• 제목/요약/키워드: Spirosoma

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감마선 조사된 토양에서 분리된 박테리아 Spirosoma montaniterrae DY10T 의 완전한 게놈 서열 (Complete genome sequence of Spirosoma montaniterrae DY10T isolated from gamma-ray irradiated soil)

  • 스리니바산 사티야라지;강명석;김명겸
    • 미생물학회지
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    • 제53권1호
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    • pp.61-63
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    • 2017
  • 그람 음성이며 황색인 긴 막대 모양의 세균 Spirosoma montaniterrae $DY10^T$는 전라북도 덕유산에서 분리가 되었다. 이 세균의 세포는 감마선에 대해 12 KGy의 $D_{10}$값을 보이며 극단적인 감마선 저항성을 보였다. $DY10^T$ 균주의 완전한 게놈서열은 5,116개의 유전자, 39개의 tRNA 유전자를 포함하는 원형 염색체(5,797,678 bp)로 구성되었다. 유전체 특징은 감마선 및 UVC에 대응하는 주요 효소를 포함하였다.

계통분류학적 연구를 위한 우포늪에서 분리된 박테리아 Spirosoma rigui KCTC 12531T의 완전한 게놈 서열 (Complete genome sequence of Spirosoma rigui KCTC 12531T, a bacterium isolated from fresh water from the Woopo wetland for taxonomic study)

  • 김동욱;김주영;김수정;김민지;이주연;김명겸
    • 미생물학회지
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    • 제53권3호
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    • pp.227-229
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    • 2017
  • 이 연구에서는 우포늪의 깨끗한 물에서 분리된 Spirosoma rigui KCTC $12531^T$의 완전한 게놈 서열을 분석하였다. 이 게놈은 G + C 함량이 54.4%인 5,828,404 bp으로 구성되어 있고 4,774개의 유전자와 4,647개의 단백질 코딩 유전자, 9개의 rRNA 유전자 그리고 43개의 tRNA 유전자 및 73개의 위유전자(pseudogene)를 포함하고 있다.

DNA 복원에 관련된 박테리아 Spirosoma aerolatum KACC 17939T의 완전한 게놈 서열 (Complete genome sequence of Spirosoma aerolatum KACC 17939T, a bacterium related to the DNA repair)

  • 김동욱;김주영;김수정;김민지;이주연;김명겸
    • 미생물학회지
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    • 제53권3호
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    • pp.230-232
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    • 2017
  • 이 연구에서는 자동차의 에어컨의 바이오필름환경에서 분리 된 Spirosoma aerolatum KACC $17939^T$의 완전한 게놈 서열을 분석하였다. 이 게놈은 G + C 함량이 48.3%인 7,959,595 bp으로 구성되어 있고 6,471개의 유전자와 6,471개의 단백질 코딩 유전자, 9개의 rRNA 유전자 그리고 43개의 tRNA 유전자 및 115개의 위유전자(pseudogene)를 포함하고 있다.

한강물로부터 분리된 방사선 내성 세균들의 계통학적 다양성 및 UV 내성 분석 (Phylogenetic diversity and UV resistance analysis of radiation-resistant bacteria isolated from the water in Han River)

  • 이재진;주은선;이도희;정희영;김명겸
    • 미생물학회지
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    • 제52권1호
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    • pp.65-73
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    • 2016
  • 이 논문은 서울 한강물에서 분리한 방사선 내성 세균군집과 분리된 신종 세균의 UV 내성 특성에 관한 내용이다. 세균은 R2A agar와 1/10 R2A agar를 사용하여 3 kGy가 조사된 한강물에서 분리되었다. 그 결과 방사선에 내성을 가지는 것으로 추측되는 균주를 60주 분리하였고, 본 연구 분석 자료로 사용하였다. 16S rRNA 유전자 염기서열 분석을 통해 분리균주 60개의 계통수를 파악한 결과, 3개의 문(4개의 속)이 확인되었고, Deinococcus-Thermus (Deinococcus)가 61.7%, Firmicutes(Exiguobacterium)는 15%, Bacteroidetes (Hymenobacter, Spirosoma)는 23.4%의 비중을 나타냈다. 분리균주 중 29개 균주가 Deinococcus, Hymenobacter, Spirosoma에 속하는 신종 또는 다른 신속으로 분류될 가능성을 보였으며, 앞으로 추가적인 신종 실험이 진행될 예정이다. 그리고 신종 예상균주를 9개 선정하여 UV 내성 실험을 진행한 결과, 9개 균주 모두 D. radiodurans $R1^T$ 균주 만큼 높은 UV 내성을 가지는 것으로 나타났다. 또한 분리된 Firmicutes (Exiguobacterium) 균주는 아직까지 방사선 내성 연구 보고가 되어 있지 않아서 추가적인 방사선 내성 연구가 필요하다.

A report of 7 unrecorded bacterial species isolated from several Jeju soil samples in 2016

  • Kim, Ju-Young;Jang, Jun Hwee;Maeng, Soohyun;Kang, Myung-Suk;Kim, Myung Kyum
    • Journal of Species Research
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    • 제7권2호
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    • pp.151-160
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    • 2018
  • Seven bacterial strains, 15J4M-1, 15J13-8, 16MFM10, 15J1-8, SR1-5-4, 15J13-6, and 15J8-11 assigned to the phylum Actinobacteria, Bacteroidetes, and Firmicutes were isolated from soil samples collected from Jeju, Korea. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence revealed that strains 15J4M-1, 15J13-8, 16MFM10, 15J1-8, SR1-5-4, 15J13-6, and 15J8-11 were most closely related to Bacillus selenatarsenatis $SF-1^T$ (with 99.4% similarity), Brevibacterium luteolum $CF87^T$ (99.5%), Carnobacterium iners CCUG $62000^T$ (99.6%), Exiguobacterium profundum $10C^T$ (99.3%), Larkinella insperata LMG $22510^T$ (99.3%), Pseudokineococcus lusitanus CECT $7306^T$ (99.4%), and Spirosoma endophyticum $EX36^T$ (99.3%), respectively. This is the first report of these seven species in Korea.