• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.125-128
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• 2005

S. chungbukensis DJ77로부터 16S rRNA유전자의 염기서열을 분식하였다. 염기서열은 총 1,502 bp로 2000 년에 등록된 부분 서열(1,435 bp)보다 5' 방향과 3' 방향으로 29 bp와 37 bp 길이만큼 각각 확장하였으며, 1 bp가 추가로 삽입되었다. E. coli의 16S rRNA유전자를 모델로 이차구조를 제작하였으며, 네 부위가 특이적임을 발견하였다. Sphnigomonas spp.의 16S rRNA 서열과 S. chungbukensis DJ77의 다중서열검색 결과, Sphingomonas종에서만 나타나는 보존부위와 가변부위를 발견할 수 있었다. 특히, Campylobacter jejuni에서만 나타나는 것으로 알려진 긴 stem loop구조가 서열은 조금 다르지만 구조적 일치를 보이는 유사한 구조를 S. chungbukensis DJ77에서도 발견하였다. 결과적으로, 다중서열검색을 통해 제작한 계통수와 nucleotide signatures분석에 근거하여 S. chugukensis DJ77을 cluster II (Sphingobium)로 분류하였다.

• 미생물학회지
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• 제37권2호
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• pp.120-123
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• 2001

Sphingomonas chungbukensis DJ77에서 난분해성 물질 분해 유전자가 chromosome 또는 plasmid 존재하는지를 규명하였다. 야생주 DJ77의 plasmid를 mitomycin C를 이용하여 curing 시킨 후, 각각 phenanthrene과 biphenyl이 단일 탄소원으로 첨가된 최소배지에서 배양한 결과 야생주는 성장을 하지만 plasmid가 제거된 DJ77은 성장하지 않았다. 각각의 plasmid DNA를 분리한 수 이미 클로닝된 방향족 탄화수소 분해에 관련된 DNA를 probe로 하여 Southern hybridization을 한 결과 야생주에서만 positive signal을 발견할 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.93-98
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• 2005

Sphingomonas chungbukensis DJ77의 유전체 서열분식 과정에서 969개의 nucleotide로 구성된 sphingosine kinase 유전자를 동정하였다. 이 sphingosine kinase 단백질의 아미노산 서열은 Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4의 sphingosine kinase 아미노산 서열과 $55\%$의 상동성을 보였다. 또한 다중서열정렬을 통해 각각 진핵세포의 sphingosine kinase의 C2, C3, C5 domain에 속하는 3개의 conserved sequence를 발견하였다. 그 중 하나는 sphingosine kinase에서 ATP-binding site일 것으로 예상되어지는nucleotide-binding motif(GGDG)였고 나머지 둘은 아직 기능이 알려지지 않은 conserved sequences 였다. 이러한 다중서열정렬을 바탕으로 계통수를 그려본 결과, S. chungbukensis DJ77의 sphingosine kinase (SPK)는 COG1597 그룹과 유사했으며, COG1597 내에서 동일종의 diacylglycerol kinase와는 서로 다른 그룹에 속하는 것으로 나타났다. 재조합 SPK는 이종(異種)세포인 Escherichia coli내에서 성공적으로 과발현 되었으나, 세포 내에서 불용성 복합체(inclusion body)를 형성하였다.

• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.8-12
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• 2005

S. chungbukensis DJ77의 genome project수행 결과 다당류 생 합성 에 관련된 유전자들의 염기서열을 찾아내었다. 본 논문에서는 이러한 유전자들 중 sphigan형 다당류 생합성에 관여하는 glucosyl-isoprenyl phosphate-transferase를 암호화 하는 유전자의 완전한 서열을 결정하였고, spsB로 명명하였다. 이 유전자는 ATG를 개시코돈으로 사용하며, TGA를 종결코돈으로 사용하고 있다. 또한 총 1392 bp의 open reading frame을 포함하며, 463개의 아미노산으로 구성되어있다. SpsB를 구성하는 아미노산 서열은 동일한 속의 sphingan 형성 균주인 Sphingomonas spp S88의 SpsB와 $50\%$, Sphingomonas paucimobilis ATCC 31461의 GelB와 $48\%$의 유사성을 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제39권3호
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• pp.123-127
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• 2003

Sphingomonas chungbuken교 DJ77은 phenanthrene을 단일 탄소원과 에너지원으로 이용하여 살아갈 수 있다. pUPXS는 phenanthrene과 naphthalene분해를 위해 필요한 2-hydroxychromene-2-carboxylate (HCCA) isomerase를 암호화하는phnS유전자를 포함한다. 본 논문에서는 phnS유전자가 포함된 3271 bp의 염기 서열을 결정하였다. 이 유전자는 ATG를 개시코돈으로 사용하며, TAA를 종결 코돈으로 사용하고 있다. 또한 개시 코돈의 5 bp앞쪽으로 GGAA라는 ribosomal binding site를 갖는다. phnS는 총 594 bP의 open reading frame을 포함하며,158개의 아미노산으로 구성되었다. phns를 구성하는 아미노산서열은 S. aromaticivorans F199의 유사서열과 87％의 유사성을 나타냈다. phns 유전자는 biphenyl dioxygenase를 구성하는 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase를 암호화하는 phnQ와 ferredoxin를 암호화 하는 phnR과 같은 operon을 이루며, 이들 유전자의 downstream에 위치하고 있다.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2002년도 추계학술대회
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• pp.175-179
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• 2002

The assemblies of our partial genomic sequence data of Sphingomonas chungbukensis DJ77, with the total size of 877,928 bp, was done by TIGR Assembler. The total size of our current obtained contigs was about 0.73 Mb. A comparative genome analysis between our uncompleted genome and the other completed genomes was performed by taking advantage of the availability of multiple complete genomes in COGs database (Clusters of Orthologous Groups of proteins) to produce the genomic prediction of our S. chungbukensis DJ77. This analysis based on homologues search among completed genomes provides good initial step to our better assigning putative function to predicted coding sequences.

• BMB Reports
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• 제42권3호
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• pp.172-177
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• 2009

Phosphoglucose isomerase (PGI) is involved in synthesizing extracellular polysaccharide (EPS). The gene encoding PGI in Sphingomonas chungbukensis DJ77 was cloned and expressed in E. coli, and the protein was characterized. The pgi gene from DJ77 is 1,503 nucleotides long with 62% GC content and the deduced amino acid sequence shows strong homology with PGIs from other sources. The molecular masses of PGI subunit and native form were estimated to be 50 kDa and 97 kDa, respectively. Four potentially important residues (H361, R245, E330 and K472) were identified by homology modeling. The mutations, H361A, R245A, E330A, R245K and E330D resulted in decrease in Vmax by hundreds fold, however no significant change in Km was observed. These data suggest that the three residues (H361, R245Aand E330) are likely located in the active site and the size as well as the spatial position of side chains of R245 and E330 are crucial for catalysis.

• BMB Reports
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• 제42권8호
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• pp.523-528
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• 2009

Phosphomannose isomerase (PMI) catalyzes the interconversion of fructose-6-phosphate and mannose-6-phosphate in the extracellular polysaccharide (EPS) synthesis pathway. The gene encoding PMI in Sphingomonas chungbukensis DJ77 was cloned and expressed in E. coli. The pmi gene is 1,410 nucleotides long and the deduced amino acid sequence shares high homology with other bifunctional proteins that possess both PMI and GDP-mannose pyrophosphorylase (GMP) activities. The sequence analysis of PMI revealed two domains with three conserved motifs: a GMP domain at the N-terminus and a PMI domain at the C-terminus. Enzyme assays using the PMI protein confirmed its bifunctional activity. Both activities required divalent metal ions such as $Co^{2+}$, $Ca^{2+}$, $Mg^{2+}$, $Ni^{2+}$ or $Zn^{2+}$. Of these ions, $Co^{2+}$ was found to be the most effective activator of PMI. GDP-D-mannose was found to inhibit the PMI activity, suggesting feedback regulation of this pathway.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제33권2호
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• pp.84-89
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• 2005

Phosphomannomutase는 진핵 생물과 원핵 생물에 있어서 중요한 효소로, ${\alpha}$-D-mannose 6-phosphate를 ${\alpha}$-D-mannose 1-phosphate로 전환시켜 GDP-mannose를 생산한다. 이 기질은 여러 대사 경로에서 중요하게 작용하는 mannosyl기를 제공하도록 돕는다. 본 논문에서는 Sphingomonas chungbukensis DJ77에서 phosphomannomutase를 암호화하는 유전자를 유전체 library로부터 동정하고 이를 pmmC로 명명하였으며, 이를 발현 vector에 클로닝하고 염기서열을 분석하였다. 유전자 pmmC는 ATG를 개시 코돈으로 사용하고, TAG를 종결 코돈으로 사용하는 750 bp의 open reading frame임을 확인하였고, 이 ORF의 5 bp앞쪽으로 리보좀 결합 부위가 존재한다. 이 ORF로부터 유추되는 아미노산은 249개이며, 단백질 분자량은 약 27.4 kDa이다. 이 유전자를 구성하는 아미노산 서열은 NCBI의 conserved domain search를 통한 분석으로 eukaryotic phosphomannomutase와 약 $86.9\%$ 유사성이 있음을 나타냈고, 기질에 대한 활성을 측정한 결과 pmmC 유전자가 암호화하는 단백질이 phosphomannomutase임을 확인할 수 있었다.

• Biomolecules & Therapeutics
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• 제16권2호
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• pp.100-105
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• 2008

The sphingolipid metabolites act as lipid mediator for cell proliferation and apoptosis in mammalian cells. In bacteria, sphingolipid metabolism remains unknown. The purpose of this study was to investigate whether sphingolipid metabolism is potential target for fumonisin $B_1$($FB_1$) and desipramine in Sphingomonas chungbukensis, Gram-negative bacteria, by comparing the intracellular contents of bacterial sphingolipids with ones of HIT-T15 ${\beta}$-cells, hamster pancreatic cells. The concentrations of ceramide and dihydroceramide were 18.0 ${\pm}$ 12.0 and 0.025 ${\pm}$ 0.018 nmol/mg protein, respectively, in HIT-T15 cells. However, the concentrations of ceramide and dihydroceramide in the bacterial culture were 2.0 ${\pm}$ 1.2 and 10.6 ${\pm}$ 5.5 nmol/mg protein, respectively. $FB_1$ decreased the level of ceramide from 18.0 to 3.8 nmol/mg protein in HIT-T15 ${\beta}$-cells. However, dihydroceramide content in $FB_1$-treated HIT-T15 cells was slightly decreased compared with the control culture. When S. chungbukensis was treated with either $FB_1$ or desipramine, dihydroceramide level was increased by 5- and 4-fold, respectively, compared with the control bacteria. These results indicate that $FB_1$ and desipramine may act as an activator in bacterial sphingolipid biosynthetic pathway, and bacterial sphingolipid metabolism pathway appears to be different from the pathway of mammalian cells.