• 한국패류학회지
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• 제29권3호
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• pp.181-187
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• 2013

In order to investigate environmental stress inducible genes in abalone, we analyzed differentially expressed transcripts from a Pacific abalone, Haliotis discus hannai, after exposure to heat-, cold- or hyposalinity-shock by suppression subtractive hybridization (SSH) method. 1,074 unique sequences from SSH libraries were composed to 115 clusters and 986 singletons, the overall redundancy of the library was 16.3%. From the BLAST search, of the 1,316 ESTs, 998 ESTs (75.8%) were identified as known genes, but 318 clones (24.2%) did not match to any previously described genes. From the comparison results of ESTs pattern of three SSH cDNA libraries, the most abundant EST was different in each SSH library: small heat shock protein p26 (sHSP26) in heat-shock, trypsinogen 2 in cold-shock, and actin in hyposalinity SSH cDNA library. Based on sequence similarities, several response-to-stress genes such as heat shock proteins (HSPs) were identified commonly from the abalone SSH libraries. HSP70 gene was induced by environmental stress regardless of temperature-shock or salinity-stress, while the increase of sHSP26 mRNA expression was not detected in cold-shock but in heat-shock condition. These results suggest that the suppression subtractive hybridization method is an efficient way to isolate differentially expressed gene from the invertebrate environmental stress-response transcriptome.

• 한국통신학회논문지
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• 제40권4호
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• pp.666-677
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• 2015

효과적인 네트워크 관리를 위해 응용 트래픽 분석의 중요성이 강조되고 있다. Snort는 트래픽 탐지를 위해 사용되는 보편적인 엔진으로써 기 정의된 규칙을 기반으로 트래픽을 차단하거나 로그를 기록한다. 하지만 Snort 규칙을 생성하기 위해서는 탐지 대상 트래픽을 전수 조사해야하기 때문에 많은 한계점이 존재할 뿐만 아니라 생성된 규칙의 정확성을 보장하기 어렵다. 본 논문에서는 순차 패턴 알고리즘을 활용하여 입력된 트래픽에서 최소 지지도를 만족하는 문자열을 찾는 방법을 제안한다. 또한, 추출된 문자열을 사용한 규칙을 입력 트래픽에 적용하여 트래픽에서 해당 문자열이 존재하는 위치 정보 및 헤더 정보를 추출한다. 이렇게 추출된 문자열과 위치정보, 그리고 헤더 정보를 조합하여 Snort 규칙을 자동 생성하는 방법을 제안한다. 생성된 규칙을 이용하여 다시 트래픽 분석을 실시했을 때 대부분의 응용이 97%이상 탐지되는 것을 확인하였다.

• 한국전자통신학회논문지
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• 제13권6호
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• pp.1397-1404
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• 2018

입체적 단백질 구조를 이용한 단백질의 분석은 3차원 데이타를 생성하기 위한 기술적인 어려움과 요구되는 높은 비용으로 인해 크게 발전하지 못하였다. 모티프(motif)는 단백질이나 유전자 염기서열의 단편(segment) 정보로 정의된다. 단순성 때문에 모티프는 다양한 분야에서 활발하고 폭넓게 응용되고 있다. 그러나 모티프 자체에 대한 포괄적인 이해와 연구는 미미하다. 이 논문이 가지는 중요성은 인공지능 기법을 활용하여 인간 단백질을 분석하는 방법으로 3가지 측면에서 찾아볼 수 있다. (1) 현재 단백질 데이타 뱅크 (PDB)에 저장된 모든 인간의 단백질 구조를, 이에 상응하는 효소위원회 (EC)의 데이타베이스와 단백질의 구조적 특성에 따른 분류 데이타베이스 (SCOP)를 연동하여, 단백질이 가지는 고유의 특성을 모티프를 응용한 새로운 방법으로 컴퓨터를 이용하여, 분석한 최초의 종합적이고 심층적인 인간 단백질의 분석법이다. (2) 본 연구는 모티프에 의해 생성된 새로운 단백질의 특성을 계층적 클러스터링을 이용하여 단백질이 가지는 고유한 특징을 패턴 분석법과 통계 그리고 단백질 기능 분석의 세 가지 범주로 단백질의 특성을 분석한다. (3) 임의로 생성된 모티프가 단백질 내에서 가지는 빈도에 대해 빅 데이타를 활용하여 모티프의 길이를 다양화시킴과 동시에 접촉 염기와 단백질의 기능을 다각도로 분석할 수 있는 임의 모티프 빈도 (RMF)를 이용한 단백질 분석 방법론을 제안한다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권7호
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• pp.897-902
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• 2004

PSMC5 subunit, which belongs to the 26S proteasomal subunit family, plays an important role in the antigen presentation mediated by MHC class I molecular. Full-length cDNA of porcine PSMC5 was isolated using the in silico cloning and rapid amplification of cDNA ends (RACE). Amino acid was deduced and the primary structure was analyzed. Results revealed that the porcine PSMC5 gene shares the high degree of sequence similarity with its mammalian counterparts at both the nucleotide level and the amino acid level. The RT-PCR was performed to detect the porcine PSMC5 expression pattern in seven tissues and the result showed that high express level was observed in spleen, lung, marrow and liver while the low express level was in muscle. The full-length genomic DNA sequence of porcine PSMC5 gene was amplified by PCR and the genomic structure revealed that this gene was comprised by 12 exons and 11 introns. Best alignment of the cDNA and genomic exon DNA sequence presents 4 mismatches and this information potentially bears further study in gene polymorphisms.

• 대한의생명과학회지
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• 제6권1호
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• pp.1-9
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• 2000

Zoogloea ramigera 115SLR로부터 다당류 생합성에 관여하는 유전자를 분리하기 위해서 균주의 genomic DNA로부터 제조된 gene bank로부터 plasmid pLEX3이 얻어졌다. 이로부터 재조합된 5.0 kb DNA fragment를 포함하는 plasmid pLEX10은 다당류의 형태를 변환시키는 유전자를 포함하고 있으며, 이중에서 upstream 영역에 해당하는 1.7 kb DNA fragment가 분리되었다. 1.7 kb DNA 염기서열의 결과로부터 단백질을 인지 할 수 있는 2개의 ORF가 존재하였으며, 50 kDa 단백질을 인지 할 수 있는 ORF3은 X. campestris의 다당류 생합성 유전자들인 gumC와 R. meliloti의 exoP와 아미노산의 동질성을 나타내었다. ORF4는 N-terminal 영역이 결여된 단백질을 인지하며, Thermotoga maritime의 다당류 export에 관여하는 단백질과 동질성을 보였다. Z. ramigera 115SLR and Z. ramigera 115SLR/pLEX10은 각각 slime또는 capsule 형태의 다당류를 생합성하며 이들로부터 생합성된 다당류양은 각각 0.26% (w/v) and 0.16% (w/v)였다.

• 한국정보시스템학회지:정보시스템연구
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• 제15권2호
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• pp.247-270
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• 2006

This study identifies communication patterns of groups using Instant Messenger for their group decision-making, and examines how these patterns are associated with creative solutions to problems. Our research suggests that certain communication behavior of groups, when appropriately organized, can be of help in enhancing creative production of outcomes. A qualitative study was conducted on communication patterns based on an analysis of text-based electronic conversation protocols. Specifically this research tried to overcome existing studies on electronic groups by focusing on interactive process of communication among participants. The major study conclusions are: (1) Satisfation of group decision-making may depend on the process or sequence of discussion among group members with Instant Messenger. That is, proper interactive responses and appropriate control of the discussion process are essential to obtain a high level of performance. (2) It is important to ]mike discuss rules based on meta-cognitive and interactive protocols in the early stage. Explicit rules relating to internal group processes as well as communication medium use are even more important to groups with Instant Messenger than face-to-face groups.

• The Plant Pathology Journal
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• 제29권3호
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• pp.330-337
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• 2013

Rice stripe virus (RSV), the type member of the genus Tenuivirus, transmits by the feeding behavior of small brown planthopper (SBPH), Laodelphax striatellus. To investigate the interactions between the virus and vector insect, total RNA was extracted from RSV-viruliferous SBPH (RVLS) and non-viruliferous SBPH (NVLS) adults to construct expressed sequence tag databases for comparative transcriptome analysis. Over 30 million bases were sequenced by 454 pyrosequencing to construct 1,538 and 953 of isotigs from the mRNA of RVLS and NVLS, respectively. The gene ontology (GO) analysis demonstrated that both libraries have similar GO structures, however, the gene expression pattern analysis revealed that 17.8% and 16.8% of isotigs were up- and down-regulated significantly in the RVLS, respectively. These RSV-dependently regulated genes possibly have important roles in the physiology of SBPH, transmission of RSV, and RSV and SBPH interaction.

• 대한바이러스학회지
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• 제30권3호
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• pp.189-202
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• 2000

This study was conducted to see what types of bovine rotaviruses were isolated at Jedong farm in Jeju province and Seohwa farm in Chungnum province. The results were as follows. 1. Rotavirus was positively detected in 18 out of 39 fecal samples from calves with diarrhea in Jeju province and in 13 out of 18 fecal samples from calves with diarrhea in Chungnam province. 2. The electropherotype pattern of dsRNA for 31 viruses was shown to be 4 : 2 : 3 : 2 type like traditional group A and the imigration pattern of dsRNA was the long type like NCDV (G6), JBR (G6), B223 (G10) and KK3 (G10). 3. The serotypes of the 18 viruses of Jedong and 9 viruses of Seowha were shown to be group A, subgroup I, G6, and P1 by ELISA and PCR analyses. The serotypes of S-2, S-6, S-9 and S-12 viruses of Seowha were shown to be group A, subgroup I, G10, but was not shown to be P type. 4. The partial nucleotide sequence of VP4 of S-8 was 97% homology with that of BRV 033. VP4 of J-10 showed 96% homology with that of BRV 033 in nucleotide sequence.

• 정보처리학회논문지D
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• 제15D권2호
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• pp.155-162
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• 2008

DNA 염기 서열이나 단백질 아미노산 서열과 같은 생물학적 서열 데이터들은 일반적으로 많은 수의 항목들을 가지고 있다. 생물학적 데이터 서열들에는 보통 빈번하게 발생하는 수 백개의 항목으로 이루어진 연속된 서열들이 존재한다. 이들 서열들에서 빈번하게 발생하는 연속 서열을 검색하는 것은 생물학적 서열 분석에서 중요한 부분을 차지하고 있다. 이전에는 순차 패턴을 효과적으로 발견하고자 하는 많은 연구들이 수행되었으며 대부분의 기존 순차패턴 마이닝 기법들은 Apriori 알고리즘을 기반으로 한다. PrefixSpan 알고리즘은 Apriori 기반의 가장 효율적인 순차패턴 마이닝 기법이다. 하지만 이 알고리즘은 길이-1인 빈발 패턴들로 부터 서열 패턴을 확장해나가는 방식이다. 따라서 길이가 긴 연속 서열을 포함하는 생물학적 데이터서열들에 대한 검색방법으로는 적합하지 않다. 최근에는 기존의 PrefixSpan방식을 이용하면서도 반복적인 처리과정을 줄인 MacosVSpan이 제안되었다. 하지만 이 알고리즘 또한 길이가 긴 생물학적 데이터 서열들로부터 빈번하게 발생하는 연속 서열들을 검색하기에는 효율적이지 않다. 본 논문에서는 많은 양의 생물학적 데이터 서열들로부터 빈번한 연속서열을 고정길이 확장 트리를 이용하여 효과적으로 찾아내는 방법을 제안한다. 그리고 다양한 환경에서 실험을 통해 제안하는 방식이 MacosVSpan알고리즘에 비해 검색성능이 보다 우수함을 보인다.

• 한국가금학회지
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• 제51권2호
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• pp.117-125
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• 2024

본 연구는 조우성과 만우성 닭을 식별하기 위한 유전자 마커를 발굴하고자 한 것으로 만우성과 관련된 ev21-K라는 새로운 좌위를 발견하고 이의 특성을 구명하였다. 더불어, 본 좌위의 유전적 전이 양상을 조사하여 자가 성감별 라인 조성의 이용 가능성도 살펴보았다. 본 시험을 위해 5개 품종의 닭 707수를 공시하고 이를 대상으로 유전자 마커 발굴 및 유전적 전이 시험을 수행하였다. ev21-K 특이 좌위 발굴은 깃털 발육과 연관된 ev21 유전자와 만우성 유전자인 K 유전자를 탐색하고 이들 간 염기서열을 비교 분석하여 획득하였다. 확인된 좌위의 분석을 위해 대상 서열에 대한 특정 프라이머를 제작하고 중합효소연쇄반응(PCR)을 수행하여 결과물을 획득한 후 이들의 염기 서열을 분석하였다. 발굴된 염기 서열의 유전적 전이 양상을 조사하기 위하여 조우성과 만우성 닭 간의 교배조합시험을 수행하였다. 시험결과, 발굴된 230 bp ev21-K 유전자 좌위를 ev21-related K specific sequences라 명명하였고, 이는 기존 ev21 유전자와 99%의 상동성을 나타내었다. PCR 분석을 통해 해당 서열이 만우성 닭에만 존재하는 것으로 확인되었다. 본 서열은 조직, 품종 및 연령에 관계없이 만우성 닭에만 존재하는 일관된 결과를 보여주었다. 교배 시험을 통하여 본 서열의 전이 양상을 살펴본 결과, 반성 유전을 하며 깃털 표현형과 일치하는 분리결과를 보였다. Ev21-related K specific sequences의 유전적전이 양상은 본 서열이 우성으로써 전형적인 멘델 유전에 따르는 것으로 나타났다. 결론적으로, ev21-K 특이 좌위의 새로운 서열은 품종에 관계없이 조우성과 만우성 닭을 식별하기 위한 신뢰할 수 있는 분자 마커로 확인되었다.