Hymenolepis nana and Hymenolepis diminuta are globally widespread zoonotic cestodes. Rodents are the main reservoir host of these cestodes. Brown rats (Rattus norvegicus) are the best known and most common rats, and usually live wherever humans live, especially in less than desirable hygiene conditions. Due to the little information of the 2 hymenolepidid species in brown rats in China, the aim of this study was to understand the prevalence and genetic characterization of H. nana and H. diminuta in brown rats in Heilongjiang Province, China. Total 114 fecal samples were collected from brown rats in Heilongjiang Province. All the samples were subjected to morphological examinations by microscopy and genetic analysis by PCR amplification of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (COX1) gene and the internal transcribed spacer 2 (ITS2) region of the nuclear ribosomal RNA gene. In total, 6.1% (7/114) and 14.9% (17/114) of samples were positive for H. nana and H. diminuta, respectively. Among them, 7 and 3 H. nana isolates were successfully amplified and sequenced at the COX1 and ITS2 loci, respectively. No nucleotide variations were found among H. nana isolates at either of the 2 loci. Seventeen H. diminuta isolates produced 2 different COX1 sequences while 7 ITS2 sequences obtained were identical to each other. The present results of H. nana and H. diminuta infections in brown rats implied the risk of zoonotic transmission of hymenolepiasis in China. These molecular data will be helpful to deeply study intra-specific variations within Hymenolepis cestodes in the future.
The survival of Colletotrichum acutatum was investigated in soil, infected fruits, and infected fruit debris incorporated into soil at several temperatures with different soil moisture levels. Samples were examined at 2-week intervals for 18 weeks to determine the survival of the pathogen based on the number of colony forming unit (CFU) of C. acutatum recovered on a semi-selective medium. C. acutatum conidia survived in both sterile and non-sterile soil at 4 and $10^{\circ}C$ for 18 weeks. If infected pepper fruits were completely dried, C. acutatum survived for 18 weeks at temperature from 4 to $20^{\circ}C$. Soil temperature and moisture affected the survival of C. acutatum in infected fruit debris incorporated into soil after air-drying. The effect of soil moisture on survival was weaker at low temperatures than at high temperatures. For up to 16 weeks, conidia were recovered from fruit debris in soil that had been kept at 4 to $20^{\circ}C$ and below 6% soil moisture. Conidia were recovered from fields until approximately 6 months after pepper fruits were harvested. Using PCR with species-specific primers and a pathogenicity test, we identified conidia recovered from soil and infected fruit from both the laboratory and field as C. acutatum and as the primary inoculum causing pepper anthracnose.
Campylobacter is a pathogen for both humans and animals that can be transferred from animals to humans. Four isolates, which grew under 5-10% $CO_2$ and had small and translucent colonies, were obtained from swine gastric mucosa and characterized using various methods. These bacteria were gram negative, spirally shaped with round ends. One or two non-sheathed polar flagella were observed under electron microscopy. A PCR with species-specific protein (SSP) primers for 16S rRNA gene in Campylobacter produced a typical 462 bp fragment. The isolates had various biochemical and molecular characteristics which differentiated them from other Campylobacters. The isolates were catalase and oxidase positive, urease (rapid) negative, nitrate reduction positive, indoxyl acetate hydrolysis positive, y-glutamyl transpeptidase negative, and alkaline phosphatase negative. All four isolates showed growth at $37^{\circ}C{\;}and{\;}42^{\circ}C{\;}but{\;}not{\;}at{\;}25^{\circ}C$, were resistant to cephalotin and cefoperazone, and susceptible to carbenicillin. The isolates showed various results in the reduction of chloride to triphenyl tetrazolium (TTC) and a susceptibility to nalidixic acid. Western blot analysis of these isolates with antiserum raised against one isolate showed different patterns from those of reference strains. A dendrogram drawn with the RAPD results showed that these isolates belonged to a new Campylobacter spp. group different from those of C. jejuni, C. doylei, C. lari, and C. coli.
CSF is a major concern for the swine industry, representing currently the most epizootically dangerous disease to the species. Numerous CSFV isolates with various degrees of virulence have already been isolated worldwide, ranging from low virulent strains that do not result in any apparent clinical signs to highly virulent strains that cause a severe per acute hemorrhagic fever with very high mortality. The molecular epidemiology of CSFVs has proven to be an essential tool for effective disease control and the development of safe and effective vaccines. Therefore, this study cloned and sequenced local CSFV isolates, and conducted a phylogenetic analysis based on the E2 glycoprotein encoding sequences.The RNA was extracted from PK15 cell culture passaged CSFV isolates, the cDNA prepared, and the complete E2 gene amplified with a product size of 1186 bp. The gelpurified PCR product was cloned into a pGEMT easy vector and the positive clone commercially sequenced. Aligning the nucleotide (1119 bp) and amino acid (373) sequences with 29 reference strains revealed nucleotide and amino acid sequence identities of 82.60-97.80% and 88.70-98.70%, respectively, indicating a higher mutation rate of the field CSFV strains. The phylogenetic analysis based on the complete E2 amino acid sequences also revealed a reliable differentiation of all the analyzed strains into specific genetic groups and subgroups, plus the local isolate (CSFV-E2) was found to cluster with the CSFV subgroup 2.2. Thus, the full-length E2 cds proved to be most suitable for a reliable and statistically significant phylogenetic analysis of CSFV isolates.
Potato virus Y (PVY) is one of the most important viruses in many field crops in Korea. In this study, 31 PVY isolates were isolated from infected potato (Solanum tuberosum), tobacco (Nicotiana tabacum), pea (Pisum sativum), and weeds (Veronica persica, Lamium amplexicause and Capsella bursa-pastoris) showing different mosaic symptoms in Jeonbuk, Chungnam, Gangwon, and Gyeongbuk areas in Korea. The 640 nucleotide region containing the C-terminal portion of coat protein (CP) gene and 3'non-translated region (NTR) was amplified by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) using PVY-specific oligonucleotide primers. Sequence analyses of the amplified DNA fragments showed that the C-terminal portion of CP gene was not significantly different from that of previously reported PVY strains from potato (PVY-OK and -T) and tobacco (PVY-VN) in Korea. Homologies of the deduced CP amino acid sequences were 93.3-99.0% to corresponding regions of the other PVY strains including PV $Y^{N}$, PV $Y^{o}$ , PV $Y^{OK}$ , PV $Y^{T}$ , and PV $Y^{VN}$ . In contrast the sequences located at the 3'-NTR showed more diverse sequence homologies (76.4-99.7%). These results indicate that the C-terminal portion of the CP gene was relatively conserved while sequences at the 3'NTR were more diverse and variable over the host species and the regions where they were isolated.e isolated.
Park, Won-Mok;Park, Seung-Kook;Yoon, Ju-Yeon;Ryu, Ki-Hyun;Park, Jang-Kyung
The Plant Pathology Journal
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제18권3호
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pp.121-125
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2002
This study was conducted to determine the causal virus that naturally infected hollyhock (Althaea rosea) plant showing mild mosaic symptom in 1999. Flexuous virus particles were found in the cytoplasm of plant tissue from infected hollyhock under transmissible electron microscopy. A virus from the genus Potyvirus under the family Potyviridae was isolated and was maintained on Chenopodium quinoa for three passages. Chlorotic local legions were used to inoculate 20 species of indicator plants. The virus infected all the tested cucurbit plants, but failed to infect Nicotiana benthamiana. Based on the host range test and RT-PCR analysis, the potyvirus was identified as a strain of Zucchini yellow mosaic virus-A (ZYMV-A), one of the major pathogens of cucurbits. Infectivity analysis showed that ZYMV-A induced faster systemic symptom than ZYMV-Cu on squash and other cucurbit plants, suggesting that ZYMV-A was a more severe strain. To better characterize ZYMV-A, Western blot assay was carried rout to the coat protein (CP) of the virus using ZYMV-specific antiserum with ZYMV-Cu and other potyviruses. The CP of the virus reacted strongly with the antiserum against ZYMV, and other tested antisera did not react with the CP of ZYMV-A. Results strongly suggest that the potyvirus infecting hollyhock was a novel strain of ZYMV. This is the first report on ZYMV as the causal virus infecting hollyhock in Korea.
PARK JONG-HWAN;LEE YEONHEE;MOON ENPYO;SEOK SEUNG-HYEOK;BAEK MIN-WON;LEE HUI-YOUNG;KIM DONG-JAE;KIM CHANG-HWAN;PARK JAE-HAK
Journal of Microbiology and Biotechnology
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제15권3호
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pp.603-608
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2005
We recently isolated a novel probiotic strain, Lactobacillus fermentum PL9005 (KCCM-10250), from infant feces and showed that it had a potential immunoenhancing effect. In the present study, a safety assessment of the bacteria was performed using a BALB/c mouse model. Mice were administered with L. fermentum PL9005 daily for 28 days. There were no detectable changes in body weight, feed intake, or clinical signs, and no significant difference in hematological parameters or blood biochemistry between the L. fermentum PL9005-fed and control groups. Bacterial translocation was detected in the mesenteric lymph nodes, liver, and spleen of some mice with and without L. fermentum PL9005 feeding, however, the organisms were not related to ingestion of L. fermentum PL9005; this was confirmed by PCR using a species-specific primer. No gross lesions were detected in the liver, spleen, or intestine of L. fermentum PL9005-fed or control mice. Mucosal thickness in the ileum, cecum, and colon of L. fermentum PL9005-fed mice was not significantly different from that of corresponding organs in control mice. No inflammation or epithelial cell degeneration in the intestines was observed in any mice. These results indicate that ingestion of L. fermentum PL9005 is safe in mice and can be applied in the functional food market.
Gomaa, Ahmed E.;Deng, Zhiping;Yang, Zhimin;Shang, Liguo;Zhan, Yuhua;Lu, Wei;Lin, Min;Yan, Yongliang
Journal of Microbiology and Biotechnology
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제27권2호
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pp.335-341
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2017
The complexity of the bacterial recombination system is a barrier for the construction of bacterial mutants for the further functional investigation of specific genes. Several protocols have been developed to inactivate genes from the genus Pseudomonas. Those protocols are complicated and time-consuming and mostly do not enable easy construction of multiple knock-ins/outs. The current study describes a single and double crossover-recombination system using an optimized vector-free allele-exchange protocol for gene disruption and gene replacement in a single species of the family Pseudomonadaceae. The protocol is based on self-ligation (circularization) for the DNA cassette which has been obtained by overlapping polymerase chain reaction (Fusion-PCR), and carries an antibiotic resistance cassette flanked by homologous internal regions of the target locus. To establish the reproducibility of the approach, three different chromosomal genes (ncRNA31, rpoN, rpoS) were knocked-out from the root-associative bacterium Pseudomonas stutzeri A1501. The results showed that the P. stutzeri A1501 mutants, which are free of any plasmid backbone, could be obtained via a single or double crossover recombination. In order to optimize this protocol, three key factors that were found to have great effect on the efficiency of the homologous recombination were further investigated. Moreover, the modified protocol does not require further cloning steps, and it enables the construction of multiple gene knock-in/out mutants sequentially. This work provides a simple and rapid mutagenesis strategy for genome editing in P. stutzeri, which may also be applicable for other gram-negative bacteria.
우리나라 주요 해산 어종인 쥐노래미 (Hexagrammos otakii)로부터 성장호르몬 유전자 CDNA를 클로닝하고 이의 염기서열과 발현 특성을 분석하였다. 뇌하수체 조직으로부터 CDNA library를 제작하였으며 membrane filter hybridization 및 expressed sequence tag기술을 이용하여 성장호르몬 CDNA transcript들을 대량 발굴하였다. 총 확보된 full-length clone 39개중 31개가 동일한 형태로 나타났으나 나머지 클론들에서는 5'쪽의 염기서열 변이, ORF내의 염기서열 삽입, 3'쪽의 여기서열의 변이 등이 검출되었다. RT-PCR과 RNA dot blot 분석을 수행한 결과 본 연구에서 얻어진 쥐노래미 성장호르몬 transcript들은 뇌하수체 특이적인 전형적인 어류 성장호르몬 발현 특성을 나타내었다.
Kim, Jeong-Soo;Cho, Jeom-Deog;Choi, Hong-Soo;Lee, Soo-Heon;Choi, Gug-Seoun;Lee, Sang-Yong;Kim, Hye-Jeong;Yoon, Moo-Kyoung
The Plant Pathology Journal
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제26권4호
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pp.328-339
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2010
A tobamovirus, Ribgrass mosaic virus (RMV), was identified newly from chinese cabbage (Brassica campestris L. pekinensis) in Korea. Virus disease incidence of RMV on chinese cabbage was 37.9% in alpine area on August in 1993. RMV induced the symptoms of necrotic ring spots, necrotic streak on midrib and malformation. RMV, Ca1 and Ca3 isolate, could infect 35 species out of 45 plants including Chenopodium amaranticolor. Physical properties of RMV Ca1 isolate were very stable as 10.8 over for dilution end point, $95^{\circ}C$ for temperature inactivation point and 18 weeks for longevity in vitro. RMV had the soil transmission rate of 75.0% for the chinese cabbages, 'Chunhawang' and 'Seoul' cultivars. The purified virions of RMV had the typical ultraviolet absorption spectrum of maximum at 260 nm and minimum at 247 nm. RMV of Ca1 isolate was related serologically with antisera of Tobacco mosaic virus (TMV)-Cym, TMV-O and Pepper mottle virus, but not related with antiserum of Odontoglossum ring spot virus. coat protein gene of RMV-Ca1, sized 473 nucleotides, encoded 158 amino acid residues. Nucleotide identity of RMV-Ca1 CP gene was 96.4% with RMV-Shanghai (GenBank accession No. of AF185272) from China and 96.0% with RMV-Impatiens (GenBank accession No. of AM040974) from Germany. Identity of amino acids between RMV-Ca1 and the two RMV isolates was 96.8%. Specific three primers were selected for rapid and easy genetic detection of RMV using Virion Captured (VC)/RT-PCR method.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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