• 제목/요약/키워드: Sphingobacteria

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아미노산 액비를 처리한 들잔디 토양 미생물 군집구조 및 다양성 (Bacterial Community Structure and Diversity of the Zoysia japonica Soil Treated with Liquid Fertilizer Containing Amino Acids)

  • 김동일;김동훈
    • 미생물학회지
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    • 제42권2호
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    • pp.103-110
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    • 2006
  • 들잔디(zoysia japonica)에 제초제를 살포 한 다음, 아미노산을 포함한 액비(LFcAA)를 처리한 들잔디 토양의 미생물 군집구조 및 다양성을 비교하기 위하여 16S rDNA서열에 기초한 T-RFLP (terminal restriction fragment length polymorphism)분식과 클론의 염기서열 분석을 실시하였다. 제한효소 HaeIII을 이용한 T-RFLP 분석결과 아미노산 액비를 처리한 실험구 KD3과 KD4에서, 32, 38개의 유효한 피크를 가진 T-RFs가 나타났다. 23개를 나타낸 아미노산 무처리구인 KD2가 KD3,4에 비해 미생물군집구조가 단순한 것으로 조사되었다. 네 개의 실험구 KDl (대조구), KD2 (무처리구), KD3 (LFcAA 1X)., KD4 (LFcAA 2X)에서 각각 110개의 클론의 16S rDNA부분 염기서열 분석결과 대부분이 $91{\sim}99%$ 유사도 수준에서 GeneBank에 등록된 염기서열 중 대부분 uncultured bacterium으로 BLAST결과 조사되었다. 이외의 대부분의 클론들은 Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Sphingobacteria, Planctomycetes 그룹들의 클론들이 조사되었고, 특히 LEcAA 2X 처리구인 KD4에서는 KD2에서와는 다르게 Alphaproteobacteria의 Rhizobiales, Shigomonadales,그리고 Caulobacterales목에 속하는 미생물들의 클론이 조사되었으며, Gammaproteobactetia의 Pseudomonas 속의 세균들이 주로 나타났으며, Betaproteobaderia 의 Nitrosomonadales 목의 Nitrosospira 속들이 주로 조사되었다. 이 외에도 Acidobacteria 그룹, Actinobacteria 그룰, Planctomycetacia, Sphingobacteria 그룹들이 다양하게 조사되었다. 이러한 결과는 제초제를 살포한 미생물 군집구조가 LFcAA 첨가로 들잔디의 미생물 군집 구조에 큰 영향을 주고 있음을 시사하였다.

In-Depth Characterization of Wastewater Bacterial Community in Response to Algal Growth Using Pyrosequencing

  • Lee, Jangho;Lee, Juyoun;Lee, Tae Kwon;Woo, Sung-Geun;Baek, Gyu Seok;Park, Joonhong
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제23권10호
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    • pp.1472-1477
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    • 2013
  • Microalgae have been regarded as a natural resource for sustainable materials and fuels, as well as for removal of nutrients and micropollutants from wastewater, and their interaction with bacteria in wastewater is a critical factor to consider because of the microbial diversity and complexity in a variety of wastewater conditions. Despite their importance, very little is known about the ecological interactions between algae and bacteria in a wastewater environment. In this study, we characterized the wastewater bacterial community in response to the growth of a Selenastrum gracile UTEX 325 population in a real municipal wastewater environment. The Roche 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing technique was used for indepth analysis of amplicons of 16S rRNA genes from different conditions in each reactor, with and without the algal population. The algal growth reduced the bacterial diversity and affected the bacterial community structure in the wastewater. The following in-depth analysis of the deep-sequenced amplicons showed that the algal growth selectively stimulated Sphingobacteria class members, especially the Sediminibacterium genus population, in the municipal wastewater environment.

다양한 토양 환경에서 Methyl tert-Butyl Ether와 그의 대사산물이 노출되었을 때 미생물 군집에 미치는 영향: 논, 밭, 갯벌 시료 비교 (Effect of Methyl tert-butyl Ether and Its Metabolites on the Microbial Population: Comparison of Soil Samples from Rice Field, Leek Patch and Tidal Mud Flat)

  • 조원실;조경숙
    • 한국환경보건학회지
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    • 제34권6호
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    • pp.403-413
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    • 2008
  • Toxic effect of methyl tert-butyl ether (MTBE), tert-butyl alcohol (TBA) and formaldehyde (FA) on microbial activity and diversity was compared in rice field, leek patch, and tidal mud flat soil samples. MTBE, TBA and FA with different concentrations were added into microcosms containing these soil samples, and placed at room temperature for 30 days. Then the microbial activities such as dehydrogenase and viable cell numbers and microbial community using a DGGE (Denaturing gradient gel electrophoresis) fingerprinting method were measured. Among the samples, dehydrogenase activity in rice field was inhibited the most by MTBE, TBA and FA. The toxic effect was higher according to the following orders: FA > MTBE > TBA. Dominant species in the microcosms contaminated with MTBE, TBA and FA were Chloroflex, Bacilli, gamma-proteobacteria in the rice field sample, Sphingobacteria, Flavobacteria, Actinobacteria, Bacilli, gamma-proteobacteria in the leek patch sample, and Sphingobacteria, Flavobacteria, delta-proteobacteria, gamma-proteobacteria in the tidal mud flat sample.

16S rRNA 유전자 분석에 의한 전남 순천만 갯벌의 세균 다양성 (Bacterial Diversity in the Mud Flat of Sunchon Bay, Chunnam Provice, by 16S rRNA Gene Analysis)

  • 이명숙;홍순규;이동훈;배경숙
    • 미생물학회지
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    • 제37권2호
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    • pp.137-144
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    • 2001
  • 순천만 갯벌의 세균 군집의 다양성을 조사하기 위해 16S rDNA의 다양성을 조사하였다. 갯벌로부터 전체 핵산을 분리한 후, 세균에 상보적인 universal primer로 증폭된 16S rDNA로부터 클론 라이브러리를 만들었다. 총 111개의 클론으로부터 HaeIII를 이용하여 amplified rDNA restriction analysis (ARDRA)를 수행하고, Gelcompar II 프로그램을 이용하여 pattern을 clustering하였다. 111개의 클론 중 100가지의 서로 다른 RFLP type이 조사되었고, 이들 중 전체 클론 라이브러리를 대표할 수 있는 20개의 클론을 선별하여 부분적인 염기서열을 분석하여 세균 다양성을 분석하였다. 20개의 클론중에는 RDP와 GenBank에서 제공하는 small subunit RNA database와 동일한 클론은 존재하지 않았으며, 이미 알려진 배양 가능한 세균의 16S rRNA 염기서열과 비교 하였을때 77∼96.8%의 유사도를 보였다. 또한 이들 20개의 클론은 alpha-, delta-, gamma-Proteobacteria, low G+C Gram positive bacteria, high G+C Gram positive bacteria, Sphingobacteria (Cytophaga); Cyanobacteria (Chloroplast)등 주요한 7개 lineage에 속했으며, 클론들 중 Proteobacteria가 우점종을 차지하고 있었다.

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빨강불가사리(Certonardoa semiregularis)에서 분리된 세균의 군집구조 분석 (Microbial Community Analysis Isolated from Red Starfish (Certonardoa semiregularis) Gut)

  • 이해리;박소현;김동휘;문경미;허문수
    • 생명과학회지
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    • 제28권8호
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    • pp.955-961
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    • 2018
  • 불가사리를 이용하여 다양한 생리활성에 대한 연구가 많이 진행되었지만, 다른 천연물 연구에 비해 불가사리로 부터 분리한 미생물에 대한 연구는 부족하다. 이에 본 연구에서는 제주도에서 채집한 극피동물인 빨강불가사리(Certonardoa semiregularis)의 내장으로부터 Marine Agar와 R2A를 이용하여 총 103개의 균주를 분리하여 세균군집에 대해 조사하였다. 분리된 균주들은 16S rRNA유전자를 이용하여 염기서열을 분석 및 동정하였다. 그 결과 주요 계통군은 Proteobacteria (Alpha-proteobacteria 24%, Beta-proteobacteria 4%, Gamma-proteobacteria 65%) 93%, Bacteroidetes 4%, Actinobacteria 2%, Firmicutes 1%로 4개의 문이 확인되었고, 7개의 강(Actinobacteria, Flavobacteria, Bacilli, Sphingobacteria, Alpha-proteobacteria, Beta-proteobacteria, Gamma-proteobacteria), 15개의 목, 19개의 과, 24속이 관찰되었다. 또한 계통 분석 결과 2개의 균주(Lysobacter sp., Pedobacter sp.)가 각각 97.55%, 97.58%로 상동성이 98% 이하로 나타나 새로운 속 또는 종으로 분류될 가능성이 있다고 여겨지며, 표준 균주와 함께 신종 후보 균주에 대한 생화학적, 형태학적 등의 추가적인 신종실험을 향후 진행해야 할 것으로 사료 된다.

갯벌 미생물 활성 및 다양성에 미치는 Methyl tert-Butyl Ether(MTBE)와 MTBE 대사산물의 영향 (Effect of Methyl tert-Butyl Ether and Its Metabolites on Microbial Activity and Diversity in Tidal Mud Flat)

  • 조원실;조경숙
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.336-342
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    • 2008
  • 갯벌 토양 내 미생물 군집에 미치는 methyl tert-butyl ether(MTBE)와 그의 대사산물인 tert-butyl alcohol(TBA) and formaldehyde(FA)의 영향을 조사하였다. 서로 다른 농도의 MTBE, TBA 및 FA를 갯벌 토양 microcosm에 첨가한 후 30일 간 실온에 방치했다. Microcosm 시료의 pH, 수분함량, 유기물 함량 등의 물리 화학적 특성을 측정하였다. 총 세균수와 탈수소 효소 활성변화를 측정하였고, 미생물 군집 구조는 16S rRNA-PCR-DGGE(Denaturing gradient gel electrophoresis) fingerprinting 기법을 이용해 모니터링 했다. 그 결과, MTBE, TBA 및 FA 첨가 농도와 물리 화학적 요인들 사이에는 상관관계가 없었다(P>0.05). 탈수소효소 활성과 총 세균수는 MTBE, TBA 및 FA 농도가 증가 될수록 감소하였다(P<0.05). 각각의 독성 물질들이 미생물 활성에 저해 영향을 주었으며 이들의 저해 정도는 FA > MTBE > TBA 순이었다. MTBE, TBA 및 FA 노출 후 군집의 우점종을 살펴 본 결과 Sphingobacteria, Flavobacteria, delta-proteobacteria, gamma-proteobacteria로 크게 네 그룹으로 이뤄졌다. 미생물 군집의 다양성 지수는 MTBE및 대사산물의 주입농도의 영향을 받지 않았다.

조선 시대 인골로부터 분리한 미생물의 유전학적 특성연구 - 김포 장기지구 토광묘 출토 인골을 중심으로 (Genetic Characterization of microorganism from Human Remains in the Joseon Period)

  • 조은민;강소영;권은실;지상현
    • 보존과학연구
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    • 통권31호
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    • pp.69-77
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    • 2010
  • Preservation of artifacts that are excavated from archeological sites is closely related to soil environment. Biological remains are especially influenced by degradation activity of microorganism from soil environment. In this study a preserved human bone in archaeological tomb, Tou-kwang-myo from Joseon Period was analyzed to characterize bacteria groups by molecular genetic tools using 16S rDNA sequences. 117 clones were identified and classified 9 phylogenetic groups : ${\alpha}$-, ${\beta}$-, ${\gamma}$-, ${\delta}$-Proteobacteria, Sphingobacteria, Clostridia, Actinobacteridae, Nitrospiraceae, and Gemmatimonadetes according to homologous 16S rDNA sequences submitted in NCBI. ${\gamma}$-Proteobacteria group appears the highest ratio in bones (about 35%) while about 19.6% belong to the Actinobacteria group. The results may contribute to study on the effect of microorganisms on the human remains with burial method.

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A report of 28 unrecorded bacterial species, phylum Bacteroidetes, in Korea

  • Maeng, Soohyun;Baek, Chaeyun;Bae, Jin-Woo;Cha, Chang-Jun;Jahng, Kwang-Yeop;Joh, Ki-seong;Kim, Wonyong;Seong, Chi Nam;Lee, Soon Dong;Cho, Jang-Cheon;Yi, Hana
    • Journal of Species Research
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    • 제7권2호
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    • pp.104-113
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    • 2018
  • In order to investigate indigenous prokaryotic species diversity in Korea, various environmental samples from diverse ecosystems were examined. Isolated bacterial strains were identified based on 16S rRNA gene sequences, and those exhibiting at least 98.7% sequence similarity with known bacterial species, but not reported in Korea, were selected as unrecorded species. 28 unrecorded bacterial species belonging to the phylum Bacteroidetes were discovered from various habitats including wastewater, freshwater, freshwater sediment, wet land, reclaimed land, plant root, bird feces, seawater, sea sand, tidal flat sediment, a scallop, marine algae, and seaweed. The unrecorded species were assigned to 18 different genera in five families: Flavobacterium, Epilithonimonas, Dokdonia, Gillisia, Flavicella, Chryseobacterium, Algibacter, Aquimarina, Lacinutrix, Gaetbulibacter, Cellulophaga, Tenacibaculum, and Maribacter of Flavobacteriaceae, Dyadobacter of Cytophagaceae, Draconibacterium of Draconibacterium_f, Sunxiuqinia of Prolixibacteraceae, and Fulvivirga of Fulvivirga_f. The selected isolates were subjected to further taxonomic characterization including analysis of Gram reaction, cellular and colonial morphology, biochemical activities, and phylogenetic trees. Descriptive information of the 28 unrecorded species is provided.

초록갈파래(Umbraulva japonica)에서 분리한 세균의 군집 구조 분석 및 항균 활성 (Bacterial Community Analysis and Antibacterial Activity Isolated from Umbraulva japonica)

  • 김지현;박소현;문경미;김동휘;허문수
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제46권2호
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    • pp.127-134
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    • 2018
  • 본 연구에서는 해조류인 Umbraulva japonica의 표면에서 79개의 세균을 분리하였다. 16s rRNA 유전자 분석 결과, 주요 계통군은 Proteobacteria (74.69%), Actinobacteria (2.53%), Fimicute (2.53%), Bacteroidetes (20.25%)로 4개의 문(Phylum)이 관찰되었고, 7개의 강(Class), 13개의 목(Order), 17개의 과(Family), 31개의 속(Genus)을 확인하였다. 계통학적 분석 결과 3개의 균주가 표준균주와 97% 이하의 유사성을 보여 신속 또는 신종으로 보고될 가능성이 있다고 여겨지며, 향후 표준균주들과 함께 추가적인 신종 실험이 수행되어야 할 것으로 사료된다. 분리된 79 균주를 이용하여 인체 및 어류 병원균을 대상으로 항균 활성을 확인하였다. UJT7, UJT20, UJR17의 균체 현탁액이 Vibrio vulnificus에 대하여 항균 활성을 나타냈으며 UJR17의 균체 현탁액은 V. vulnificus와 Streptococcus parauberis에 항균 활성능이 있음을 확인하였다. UJT7은 Bacillus sp., UJT20과 UJR17은 Pseudomonas sp.로 확인되었으며 다양한 활용을 위한 추가적인 실험을 수행한 후 유익하게 이용 될 수 있을 것이라 사료된다.

울릉도 성인봉의 근권 토양 세균군집 분석 (Analysis of Rhizosphere Soil Bacterial Communities on Seonginbong, Ulleungdo Island)

  • 남윤종;윤혁준;김현;김종국
    • 생명과학회지
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    • 제25권3호
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    • pp.323-328
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    • 2015
  • 본 연구에서는 울릉도 성인봉지역의 근권 토양시료로부터 세균군집의 다양성을 조사하였다. 파이로시퀀싱에 의한 16S rRNA 유전자의 염기서열 분석결과 총 1,613개 OTUs를 확인했다. 세균 군집 조사결과 문 수준에서 Proteobacteria문이 42.29%, Acidobacteria문이 26.30%, 그리고 Actinobacteria문이 6.89%로 전체세균의 81.47%를 차지하였다. 강 수준에서는 α-proteobacteria강이 36.07%로 우점하고 있었으며, Acidobacteria_c강이 10.65% 차 우점하였다. 과 수준에서는 Bradyrhizobiaceae과가 22.83%로 우점하고 있었으며, Acidobacteriaceae과가 10.62%으로차 우점하고 있었다. 울릉도와 독도는 환경적으로 유사하지만 울릉도에서의 식물상이 보다 다양하고 개체수가 훨씬 많기 때문에 우점하고 있는 세균의 비율은 높은 차이를 보였지만 비우점 세균들이 차지하는 비율은 다양하게 나타났다. 울릉도와 독도의 세균군집의 다양성 차이는 환경요인에 의한 영향보다 지리적인 위치와 더 관련이 있으며 또한 식생의 유형에 따라 세균 군집의 다양성 영향을 미치는 것으로 보인다.