• 미생물학회지
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• 제42권2호
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• pp.89-94
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• 2006

본 연구는 치주질환 병인론 연구에 빈번히 사용되는 Prevotella intermedia ATCC 49046 균주를 특이적으로 검출 및 동정할 수 있는 PCR primer를 개발하기 위하여 시행하였다. P. intermedia ATCC 49046 유전체 DNA를 추출하고, Hind III 제한효소를 이용하여 무작위 클로닝법으로 유전체 DNA 절편을 얻었다. Southern blot 분석법을 이용하여 DNA 절편의 특이성을 조사하였고, chain termination 법을 이용하여 핵산염기서열을 결정하였다. 이를 바탕으로 PCR primer를 설계하고, P. intermedia ATCC 49046에 대한 균주 특이성 및 검출 한계(민감도)를 조사하였다. Southern blot 분석 결과 Pig6 DNA probe는 서양인에서 분리 동정된 P. intermedia 균주와만 hybridization하였고, 한국인에서 분리 동정된 P. intermedia균주들과는 반응이 없었다. Pig6 DNA probe는 813 bp의 핵산염기로 구성되어 있었으며, 이를 바탕으로 설계된 Pig6-F3와 Pig6-R3 primer 쌍에 의해서는 서양 균주에 특이적인 PCR산물이 증폭되었다. Pig6-60F와 Pig6-770R primer 쌍에 의해서는 P. intermedia ATCC 49046 유전체 DNA에서만 특이적인 PCR 산물이 증폭되었다. 두 가지 primer 쌍들 각각에 대한 P. intermedia 유전체 DNA량의 검출 한계를 알아보기 위한 민감도실험 결과 두가지 primer 쌍들 모두 4 pg (약2000마리)까지 검출 가능하였다. 이상의 연구결과를 종합하면, Pig6-60F와 Pig6-770R primer쌍은 P. intermedia ATCC 49046을 균주 특이적으로 동정할 수 있어, 이 균주의 보존적 측면에서 유용하게 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Molecules and Cells
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• 제38권9호
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• pp.773-780
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• 2015

3D8 single chain variable fragment (scFv) is a recombinant monoclonal antibody with nuclease activity that was originally isolated from autoimmune-prone MRL mice. In a previous study, we analyzed the nuclease activity of 3D8 scFv and determined that a HeLa cell line expressing 3D8 scFv conferred resistance to herpes simplex virus type 1 (HSV-1) and pseudorabies virus (PRV). In this study, we demonstrate that 3D8 scFv could be delivered to target tissues and cells where it exerted a therapeutic effect against PRV. PRV was inoculated via intramuscular injection, and 3D8 scFv was injected intraperitoneally. The observed therapeutic effect of 3D8 scFv against PRV was also supported by results from quantitative reverse transcription polymerase chain reaction, southern hybridization, and immunohistochemical assays. Intraperitoneal injection of 5 and $10{\mu}g$ 3D8 scFv resulted in no detectable toxicity. The survival rate in C57BL/6 mice was 9% after intramuscular injection of 10 $LD_{50}$ PRV. In contrast, the 3D8 scFv-injected C57BL/6 mice showed survival rates of 57% ($5{\mu}g$) and 47% ($10{\mu}g$). The results indicate that 3D8 scFv could be utilized as an effective antiviral agent in several animal models.

• 한국산림과학회지
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• 제83권1호
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• pp.20-24
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• 1994

생장기간(生長期間)이 긴 임목(林木)의 경우 어느 형질(形質)의 유전양식(遺傳樣式)을 구명(究明)한다는 것은 상당한 시간(時間)과 노력(努力)이 필요하다. 엽록체(葉綠體)의 DNA는 그 크기가 비교적 작고 세포질(細胞質) 유전현상(遺傳現象)을 보이기 때문에 임목(林木)을 대상(對象)으로 하는 연구(硏究)에 적절(適切)할 것으로 생각된다. 본 연구(硏究)에서는 포플러 5개 수종(樹種)의 엽록체(葉綠體) DNA를 4가지의 제한효소(制限酵素)로 처리(處理)하여 절단(切斷)된 DNA의 크기를 수종간(樹種間) 및 비교(比較) 식물(植物)인 담배와 비교(比較)하였다. 그 결과 포플러의 엽록체(葉綠體) DNA는 서로 아주 유사(類似)하여 사용된 2가지의 제한효소(制限酵素)(BglII 및 PstI)에서는 종간(種間)에 차이를 전혀 볼 수 없었으며 다른 두 효소(酵素)(EcoRI 및 KpnI)에서도 비슷하나 약간의 차이(差異)가 관찰(觀察)되었을 뿐이었다. 그러나 비교(比較) 식물(植物)로 사용한 담배와는 전혀 다른 절단(切斷) pattern을 보이고 있었다. 담배 엽록체(葉綠體)의 rbcL 유전자(遺傳子)를 probe으로 한 DNA-DNA 교잡(交雜)결과 역시 같은 경향(傾向)을 보이고 있었다. 따라서 포플러의 엽록체(葉綠體) DNA는 진화(進化) 과정중 비교적 안정(安定)이 되어 있는 것으로 나타났다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권11호
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• pp.1509-1518
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• 2013

An agar-degrading bacterium, designated as strain $G7^T$, was isolated from a coastal seawater sample from Gaya Island (Gayado in Korean), Republic of Korea. The isolated strain $G7^T$ is gram-negative, rod shaped, aerobic, non-motile, and non-pigmented. A similarity search based on its 16S rRNA gene sequence revealed that it shares 95.5%, 90.6%, and 90.0% similarity with the 16S rRNA gene sequences of Catenovulum agarivorans $YM01^T$, Algicola sagamiensis, and Bowmanella pacifica W3-$3A^T$, respectively. Phylogenetic analyses demonstrated that strain $G7^T$ formed a distinct monophyletic clade closely related to species of the family Alteromonadaceae in the Alteromonas-like Gammaproteobacteria. The G+C content of strain $G7^T$ was 41.12 mol%. The DNA-DNA hybridization value between strain $G7^T$ and the phylogenetically closest strain $YM01^T$ was 19.63%. The genomes of $G7^T$ and $YM01^T$ had an average ANIb value of 70.00%. The predominant isoprenoid quinone of this particular strain was ubiquinone-8, whereas that of C. agarivorans $YM01^T$ was menaquinone-7. The major fatty acids of strain $G7^T$ were Iso-$C_{15:0}$ (41.47%), Anteiso-$C_{15:0}$ (22.99%), and $C_{16:1}{\omega}7c/iso-C_{15:0}2-OH$ (8.85%), which were quite different from those of $YM01^T$. Comparison of the phenotypic characteristics related to carbon utilization, enzyme production, and susceptibility to antibiotics also demonstrated that strain $G7^T$ is distinct from C. agarivorans $YM01^T$. Based on its phenotypic, chemotaxonomic, and phylogenetic distinctiveness, strain $G7^T$ was considered a novel genus and species in the Gammaproteobacteria, for which the name Gayadomonas joobiniege gen. nov. sp. nov. (ATCC BAA-2321 = $DSM25250^T=KCTC23721^T$) is proposed.

• 대한의생명과학회지
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• 제2권2호
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• pp.223-229
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• 1996

HLA-class I 항원의 HLA-B 유전자좌에 존재하는 HLA-B27 유전자는 임상적으로 강직성 척수염과 강한 관련성이 있음이 보고되고 있으며, 현재 HLA 유전자중 질병과의 관련성을 보기 위한 검사로 임상에서 가장 널리 사용되고 있다. 대부분의 검사실에서는 현재까지 혈청학적 검사방법을 이용하여 HLA-B27 검사를 실시하고 있는데, 이 방법은 시약이 고가이고, 검체의 안정성과 보관이 어려우며, 분석시간이 오래 걸리는 등 불편한 점이 있고, 또한 현재에도 계속 새로운 HLA-B27 대립유전자가 발견되고 있으므로 위음성의 가능성도 배제할 수 없어, 보다 정확한 검사방법이 요구되고 있다. 최근 HLA-B27 대림유전자의 염기배열이 대부분 밝혀져 혈청학적 방법 대신 DNA를 이용한 typing방법이 보고되고 있다. 저자들은 HLA-B2l 대립 유전자에 공통으로 존재하는 염기배열 부분을 선택하여 group specific PCR(Polymerase Chain Reaction)을 실시하고 그 유용성을 검토하였다. 혈청학적 방법으로 HLA B-27 형이 확인된 검체 56 개와 4 개의 표준세포주 (HOM-2, JESTHOM, WT24, BTB)를 이용하여 혈청학적 방법과 DNA typing을 비교한 결과, 두 방법사이에 완벽한 일치를 나타내었다. 따라서 group specific PCR을 이용한 HLA-B27 DNA typing은 검체 및 시약의 안정성이 높고, 경제적이며 신속한 검사가 가능하므로 임상에서 활용성이 매우 클 것으로 사료된다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제32권3호
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• pp.300-306
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• 1993

Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki HD-1으로부터 생산된 살충성 내독소 단백질을 coding하는 CryIIA 유전자를 클로닝하고 염기서열을 조사하였다. HD-1 균주의 12개 plasmid 중 225kb plasmid를 분리하여 CryIIA 유전자를 포함하는 5kb HindIII 절편을 hybridization하여 찾아냈다. 이 절편을 plasmid pUC19에 ligation하여 E. coli에 형질 전환하였다. 이 독소 유전자를 포함하는 4kb BamHI-HindIII 절편은 vector pT7-5에 ligation하여 pSKIIA라하였다. pSKIIA는 3개의 open reading frames(orf1, orf2, orf3)로 구성되어 있으며 염기서열은 3,952base로 되어 있었다. 이러한 3개의 orf 각각의 발현 여부를 확인하기 위하여 생물검정을 하였다. 그러나 orf1 또는 orf2에 의한 형질 전환체는 독성이 없는 것으로 나타났다. orf3를 포함하는 형질 전환체는 3종의 나비목 곤충(배추점나방, 담배거세미나방, 담배나방) 및 1종의 파리목 곤충(집모기) 유충에 대하여 독성을 나타내었다.

• 대한바이러스학회지
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• 제27권1호
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• pp.19-27
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• 1997

본 연구에서는 영장류에서 감염성 면역결핍 증상을 일으키는 type D simian retrovirus (SRV)를 검출하기 위해 SRV env 유전자의 특정 지역을 선정하여 증폭, 검색하는 중합효소 연쇄반응 (PCR)법을 개발하였다. 증폭반응의 대상부위인 SRV env 유전자의 3' 후반부는 서로 다른 3 종류의 SRV subtype 1, 2, 그리고 subtype 3에 걸쳐 높은 보존율을 보이고 있다. 반응 결과, 1차 PCR 만으로 3 종류의 SRV subtypes를 동시에 검출, 증폭하였으며 SRV와 더불어 영장류에서 감염성 면역결핍을 유도하는 주요 바이러스 simian immunodeficiency virus 또는 simian T-Iymphotropic virus type 1에 감염된 영장류의 peripheral blood mononuclear cells (PBMCs)을 비교, 완전한 증폭 특이성이 확인되었고 교차반응으로 인한 위양성반응은 발견되지 않았다. 한편, 위 증폭반응의 검출 민감도 측정을 위해 준정량적 적정 PCR을 수행하였으며 SRV 게놈과 증폭 대상 부위의 분자량을 기준으로 한 본 PCR법의 검출 한계는 단 한번의 증폭과 간단한 ethidium bromide 염색만으로 적어도 $5-7{\times}10^4$ 개의 PBMCs 중 한 개의 감염세포를 검출할 수 있는 것으로 확인되었다. 본 연구에서 확인된 신속성과 반응 특이성, 그리고 높은 민감도의 본 PCR 법은 현재 유일한 AIDS 연구모델인 영장류의 SIV 감염 연구 전후에 반드시 필요한 효과적인 SRV 감염검색에서 ELISA법의 위양성에 의한 약점을 보완하고 보다 높은 검출 민감도를 확보함으로써 연구모델 실험의 오류를 최소화하는 데 중요한 역할을 하게 될 것이다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제23권3호
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• pp.367-377
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• 1996

Genes on the long arm of Y chromosome, particularly interval 6, are believed to playa critical role in human spermatogenesis. The objective of this study was to validate a sequenced-tagged site(STS)-mapping strategy for the detection of Yq microdeletion and to use this method to determine the proportion of men with Yq microdeletions in idiopathic, obstructive, nonobstructive azoospermia, severe OATS and in normal males. We analyzed three STS markers mapped to interval 6 within long arm of the Y chromosome from 106 nonobstructive, 30 obstructive azoospermia, 15 severe OATS patients, and normal 42 males in Korean men. By PCR, we tested leukocyte DNA, for the presences of STS markers(DAZ, sY129 and sY134) and SRY gene as internal control. And PCR results were confirmed by Southern hybridization, and were investigated by SSCP analysis for DAZ gene mutation. None of 42 normal males and 30 obstructive azoospermia had microdeletions, Of the 15 severe OATS typed with DAZ, sY129 and sY134, 3(20.0%) patients failed to amplify 1 or more STS markers, and of the 106 nonobstructive azoospermia typed with DAZ, sY129 and sY134, 12(11.3%) patients failed to amplify 1 or more STS markers. From these results, high prevalence(12.4%) of Yq deletion(DAZ, sY129, sY134) in men with nonobstructive idopathic azoospermia and severe OATS were observed in Korean infertility patients. To avoid the infertile offspring by assisted reproductive technique using ICSI or ROSI, genetic diagnosis will be needed in IVF-ET program.

• Journal of Microbiology
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• 제44권3호
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• pp.301-310
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• 2006

Two pathways of ammonium assimilation and glutamate biosynthesis have been identified in microorganisms. One pathway involves the NADP-linked glutamate dehydrogenase, which catalyzes the amination of 2-oxoglutarate to form glutamate. An alternative pathway involves the combined activities of glutamine synthetase, which aminates glutamate to form glutamine, and glutamate synthase, which transfers the amide group of glutamine to 2-oxoglutarate to yield two molecules of glutamate. We have cloned the large subunit of the glutamate synthase (GOGAT) from Salmonella typhimurium by screening the expression of GOGAT and complementing the gene in E. coli GOGAT large subunit-deficient mutants. Three positive clones (named pUC19C12, pUC19C13 and pUC19C15) contained identical Sau3AI fragments, as determined by restriction mapping and Southern hybridization, and expressed GOGAT efficiently and constitutively using its own promoter in the heterologous host. The coding region expressed in Escherichia coli was about 170 kDa on SDS-PAGE. This gene spans 4,732 bases, contains an open reading frame of 4,458 nucleotides, and encodes a mature protein of 1,486 amino acid residues (Mr =166,208). The EMN-binding domain of GOGAT contains 12 glycine residues, and the 3Fe-4S cluster has 3 cysteine residues. The comparison of the translated amino acid sequence of the Salmonella GOGAT with sequences from other bacteria such as Escherichia coli, Salmonella enterica, Shigella flexneri, Yersinia pestis, Vibrio vulnificus and Pseudomonas aeruginosa shows sequence identity between 87 and 95%.

• 생명과학회지
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• 제21권1호
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• pp.96-101
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• 2011

ATP와 L-methionine으로부터 SAM synthetase (MetK)에 의해 생합성 되는 S-adenosylmethionine (SAM)은 세포내 메틸화에 필요한 메틸기를 제공하는 중심적인 공급체의 역할을 할뿐만 아니라 방선균에서는 일차 및 이차대사산물의 생산 조절에 관여하고 있다는 사실이 밝혀졌다. 이에 논 연구에서는 산업적으로 매우 중요한 항진균성 항생물질인 natamycin을 생산하는 S. natalensis로부터 SAM synthetase 코드하는 metK 유전자를 클로닝하고 동정하였다. S. natalensis에서 클로닝된 metK는 1,209 bp의 염기를 가진 유전자로써 아미노산서열에서 S. pristinaespiralis ATCC 25486과 S. peucetius ATCC 27952의 MetK와 96%, S. violaceusniger Tu 4113과 95% 일치하는 매우 높은 상동성을 보였다. 또 pSET152ET 벡터를 이용해 구축한 metK 고발현용 재조합 플라스미드 pCD1를 S. lividans TK24의 genomic DNA에 도입하여 actinorhodin 생산 유도를 시도해 본 결과 R5 고체배지에서 pCD1이 도입되지 않은 균주에서는 actinorhodin 생산을 전혀 확인할 수 없었지만 pCD1이 도입된 형질전환체에서는 actinorhodin 생산이 강하게 유도되었으며 R4 액체배지에서는 actinorhodin 생산량이 10배 증가되었다. 따라서 본 연구를 통해 클로닝된 S. natalensis 유래 metK 유전자는 방선균에서 이차대사산물의 생산을 유도할 수 있음을 확인할 수 있었다.