Sequence analysis of the 16S rRNA gene has been widely used for the classification of microorganisms. However, we have been unable to clearly identify five Flavobacterium species isolated from a freshwater by using the gene as a single marker, because the evolutionary history is incomplete and the pace of DNA substitutions is relatively rapid in the bacteria. In this study, we tried to classify Flavobacterium species through multilocus sequence analysis (MLSA), which is a practical and reliable technique for the identification or classification of bacteria. The five Flavobacterium species isolated from freshwater and 37 other strains were classified based on six housekeeping genes: gyrB, dnaK, tuf, murG, atpA, and glyA. The genes were amplified by PCR and subjected to DNA sequencing. Based on the combined DNA sequence (4,412 bp) of the six housekeeping genes, we analyzed the phylogenetic relationship among the Flavobacterium species. The results indicated that MLSA, based on the six housekeeping genes, is a trustworthy method for the identification of closely related Flavobacterium species.
This paper describes the development of neurological signs of two prematurely born calves four days after birth. The pathological examination results indicated fibrinopurulent polyserositis, including meningoencephalitis with suppurative bronchopneumonia. Bovine viral diarrhea virus subtype 2a was detected in most of the internal organs, and the bacterial colonies cultured from the samples were identified as Klebsiella (K.) pneumoniae. Molecular analysis via multilocus sequence typing identified a different K. pneumoniae isolate in each calf-type 14 in calf A and type 65 in calf B. This is the first report identifying K. pneumoniae sequence types 14 and 65 in cattle.
CHIN HWA SUP;BREIDT FRED;FLEMING H. P.;SHIN WON-CHEOL;YOON SUNG-SIK
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
제16권1호
/
pp.68-76
/
2006
Despites many attempts to explore the microbial diversity in kimchi fermentation, the predominant flora remains controversial to date. In the present study, major lactic acid bacteria (LAB) were investigated in Chinese cabbage kimchi in the early phase of fermention. For the samples over pH 4.0, viable cell counts of Leuconostoc and Pediococcus were $10^6\;cfu/ml$ and below $10^2\;cfu/ml$, respectively, and 20 isolates out of 172 were subjected to a biochemical identification (API 50 CH kit) as well as molecular-typing methods including ITSPCR with a RsaI digestion and 16s rRNA gene sequence analysis for species confirmation. Seven isolates were nicely assigned to Lb. brevis, 6 to Leuconostoc spp. (2 mesenteroides, 2 citreum, I carnosum, I gasicomitatum), 4 to Weissella (3 kimchii/cibaria, 1 hanii) and 2 to other Lactobacillus spp. (1 farciminis, 1 plantarum). On the other hand, the biochemical identification data revealed 9 strains of Lb. brevis, 6 strains of Leuconostocs,2 strains of Lb. plantarum and 1 strain each of Lb. coprophilus and Lactococcus lactis. However, a single isolates, YSM 16, was not matched to the ITS-PCR database constructed in the present study. Two Lb. brevis strains by API 50 CH kit were reassigned to W kimchii/cibaria, Lb. coprophilus or W hanii, respectively, judging from the results by the above molecular typing approaches. As a whole, the identification data obtained by the biochemical test were different from those of ITS-PCR molecular method by about $63\%$ at genus-level and $42\%$ at species-level. The data by the ITS-PCR method conclusively suggest that predominant LAB species is probably heterolactic Lb. brevis, followed by W kimchii/cibaria, Leuc. mesenteroides, and Leuc. citreum, in contrast to the previous reports [3] that Leuc. mesenteroides is the only a predominant species in the early phase kimchi fermentation.
Elbasi, Mehmet Onur;Tulunay, Aysin;Karagozoglu, Hale;Kahraman, Semra;Eksioglu-Demiralp, Emel
Clinical and Experimental Reproductive Medicine
/
제47권2호
/
pp.122-129
/
2020
Objective: The survival of a semi-allogeneic fetus depends on several immunological mechanisms, and it has been suggested that recurrent pregnancy loss (RPL) could develop as a result of one or more immunological abnormalities. Methods: Compatibility between partners for human leukocyte antigen (HLA) genotypes and the relationships between maternal killer-cell immunoglobulin-like receptor (KIR) and paternal HLA-Bw4/Bw6 and HLA-C1/C2 supra-groups were investigated in 25 couples with RPL in comparison to healthy couples with children. HLA and KIR genotyping was performed using polymerase chain reaction with sequence-specific primers and/or sequence-specific oligonucleotides. Results: HLA class I incompatibility between partners, especially in HLA-B alleles, was more common in the RPL group (p= 0.01). HLA-C2 homozygosity was more frequent in the male partners of RPL couples than in other groups (p= 0.03). The KIR2DL5 gene frequency was significantly higher in both the female and male partners of RPL couples, whereas the KIR2DS3 gene frequency in male partners of RPL couples was significantly reduced (p= 0.03). The presence of KIR2DL3 in women with RPL was correlated with the presence of HLA-C2 alleles in their spouses (p= 0.03). Conclusion: Our data from a Turkish population suggest that male HLA-C2 homozygosity may play an important role in RPL. Additionally, an incidental match between male HLA-C2 and female HLA-C1 ligand KIR receptors might perturb the balance between activatory and inhibitory KIR-ligand interactions during pregnancy in couples affected by RPL. The roles of orphan KIR2DL5 and orphan KIR2DS3 in RPL remain obscure.
Bacillus subtilis is a useful bacterium in the food industry with applications as a starter strain for fermented food and as a probiotic. However, it is difficult to discriminate B. subtilis from other Bacillus species because of high phenotypic and genetic similarity. In this study, we employed five previously constructed multilocus sequence typing (MLST) methods for the discrimination of B. subtilis from other Bacillus species and all five MLST assays clearly distinguished B. subtilis. Additionally, the 17 housekeeping genes used in the five MLST assays also clearly distinguished B. subtilis. The pyruvate carboxylase (pyrA) and shikimate dehydrogenase (aroE) genes were selected for the discrimination of B. subtilis because of their high number of polymorphic sites and the fact that they displayed the lowest homology among the 17 housekeeping genes. Specific primer sets for the pyrA and aroE genes were designed and PCR products were specifically amplified from B. subtilis, demonstrating the high specificity of the two housekeeping genes for B. subtilis. This species-specific PCR method provides a quick, simple, powerful, and reliable alternative to conventional methods in the detection and identification of B. subtilis.
Rice blast fungus, Magnaporthe oryzae, inflicts serious damage to global rice production. Due to high variability of this fungal pathogen, resistance of newly-released rice cultivars is easily broken down. To understand the population structure of M. oryzae, we analyzed the genetic diversity of the Korean population using multilocus microsatellite typing. Eleven microsatellite markers were applied to the population of 190 rice isolates which had been collected in Korea for two decades since the 1980's. Average values of gene diversity and allele frequency were 0.412 and 6.5, respectively. Comparative analysis of the digitized allele information revealed that the Korean population exhibited a similar level of allele diversity to the integrated diversity of the world populations, suggesting a particularly high diversity of the Korean population. Therefore, these microsatellite markers and the comprehensive collection of field isolates will be useful genetic resources to identify the genetic diversity of M. oryzae population.
Purpose: Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has become a major clinical problem and one of the major nosocomial pathogen worldwide. The aim of the study was to investigate the epidemiological characteristics of genotypes of MRSA isolated in the A-hospital ICU. Methods: In the period between December 2007 and May 2008, MRSA was isolated from ICU patients and its surrounding environment. Polymerase Chain Reaction (PCR) was conducted for the detection of MRSA gene. The incidence of MRSA in the clinical isolates of Staphylococcus aureus was examined by using a multiplex PCR. The spa gene of Staphylococcus aureus encodes protein A and is used for typing of MRSA. We used sequence typing of the spa gene repeat region to study the epidemiology of MRSA at a hospital. Results: Two different genotypes of MRSA were identified with 90 isolated from the patients and its surrounding environments in the ICU. Conclusion: This study may contribute to the development of effective strategies for preventing nosocomial infections. Genotyping may have more general application for the study of MRSA epidemic outbreak in hospital and community infection.
The prevalence, genotype for antibiotic resistance and antibiotic susceptibility of vancomycin resistant enterococci (VRE) were determined. And molecular typings of the Enterococcus faecium isolates were analyzed. Prevalence of VRE in chickens, healthy children and intensive care unit (ICU) patients was 41.6%,7.9%, and 20.4%, respectively. Forty out of 54 isolates from chicken intestines, and 9 out of 11 from ICU patients were identified as Enterococcus faecium. Eleven out of 13 isolates from non-hospitalized young children were E. gallinarium. Twelve strains of E. faecalis were isolated from chicken intestines. The gene for the antibiotic resistance in E. faecium, and E. faecalis was vanA, while that in E. gallinarium was vanC1. E. faecium isolates were resistant to most of antibiotics except ampicillin and gentamicin. Molecular typing of the E. faecium strains obtained by pulse field gel electrophoresis and repetitive sequence-based PCR suggest that VRE transmit horizontally from poultry to humans, especially young children, via the food chains in Korea.
Cho, Yoonjung;Lee, Min Ho;Kim, Su Jin;Park, Ji Hwan;Jung, Ju Yeon
대한의생명과학회지
/
제28권3호
/
pp.157-169
/
2022
DNA typing is the typical technology in the forensic science and plays a significant role in the personal identification of victims and suspects. Short tandem repeat (STR) is the short tandemly repeated DNA sequence consisting of 2~7 bp DNA units in specific loci. It is disseminated across the human genome and represents polymorphism among individuals. Because polymorphism is a key feature of the application of DNA typing STR analysis, STR analysis becomes the standard technology in forensics. Therefore, the DNA database (DNA-DB) was first introduced with 4 essential STR markers for the application of forensic science; however, the number of STR markers was expanded from 4 to 13 and 13 to 20 later to counteract the continuously increased DNA profile and other needed situations. After applying expanded STR markers to the South Korean DNA-DB system, it positively affected to low copy number analysis that had a high possibility of partial DNA profiles, and especially contributed to the theft cases due to the high portion of touch DNA evidence in the theft case. Furthermore, STR marker expansion not only contributed to the resolution of cold cases but also increased kinship index indicating the potential for improved kinship test accuracy using extended STR markers. Collectively, the expansion of the STR locus was considered to be necessary to keep pace with the continuously increasing DNA profile, and to improve the data integrity of the DNA-DB.
This study aimed to develop a semi-nested polymerase chain reaction assay for the direct detection of Mycoplasma synoviae (M. synoviae) from clinical samples using three newly designed oligonucleotide primers specific to the variable lipoprotein haemagglutinin (vlhA) gene and differentiate M. synoviae field strains based on a nucleotide deletion or the insertion of the proline-rich repeat (PRR) region of the vlhA gene. The developed semi-nested polymerase chain reaction (PCR) assay revealed positive results in 12 out of 100 clinical samples collected from chickens showing lameness and joint swelling. Six positive samples were selected randomly for sequencing, and sequence analysis revealed 96.3-100% nucleotide identities compared to the reference sequences. Phylogenetic analysis showed that sequences of the strains in this study were closely related to WVU1853 (Spain), CK.MS.UDL.PK.2014.2 (Pakistan), and F10-2AS (USA) strains, but they were distinct from the M. synoviae-H vaccine strain sequence. M. synoviae obtained from these samples were identified as types A and C with a length of 38 and 32 amino acids, respectively. These results indicated that the specific and sensitive semi-nested PCR could be a useful diagnostic tool for the direct identification of clinical samples, and the sequence analysis of the partial vlhA gene can be useful for typing M. Synoviae.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.