본 연구는 RAPD 기법을 이용한 종 특이 marker 개발 및 이 marker의 SCAR marker로의 개발을 목표로 수행되었다. Random primer 700개에 대하여 PCR 수행결과, 품종간, 개체간에 많은 다형성이 관찰되었으며 품종특이적인 양상을 나타내는 MG30, MG53의 primer는 각각 2.0kb, 2.3kb의 위치에서 제주말과 더러브렛종의 특이적인 RAPD 단편을 나타내었다. 이들 단편들 중 품종 특이적인 단편을 클로닝한 후 random primer가 포함된 부분의 염기서 열을 결정하였다. 10 bp의 RAPD random primer에 10bp의 염기를 추가하여 SCAR primer를 제작하였다. SCAR marker의 수행결과 RAPD marker와 같은 2.3kb, 2.0kb의 크기에서 제주마와 더러브렛종에 특이적인 하나의 밴드가 증폭되었다. 따라서 이 Cnh-SCAR marker는 보다 안정적이고 재현성 있는 marker로서 사용이 가능하여 제주말의 판별에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.
In this study, in an effort to develop a method for the molecular detection of Tricholoma matsutake in Korea from other closely related Tricholomataceae, a species-specific PCR primer pair, TmF and TmR, was designed using nuclear ribosomal intertranscribed spacer (ITS) sequences. The DTmF and DTmR sequences were 5'-CCTGACGCCAATCTTTTCA-3' and 5'- GGAGAGCAGACTTGTGAGCA-3', respectively. The PCR primers reliably amplified only the ITS sequences of T. matsutake, and not those of other species used in this study.
One of the major allergenic proteins in common buckwheat (Fagopyrum elculentum) was found to be a BW10KD. In this work, allergenic BW10KD genomic DNAs from the native common buckwheat 'Pyeongchang' and Tartarian buckwheat 'Clfa47' were cloned by polymerase chain reaction (PCR), and their nucleotide sequences were determined. In addition, a novel PCR assay targeting the allergenic BW10KD gene was developed to detect and differentiate both buckwheat species in food. The nucleotide sequences of the BW10KD genomic DNA from 'Pyeongchang' and 'Clfa47' were 94% identical. Base differences in the nucleotide sequences of the BW10KD genes are probably useful as a molecular marker for species-specific identification. The 'Pyeongchang'-specific primer set 154PF/400PR and the 'Clfa47'-specific primer set 154DF/253DR generated 247 and 100 bp fragments in singleplex PCR, respectively. A duplex PCR assay with 2 species-specific primer sets simultaneously differentiated the 'Pyeongchang' and 'Clfa47' in a single reaction. The PCR assay also successfully allowed for the rapid detection of buckwheat ingredients in foods.
Several contaminated bacteria such as Lactobacillus brevis and Pediococcus damnosus in beer production cause beer spoilage by producing off flavours and turbidity. Detection of these organisms is complicated by the strict anaerobic conditions and lengthy incubation times required for their cultivation, consequently there is a need for more rapid detection methods. Recently, two contaminated strains were isolated from vessel of beer production and identified as Lactobacillus species by API kit identificaton as well as 16S-23S ITS sequencing analyses. Two isolated strains were named as Lactobacillus sp. HLA1 and Lactobacillus HLB2, respectively. A polymerase chain reaction (PCR) method was developed for the rapid and specific detection of Lactobacillus sp.. Two sets of primer pairs (HLA1-F/HLA1-R and HLB2-F/HLB2-R) were designed for the amplification of a 1576 base pair (bp) fragment of the HLA1 16S-23S rRNA gene and 1888 bp fragement of the HLB2 16S-23S rRNA. Amplified PCR products were highly specific to detect corresponding bacteria when other contaminated strains were used as PCR templates. However, detection of both strains were limited when $100{\mu}{\ell}$ of cultured samples were mixed with $100m{\ell}$ of beer sample in arbitrary manner. The sensitivity of the assay still needs to be improved for direct detection of the small amounts of bacteria present in beer.
Lee, Sun Keun;Lee, Jong Kyu;Lee, Seung Kyu;Kim, Kyung Hee;Lee, Sang Yong
한국산림과학회지
/
제96권5호
/
pp.585-590
/
2007
Rhizina undulata is the fungus, which causes Rhizina root rot on coniferous trees. Nested-PCR using ITS-specific primer was applied to detect R. undulata from the soils of Japanese black pine (Pinus thunbergil) forests infested with the disease in Seocheon, Chungnam Province, South Korea. Soil samples were collected from four different sites, both dead trees and fruit bodies of R. undulata were present, dead trees only present, fruit bodies only present, and both were absent. Nested-PCR products specific to R. undulata ITS-region were amplified. Positive reactions were found in some samples from the sites, where dead trees and fruit bodies of R. undulata were absent as well as where both of those were present. R. undulata was mainly detected in the soil samples from the depth of 5~20 cm under the soil surface. These results show that the nested-PCR could be used to diagnose the presence or potential infestation of R. undulata in the soils of pine forests.
A multiplex polymerase chain reaction (PCR) was developed for the simultaneous detection and differentiation among Vairimorpha spp. and Nosema spp. and identification of Vairimorpha necatrix from Lepidoptera insects. Three sets of primers were selected from different genomic sequences to specifically amplify an 831 bp amplicon within the SSU rRNA gene, specific for both Vairimorpha spp. and Nosema spp. (MSSR primer); a 542 bp amplicon within the SSU rRNA gene, specific for Vairimorpha spp. (VSSU primer); and a 476 bp amplicon within the actin gene, specific for Vairimorpha necatrix (VNAG primer). Using the primers in conjunction with multiplex PCR, it was possible to detect Vairimorpha spp. and Nosema spp. and to differentiate between them. The sensitivity of this PCR assay was approximately 10 spores per milliliter. It is proposed that the multiplex PCR is a sensitive, specific, and rapid tool that can serve as a useful differential diagnostic tool for detecting Vairimorpha spp. and Nosema spp. in Lepidoptera insect.
A technique based on the polymerase chain reaction (PCR) for the specific detection of genus Phytophthora and Phytophthora cryptogea-P. drechsleri complex group was developed using nucleotide sequence information of ribosomal DNA (rDNA) regions. The internal transcribed spacers (ITS) including 5.8S were sequenced for P. cryptogea-P. drechsleri complex group and its related species. Two pairs of oligonucleotide primers were designed. Primer pair ITS1/Phy amplified ca. 240 bp fragment in 12 out of 13 specie of Phytophthora, but not in Pythium spp., Fusarium spp.and Rhizoctonia solani. Primer pair rPhy/Pcd amplified 549 bp fragment only in P. cryptogea-P. drechsleri complex group, but not in other Phytophthora spp.and other genera. Specific PCR amplification using the primers was successful in detecting Phytophthora and P. cryptogea-P. drechsleri complex group in diseased plants.
본 연구는 국내의 경우 제주도의 일부지역에서만 자생하는 흑오미자(Schisandra nigra)를 RAPD법을 이용하여 자웅동주 및 자웅이주 식물의 특이적 Marker를 탐색하고저 실시 하였다. 10-mer로 구성된 80종류의 random primer를 사용하여 흑오미자를 분석한 결과 기존의 재배되고 있는 오미자(Schisandra chinensis) 또는 남오미자(Kadsura japonica)와는 다른 band pattern을 보여 주었다. 흑오미자의 자웅동주. 암그루, 숫그루의 3품종을 상기와 동일하게 80개의 primer를 사용하여 RAPD를 분석한 결과, 5종류의 random primer(OPA-17, OPA-19, OPB-3, OPB-9, OPB-16)에 대해서는 각 품종에 대한 특이적인 band가 검출되었다. 숫그루, 암그루 식물과는 다르게 자웅동주 식물은 3개체(1호 2호, 3호)간에도 서로 다른 band pattern을 보이는 특징을 갖고있다. 숫그루 특이적인 band pattern은 OPB-3 primer을 이용할 경우 750bp에서 검출되었고, 암그루는 OPA-19 primer에서 950bp, 1690bp와 OPB-3 primer의 경우 700bp에서 자웅동주 및 숫그루에서 나타나지 않는 band가 검출되었다. 이러한 결과는 흑오미자의 숫그루 및 암그루에서 나타난 특이적인 band가 유묘시기에 암ㆍ수 개체를 조기에 구별하는 genetic marker로 사용할 수 있으리라 기대된다.
본 연구는 polymerase chanin reaction(PCR)기법과 DNA enzyme-linked immunosorbent assay(DNA ELISA) 기법을 이용하여 토양내 식물병원균인 Ralstonia solanacearum를 검출하고자 하였다. 토양 시료로부터 분석에 사용될 R. solanacearum DNA를 추출하기 위하여 몇 가지 방법을 비교 평가한 결과 기존의 DNA 추출 방법에 비하여 Guanidin isothiocyanate와 Chelex-100 resin을 사용하는 방법 이 토양 내에 존재하는 다양한 중류의 반응 저해 물질과 R. solanacearum만의 고유한 PCR반응 저해물질들을 제거하는 데에 효과적이었다. R. solanacearum만을 특이적으로 검출하기 위해 fliC유전자 부위에 특이적인 몇 종의 primer들을 제작하였다. 이들 중 높은 민감도와 특이도를 나타내는 두 set의 primer RsolfliC(forward; 5-GAACGCCAACGGTGCGAACT-3 and reverse; 5-GGCGGCCTTCAGGGAGGTC-3, designed by J. $Sch\ddot{o}nfeld$ et al.)와 RS_247 (forward; 5-GGCGGTCTGTCGGCRG-3 and reverse; 5-CGGTCGCGTTGGCAAC-3, designed by this study)를 선정하여 nested PCR을 수행할 수 있도록 고안하였다. Nested PCR primer에 biotin을 표지하였고 nested PCR산물의 내부 서열과 특이적으로 교잡반응을 할 수 있는 probe를 제작하여 PCR 결과를 DNA-EIA반응으로 확인 분석할 수 있도록 하였다. Primary PCR과 nested PCR의 산물을 전기영동 상에서 확인한 결과, nested PCR이 약 $10^2$정도의 높은 민감도를 나타내었고 DNA-EIA의 경우 $10^2P{\sim}10^3$정도의 민감도를 상승시켜주는 것으로 확인되었다.
국내에서 개발된 비타민 E 강화 유전자변형 들깨의 정성 PCR 분석법의 개발을 위해 들깨의 내재 유전자로써 KAS-I (Beta-ketoacyl-ACP synthase I)를 선별하였고, 이러한 내재유전자를 특이적으로 증폭시킬 수 있는Primer(Pfru3-F/R)쌍을 이용한 PCR에서 95 bp의 PCR증폭 산물을 얻었으며, 들깨를 포함한 16개 작물에 대해 PCR을 수행한 결과에서 들깨만이 특이적으로 증폭되는 것을 확인하였다. 또한, 비타민 E 강화 유전자변형 들깨에 삽입된 TMT(${\gamma}$-tocopherol methyltransferase) 유전자와 OCS(Octopine synthase) terminator 연결 부위를 증폭시켜 148 bp의 PCR 산물을 얻을 수 있는 primer(TMTO-F/R)를 제작하였으며, 이러한 두 쌍의 primer를 이용하여 국내 개발된 비타민 E 강화 유전자변형 들깨의 PCR 정성 분석법을 확립하였다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.