• 한국균학회지
• /
• 제27권6호
• /
• pp.394-398
• /
• 1999

형태학적특징으로 분류된 6개의 그룹(GI, GII, GIII, GIV, GV, GVI)에 속하는 수종의 Phytophthora species 간의 RAPD fingerprinting 양상을 살펴보았다. Phytophthora의 일부 균주는 배양시 균사생장 형태가 매우 유사하며, 분리를 위한 여러 가지 특징이 중첩되기 때문에 정확한 동정이 난해하다. 본 실험결과 감자에서 분리한 균주 뿐만 아니라 토마토에서 분리한 P. infestans에서 RAED 분석을 통해서 동정이 가능함을 알 수 있었다. 증폭된 절편들은 $0.3{\sim}3.2\;kb$의 범위에 속했다. 전체 145개 밴드 중에서 109개의 polymorphic band를 얻었다. 7개의 P. infestans 간에는 최저 0.92에서 최고 0.99의 높은 유사성을 보였으며 감자를 기주로한 isolate 3 과는 $0.93{\sim}0.95$를 보였고, P. capsici 간에는 $0.77{\sim}0.86$의 유연성을 보였으며 약 80%의 수준에서 효과적으로 grouping 되었다. 특히 OPA-20를 사용하여 genus Phytophthora 내에 공통으로 존재하는 600 bp의 common band와 P. infestans에만 형성되는 680 bp의 specific band를 얻어 marker로서의 활용이 가능함을 알 수 있었다. 형태학적으로는 GVI 속하는 P. cinnamomi와 P. cryptogea간의 RAPD fingerprinting pattern에서 상이한 band 패턴을 나타냈다. 특히 OPA-04, OPA-17, OPA-18, OPA-19, OPB-12에서는 major band의 molecular weight와 생성밴드의 수에서 뚜렷한 차이를 보였다. 그리고 두 균주간의 유사성은 0.67로 나타났다. GV에 속하는 P. megasperma와 P. sojae의 경우, 유사성 정도가 0.65으로 나타났으며 이는 다른 균주와의 유사정도 보다 가장 높은 수준을 보였다. 또한 이들 균주는 OPA-08, OPA-17, OPA-19를 사용했을 때 단일 major band에서 큰 차이를 보였다.

• 동양고전연구
• /
• 제54호
• /
• pp.155-182
• /
• 2014

이 논문은 "중용"의 "천명지위성(天命之謂性)"과 "시중(時中)", 그리고 "천지위만물육(天地位萬物育)"의 이슈가 진화생물학의 유전자, 자연선택, 종 다양성 문제와 대화 가능한지 그 가능성을 검토하고 있다. 이를 위해 먼저 성리학과 진화생물학의 유사점과 차이점을 살펴보고, "중용"과 진화생물학의 접점이 무엇인지 모색하고 있다. 이 논문은 세 가지 점에서 "중용"과 진화생물학 사이의 대화 가능성을 검토한다. 첫번째는 인간 본성에 대해 천명지위성과 유전자의 관점에서 대화 가능한지 살펴본다. 두 번째는 존재 이유의 타당성을 시중과 자연선택의 관점에서 살펴본다. 세 번째는 생물간 상호 유연 관계를 천지위만물육과 종 다양성이라는 관점에서 살펴본다. 첫 번째 모색의 소주제들은 <리와 기 vs 유전자와 운반체>의 구조적 연관성, <성선 vs 이기적 유전자의 이타성>의 판단기준, <인 의 예 지 vs 후성규칙>에서 '후천적 선험' 도출 가능성이다. 두 번째 모색의 소주제들은 <천리의 뒤집힘[번(?)] vs 돌연변이>, <변/화 vs 진화>의 시간관, <시중 vs 자연선택/적응>의 메타meta적 접근이다. 세 번째 모색의 소주제들은 <리일분수理一分殊 vs 부분과 전체>의 프랙탈 구조, < 일기一氣 vs 생물간 상호 유연>의 상동관계, <천지위 만물육 vs 생태계>와 치중화致中和의 과제이다. 이러한 모색과 제안들에 대한 후속연구는 "중용"을 둘러싼 성리학 연구의 지평 확대를 가져 올 수 있다.

• Mycobiology
• /
• 제44권2호
• /
• pp.112-116
• /
• 2016

We encountered an unfamiliar ascomycete fruiting body, fitting characteristics of the genus Kretzschmaria, which features in a stipitate ascigerous stroma with carbonaceous interior and disintegrating perithecia. In this study, we report and characterize a new species of the decaying fungus. Compared to other species, one of the notable features of this specimen (TPML150908-046) is its stromatal size (up to 15 cm). Although TPML150908-046 is morphologically similar to K. milleri and K. sandvicensis, it differs sharply from both species in apical ring size (TPML150908-046, $6.5{\sim}10.5{\mu}m$; K. milleri, $11{\sim}16{\mu}m$) and ascospore width (TPML150908-046, $10.5{\sim}17{\mu}m$; K. sandvicensis, $8.5~11.5{\mu}m$). Phylogenetic trees based on ${\beta}$-tubulin, ITS, and RPB2 sequences showed that our collection clustered with K. sandvicensis, with the respective similarities for these sequences being 95.6%, 91.3%, and 97.7%, signifying it as another species. With these results, we report it as a new species, which we call Kretzschmaria quercicola sp. nov.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제17권5호
• /
• pp.705-711
• /
• 2007

Two novel strains of the Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides(CFB) group, designated Gsoil $219^T$ and Gsoil $238^T$, were isolated from soil of a ginseng field of Pocheon Province in Korea. Both strains were Gram-negative, aerobic, nonmotile, nonspore-forming, and rod-shaped. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences indicated that both isolates belong to the genus Chitinophaga but were clearly separated from established species of this genus. The sequence similarities between strain Gsoil $219^T$ and type strains of the established species and between strain Gsoil $238^T$ and type strains of the established species ranged from 91.4 to 94.7% and 91.6 to 94.2%, respectively. Phenotypic and chemotaxonomic data(major menaquinone, MK-7; major fatty acids, $iso-C_{15:0}\;and\;C_{16:1}\omega5c$; major hydroxy fatty acid, $iso-C_{17:0}3-OH$; major polyamine, homospermidine) supported the affiliation of both strains Gsoil $219^T$ and Gsoil $238^T$ to the genus Chitinophaga. Furthermore, the results of physiological and biochemical tests allowed genotypic and phenotypic differentiation of both strains from the other validated Chitinophaga species. Therefore, the two isolates represent two novel species, for which the name Chitinophaga soli sp. nov.(type strain, Gsoil $219^T=KCTC\;12650^T=DSM\;18093^T$) and Chitinophaga terrae sp. nov.(type strain, Gsoil $238^T=KCTC\;12651^T=DSM\;18078^T$) are proposed.

• Journal of Ecology and Environment
• /
• 제47권4호
• /
• pp.250-260
• /
• 2023

Background: Crabgrass (Digitaria ciliaris, Poaceae) is a globally distributed weed, including in Afro-Eurasia, America, and Australia. As a highly gregarious plant, crabgrass is an important habitat for a diverse array of insects, and a potential habitat for agricultural pests. To compare the insect communities associated with the crabgrass community, insects were sampled using sweep sampling (100 sweeps per sample) at five sites, including Daejeon (Daejeon and Gap rivers), Anseong, Namhae, and Inje, with a focus on the Daejeon River. Results: A total of 5,888 individual insects belonging to eight orders, 42 families, and 115 species were collected from the five sites. Both the number of species and individuals of Hemiptera were the highest at all of the sites. In the present study, 73% of the insect population fed on D. ciliaris as a host plant. The dominant species in the D. ciliaris community was Laodelphax striatellus (Delphacidae), being ubiquitous at all the sites which showed a high abundance of rice pests in the communities and the suitability of D. ciliaris as an alternative host plant for them. The Shannon-Wiener diversity index was highest in Inje on 17 September (2.88), and the Chao1-bc diversity index was highest in the Gap River on 5 September (80). The sampling efficiency of 100 sweep samples (sample coverage) was calculated to be as high as 90%. The results of the samples taken from September to November in the Daejeon River showed that the number of species and individuals decreased gradually over time, and the number of dominant species decreased sharply between September and October. Similarity analysis indicated that sampling dates that were closer together yielded sampled assemblages with higher faunal similarity. In addition, in each sampling, the difference in the minimum temperature during the two-week period prior to sampling and faunal similarities were negatively correlated. Conclusions: This study provides foundational data that could enhance our understanding of insect diversity in D. ciliaris. The data can facilitate ecological conservation and management of Korean grasslands generally, as well as identification of potential pests that may disperse from D. ciliaris communities to nearby farmland.

• 한국환경생태학회지
• /
• 제2권1호
• /
• pp.19-36
• /
• 1988

치악산국립공원의 주연부 식생구조 및 출현수종을 밝히기 위해 1988년 7월-9월 사이에 현지조사를 한 결과는 다음과 같다. 수관선형, 수간선형 및 전진형 주연부식생이 나타나고 있었으며, 주연부에서 삼림내부로의 거리에 따른 출현수종들이 수관층위별 상대우점치 변화가 방위와 기존 상층우점수종별로 달랐다. 특히, 남사면의 소나무림 내부에서 주연부 양수들이 우세하게 출현하고 있었으며, 북사면 계류 주연부에서는 호습성수종들이 양수들과 함께 우세하게 출현하였다. 삼림주연부로부터 삼림내부로의 거리가 증가할 수록 수관층위별 종수 및 개체수, 종다양도 및 상이도는 감소하는 경향을 나타냈으며, 주연부깊이는 15-20m로 나타났다. 환경유형별 관목층과 임상층의 주연부우점수종은 고도와 지형적 위치 즉, 계곡부, 능선, 정상부에 따라 달랐으며 특히, 정상부의 주연부 우점수종은 독특하였다. 그리고 고도, 지형적 위치 및 방위가 주연부식생간의 유사도에 영향을 미치는 것으로 나타났다. 고도, 방위 및 지형적위치에 따라 주연부 수종들의 출현빈도계급이 달랐으며, 병꽃나무는 전지역에서 높은 출현빈도를 나타냈으며 병꽃나무, 신갈나무, 물푸레나무, 다래, 산딸기, 소나무, 생강나무, 노린재나무, 두릅나무는 대체적으로 전지역에서 주연부 수종으로 출현했다.

• 식물병연구
• /
• 제11권1호
• /
• pp.56-65
• /
• 2005

이 연구는 Alternaria속 균류 중에서 분생포자의 형태가 유사하여 분류, 동정이 매우 어려운 소형의 포자를 형성하는 11종의 Alternaria의 종간 유연관계와 분류체계를 확립하기 위하여 공시균들의 ribosomal DNA의 ITS 및 미토콘드리아 small submit 영역의 염기서열 분석, 그리고 URP primer에 의한 핵산지문분석을 실시하였다. 소형의 포자를 형성하는 11종 Alternaria속의 rDNA internal transcribed spacer(ITS) 영역과 미토콘드리아 small submit rDNA 의 염기서열을 분석하였던 바 A. infectoria를 제외한 10종의 Alternaria에서 100%의 상동성을 나타내었다. 이는 공시한 10종의 Alternaria가 유전적으로 매우 근연의 관계에 있음을 나타내며, 이 marker는 공시균들의 종구분에 이용할 수 없음을 나타내는 것이다. URP primer 10종을 공시하여 소형의 포자를 형성하는 Alternaria 균류의 핵산지문분석을 실시한 결과, 개개의 primer 로는 종간의 구분이 불가능하였으나 여러개의 primer를 종합하여 UPGMA분석을 실시할 경우 비록 종간 유사도는 높았디만 각각의 종은 독립된 cluster를 형성하여 종간 구별이 가능하였다. 자리공에서 분리한 Alternaria sp.는 URP-PCR 핵산지문 분석 결과 다른 Alternaria 종들과 차이가 인정됨으로 이 균은 미기록인 신종의 Alternaria로 사료되었다. A.infectoria는 다른 Alternaria 종들과 ITS 분석 및 URP-PCR 핵산지문분석에서 큰 차이를 보임으로서 뚜렷이 구별되는 종으로 판단되었다.

• 식물분류학회지
• /
• 제53권2호
• /
• pp.126-147
• /
• 2023

녹보리똥나무와 큰보리장나무는 형태적 특성에 기반하여 잡종 분류군으로 제안된 바 있으나, 이에 대한 분류학적 실체가 불명확하다. 본 연구에서는 녹보리똥나무와 큰보리장나무의 잡종 기원을 밝히기 위하여 현장 조사와 표본관에 소장된 표본을 검토하여 형태적 특징을 관찰하였으며, 핵리보솜 구간(internal transcribed spacer, 5S non-transcribed spacer)과 엽록체 구간(matK)의 염기서열을 비교·분석하였다. 형태적 특징을 관찰한 결과, 녹보리똥나무는 보리장나무와, 큰보리똥나무는 통영볼레나무와 형태적으로 유사성을 보였으나, 분자 분석 결과, 녹보리똥나무는 핵리보솜 구간에서 보리장나무와 보리밥나무의 서열의 혼성화가 관찰되었다. 큰보리장나무는 다양한 양상이 관찰되었는데, 일부 개체는 핵리보솜 구간에서 통영볼레나무와 보리밥나무의 서열의 혼성화가, 엽록체 구간에서는 보리밥나무 서열이 관찰되었다. 다른 개체는 핵리보솜 구간에서는 보리밥나무의 서열을 보였으나, 엽록체 구간에서는 통영볼레나무의 서열이 관찰되어 핵과 엽록체간 불일치를 보였다. 일부 개체는 통영볼레나무와 보리밥나무의 중간형을 보였으나, 핵리보솜과 엽록체 구간 모두 보리밥나무 서열이 관찰되었다. 이러한 결과는 두 종이 잡종기원이며, 부모종 또는 잡종 개체간 교배가 빈번히 일어나는 것을 시사한다.

• The Korean Journal of Ecology
• /
• 제27권3호
• /
• pp.161-164
• /
• 2004

본 실험에서는 Thuja 속 7종(Thuja orientalts, T. orientalis 'Avrea Nana', T. orientalis cv. compacts, T. occidentalis, T. occidentalis 'Boothii', T. occidentalis 'Pumila', T. occidentalis 'Tiny Tim')의 침엽에 함유된 monoterpenenoids를 GC-MS로 분석하여 종간을 비교하였다. 분석결과 총 30종류의 성분이 검출되었는데 그 중 α-pinene, camphene, sabinene, myrcene, limonene, bonyl aetate, γ-terpinene, α-terpinenyl acetate는 7종 식물모두에서 검출되었다. Thuja속 7종에서 추출된 monoterpenenoids는 종간에 차이가 나타났으며 Thuja orientalis 'Avrea Nana'(11 Compounds)는 가장 작은 성분이 나타났고 Thuja occidentalis 'Pumila'(26 Compounds)는 가장 많은 종류의 성분이 검출되었다. 검출된 성분을 토대로 종간의 유사성을 PAUP(Phylogenetic Analysis Using Parsimony) 프로그램으로 분계분석을 하였다. 분계도는 4가지 형태가 나타났고 Thuja occidentalis와 Thuja occidentalis 'Boothii'가 가장 유사한 유연관계를 보였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제16권2호
• /
• pp.193-199
• /
• 2006

Halotolerant spore-forming Gram-positive bacteria were isolated from the root, rhizosphere, and non-rhizosphere soil of Blutaparon portulacoides. The different isolates were characterized genetically using an amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA), and phenotypically based on their colonial morphology, physiology, and nutritional requirements. Three different 16S rRNA gene-based genotypes were observed at a 100% similarity using the enzymes HinfI, MspI, and RsaI, and the phenotypic results also followed the ARDRA groupings. Selected strains, representing the different ARDRA groups, were analyzed by 16S rDNA sequencing, and members of the genera Halobaeillus, Virgibacillus, and Oceanobacillus were found. Two isolates showed low 16S rDNA sequence similarities with the closest related species of Halobacillus, indicating the presence of new species among the isolates. The majority of the strains isolated in this study seemed to belong to the species O. iheyensis and were compared using an AP-PCR to determine whether they had a clonal origin or not. Different patterns allowed the grouping of the strains according to Pearson's coefficient, and the resulting dendrogram revealed the formation of two main clusters, denoted as A and B. All the strains isolated from the soil were grouped into cluster A, whereas cluster B was exclusively composed of the strains associated with the B. portulacoides roots. This is the first report on the isolation and characterization of halotolerant spore-forming Gram-positive bacteria that coexist with B. portulacoides. As such, these new strains may be a potential source for the discovery of bioactive compounds with industrial value.