• Title/Summary/Keyword: Strain analysis

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팽이버섯(Flammulina velutipes)의 Genome-wide SNP (Single Nucleotide Polymorphism)에 의한 계통 분석 (Genome-wide Single Nucleotide Polymorphism-based Assay for Phylogenetic Relationship of the Flammulina velutipes)

  • 우성이;김은선;한재구;장갑열;신평균;오연이;오민지;조성환;이정희;김경수;공원식
    • 한국균학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.231-238
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    • 2015
  • 팽이버섯(Flammulina velutipes) 25품종의 유전체 재분석 데이터를 표준유전체(KACC42781)와 비교하여 genomewide single nucleotide polymorphism (SNP)를 선발하였다. 균주에 따른 mapping율의 차이는 균주간 변이를 반영하였으며, genome-wide SNP분포는 homozygous SNP, heterozygous SNP로 구분되었으며 모두 균주에 따른 변이가 크게 나타났다. 수집균주들 사이의 유연관계를 살펴보기 위해, 계통수를 그려본 결과, Group I은 F. velutipes var. 계통인 ASI 4062, 4148, 4195이 묶여지고, Group II는 ASI 4188 F. elastica, ASI 4190 F. fennae, ASI 4194 F. rossica의 다른 종이 별도의 그룹을 형성하였다. 그 외 F. velutipes 19개 계통은 같은 그룹으로 나타났으며 그 유전적 자리를 잘 반영하였다. 한편 백색 group과 갈색 group을 유연관계로 분석하고자 시도하였으나 색깔에 따른 group은 이루어지지 않았다. 한국 백색 품종인 ASI 4210, 4166, 4178과 일본 백색 품종인 ASI 4209, 4167을 분석한 결과 phylogenetic tree상에서 한국 백색 품종과 일본 백색 품종간의 유전적 상동성이 매우 높음을 확인할 수 있었다.

표고 톱밥재배용 균주의 육종과 재배특성에 관한 연구 (Studies on Breeding and Cultivation Characteristics of Lentinula edodes Strains for Sawdust Cultivation)

  • 유성열;박원철;구창덕;이봉훈
    • 한국균학회지
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    • 제37권1호
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    • pp.65-72
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    • 2009
  • 톱밥배지에 적합한 품종 구비 조건으로서 요구되는 신규성, 구별성, 균일성, 안정성에 대해 교잡균주제조에 따른 균사생장, 배양일수, 생산성, 온도형 등을 비교하여 톱밥배지에 적합한 균주육종을 시도하였다. 본 실험에서는 Di-mon교배법을 이용하여 이핵 균주 21개와 일핵 균주 2개 사이의 상호교배에서 19개의 새로운 균주를 만들었다. 이 가운데 균사생장과 목재 부후력이 활발한 10개 균주를 선발하였다. 이 선발된 균주들은 100일, 125일, 150일 등으로 배양일수를 달리하여 생산성 검정을 하였다. 그 결과 100일 처리에서 KFRI 960, 961, 962, 963, 964, 971, 973균주가 생산성이 우수하였으며, 125일 처리에서 KFRI 968, 970균주가 생산성이 우수하였다. 배양일수에 따른 생산성은 100일과 150일 처리사이에서 차이가 났다. 교배 온도형의 비교는 고온성 사이의 교배와 저온성과 고온성 사이의 교배, 아직 결정되지 않은 온도형과 고온성 간의 교배의 생산성차이는 없었으며, 중온성과 고온성과의 교배로 만들어진 균주들과는 생산성 차이가 났다. 교잡균주들의 온도형 분석은 고온성 균주가 다른 온도형에 비해 우성형질을 가졌다.

Bacillus amyloliquefaciens IUB158-03이 생산하는 항진균물질의 분리와 항균활성 (Isolation of Antifungal Substances by Bacillus amyloliquefaciens IUB158-03 and Antagonistic Activity against Pathogenic Fungi)

  • 김혜영;이태수
    • 한국균학회지
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    • 제37권1호
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    • pp.96-103
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    • 2009
  • 병원성 미생물을 방제하기 위하여 국내의 고추 재배지에서 탄저병균에 감염된 고추로부터 Bacillus속 균주를 분리하였다. 이들 중 고추탄저병균인 C. gloeosporioides 균주와 식물에 회색곰팡이병을 일으키는 Botrytis cinerea 균주에 대한 길항작용이 가장 우수한 Bacillus sp. IUB158-03을 선발하였다. 선발된 균주의 형태적, 생리 생화학적 특성과 MicroLog 방법을 이용하여 동정된된 균주는 B. amyloliquefaciens IUB158-03로 명명하였다. 항진균물질 생산을 위한 최적배지 조건은 2% soluble starch, 3% yeast extract, 0.5% tryptone, 0.5% $NH_4H_2PO_4$, 1% NaCl의 pH 6.0에서 $25^{\circ}C$, 72시간 배양한 추출물에서 가장 높은 항진균활성을 나타내었다. B. amyloliquefaciens IUB158-03이 생산한 항진균물질을 butanol로 추출한 후 silica gel column chromatography, preparative thin layer chromatography, and HPLC을 이용하여 항진균물질을 정제하였다. 정제된 항진균물질은 TLC plate 상에서 $R_f$값이 0.27인 것이 확인되었으며, 이 물질은 식물병원균인 Fusarium solani, Rhizoctonia solani, Botrytis cineria, Alternata alternaria와 인체병원성 진균인 Trichophyton mentagrophytes, Epidermophyton floccosum, Cryptococcus neoformans 등에만 선택적으로 높은 항진균 활성을 보였다.

모멘트-곡률 관계에 기초한 반복하중을 받는 철근콘크리트 보의 비선형 해석 (Nonlinear Analysis of RC Beams under Cyclic Loading Based on Moment-Curvature Relationship)

  • 곽효경;김선필
    • 한국전산구조공학회논문집
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    • 제13권2호
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    • pp.245-256
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    • 2000
  • 이 논문에서는 반복하중을 받는 철근콘크리트 보의 거동을 모사하기 위한 모멘트-곡률 관계를 제안하고 있다. 기존의 제안된 모멘트-곡률 관계 모델이나 적층단면법과는 달리 제안된 모델은 부착-슬립관계와 상응하는 평형방정식을 기초로 하여 구성된 단조증가 하중에 대한 모멘트-곡률 관계를 이용하여 부착-슬립에 따른 영향을 고려하고 있다. 또한 대변형 해석시 보다 개선된 결과를 얻기 위해 철근의 응력-변형률 관계에 착안한 곡선화 된 천이곡선을 사용하고 있다. 응력-변형률 관계에 기초하여 단면을 가상의 층상구조로 모사하는 적층단면법과 비교하여 제안된 모델은 단면의 거동을 모멘트-곡률 관계로 표현하는 관계로 대형구조물의 해석시 계산시간과 저장공간을 줄일 수 있는 잇점을 가지고 있다. 나아가 고정단회전과 pinching효과를 고려하기 위한 제안된 기본모델의 수정방안이 소개되고 있다. 마지막으로 제안된 모델식의 타당성을 검증하기 위하여 해석결과와 실험값들의 비교가 이루어졌다. 본 논문은 구조물의 미시적 측면에서 유효평균탄성계수를 결정하기 위한 균질화기법인 점근적 방법을 적용하였고, 탄성값을 조사하기 위하여 유한요소법으로 정식화하였다. 수치 예로서 물성치가 각기 다른 등방성 재료를 적층한 부재의 임의 단면에서 단위요소를 해석영역으로 설정하고 산출된 탄성계수를 기존의 해석방법으로부터 산출된 값과 비교하였다. 균질화기법으로 산출된 탄성계수는 과소평가되어 나타나며, 이는 해석영역을 유한요소정식화하는 과정에서 수정항만큼 차이가 난다는 것을 증명하였다. 기존 해석방법으로는 복합재료의 탄성계수가 단순히 재료의 산술적 평균값으로 계산되는 것과는 달리, 미시적으로 복합재 단위요소의 반복성을 고려함으로써 제안된 해석방법이 보다 유용하다는 것을 보여 주었다.

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국내에서 분리된 Acinetobacter baumannii의 Integron과 연관된 다제내성 분석 (Analysis of Integron-Associated Multi-Drug Resistance of Acinetobacter baumannii Isolated in Korea)

  • 김성환;최지혜;박은진;서인원;손승렬
    • 미생물학회지
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    • 제46권3호
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    • pp.303-307
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    • 2010
  • 임상분리 균주인 A. baumannii 1625는 imipenem (carbapenem 계열)을 포함한 대부분의 ${\beta}$-lactam계열의 항생제들과 kanamycin, gentamicin, tobramycin 및 제 3세대와 4세대 cephalosporin 계열의 항생제들에 광범위한 내성을 나타내었고, 한국에서는 드문 IMP-1형 metallo-${\beta}$-lactamase (MBL)를 생성하는 균주임이 확인되었다. A. baumannii 1625는 약 2.5 kb 크기의 class 1 integron을 갖고 있었으며, 이 integron내에 aminoglycoside계열 내성 유전자인 accA4, carbapenem 계열 내성 유전자인 $bla_{IMP-1}$, 광범위한 ${\beta}$-lactam 내성 유전자인 $bla_{OXA-2}$ 유전자 cassette들이 차례대로 위치해 있음을 확인하였는데, 이것은 IMP-1형과 OXA-2형 ${\beta}$-lactamase의 유전자를 같은 integron내에 동시에 갖는 새로운 배열 및 구조로서 이전에 국내에서 보고된 바 없는 것이다. 이 2.5 kb 크기의 integron을 항생제 내성이 없는 E. coli에 형질전환 시켰을 때, imipenem, ampicillin, piperacillin, cefazolin, cefoperazone, aztreonam 등의 항생제들에 대하여 8배 이상 증가된 내성정도를 보였다. 이는 A. baumannii 1625의 integron이 다제내성을 부여하는 기능을 하고 있음을 보여준다.

익산 미륵사지 출토 동종의 금속학적 연구 (Metallurgical study of bronze bells excavated from the Miruksa (temple) site in Iksan)

  • 조남철;허일권;강형태
    • 보존과학연구
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    • 통권27호
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    • pp.5-22
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    • 2006
  • Mireuksa is a temple that was established in the Baekjea Period and continued around to the 16thcentury. The sites of the temple throughout diverse periods such as the United Shilla Period, KoryuPeriod, and Chosun Period including the one of the early temple in the late Baekjea Period were discovered. In those temple sites, there were lots of diverse artifacts discovered including artifacts in the Bronze Age. In this study, the compositions of four bronze bells excavated from Mireuksa site in Iksan were analyzed and the manufacturing technique of bronze bells was studied through the observation of microstructure. Also, the analytical cases of ancient bronze bells were collected and compared. Furthermore, the provenance study of the bronze bells site was attempted with the Pbisotope ratio. The results aim to offer crucial keys for discovering the aspect of society as well as information about the origin, development, and the route of propagation of ancient technologies. Bronze bell No. 1 showed an unexpected composition as Cu was found 98.5% in it. There were shown twins which were created by annealing and an even phase in the fine grains. It was also shown that bronze bell No. 2 and 4 had a high content of Pb although they showed a similar composition with general bronze bells in terms of Sn content. As shown in the analysis characteristics table of Korean bronze bell of this study, the ancient bronze bell used Pb of which content was limited to 2.12% in general, however, the results showed 15.5% and 13.2% respectively, which is an excessive amount. Asa result of analyzing inclusion in the microstructure of bronze bell No. 2, it was found that sulfide group mineral was used since there appeared S(14.55%). Also, it was proven that $CuFeS_2$ or$Cu_5FeS_4$ was used as a raw material because there was a small amount of Fe. As a result of analyzing inclusion of bronze bell No. 4, the bronze bell sample contained S(13.43%) and it is thought that sulfide group mineral was used, however, it had no Fe. Therefore, it is not connected to $CuFeS_2$ which is the main mineral of Korea. In addition, a strain line was shown with processing in bronze bell No. 2 and 4. As a result of provenance study of bronze bell No. 2 and 4 using the Pb isotope ratio, they or their raw materials are estimated to come from the southern China. Bronze bell No. 3 showed only Cu and Sn, and it is featured with a relatively low amount of Sn(6.63%). The microstructure has only phase, andintergranular corrosion was highly in progress.

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제지폐수 처리용 미생물의 분리 및 복합 미생물제제의 개발 (Isolation of Microorganisms and Development of Microbial Augmentation for Treatment of Paper Mill Wastewater)

  • 강대욱;서현효
    • 생명과학회지
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    • 제21권4호
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    • pp.554-560
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    • 2011
  • 제지폐수의 효율적인 생물학적 처리와 폐수특성에 적합한 미생물제제의 개발을 위하여 토양 및 산업폐수로부터 방향족 화합물에 분해활성이 높은 KN11, KN13 및 KN27 균주와 세포 외 섬유소 가수분해효소 생산 균주 GT21 등의 균주를 분리하였다. 형태학적, 생리학적 및 생화학적 분류를 통해 이들 분리주 KN11, KN13, KN27 및 GT21 등은 Acinetobacter sp., Neisseria sp., Bacillus sp., Pseudomonas sp.와 유사한 것으로 판명되어 최종적으로 각각 Acinetobacter sp. KN11, Neisseria sp. KN13, Bacillus sp. KN27, Pseudomonas sp. GT21로 명명하였다. 제지폐수 중 난분해성 물질과 COD 증가원인 물질을 분석하고자 GC/MS를 이용하여 방향족 화합물 및 그 유도체들을 검출하였다. 분리균주 Acinetobacter sp. KN11, Neisseria sp. KN13, Bacillus sp. KN27 및 Pseudomonas sp. GT21의 균체로 구성된 미생물제제 J30을 제조하여 제지폐수의 효율적 처리를 위한 연구에 사용하였다. 미생물제제 J30의 제지폐수에서 COD 제거를 위한 최적온도와 pH는 각각 $30^{\circ}C$와 7.5였으며 배양 60시간에서 최대의 COD 제거효율을 나타내었다. 실험실 규모의 pilot plant에서 미생물제제 J30의 COD 제거효율은 87%의 높은 제거효율을 나타내었다.

멜론 분홍빛썩음병과 포도 흰얼룩병의 원인균인 Trichothecium Roseum에 대한 Bacillus Subtilis HK2의 항균활성 (Antifungal Activity of Bacillus Subtilis HK2 against Trichothecium Roseum Causing Pink Rot of Melon and White Stain Symptom on Grape)

  • 오소영;이은영;남기웅;윤덕훈
    • 한국자원식물학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.39-45
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    • 2016
  • 2012년부터 2013년에 걸쳐 식물체 근권과 비근권 토양을 수집하였다. 수집한 토양을 희석평판법을 이용하여 총 782개의 세균을 분리하였고, 분리한 세균을 실험실내에서 Trichothecium roseum과의 대치배양을 통해 균사생장억제율이 80% 내외로 우수한 길항력을 나타내는 균주를 선발하였다. I-plate에서 HK2균주와 T. roseum두 균을 격리하여 밀폐배양 시 모두 균사생장억제 효과는 없기 때문에 휘발 물질은 아닌 것으로 판단되었다. NB배지에 길항균주와 T. roseum을 액체배양 한 결과 88% 이상 균사생장억제 효과를 보였다. HK2균주를 동정하기 위해 16S rDNA 염기서열분석과 API 50 CHB Kit (BioMerieux, France)를 이용하여 생화학적 특성을 분석한 결과 Bacillus subtilis로 동정되었다. HK2 균주가 생산한 항진균물질을 butanol로 추출한 후 flash column chromatography를 이용하여 항진균물질을 정제한 결과 methanol 80%의 조건에서 잘 분리되었으며 향후 분리 순화를 통한 화학구조분석이 필요하다.

ERIC-PCR genomic fingerprinting에 의한 주요 식중독 그람 음성 세균 4속의 구별 (Differentiation of Four Major Gram-negative Foodborne Pathogenic Bacterial Genera by Using ERIC-PCR Genomic Fingerprinting)

  • 정혜진;박성희;서현아;김영준;조준일;박성수;송대식;김근성
    • 한국식품과학회지
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    • 제37권6호
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    • pp.1005-1011
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    • 2005
  • 본 연구에서는 높은 분리능을 가지고 있을 뿐만 아니라 실험의 재현성과 경제성의 측면에서도 많은 장점을 갖고 있는 ERIC DNA sequence를 응용한 ERIC-PCR을 이용하여 Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성 식중독유발 세균들의 분리 동정 방법을 확립하고자 하였다. ERIC-PCR 결과, E. coli의 경우 0.3kb, 0.42kb 및 1.2kb의 band가 모든 균주에서 공통적으로 확인되었고, Salmonella속으로부터는 0.22kb, 0.4kb 및 0.7kb의 band가 증폭되었다. Shigella속은 모든 표준균주와 분리균주로부터 0.33kb와 1.25kb의 band가 증폭되었으며, S. sonnei의 경우 위의 주요 2개 band 이외에도 대부분의 균주에서 0.44kb, 2.0kb 및 3.05kb의 band가 증폭되어 다른 종의 Shigella와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 그리고 V. parahaemolyticus의 경우 표준균주와 분리균주 모두 0.51kb와 1.5kb의 band가 증폭되어 V. cholerae, V. mimicus 등과 같은 다른 종의 Vibrio와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 이와 같이 4속의 모든 식중독 균주마다 ERIC-PCR후 생성되는 fingerprinting pattern에서 3-5개의 공통적인 band가 증폭되는 것이 확인되어 이를 이용한 속 수준의 분리 동정과 이러한 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다. 따라서 본 연구의 결과는 ERIC 반복적 DNA 염기서열을 이용한 ERIC-PCR이 식중독균의 분리 동정 방법으로 사용될 수 있음을 확인하였으며, 나아가 더 많은 속(genus)의 식중독세균을 대상으로 한 새로운 분리 동정 방법을 확립하는데도 응용이 될 수 있을 것이다.

전통 장류에서 세포외효소 분비능이 우수한 미생물의 분리 및 생리활성 특성 (Isolation and Physiological Characteristics of Microorganisms Producing Extracellular Enzymes from Korean Traditional Soybean Sauce and Soybean Paste)

  • 백성열;윤혜주;최혜선;구본성;여수환
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제38권4호
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    • pp.379-384
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    • 2010
  • 수집한 전통 장류에서 세포외효소(amylase, protease, cellulase, lipase and fibrinolytic enzyme) 분비능이 우수한 미생물을 분리한 후, 16S rRNA 유전자분석과 생리활성 특성을 조사하였다. amylase와 cellulase 분비능은 모든 선발균주에서 표준균주인 Bacillus subtilis KACC 10114보다 높게 나타났다. Protease 분비능은 D2-14균주를 제외한 모든 선발균주에서 활성이 있었으며, lipase 분비능은 D8-8과 K4-1을 제외한 균주에서 활성이 나타났다. 혈전용해 활성은 D8-2를 제외한 모든 선발균주에서 활성이 나타났으며, D8-8과 K4-1이 가장 높은 활성을 나타냈다. 선발균주인 K3-2, K4-1, K11-1-4, K11-1-6, K11-7, K12-3 와K14-9은 그람 양성세균과 그람 음성세균 그리고 효모에서도 높은 항균활성을 나타내었다. 간장 및 된장에서 분리한 균주들을 동정하기 위해 분자수준에서 16S rRNA 유전자 염기서열을 분석한 결과, 거의 Bacillius sp.로 나타났다. 발효과정에서 세포외효소 분비능과 생리활성이 우수한 미생물을 분리, 확보함으로써 전통 장류의 고급화 및 품질향상과 제조공정의 표준화가 가능할 것으로 여겨진다