• 제목/요약/키워드: Shuffling

검색결과 96건 처리시간 0.102초

Amino acid substitutions conferring cold-sensitive phenotype on the yeast MTF1 gene

  • Jang, Sei-Heon
    • Journal of Microbiology
    • /
    • 제35권3호
    • /
    • pp.228-233
    • /
    • 1997
  • The MTF1 gene of Saccharomyces cerevisiae encodes a 43 kDa MITOCHONDRIAL RNA polymerase specificity factor which recognizes mitochondrial promoters to initiate correct transcription. To better understand structure-function of the MTF1 gene as well as the transcription mechanism of mitochondrial RNA polymerase, two cold-sensitive alleles of the MTF1 mutation were isolated by plasmid shuffling method after PCR-based random mutagenesis of the MTF1 gene. The mutation sites were analyzed by nucleotide sequencing. These cs phenotype mtf1 mutants were respiration competent on the nonfermentible glycerol medium at the permissive temperature, but incompetent at 13.deg.C. The cs phenotype allele of the MTF1, yJH147, encoded an L146P replacement. The other cs allele, yJH148, contained K179E and K214M double replacements. Mutations in both alleles were in a region of Mtflp which is located between domains with amino acid sequence similarities to conserved regions 2 and 3 of bacterial s factors.

  • PDF

인터넷상의 비디오 데이타 전송에 효과적인 오류 은닉 기법 (An Effective Error-Concealment Approach for Video Data Transmission over Internet)

  • 김진옥
    • 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
    • /
    • 제8권6호
    • /
    • pp.736-745
    • /
    • 2002
  • 압축한 비디오 데이타를 전송할 때 인터넷과 같이 네트워크 채널이 불안정한 경우 패킷이 분실될 가능성이 높다. 패킷 분실은 연속적 비트 열에 오류가 발생하는 버스트 오류 형태로 일어난다. 본 논문에서는 버스트 오류를 은닉 처리하는데 효과적인 오류 내성 기법을 적용하는 동시에 데이타 숨김을 이용하여 디코더의 계산 복잡도를 줄인 빠른 오류 은닉 방법을 제안한다. 오류 은닉 효과를 높이기 위해, 인코더에서는 네트워크 채널의 버스트 오류에 강건하도록 비디오 데이타에 공간적, 시간적 영역에 대한 오류 내성 기법을 적용한다. 공간적 오류 내성 기법으로는 패킷 분실이 발생한 오류 블록을 분리하는데 효과적인 블록 셔플링을 적용하고 시간적 오류 내성 기법으로는 움직임 벡터의 프레임간 패리티 비트를 데이터 숨김 방법으로 내용 데이타에 삽입, 전송하여 디코더에서 분실된 패킷을 처리한다. 비디오 데이타는 전송 후 디코더에서 오류 은닉 처리하는데 디코더에서 주변 정보를 이용하여 오류 비디오 블록을 보간하는 것은 계산이 복잡하여 비용이 많이 든다. 따라서 본 연구에서는 비디오 인코딩 단계에서 비디오 블록의 에지 특징을 추출 후 이 특징 데이타를 원 데이타에 숨겨 전송하고 전송 시 비디오 데이타가 손상되면 디코더에서 숨겨 온 비디오 블록의 특징을 추출하여 쌍선형 보간법을 통해 전송 시 발생한 오류를 은닉 처리한다. 데이타 숨김을 이용하면 디코더의 계산 복잡도는 낮아진다. 본 논문의 실험 결과는 제안 방법이 비디오의 패킷 분실이 30%에 달하는 경우에도 이를 은닉 처리하여 인지 가능한 품질의 비디오 데이타를 보장한다.

융합법을 이용한 바이오에탄올 생산에 적합한 효모균주의 구축 (Construction of Yeast Strain Suitable for Bioethanol Production by Using Fusion Method)

  • 김연희
    • 생명과학회지
    • /
    • 제29권3호
    • /
    • pp.376-381
    • /
    • 2019
  • 본 연구는 에탄올내성, 내열성, ${\beta}-glucanase$ 활성 및 xylose 대사가 가능한 새로운 생물시스템을 육종하기 위해 원형질체융합(protoplast fusion)이라는 방법을 사용하여 S. cerevisiae BYK-F11 균주와 P. $stipitis{\Delta}ura$ 균주와의 genome shuffling을 시도하였다. P. $stipitis{\Delta}ura$ 균주는 URA3 유전자를 결실시켜 uracil 영양요구주로 구축되었다. Protoplast fusion을 통해 몇몇의 융합체가 선별되었고, 두 모균주인 BYK-F11 균주와 P. $stipitis{\Delta}ura$ 균주의 핵형(karyotype)를 모두 가지는 BYKPS-F8 균주가 22개의 융합체중에서 최종 선정되었다. 이어 ${\beta}-glucanase$ 활성, xylose 이용능, 에탄올내성, 내열성 및 에탄올생산성에 대한 다양한 표현형이 조사되었다. BYKPS-F8 균주는 모균주인 BYK-F11 균주가 가지는 ${\beta}-glucanase$ 활성을 가지게 되었고, P. $stipitis{\Delta}ura$ 균주가 가지는 xylose 이용능도 모균주보다 1.2배 증가되었음을 확인할 수 있었다. BYKPS-F8 균주는 $40^{\circ}C$에서 내열성을 보였으며, 8% 에탄올이 첨가된 배지에서 모균주에 비해 에탄올 내성이 증가되었음을 확인 할 수 있었다. 20 g/l의 xylose가 함유된 배지에서 72시간 배양에 의해 약 7.5 g/l의 에탄올을 생산할 수 있었으며, 260시간의 장기간의 배양에도 BYKPS-F8균주에 도입한 다형질이 안정적으로 유지됨을 확인하였다. 따라서, 본 연구에서 사용된 균주 육종방법을 통해 다형질을 가진 다른 속간의 균주 융합 및 산업적으로 유용한 생물시스템의 육종이 가능함을 확인하였다.

Trap identification of the constitutive promoter-like sequences from the bacterial fish pathogen, as exemplified by Edwardsiella tarda

  • Lee, Sang-Yoon;Kim, Ki-Hong;Kim, Dong-Soo;Nam, Yoon-Kwon
    • 한국어병학회지
    • /
    • 제24권3호
    • /
    • pp.297-305
    • /
    • 2011
  • A trap identification system for isolating functional sequences to allow the constitutive expression of foreign protein from Edwardsiella tarda was developed. Using the green fluorescent protein (GFP) reporter-based trap system, various functional sequences to drive heterologous expression of the GFP were selectable in Escherichia coli host. However from the bioinformatic sequence analysis, all the segments predicted as regulatory regions were not native promoters actually existing upstream of endogenous E. tarda genes. Instead, a number of non-authentic sequences, possibly resulted from the random shuffling and/or intermolecular ligation were also proven to be able to display a potent GFP expression in the recombinant E. coli. Further analysis with selected clones showed that both authentic and non-authentic sequences could function in as a constitutive promoter, leading quite a consistent and stable GFP expression after repetitive subcultures. Microscopic examination also confirmed the uniform pattern of GFP expression in every host bacterium. Semi-quantitative assay of GFP showed that there was no clear relationship between expression levels and organizational features of the promoters trapped. Functional promoter-like elements achieved in the present study could be a good starting material for multivalent genetic engineering of E. tarda in order to produce recombinant vaccines in a cost-effective fashion.

산소치료를 비롯한 한방치료를 통하여 호전된 파킨슨병 치험1례 (A Case Report of Patient Parkinson's Disease Treated with Oxygen Therapy)

  • 곡경내;김효주;김주원;신현권;차혜진;이지원;박세진;장준호
    • 동의신경정신과학회지
    • /
    • 제18권3호
    • /
    • pp.261-275
    • /
    • 2007
  • Parkinson's Disease is a well known degenerative disease which result's in the depletion of dopamin-producing neurons in the pars compacta of the substantia nigra. This is a chronic, progressive disorder characterized by progressive muscular rigidity, pill-rolling tremor, flexed posture, shuffling gate and akinesia. This study was designed to evaluate the effects of an oxygen therapy with various scales on symptoms of Parkinson's disease. We treated his disease with Oxygen treatment , including herbal medicine acupuncture, and trigger point therapy, and we evaluated the clinical progress of the patient using UPDRS and H- Y stage. After treatment for about 1-month, the chief complaints and tremor symptoms were improved. This study suggests that oxygen therapy is significantly effective in the treatment of Parkinson's disease.

  • PDF

고속 EFEM의 성능평가시스템 개발 (Development of Performance Evaluation System for the High Speed EFEM)

  • 조정환;노희정
    • 조명전기설비학회논문지
    • /
    • 제24권2호
    • /
    • pp.27-32
    • /
    • 2010
  • 본 논문은 반도체 공정에 사용되는 고속 EFEM(Equipment Front End Module) 장치의 새로운 성능평가시스템을 제안한다. 다관절 로봇으로 구성된 EFEM은 실리콘 웨이퍼 또는 포토마스크를 클린 스토리지 캐리어와 각종 계측 및 테스팅 시스템 사이를 이동시키는 반도체 자동화의 핵심장치이다. 성능평가 시스템 개발을 위한 이론과 실험적인 연구가 수행되었고, 그 결과는 고속 EFEM 장치의 성능 평가시스템이 적합함을 입증한다. 특히, WTO/TBT(Technical Barhers to Trade) 협정 및 PL(Product Liability)법에 대처하는데 매우 효과적이다.

Transcriptional Profiling of the Trichoderma reesei Recombinant Strain HJ48 by RNA-Seq

  • Huang, Jun;Wu, Renzhi;Chen, Dong;Wang, Qingyan;Huang, Ribo
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제26권7호
    • /
    • pp.1242-1251
    • /
    • 2016
  • The ethanol production of Trichoderma reesei was improved by genome shuffling in our previous work. Using RNA-Seq, the transcriptomes of T. reesei wild-type CICC40360 and recombinant strain HJ48 were compared under fermentation conditions. Based on this analysis, we defined a set of T. reesei genes involved in ethanol production. Further expression analysis identified a series of glycolysis enzymes, which are upregulated in the recombinant strain HJ48 under fermentation conditions. The differentially expressed genes were further validated by qPCR. The present study will be helpful for future studies on ethanol fermentation as well as the roles of the involved genes. This research reveals several major differences in metabolic pathways between recombinant strain HJ48 and wild-type CICC40360, which relates to the higher ethanol production on the former, and their further research could promote the development of techniques for increasing ethanol production.

가압경수로의 노심내 핵연료관리용 탐색도구의 개발 (Development of In-Core Fuel Management Scoping Tools for PWR)

  • Kim, Chang-Hyo;Kim, Teak-Kyum
    • Nuclear Engineering and Technology
    • /
    • 제25권1호
    • /
    • pp.20-27
    • /
    • 1993
  • 이 논문은 가압경수로의 노심내 핵연료 관리용 탐색코드를 개발하기 위한 것이다. 이 목적으로 점반응도모형을 사용하여 핵연료주기 결정을 위한 FCYPRM코드를 제작하였고, 수정형 Borresen의 소격확산모형과 노달전개법에 의한 중성자 공간 해석용 CMSNAP코드를 개발하였다. 또한 수치 실험을 통하여 일련의 경험칙을 수립하고 이들을 이용하여 재장전노심 핵연료집합체 배치코드로서 ALPS코드를 개발하였다. 수치계산결과를 예시함으로서 개개 코드들의 유용성과 응용성을 입증하였으며, 이들 코드들을 가압경수로의 재장전노심 설계문제를 해결하기 위한 코드로 합성, 응용함으로서 상기 코드들이 효과적인 탐색코드가 될 수 있음을 보였다.

  • PDF

Application of deep neural networks for high-dimensional large BWR core neutronics

  • Abu Saleem, Rabie;Radaideh, Majdi I.;Kozlowski, Tomasz
    • Nuclear Engineering and Technology
    • /
    • 제52권12호
    • /
    • pp.2709-2716
    • /
    • 2020
  • Compositions of large nuclear cores (e.g. boiling water reactors) are highly heterogeneous in terms of fuel composition, control rod insertions and flow regimes. For this reason, they usually lack high order of symmetry (e.g. 1/4, 1/8) making it difficult to estimate their neutronic parameters for large spaces of possible loading patterns. A detailed hyperparameter optimization technique (a combination of manual and Gaussian process search) is used to train and optimize deep neural networks for the prediction of three neutronic parameters for the Ringhals-1 BWR unit: power peaking factors (PPF), control rod bank level, and cycle length. Simulation data is generated based on half-symmetry using PARCS core simulator by shuffling a total of 196 assemblies. The results demonstrate a promising performance by the deep networks as acceptable mean absolute error values are found for the global maximum PPF (~0.2) and for the radially and axially averaged PPF (~0.05). The mean difference between targets and predictions for the control rod level is about 5% insertion depth. Lastly, cycle length labels are predicted with 82% accuracy. The results also demonstrate that 10,000 samples are adequate to capture about 80% of the high-dimensional space, with minor improvements found for larger number of samples. The promising findings of this work prove the ability of deep neural networks to resolve high dimensionality issues of large cores in the nuclear area.

Novel Image Classification Method Based on Few-Shot Learning in Monkey Species

  • Wang, Guangxing;Lee, Kwang-Chan;Shin, Seong-Yoon
    • Journal of information and communication convergence engineering
    • /
    • 제19권2호
    • /
    • pp.79-83
    • /
    • 2021
  • This paper proposes a novel image classification method based on few-shot learning, which is mainly used to solve model overfitting and non-convergence in image classification tasks of small datasets and improve the accuracy of classification. This method uses model structure optimization to extend the basic convolutional neural network (CNN) model and extracts more image features by adding convolutional layers, thereby improving the classification accuracy. We incorporated certain measures to improve the performance of the model. First, we used general methods such as setting a lower learning rate and shuffling to promote the rapid convergence of the model. Second, we used the data expansion technology to preprocess small datasets to increase the number of training data sets and suppress over-fitting. We applied the model to 10 monkey species and achieved outstanding performances. Experiments indicated that our proposed method achieved an accuracy of 87.92%, which is 26.1% higher than that of the traditional CNN method and 1.1% higher than that of the deep convolutional neural network ResNet50.