• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제55권3호
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• pp.279-285
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• 2017

The present study was performed to analyze molecularly the phylogenetic positions of human-infecting Trichostrongylus species in Mazandaran Province, Iran, which is an endemic area for trichostrongyliasis. DNA from 7 Trichostrongylus infected stool samples were extracted by using in-house (IH) method. PCR amplification of ITS2-rDNA region was performed, and products were sequenced. Phylogenetic analysis of the nucleotide sequence data was performed using MEGA 5.0 software. Six out of 7 isolates had high similarity with Trichostrongylus colubriformis, while the other one showed high homology with Trichostrongylus axei registered in GenBank reference sequences. Intra-specific variations within isolates of T. colubriformis and T. axei amounted to 0-1.8% and 0-0.6%, respectively. Trichostrongylus species obtained in the present study were in a cluster with the relevant reference sequences from previous studies. BLAST analysis indicated that there was 100% homology among all 6 ITS2 sequences of T. colubriformis in the present study and most previously registered sequences of T. colubriformis from human, sheep, and goat isolates from Iran and also human isolates from Laos, Thailand, and France. The ITS2 sequence of T. axei exhibited 99.4% homology with the human isolate of T. axei from Thailand, sheep isolates from New Zealand and Iran, and cattle isolate from USA.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제33권8호
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• pp.1233-1241
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• 2020

Objective: The present investigation was aimed to explore the potential of lactobacilli for conjugated linoleic acid (CLA) production, isolated from rumen fluid samples of lactating goats. Methods: A total of 64 isolates of lactobacilli were obtained using deMan-Rogosa-Sharpe (MRS) agar from rumen fluid of goats and further subjected to morphological and biochemical characterizations. Isolates found as gram-positive, catalase negative rods were presumptively identified as Lactobacillus species and further confirmed by genus specific polymerase chain reaction (PCR). The phylogenetic tree was constructed from the nucleotide sequences using MEGA6. Results: Out of the 64 isolates, 23 isolates were observed positive for CLA production by linoleate isomerase gene-based amplification and quantitatively by UV-spectrophotometric assay for the conversion of linoleic acid to CLA as well as gas chromatography-based assay. In all Lactobacillus species cis9, trans11 isomer was observed as the most predominant CLA isomer. These positive isolates were identified by 16S rRNA gene-based PCR sequencing and identified to be different species of L. ingluviei (2), L.salivarius (2), L. curvatus (15), and L. sakei (4). Conclusion: The findings of the present study concluded that lactic acid bacteria isolated from ruminal fluid samples of goat have the potential to produce bioactive CLA and may be applied as a direct fed microbial to enhance the nutraceutical value of animal food products.

• 한국임상수의학회지
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• 제18권3호
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• pp.201-205
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• 2001

위내 Helicobacter 균속에 자연 감염된 개에서 삼중요법의 효과를 알아보기 위해 Helicobacter 균속에 자연 감염된 것으로 판명된 7두의 개를 대상으로 amoxicillin, metronidazole을 14일간 경구투여하였다. 삼중요법 실시에 따른 Helicobacter 균속 감염상태 변화를 평가하기 위해 투여 7일째, 14일째 그리고 투여 중지후 30일째의 위생검 조직에 대한 요소검사, Helicobacter 균속에 대한 중합효소 연쇄반응 검사와 함께 분변시료를 이용한 중합효소 연쇄반응 검사를 실시하였다. 삼중요법 14일째 위생검 조직의 요소검사에서는 7두중 6두가 음성이었으나 위생검조직과 분변시료의 중합효소 연쇄반응 검사에서는 각각 3두와 4두만이 음성이었다. 삼중요법 중지후 30일째 검사에서는 각 검사법이 모두 동일한 결과를 나타내었는데 7두중 3두에서 음성으로 나타났다. 이상의 결과를 바탕으로 위내 Helicobacter 균속에 자연 감염된 개에서 amoxicillin, metronidazole과 omeprazole을 이용한 삼중요법은 Helicobacter 균속 감염 정도를 낮추거나 때로는 완전 박멸할 수 있을 것으로 보여지기에 만성위염의 임상증상을 나타내는 개의 Helicobacter 균속 감염증에 적용할 수 있으리라 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제44권3호
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• pp.212-220
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• 2008

본 연구는 Prevotella nigrescens ATCC $33563^T$에 대한 균주 특이 DNA 프로브라고 보고된 Pn10 프로브의 균주 특이성을 한국인에서 분리된 P. nigrescens의 임상분리 균주를 이용하여 검증하고, P. nigrescens ATCC $33563^T$ 균주 특이 PCR 프라이머를 개발하고자 시행되었다. P. nigrescens와 유전학적으로 가장 가까운 Prevotella intermedia를 포함한 구강 내 치주질환 원인균종인 5균종의 표준균주 및 참고균주, 그리고 P. nigrescens와 P. intermedia의 임상분리 균주를 이용하여 Southern blot 분석법을 시행하였다. Southern blot 분석 결과 Pn10 DNA 프로브에 P. nigrescens ATCC $33563^T$ 및 ChDC KB6 두 균주 지놈 DNA가 검출되었다. P. nigrescens KB6 균주에서 Pn10 DNA 프로브와 상동성이 있는 부위를 PCR법으로 증폭(KB6-Pn10)하여 클로닝한 다음 Pn10 DNA프로브와 같이 핵산 염기서열을 결정하여 상동성을 비교하였다. 그 결과 Pn10과 KB6-Pn10의 핵산염기서열간의 Percent identity는 98.8%였으며, divergence는 0.6%였다. Pn10 DNA 프로브의 핵산염기서열을 바탕으로 두 중류 프라이머 쌍(Pn10-F-AC/Pn10-R-AC 및 Pn10-F-A/Pn10-R-A)을 설계 및 제작하여 P. nigrescens ATCC $33563^T$에 대한 균주 특이성을 PCR법으로 검증하였다. 이들 프라이머 쌍들의 민감도(sensitivity) 조사 결과, 이들은 P. nigrescens ATCC $33563^T$ 지놈 DNA 4 pg까지 검출할 수 있음을 알았다. 이상의 연구 결과를 종합하면, Pn10 DNA 핵산염기서열을 바탕으로 설계된 Pn10-F-AC/Pn10-R-AC 및 Pn10-F-A/Pn10-R-A 프라이머 쌍들은 P. nigrescens ATCC $33563^T$를 신속 정확하게 검출하는 수 있어, 균주의 보존적 측면에서 유용하게 이용될 수 있을 것으로 생각된다.

• 한국식생활문화학회지
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• 제34권2호
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• pp.208-216
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• 2019

Leuconostoc spp. are generally utilized as kimchi starters, because these strains are expected to have beneficial effects on kimchi fermentation, including improvement of sensory characteristics. Here, we developed a detection method for verifying the presence of the kimchi starter Leuconostoc mesenteroides WiKim33, which is used for control of kimchi fermentation. A primer set for multiplex polymerase chain reaction was designed based on the nucleotide sequence of the plasmids in strain WiKim33, and their specificity was validated against 45 different strains of Leuconostoc spp. and 30 other strains. Furthermore, the starter strain consistently tested positive, regardless of the presence of other bacterial species in starter kimchi during the fermentation period. Our findings showed that application of a strain-specific primer set for strain WiKim33 presented a rapid, sensitive, and specific method for detection of this kimchi starter strain during natural kimchi fermentation.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권2호
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• pp.255-267
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• 2015

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) is the causative agent of Johne's disease, a chronic debilitating disease affecting ruminants worldwide. In the present study, we aimed to determine the major gene networks and pathways underlying the immune response to MAP infection using whole-blood cells, as well as provide the potential transcriptional markers for identifying the status of MAP infection. We analyzed the transcriptional profiles of whole-blood cells of cattle identified and grouped according to the presence of MAP-specific antibodies and the MAP shed by them. The grouping was based on the results obtained by ELISA and PCR analyses as follows: i) Test1 group: MAP-negative results obtained by ELISA and positive results obtained by PCR; ii) Test2 group: MAP-positive results obtained by ELISA and negative results obtained by PCR; iii) Test3 group: MAP-positive results obtained by ELISA and positive results obtained by PCR; iv) uninfected control: MAP-negative results obtained both by ELISA and PCR analysis. The results showed down-regulated production and metabolism of reactive oxygen species in the Test1 group, activation of pathways related to the host-defense response against MAP (LXR/RXR activation and complement system) in the Test2 and Test3 groups, and anti-inflammatory response (activation of IL-10 signaling pathway) only in the Test3 group. Our data indicate a balanced response that serves the immune-limiting mechanism while the host-defense responses are progressing.

• 한국응용곤충학회지
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• 제42권1호
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• pp.65-70
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• 2003

곤충자원의 대량사육을 위한 병 발생 예방과 해충의 효과적인 방제를 위하여 흰점박이꽃무지 이병충으로부터 곤충병원 사상균을 분리하였다. 전자현미경 관찰 결과 분리균주 KMA-1은 Metharizium속의 전형적인 쇠사슬형의 분생자를 paliside-like masse에 형성하였다. 따라서, 정확한 동정을 위하여 28S rRNA와 ITS염기 서열을 바탕으로 제작한 특이 프라이머쌍을 사용하여 PCR 반응을 수행하였다. 각각의 프라이머쌍을 사용한 PCR반응으로부터 특이 밴드가 검출되었으며 이 증폭 산물들의 염기 서열을 결정, 비교하였다. 분리 균주 KMA-1의 PCR산물인 28S rRNA와 ITS DNA염기서열을 GenBank데이터베이스에 등록된 염기서열 정보와의 상동성을 검색한 결과, 모두 Metarhizium anisopliae와 가장 높은 서열 상동성을 보였다. 이상의 결과로서 본 실험에서 분리 명명된 KMA-1는 M. anisopliae로 동정되었다.

• Food Science and Biotechnology
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• 제15권6호
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• pp.967-974
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• 2006

Cyclomaltodextrinases (CDases), maitogenic amylases, and neopullulanases share highly conserved primary structures and similar characteristics, and are thus classified into the same family. BLAST search has showed that a variety of bacterial strains harbor putative CDase family genes with several well-conserved motif amino acid sequences. In this study, four degenerate polymerase chain reaction (PCR) primer sets were designed for the detection of CDase genes, on the basis of their highly conserved amino acid blocks (WYQIFP, DGWRLD, LGSHDT, and KCMVW). The PCR detection conditions were optimized and the detection specificity of each for the primer sets was tested against the genomic DNAs isolated from 23 different Bacillus-associated species. Consequently, all tested primer sets evidenced successful amplification of specific PCR products in length, which share 55-98% amino acid sequence identity with known and putative CDases. The primers developed herein, therefore, can be applied for the easy and efficient detection and isolation of CDase family genes for the modification of functional food carbohydrates.

• 식물병연구
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• 제13권1호
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• pp.24-29
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• 2007

풋마름병징을 나타내는 고추와 토마토 식물체로부터 35개의 풋마름병균 계통들을 분리하여 생리.생화학 실험, 병원성 실험, 유전학적 실험을 통해 유전적 다양성을 연구하였다. 생리 생화학 실험과 종특이적 polymerase chain reaction(PCR)을 실시한 결과 풋마름병균 계통들은 모두 Ralstonia solanacerum biovar 4로 동정되었다. 분리균은 고추와 토마토 유묘를 이용해 병원성이 확인되었다. Repetitive sequence-based PCR(rep-PCR) 결과를 토대로 계통도 분석을 한 결과 고추와 토마토 분리균은 6개의 group으로 나뉘었으며, 유전적 다양성은 높게 나타났다. 풋마름병균 계통들의 그룹간에는 지역별, 기주별 특이성은 관찰되지 않았다.

• 식물병연구
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• 제15권2호
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• pp.77-82
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• 2009

최근 혹병이 심하게 발생한 충북지방의 포도나무의 뿌리로부터 선택배지를 이용하여 Agrobacterium속 세균을 분리하고 동정하였다. 분리균의 지방산 분석을 통한 MIDI에 의한 동정, 16S rDNA 염기서열, 생화학적 특성, 종 특이적 primer을 이용한 PCR 결과로 13개 분리균은 모두 A. tumefaciens로 동정 되었으며, 포도나무 혹병균인 A. vitis는 분리되지 않았다. 모든 분리균은 토마토와 포도나무의 줄기와 뿌리에 병원성을 나타내지 않았다. Rep-PCR 결과 분리균은 A. tumefaciens와 일부 유사성이 있지만 전체적으로 병원균인 A. tumefaciens와 A. vitis와는 유사성이 낮았다. 이상의 결과는 충북 일부 지방의 MBA와 거봉에서 발생한 혹병을 일으키는 병원균은 토양이나 뿌리로부터 전반되지 않고 묘목을 통해서 전반되었을 가능성을 시사하고 있다.