 동정 및 제어 등에의 적용이 시도되어 성과를 올리고 있다. 현재, 그 학습법으로 널리 이용되고 있는 것이 역전파학습법으로 최급 강하법이나 공액경사법 등의 최적화 방법이 적용되고 있지만, 학습에 많은 시간이 걸리는 점, 국소적 최적해(local minima)에 해의 수렴이 이루어져 오차가 충분히 작게 되지 않는 점 등이 문제점으로 지적되고 있다. 본 논문에서는 Hu에 의해 고안된 random 탐색법과 조합된 random tabu 탐색법으로 최적결합계수를 구하는 학습알고리즘으로, 국소적 최적해에 수렴하는 것을 방지하고, 수렴정도를 개선하는 새로운 방법을 이용하여 회전기계의 이상진동진단에 적용가능성을 검토하고 오차역전파법에 의한 진단결과와 비교검토한다.
Kim, Yun-Young;Cho, Min-Cheol;Park, Je-Woong;Gotoh, Koji;Toyosada, Masahiro
Journal of Ocean Engineering and Technology
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v.17
no.6
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pp.38-46
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2003
Aim of this article is to propose Micro-Genetic Simulated Annealing (${\mu}GSA$) as a hybrid metaheuristics approach to find the global optimum of nonlinear optimisation problems. This approach combines the features of modern metaheuristics such as micro-genetic algorithm (${\mu}GAs$) and simulated annealing (SA) with the general robustness of parallel exploration and asymptotic convergence, respectively. Therefore, ${\mu}GSA$ approach can help in avoiding the premature convergence and can search for better global solution, because of its wide spread applicability, global perspective and inherent parallelism. For the superior performance of the ${\mu}GSA$, the five well-know benchmark test functions that were tested and compared with the two global optimisation approaches: scatter search (SS) and hybrid scatter genetic tabu (HSGT) approach. A practical application to structural sandwich panel is also examined by optimism the weight function. From the simulation results, it has been concluded that the proposed ${\mu}GSA$ approach is an effective optimisation tool for soloing continuous nonlinear global optimisation problems in suitable computational time frame.
Transactions of the Korean Society for Noise and Vibration Engineering
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v.12
no.8
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pp.598-608
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2002
This paper shows the optimal design methodology for the fluid engine mount by the artificial life algorithm. The design has been commonly modified by trial and error because there is many design parameters that can be varied in order to minimize transmissibility at the desired fundamental resonant and notch frequencies. The application of trial and error method to optimization of the fluid mount is a great work. Many combinations of parameters are possible to give us the desired resonant and notch frequencies, but the question is which combination Provides the lowest resonant peak and notch depth. In this study the enhanced artificial life algorithm is applied to get the desired fundamental resonant and notch frequencies of a fluid mount and to minimize transmissibility at these frequencies. The present hybrid algorithm is the synthesis of and artificial life algorithm with the random tabu (R-tabu) search method. The hybrid algorithm has some advantages, which is not only faster than the conventional artificial life algorithm, but also gives a more accurate solution. In addition, this algorithm can find all globa1 optimum solutions. The results show that the performance of the optimized mount compared with the original mount is improved significantly.
Proceedings of the Korean Society for Noise and Vibration Engineering Conference
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2006.05a
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pp.164-170
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2006
This paper proposes a RSM-based hybrid evolutionary algorithm (RHEA) which combines the merits of the popular programs such as genetic algorithm (GA), tabu search method, response surface methodology (RSM). This algorithm, for improving the convergent speed that is thought to be the demerit of genetic algorithm, uses response surface methodology and simplex method. The mutation of GA offers random variety to finding the optimum solution. In this study, however, systematic variety can be secured through the use of tabu list. Efficiency of this method has been proven by applying traditional test functions and comparing the results to GA. And it was also proved that the newly suggested algorithm is very effective to find the global optimum solution to minimize the weight for avoiding the resonance of fresh water tank that is placed in the rear of ship. According to the study, GA's convergent speed in initial stages is improved by using RSM method. An optimized solution is calculated without the evaluation of additional actual objective function. In a summary, it is concluded that RHEA is a very powerful global optimization algorithm from the view point of convergent speed and global search ability.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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