• 제목/요약/키워드: Site amplification

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Schizosaccharomyces pombe에서 SNF2에 속하는 hrp2+ 유전자의 특성 연구 (Characterization of hrp2 + Gene Related to SNF2 Family in Schizosaccharomyces pombe)

  • Park, In-Soon
    • 한국환경성돌연변이발암원학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.137-141
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    • 2002
  • 본 연구는 분열형 효모 Schizosaccharomyces pombe에서 여러 가지 DNA 절제회복 및 유전자 발현에 관여하는 SNF2/SW12유전자의 기능을 연구하기 위하여 이에 관련되는 유전자를 분리하고 그 특성을 연구하였다. SNF2 motif 의 conserved sequence를 primer로 하여 중합효소 연쇄반응(PCR) 방법으로 480 bp 크기의 DNA fragment를 분리하여, 이를 probe로 하여 효모에서 hrp2+ 유전자를 분리하였다. 분리한 hrp2+ 유전자의 sequence homology를 비교한 결과 3개의 SNF2 motif를 포함하고 있었다. hrp2+유전자의 전사체 크기는 4.7 kb임을 Northern hybridization으로 확인하였다. hrp2+유전자의 전사 개시 부위를 알기 위하여 primer extension분석을 한 결과, 첫 번째 ATG에서 약47 base pair 위쪽에 위치함을 확인하였다. 또한 특성 연구를 위하여 Northern hybridization으로 hrp2+ 유전자의 UV와 MMS에 대한 유도성을 조사한 결과 자외선에 대해서만 유전자의 발현이 유도되었다. 이 결과 분리한 hrp2+는 UV-inducible 유전자임을 확인하였다.

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암 치료 표적으로써 cathepsin S (Cathepsin S as a Cancer Therapeutic Target)

  • 우선민;권택규
    • 생명과학회지
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    • 제28권6호
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    • pp.753-763
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    • 2018
  • Cathepsin은 리소좀에 존재하는 효소로, 엔도좀-리소좀 경로를 통하여 손상된 단백질의 분해를 유도한다. 이러한 cathepsin은 활성화되는 촉매 잔기 위치(catalytic residue site)에 따라 cysteine, aspartate, serine cathepsin으로 나뉜다. 다양한 암세포에서 cysteine cathepsin은 유전자 증폭이나 전사, 번역, 전사 후 단계를 통해 높은 발현을 유지한다. 특히 cathepsin S의 경우, 다른 cysteine cathepsin과 달리 중성 pH 환경에서도 안정적으로 활성도를 유지하며 특정 조직에서 발현이 제한적이라는 특징을 가지고 있기 때문에 질병의 미세환경에서 중요한 역할을 한다. 면역세포에서의 cathepsin S는 불변 사슬(invariant chain)을 분해하여 항원 제시에 중요한 MHC class II의 활성화를 통해 면역 반응을 조절하며, 암세포에서의 cathepsin S는 전이와 혈관신생을 조절함으로써 암세포의 성장을 증가시키는 역할을 한다. Cathepsin S의 발현 조절에 문제가 생기면 암, 관절염, 심혈관 질환을 포함한 많은 병리학적 현상에 영향을 미친다. 특히 암세포에서 cathepsin S의 발현 억제와 결함은 혈관신생을 억제시킬 뿐만아니라, 암세포의 성장과 전이를 감소시키고 세포사멸을 유도한다. 따라서, cathepsin S는 암 치료에 있어 좋은 표적이 될 수 있다.

분포지역에 따른 민물가재 4집단(Eriocheir sinensis)의 지리적 변이 (Geographic Variations in Four Freshwater Crab (Eriocheir sinensis) Populations throughout Its Distribution Range)

  • 윤종만
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제13권2호
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    • pp.97-103
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    • 2009
  • Genomic DNA samples isolated from four geographical freshwater crab (Eriocheir sinensis) populations collected in the inland of the Korean Peninsula (Gunsan, Paju, and Nampo) and a Chinese site, were used for PCR amplification. Seven decamer primers generated 19 specific loci (19/243 loci, 7.81%) in the Gunsan population, 32 (32/215 loci, 14.88%) in the Paju population, 19 (19/231 loci, 8.23%) in the Nampo population and 62 (62/340 loci, 18.24%) in a Chinese population. The average 8.9 specific loci exhibited inter-individual-specific characteristics, thus revealing DNA polymorphisms in the Chinese population. The number of unique shared loci to each population and number of shared loci by the four populations were generated by molecular analysis using seven primers in four populations. 35 unique shared loci to each population, with an average of 5.0 per primer, were observed in the Gunsan population, and 50 loci, with an average of 7.1 per primer, were observed in the Chinese population. The hierarchical dendrogram indicates three main branches: cluster 1 (GUNSAN 01$\sim$GUNSAN 05, PAJU 06$\sim$PAJU 10 and NAMPO 11$\sim$NAMPO 15) and cluster 2 (CHINESE 16, 17, 18, 19 and 20). Conclusively individual no. 20 of the PAJU 10 freshwater crab was most distantly related to CHINESE no. 20 (genetic distance = 0.667). Taken together, these results demonstrate the potential of RAPD analysis to identify diagnostic markers for the identification of four freshwater crab populations.

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설계용 탄성응답스펙트럼으로 규준화된 인공지진동과 기록지진동의 비선형 지진응답 (Nonlinear Seismic Estimates of Recorded and Simulated Ground Motions Normalized by the Seismic Design Spectrum)

  • 전대한;강병두;김재웅
    • 한국지진공학회논문집
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    • 제15권5호
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    • pp.25-33
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    • 2011
  • 비선형 시간이력응답해석에서 입력지진동은 구조물의 탄소성 지진응답을 결정짓는 중요한 요소이다. 시간이력해석에 사용되는 기록지진동파형은 지진발생 메카니즘, 전달경로, 지반의 성질에 따른 여러 가지 인자가 복잡하게 관련되어 있기 때문에 구조물의 지진응답해석에 사용될 일반성을 갖는 입력지진동을 선정하는 것은 매우 어려운 문제이다. 본 논문은 실무에서 내진설계용 지진동으로 가장 선호하지 않는 입력지진동을 선정하여 인공지진동파형을 작성하였다. 인공지진동은 기록지진동과 동일한 위상각을 가지며, 감쇠정수 h=5%일 때의 설계용 스펙트럼과 거의 일치하도록 작성되었다. 기록지지동과 인공지진동을 입력한 1자유도계의 탄성 및 탄소성 지진 응답해석을 수행하여 탄소성 응답스펙트럼 및 입력에너지 응답 특성을 분석하였다. 본 연구에서 작성된 인공지진동은 건축구조물의 탄소성 지진응답해석용 입력지진동으로 충분히 타당성이 있다고 사료된다.

Tyrosine 1045 Codon Mutations in Exon 27 of EGFR are Infrequent in Oral Squamous Cell Carcinomas

  • Tushar, Mehta Dhaval;Ramanathan, Arvind
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권7호
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    • pp.4279-4282
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    • 2013
  • Background: The activation and inactivation of receptor tyrosine kinases are tightly regulated to ensure faithful replication of cells. After having transduced extracellular growth activating signals, activated EGFR is subjected to downregulation either by clathrin mediated endocytosis or c-Cbl mediated proteasome degradation depending on the ligand concentration. c-Cbl is an ubiquitin ligase which requires a phosphorylated tyrosine residue at position 1045 in the cytoplasmic domain of EGFR to interact and add ubiquitin molecules. While activating mutations in exons 19 and 21 have been associated with the development of several cancers, the status of mutations at tyrosine 1045 coding exon 27 of EGFR remain to be investigated. Consistently, defective phosphorylation at 1045 has been associated with sustained phosphorylation of EGFR in non-small lung carcinomas. Hence in the present study we investigated the genetic status of the tyrosine 1045 coding site within exon 27 of EGFR gene to explore for possible occurrence of mutations in this region, especially since no studies have addressed this issue so far. Materials and Methods: Tumor chromosomal DNA isolated from thirty five surgically excised oral squamous cell carcinoma tissues was subjected to PCR amplification with intronic primers flanking the tyrosine 1045 coding exon 27 of EGFR gene. The PCR amplicons were subsequently subjected to direct sequencing to elucidate the mutation status. Results: Sequence analysis identified no mutations in the tyrosine 1045 codon of EGFR in any of the thirty five samples that were analyzed. Conclusions: The lack of identification of mutation in the tyrosine 1045 codon of EGFR suggests that mutations in this region may be relatively rare in oral squamous cell carcinomas. To the best of our knowledge, this study is the first to have explored the genetic status of exon 27 of EGFR in oral squamous cell carcinoma tissue samples.

Recent Progress in Luminescent Lanthanide Complexes for Advanced Photonics Applications

  • Kim, Hwan-Kyu;Oh, Jae-Buem;Baek, Nam-Seob;Roh, Soo-Gyun;Nah, Min-Kook;Kim, Yong-Hee
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제26권2호
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    • pp.201-214
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    • 2005
  • We have designed and developed novel luminescent lanthanide complexes for advanced photonics applications. Lanthanide(III) ions (Ln$^{3+}$) were encapsulated by the luminescent ligands such as metalloporphyrins and naphthalenes. The energy levels of the luminescent ligands were tailored to maintain the effective energy transfer process from luminescent ligands to Ln$^{3+}$ ions for getting a higher optical amplification gain. Also, key parameters for emission enhancement and efficient energy transfer pathways for the sensitization of Ln$^{3+}$ ions by luminescent ligands were investigated. Furthermore, to enhance the optophysical properties of novel luminescent Ln$^{3+}$ complexes, aryl ether-functionalized dendrons as photon antennas have been incorporated into luminescent Ln$^{3+}$ complexes, yielding novel Ln(III)-cored dendrimer complex. The novel Ln(III)-cored dendrimer complex has much higher PL intensity than the corresponding simple complex, due to the efficient site-isolation effect. In this article, we will deal with recent progress in the synthesis and photophysical studies of inert and stable luminescent Ln$^{3+}$ complexes for advanced photonics applications. Also, our review will include the exploratory investigation of the key parameters for emission enhancement and the effective energy transfer pathways from luminescent ligands to Ln$^{3+}$ ions with Ln(III)-chelated prototype complexes.

고추좀잠자리 (Sympetrum depressiusculum)로부터 분리한 리그닌 분해균주, Serratia marcescens HY-5의 특성 (Characterization of a Ligninase Producing Strain, Serratia marcescens HY-5 isolated from Sympetrum dopressiusculum)

  • 김기덕;박두상;신동하;한보나;오현우;윤영남;박호용
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제45권3호
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    • pp.301-307
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    • 2006
  • 고추좀잠자리의 장으로부터 리그닌 분해활성을 보이는 미생물을 분리하였으며 16s rDNA 서열분석 및 생리 생화학적 동정에 의해 Serratia marcescens에 속하는 새로운 균주로 밝혀졌다. 분리된 균주는 리그닌 화합물을 포함하는 배지에서 배양하였을 때 cell growth의 증가에 따라 리그닌 화합물에 대한 분해능이 증가하였으며 48시간의 배양에 의해 20-45%의 분해능을 나타내었고, 특히 monomer 화합물인 vanillin 및 guaiacol과 dimer 화합물인 dealkaline 리그닌에 대한 분해능이 높았다. 분리된 균주 S. marcescens HY-5는 PCR에 의한 16S rDNA의 증폭과 denaturing gradient gel electrophoresis에 의한 장내 세균의 분포를 조사하였을 때 높은 밀도의 분포를 나타내었으며 서로 다른 지역에서 채집된 고추좀잠자리에서 공통적으로 발견되는 특징을 보여주었다.

광계측 시스템을 이용한 유.기중 코로나 방전의 전계변화 측정 및 비교분석 (Analysis and the measurement of the variation of electric field in air and oil using optical measuring system)

  • 마지훈;류철휘;강원종;장용무;구자윤
    • 대한전기학회:학술대회논문집
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    • 대한전기학회 2002년도 하계학술대회 논문집 C
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    • pp.1668-1670
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    • 2002
  • Since more than two decades, the conventional PD detecting systems have been employed in order to detect the partial discharges occurring inside the HV power apparatus for their diagnosis by use of different type of detection such as acoustic and UHF detection method. Regardless of their wide on-site application, a certain number of technical inconveniences have been disclosed as follows : multistage amplification. large volume, susceptible to external noise and high price. In this respect, the optical measurement techniques are widely proposed in these days in this concerned field ascribed to the following advantages : immune to external EMI noise and broad band response of the Pockels cell covering from DC to GHz. However, the reliability of several proposed techniques enabling to measure the electric field inside the large high power apparatus has not yet been well approved In this work, an optical measuring system, based on the Pockels effect, has been developed for measuring the field variation due to the corona discharges occurring in air and in oil. This system consists of He-Ne laser, single mode optical fiber, multi mode optical fiber, polarizing film, Y-cut LiNbO3 cell, photo detector, digital oscilloscope and personal computer with GPIB. For this purpose, optical probe has been specially designed and realized and put into the needle-plane electrode. Afterward, same measurement is carried out in oil. We demonstrate the characteristic of the optical measuring system and the measurement results.

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배추 유래 phytocystatin 유전자, Brcpi1의 분리 및 발현특성 분석 (Isolation and characterization of Brcpi1 gene encoding phytocystatin from chinese cabbage (Brassica rapa L.) seedlings)

  • 정유진;조용구;강권규
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제36권4호
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    • pp.407-414
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    • 2009
  • A cDNA clone encoding phytocystatin was isolated from Brassica rapa seedlings, through rapid amplification of cDNA ends (RACE). This gene (name as Brcpi1; GenBank accession no.: EF079953) had a total length of 881 bp with an open reading frame of 609 bp, and encoded predicted polypeptide of 203 amino acid (aa) residues including a putative N-terminal signal peptide. Other relevant regions found its sequence included the G and PW conserved aa motifs, and the consensus LARFAV sequence for phytocystatins and the reactive site QVVAG. The BrCPI1 protein shared 95, 94, 81, 80 and 78% identity with other CPI proterins isolated from Brassica oleracea (BoCPI-1), Arabidopsis thaliana (AtCY SB), Glycine max (GmCPI), Oryza sativa (OsCYS-2) and Zea may (ZmCPI) at amino acid level, respectively. Southern blot analysis showed that Brcpi1 was a low copy gene. Expression pattern analysis revealed that Brcpi1 was a tissue-specific expressing gene during reproductive growth and strongly expressed at mature seedling stages. Furthermore, overexpression of Brcpi1 in transgenic Arabidopsis was enhanced tolerance to salt and cold stresses. Meanwhile the juvenile seedling of Brcpi1 transgenic plants was not affected by various concentrations ABA in MS medium. Taken together, the results showed that Brcpi1 functioned as a cysteine protease inhibitor and it exhibited a protective agent against diverse types of abiotic stress, which induced this gene in a tissue- and stress-specific manner.

전자뇌관을 이용한 터널발파의 근거리 지반진동 특성 (Characteristics of Near-field Ground Vibration in Tunnel Blasting using Electronic Detonators)

  • 김용표;김갑수;손영복;김재훈;김희도;이준원
    • 화약ㆍ발파
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    • 제31권1호
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    • pp.76-86
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    • 2013
  • 전자뇌관을 사용하여 근접 보안물건에 대한 터널발파 진동제어를 위해서는 근거리 발파진동 특성에 대한 이해가 필요하다. 본 논문에서는 터널발파 진동의 결정에 있어서, 심발부와 확대부의 영향을 분석하였다. 분석을 위한 계측자료는 "원주~강릉 복선전철 제${\bigcirc}{\bigcirc}$공구 노반건설공사" ${\bigcirc}{\bigcirc}{\bigcirc}$ 터널 현장의 기존 도로 하부통과 구간에서 획득하였다. 이에, 0.01%의 높은 시차 정밀도를 가진 터널용 전자발파시스템을 활용하여, 최대 지발당 장약량을 정밀하게 유지함으로써 뇌관 오차에 의한 진동 증폭현상을 제거하고, 진동제어에 유리한 심빼기 발파방법으로 번 컷(Burn-Cut)을 채택하였다. 그 결과, 심발부의 진동수준이 가장 높다는 일반적인 발파 상식과 달리 확대부의 진동수준이 상대적으로 더욱 높은 것으로 나타났다. 결과적으로, 근접 거리의 터널 발파진동은 전자뇌관을 심발부에 적용함으로서 저감시킬 수 있으며, 전체 영역에 전자뇌관을 사용할 경우 더욱 효과적으로 발파진동을 감소시킬 수 있을 것으로 판단된다.