• 미생물학회지
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• 제39권3호
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• pp.123-127
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• 2003

Sphingomonas chungbuken교 DJ77은 phenanthrene을 단일 탄소원과 에너지원으로 이용하여 살아갈 수 있다. pUPXS는 phenanthrene과 naphthalene분해를 위해 필요한 2-hydroxychromene-2-carboxylate (HCCA) isomerase를 암호화하는phnS유전자를 포함한다. 본 논문에서는 phnS유전자가 포함된 3271 bp의 염기 서열을 결정하였다. 이 유전자는 ATG를 개시코돈으로 사용하며, TAA를 종결 코돈으로 사용하고 있다. 또한 개시 코돈의 5 bp앞쪽으로 GGAA라는 ribosomal binding site를 갖는다. phnS는 총 594 bP의 open reading frame을 포함하며,158개의 아미노산으로 구성되었다. phns를 구성하는 아미노산서열은 S. aromaticivorans F199의 유사서열과 87％의 유사성을 나타냈다. phns 유전자는 biphenyl dioxygenase를 구성하는 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase를 암호화하는 phnQ와 ferredoxin를 암호화 하는 phnR과 같은 operon을 이루며, 이들 유전자의 downstream에 위치하고 있다.

• 생명과학회지
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• 제19권5호
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• pp.659-663
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• 2009

장기간 경유로 오염된 지역의 토양으로부터 분리한 세균 3Y는 석유계 탄화수소를 구성하는 다양한 화합물을 유일 탄소원으로하여 성장하였다. Sphingomonas sp. 3Y는 지방족 화합물은 물론이고 방향족 화합물을 이용해서 성장할 수 있었다. 지방족 화합물로서는 hexane과 hexadecane을 이용하여 성장하였고, 한편 방향족 화합물로서는 BTEX는 물론이고 phenol, biphenyl, 또는 phenanthrene을 유일 탄소원으로 이용하여 성장하였다. 본 균주는 indole과 catechol을 이용한 실험결과 방향족 탄화수소의 생분해 과정에서 맨 첫 단계 반응에 관여하는 효소인 aromatic ring dioxygenase 활성과 benzene 환을 깨는 효소인 meta-cleavage dioxygenase 활성을 나타내었다. Sphingomonas sp. 3Y의 16S rRNA 유전자의 염기서열 분석과 계통수 작성 결과 본 균주는 ${\alpha}$-Proteobacteria인 Sphingomonas속에 해당하였으며 지금까지 잘 알려진 석유계 탄화수소를 분해하는 Sphingomonas sp. 균주들과는 다른 cluster를 형성하였다. 다양한 석유계 탄화수소 성분을 이용하여 성장하는 Sphingomonas sp. 3Y는 유류로 오염된 토양의 복원에 유용하게 사용될 것으로 여겨지며 이 균주의 최적 분해 조건을 조사한다면 그 결과는 이 균주가 분리된 오염지역의 생물학적 분해를 최적화하는데 기여할 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권11호
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• pp.1532-1539
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• 2012

The ${\alpha}$-galactosidase-coding gene agaAJB13 was cloned from Sphingomonas sp. JB13 showing 16S rDNA (1,343 bp) identities of ${\leq}97.2%$ with other identified Sphingomonas strains. agaAJB13 (2,217 bp; 64.9% GC content) encodes a 738-residue polypeptide (AgaAJB13) with a calculated mass of 82.3 kDa. AgaAJB13 showed the highest identity of 61.4% with the putative glycosyl hydrolase family 36 ${\alpha}$-galactosidase from Granulicella mallensis MP5ACTX8 (EFI56085). AgaAJB13 also showed <37% identities with reported protease-resistant or Sphingomonas ${\alpha}$-galactosidases. A sequence analysis revealed different catalytic motifs between reported Sphingomonas ${\alpha}$-galactosidases (KXD and RXXXD) and AgaAJB13 (KWD and SDXXDXXXR). Recombinant AgaAJB13 (rAgaAJB13) was expressed in Escherichia coli BL21 (DE3). The purified rAgaAJB13 was characterized using p-nitrophenyl-${\alpha}$-D-galactopyranoside as the substrate and showed an apparent optimum at pH 5.0 and $60^{\circ}C$ and strong resistance to trypsin and proteinase K digestion. Compared with reported proteaseresistant ${\alpha}$-galactosidases showing thermolability at $50^{\circ}C$ or $60^{\circ}C$ and specific activities of <71 U/mg with or without protease treatments, rAgaAJB13 exhibited a better thermal stability (half-life of >60 min at $60^{\circ}C$) and higher specific activities (225.0-256.5 U/mg). These sequence and enzymatic properties suggest AgaAJB13 is the first identified and characterized Sphingomonas ${\alpha}$-galactosidase, and shows novel protease resistance with a potential value for basic research and industrial applications.

• 한국동물위생학회지
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• 제40권1호
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• pp.71-74
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• 2017

The first case of liver infection caused by Sphingomonas sp. and Bacillus sp. in a wild rodent is reported. A captured wild rodent, Apodemus agrarius (A. agrarius), presented with multiple liver abscess-like nodules (diameter 0.7~2.4 mm) in which Gram-positive and Gram-negative bacilli were detected simultaneously. These were grown in aerobic and anaerobic cultures, respectively, and were identified as Sphingomonas sp. and Bacillus sp., respectively, according to 16S rRNA sequencing.

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.93-98
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• 2005

Sphingomonas chungbukensis DJ77의 유전체 서열분식 과정에서 969개의 nucleotide로 구성된 sphingosine kinase 유전자를 동정하였다. 이 sphingosine kinase 단백질의 아미노산 서열은 Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4의 sphingosine kinase 아미노산 서열과 $55\%$의 상동성을 보였다. 또한 다중서열정렬을 통해 각각 진핵세포의 sphingosine kinase의 C2, C3, C5 domain에 속하는 3개의 conserved sequence를 발견하였다. 그 중 하나는 sphingosine kinase에서 ATP-binding site일 것으로 예상되어지는nucleotide-binding motif(GGDG)였고 나머지 둘은 아직 기능이 알려지지 않은 conserved sequences 였다. 이러한 다중서열정렬을 바탕으로 계통수를 그려본 결과, S. chungbukensis DJ77의 sphingosine kinase (SPK)는 COG1597 그룹과 유사했으며, COG1597 내에서 동일종의 diacylglycerol kinase와는 서로 다른 그룹에 속하는 것으로 나타났다. 재조합 SPK는 이종(異種)세포인 Escherichia coli내에서 성공적으로 과발현 되었으나, 세포 내에서 불용성 복합체(inclusion body)를 형성하였다.

• 한국환경보건학회지
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• 제33권5호
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• pp.428-433
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• 2007

To clarify the pioneer group in the development of biofilms in high chlorine residual water, a semi-pilot model system was operated and 16S rDNA V3 targeted PCR-DGGE was submitted. Biofilm formation occurred rapidly in the model of a drinking water distribution system. It reached $10^3\;CFU/cm^2$ or more on the surface of stainless steel, PVC, and galvanized iron in chlorinated (1.0 mg/l) water within a week. Within a week, uncultured Proteobacteria- and Bacillales group-like sequences were detected and Sphingomonas-like sequences were identified from all season and all pipe materials tested. Hence Sphingomonas species were regarded as the potential pioneer group in the development of biofilm in drinking water and this results would be useful for the prevention of biofilm formation and safety of drinking tap water.

• 미생물학회지
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• 제38권4호
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• pp.245-245
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• 2002

Catabolic pathways for the degradation of various aromatics by Sphingomonas yanoikuyae Bl are intertwined, joining at the level of substituted benzoates, which are further degraded vita ring cleavage reactions. The mutant strain EK497, which was constructed by deleting a large DNA region containing most of the genes for biphenyl, naphthalene, m-xylene, and m-toluate degradation, was unable to grow on all of the aromatics tested except for benzoate as the sole source of carbon and energy.S. yanoikuyae EK497 was found to possess only catechol ortho-ring cleavage activity due to deletion of the genes for the meta-cleavage pathway. Wild-type S. yanoikuyae Bl grown on benzoate has both catechol orthoand meta-cleavage activity. However, m-xylene and m-toluate, which are metabolized through methylbenzoate, and biphenyl, which is metabolized through benzoate, induce only the meta-cleavage pathway, suggesting the presence of a substrate-dependent induction mechanism.

• Journal of Microbiology
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• 제37권4호
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• pp.185-192
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• 1999

A phenanthrene-degrading bacterium was isolated from an oil-spilled intertidal sediment sample and identified as Sphingomonas sp. KH3-2. The strain degraded polycyclic aromatic compounds such naphthalene, fluorene, biphenyl, and dibenzothiophene. When strain KH3-2 was cultured for 28 days at 25C, a total of 500 ppm of phenanthrene was degrated with a concomitant production of biomass and Folin-Ciocalteau reactive aromatic intermediates. Analysis of intermediates during phenanthrene degradation using high-performance liquid chromatography and gas chromatography/mass spectrometry indicated that Sphingomonas sp. KH3-2 primarily degrades phenanthrene to 1-hydroxy-2-naphthoic acid (1H2NA) and further metabolizes 1H2NA through the degradation pathway of naphthalene.

• Journal of Yeungnam Medical Science
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• 제39권1호
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• pp.67-71
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• 2022

This report describes a case of coinfection of Sphingomonas paucimobilis meningitis and Listeria monocytogenes bacteremia in a 66-year-old immunocompetent female patient. The patient had undergone traditional procedures, including acupuncture, which possibly caused the coinfection. During treatment with susceptible antibiotics for bacterial meningitis, she developed hydrocephalus on the third day. Consequently, the patient recovered with a mild neurological deficit of grade 4 motor assessment in both upper and lower extremities at discharge. S. paucimobilis and L. monocytogenes are rare pathogens in developed countries, occurring only during environmental outbreaks. S. paucimobilis meningitis is rarely reported. Hence, the various presentations of S. paucimobilis meningitis and the antibiotic regimen for its treatment are hereby reported, in addition to a review of other similar reported cases. This case is a possible traditional procedure-related infection. Appropriate oversight and training should be emphasized regarding preventive measures of this kind of infection. A team approach with neurologists and neurosurgeons is imperative in treating patients with hydrocephalus-complicated meningitis.

• 미생물학회지
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• 제43권2호
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• pp.83-90
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• 2007

유류오염 토양에서 난분해성 물질인 PAH (polycyclic aromatic hydrocarbon)들을 잘 분해하는 균주 중 SOD (superoxide dismutase) 활성이 높은 균주인 Sphingomonas sp. KS 301의 SOD특성을 알아보기 위하여 Ammonium sulfate 침전, DEAE-Sepharose 크로마토그래피, Superose-12 겔 여과 크로마토그래피, Uno-Q1 이온교환 크로마토그래피를 이용하여 SOD 단백질을 정제하였다. Sphingomonas sp. KS 301은 DEAE-Sepharose 크로마토그래피로 분석한 결과, 기존의 알려진 세균들과는 달리 서로 다른 5가지의 SOD 활성을 가지고 있는 것으로 나타났으며 본 연구에서는 그중 SOD III를 부분 정제하였다. 정제한 SOD III는 Mn type 및 Fe type Escherichia coli SOD와 비교했을 때 비활성도(specific activity)가 5배로 높게 나타났다. SOD III의 분자량은 SDS-PAGE에서는 23 kDa으로 측정되었으며 Superose-12겔 여과 크로마토그래피 후 native 상태의 분자량은 71 kDa으로 정제한 SOD는 3개의 소단위체로 구성되어 있는 것으로 보여진다. 정제한SOD III의 최적 pH는 7.0 이었고 $20^{\circ}C$에서 최적의 활성을 보였다. 또한 SOD의 종류를 알 수 있는 억제물질 $NaN_{3},\;H_{2}O_{2},\;KCN$를 이용한 억제효과를 살펴보았더니 $NaN_{3}$에만 억제되어 Mn type의 SOD임을 알 수 있었다. 또한 이 효소의 아미노 말단의 아미노산 서열은 Psudomonase ovalis 및 Vibrio cholerae의 SOD와 가장 유사하였다.