• 제목/요약/키워드: Sequence optimization

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Optimization of Polyethylene Glycol-Mediated Transformation of the Pepper Anthracnose Pathogen Colletotrichum scovillei to Develop an Applied Genomics Approach

  • Shin, Jong-Hwan;Han, Joon-Hee;Park, Hyun-Hoo;Fu, Teng;Kim, Kyoung Su
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제35권6호
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    • pp.575-584
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    • 2019
  • Colletotrichum acutatum is a species complex responsible for anthracnose disease in a wide range of host plants. Strain C. acutatum KC05, which was previously isolated from an infected pepper in Gangwon Province of South Korea, was reidentified as C. scovillei using combined sequence analyses of multiple genes. As a prerequisite for understanding the pathogenic development of the pepper anthracnose pathogen, we optimized the transformation system of C. scovillei KC05. Protoplast generation from young hyphae of KC05 was optimal in an enzymatic digestion using a combined treatment of 2% lysing enzyme and 0.8% driselase in 1 M NH4Cl for 3 h incubation. Prolonged incubation for more than 3 h decreased protoplast yields. Protoplast growth of KC05 was completely inhibited for 4 days on regeneration media containing 200 ㎍/ml hygromycin B, indicating the viability of this antibiotic as a selection marker. To evaluate transformation efficiency, we tested polyethylene glycol-mediated protoplast transformation of KC05 using 19 different loci found throughout 10 (of 27) scaffolds, covering approximately 84.1% of the entire genome. PCR screening showed that the average transformation efficiency was about 17.1% per 100 colonies. Southern blot analyses revealed that at least one transformant per locus had single copy integration of PCR-screened positive transformants. Our results provide valuable information for a functional genomics approach to the pepper anthracnose pathogen C. scovillei.

데이터 스트림에서 그래프 기반 기법을 이용한 슬라이딩 윈도우 다중 조인 처리 (Processing Sliding Window Multi-Joins using a Graph-Based Method over Data Streams)

  • 장량;거준위;김경배;이순조;배해영;유병섭
    • 한국공간정보시스템학회 논문지
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    • 제9권2호
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    • pp.25-34
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    • 2007
  • 데이터 스트림 환경에서 셋 이상의 스트림들에 대한 조인연산을 위해 순서를 선택하는 기존 기법들은 항상 간단한 휴리스틱 방법을 이용하였다 그러나 기존 기법들은 조인 선택도나 데이터 수신 비율과 같은 것만 고려하여 일반적인 응용에서 비효율적이며 낮은 성능을 갖는다. 본 논문에서는 최적의 조인 순서로 그래프 기반의 슬라이딩 윈도우 다중 조인 알고리즘을 제안한다. 이 기법에서 슬라이딩 윈도우 조인 그래프를 먼저 생성하는데, 정점(vertex)은 조인 연산으로 표현되고 엣지(edge)는 슬라이딩 윈도우들 사이의 조인관계를 나타낸다. 그리고 정점 가중치(vertex weight)와 엣지 가중치(edge weight)는 각각의 조인의 비용과 조인 연산들의 상호관계를 표현한다. 이때 데이터 스트림은 빠른 처리를 해야 하므로 메모리 기반의 그래프 기법을 사용한다. 이를 이용하여 최대값만을 이용하여 조인 연산을 수행하는 MVP 알고리즘을 개선하고 이의 그래프에서 최적의 조인 순서를 찾는다. 이를 통한 최종 결과는 중첩-루프(nested loop) 조인 계획을 수행하여 얻어진다. 성능비교를 통하여 제안기법이 기존 기법들보다 우수함을 증명한다.

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Recognition Performance Improvement of Unsupervised Limabeam Algorithm using Post Filtering Technique

  • Nguyen, Dinh Cuong;Choi, Suk-Nam;Chung, Hyun-Yeol
    • 대한임베디드공학회논문지
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    • 제8권4호
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    • pp.185-194
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    • 2013
  • Abstract- In distant-talking environments, speech recognition performance degrades significantly due to noise and reverberation. Recent work of Michael L. Selzer shows that in microphone array speech recognition, the word error rate can be significantly reduced by adapting the beamformer weights to generate a sequence of features which maximizes the likelihood of the correct hypothesis. In this approach, called Likelihood Maximizing Beamforming algorithm (Limabeam), one of the method to implement this Limabeam is an UnSupervised Limabeam(USL) that can improve recognition performance in any situation of environment. From our investigation for this USL, we could see that because the performance of optimization depends strongly on the transcription output of the first recognition step, the output become unstable and this may lead lower performance. In order to improve recognition performance of USL, some post-filter techniques can be employed to obtain more correct transcription output of the first step. In this work, as a post-filtering technique for first recognition step of USL, we propose to add a Wiener-Filter combined with Feature Weighted Malahanobis Distance to improve recognition performance. We also suggest an alternative way to implement Limabeam algorithm for Hidden Markov Network (HM-Net) speech recognizer for efficient implementation. Speech recognition experiments performed in real distant-talking environment confirm the efficacy of Limabeam algorithm in HM-Net speech recognition system and also confirm the improved performance by the proposed method.

Optimization of ZnO:Al properties for $CuInSe_2$ superstrate thin film solar cell

  • 이은우;박순용;이상환;김우남;정우진;전찬욱
    • 한국재료학회:학술대회논문집
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    • 한국재료학회 2010년도 춘계학술발표대회
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    • pp.36.1-36.1
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    • 2010
  • While the substrate-type solar cells with Cu(In,Ga)Se2 absorbers yield conversion efficiencies of up 20%[1], the highest published efficiency of Cu(In,Ga)Se2 superstrate solar cell is only 12.8% [2]. The commerciallized Cu(In,Ga)Se2 solar cells are made in the substrate configuration having the stacking sequence of substrate (soda lime glass)/back contact (molybdenum)/absorber layer (Cu(In,Ga)Se2)/buffer layer (cadmium sulfide)/window layer (transparent conductive oxide)/anti reflection layer (MgF2) /grid contact. Thus, it is not possible to illuminate the substrate-type cell through the glass substrate. Rather, it is necessary to illuminate from the opposite side which requires an elaborate transparent encapsulation. In contrast to that, the configuration of superstrate solar cell allows the illumination through the glass substrate. This saves the expensive transparent encapsulation. Usually, the high quality Cu(In,Ga)Se2 absorber requires a high deposition temperature over 550C. Therefore, the front contact should be thermally stable in the temperature range to realize a successful superstrate-type solar cell. In this study, it was tried to make a decent superstrate-type solar cell with the thermally stable ZnO:Al layer obtained by adjusting its deposition parameters in magnetron sputtering process. The effect of deposition condition of the layer on the cell performance will be discussed together with hall measurement results and current-voltage characteristics of the cells.

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조영증강 의료 초음파 진단에서 파라미터 영상의 개선 기법 (A Parametric Image Enhancement Technique for Contrast-Enhanced Ultrasonography)

  • 김호준;곽성훈
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제3권6호
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    • pp.231-236
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    • 2014
  • 의료 초음파 영상에서 조영제의 전이시간과 조영효과 변화 곡선 특성에 대한 파라미터는 각종 소화기 질환을 진단하는 중요한 인자가 된다. 이러한 진단인자들에 대한 육안판별의 어려움을 극복하기 위하여 파라미터 영상의 자동 생성 기법을 구현할 수 있는데 이 과정에서 마이크로 버블형태의 노이즈와 호흡에 의한 흔들림 현상은 추출된 영상의 신뢰도를 저하 시킨다. 이에 본 연구에서는 MRF(Markov Random Field) 모델을 기반으로 하는 최적화 기법을 적용하여 파라미터 영상을 개선하는 방법을 고찰하며, 호흡에 의한 영상의 흔들림을 보정하기 위한 영상추적 기법을 제시한다. 세부적으로 초음파 동영상 원시 데이터로부터 호흡주기 추출 기법을 구현하였으며, 추출된 주기를 기반으로 모멘텀 요소와 동적 가중치를 반영하는 ROI(Region of Interest) 추적 알고리즘을 적용하였다. 또한 영상 개선 기법에 적용되는 Gibbs 샘플러의 에너지 함수를 정의하고 실제 간질환 진단 데이터를 대상으로 영상 개선 효과를 실험적으로 평가하였다.

변수 식별을 통한 복합재의 적층판의 고유진동수 예측 개선 (Improvement of the Prediction of Natural Frequencies Of Composite Laminated Plate Using Parametric Identification)

  • 홍단비;유정규;김승조
    • Composites Research
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    • 제12권1호
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    • pp.1-10
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    • 1999
  • 복합재 적층판의 기계적 특성값 $E_1,\;E_2,\;V_{12},\;G_{12}$을 설계변수로 하는 변수식별을 수행하여 동적 거동을 보다 정확하게 예측할 수 있는 동적 모델을 확보하였다. 간단한 진동실험을 통해 고유진동수를 측정한 후 대상구조물에 대한 고유치의 실험값과 수치해석값 사이의 오차들의 합으로 목적함수를 구성하였다. 목적함수를 최소화하기 위해 최적화 방법으로 conjugate gradient method를 사용하였다. 최적화 과정 중 설계변수를 증감시키기 위해 민감도 해석이 수행된다. 민감도 해석을 통해 변수식별 결과도 설명할 수 있었다. 변수식별 결과의 타당성을 검토하기 위해 식별전후의 모드형상을 비교하였다. 식별된 기계적 특성값을 사용하여 보다 정확하게 복합재 적층판의 고유진동수를 예측할 수 있었다. 결과의 적용을 위해 식별된 기계적 특성값을 사용하여 다른 적층순서를 가진 복합재 적층판의 고유진동수를 예측해 보고 실험결과와 비교해 보았다.

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고등학교 수학 문제해결에서 CAS의 도구발생 (Instrumental Genesis of Computer Algebra System(CAS) in Mathematical Problem Solving among High School Students)

  • 한세호;장경윤
    • 대한수학교육학회지:학교수학
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    • 제11권3호
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    • pp.527-546
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    • 2009
  • 본 연구는 CAS가 도입된 이후의 우리나라 수학교육에 대비하여 고등학교 수학활동에서 CAS의 도구발생 과정을 통찰하고, 중등수학교육에서 도구화된 CAS의 활용 가능성을 탐색하기 위해 설계되었다. 이를 위하여 본 연구자는 CAS에 기반 한 개념중심 수학과제 학습과 문제해결을 각각 고안하였으며 고등학교 1학년생 7명을 대상으로 총 12차시의 수업을 실시하고 수업녹화자료와 면담을 통해 학생들의 활동을 분석하였다. 분석결과 학생들은 CAS를 이용하여 수준 높은 응용문제를 다룰 수 있는 것으로 나타나 CAS가 교육과정 내용수준에 영향을 줄 수 있음을 확인할 수 있었고, 또 도구화된 CAS에 기반 한 무리방정식 문제해결활동을 통해 CAS가 교육과정의 제시 순서에 영향을 줄 수 있음을 발견하였다. 이 연구는 고등학교 수학교육에서 CAS의 도구발생을 분석하여 사례를 제공함으로써 CAS가 도입된 이후의 우리나라 수학교육에 대비한 기초연구가 될 것이다.

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Optimizing the fermentation condition of low salted squid jeotgal by lactic acid bacteria with enhanced antioxidant activity

  • Akther, Fahima;Le, Bao;Chung, Gyuhwa;Yang, Seung Hwan
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제60권4호
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    • pp.391-402
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    • 2017
  • Lactic acid bacteria (LAB) are widely used as starter culture in food fermentation due to their harmless entity and health beneficial properties along with the ability to change texture, aroma, flavor and acidity of food products. In this study, five different LAB (FB003, FB058, FB077, FB081, and FB111) isolated from different Korean traditional fermented foods, assigned to Lactobacillus plantarum, Pediococcus pentosaceus, Weissella viridescens, Lactobacillus sakei, and Leuconostoc mesenteroides, respectively, on the basis of their physiological properties and 16S rRNA sequence analysis, to use as fermentation starter and check their ability to fasten the ripening time as well as the overall optimization in the fermentation condition. To check their suitability as starters, their safety, acid and bile tolerance, NaCl and temperature resistance, susceptibility to common antibiotics, and antimicrobial activities were determined. Squid jeotgal samples were prepared by adding $10^8CFU/g$ of each strain in different samples, which were then kept for fermentation at $4^{\circ}C$ and checked for their antioxidant activities at 0, 7, 15, and 21-day intervals. The samples fermented with FB003 and FB077 displayed the highest antioxidant activity. This study revealed two effective starter cultures (FB003, FB077) for squid jeotgal fermentation, which presented increased functionalities. The results of this study will lead to the development of novel industrial-scale production avenues for jeotgal preparation, and offer new insights into the prevention and control of chronic diseases.

\beta-Mannanase를 생산하는 Bacillus subtilis JS-1의 분리 및 효소 생산성 (Optimization of \beta-mammanase Production from Bacillus subtilis JS-1.)

  • 임지수;정진우;이종수;강대경;강하근
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제31권1호
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    • pp.57-62
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    • 2003
  • 토양으로부터 $\beta$-mannanase활성이 우수한 균주를 분리하여 형태학적, 생화학적 동정과정을 거쳐 Bacillus subtilis JS-1으로 동정하였다. 분리균이 생산하는 $\beta$-mannanase 효소의 최적활성은 55$^{\circ}C$와 pH 5.0이었다. 탄소원이 다른 배지에서 배양한 분리 균주의 상등액을 전기영동하여 효소활성을 관찰한 결과 탄소원에 상관없이 분자량 130kDa에 해당하는 단일 단백질만이 효소 활성을 나타내었다 Bacillus subtilis JS-1은 탄소원으로 lactose와 locust bean gum이 존재할 때 $\beta$-mannanase 생산성이 크게 증가하는 것으로 나타났으며, lactose와 locust bean gum이 각각 0.5 % 존재할 때 배양 상등액의 $\beta$-mannanase 활성은 30U/ml과 45U/ml로 탄소원이 없는 대조구에 비해 최대 18배 정도 생산성이 증가하였다. 배지에 locust bean gum을 첨가하였을 때 효소 생산성 뿐만 아니라 균체의 성장도 함께 증가하는 것으로 보아 분리균주는 locust bean gum을 분해하여 에너지원으로 이용하는 것으로 판단된다

Comparing the performance of two hybrid deterministic/Monte Carlo transport codes in shielding calculations of a spent fuel storage cask

  • Lai, Po-Chen;Huang, Yu-Shiang;Sheu, Rong-Jiun
    • Nuclear Engineering and Technology
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    • 제51권8호
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    • pp.2018-2025
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    • 2019
  • This study systematically compared two hybrid deterministic/Monte Carlo transport codes, ADVANTG/MCNP and MAVRIC, in solving a difficult shielding problem for a real-world spent fuel storage cask. Both hybrid codes were developed based on the consistent adjoint driven importance sampling (CADIS) methodology but with different implementations. The dose rate distributions on the cask surface were of primary interest and their predicted results were compared with each other and with a straightforward MCNP calculation as a baseline case. Forward-Weighted CADIS was applied for optimization toward uniform statistical uncertainties for all tallies on the cask surface. Both ADVANTG/MCNP and MAVRIC achieved substantial improvements in overall computational efficiencies, especially for gamma-ray transport. Compared with the continuous-energy ADVANTG/MCNP calculations, the coarse-group MAVRIC calculations underestimated the neutron dose rates on the cask's side surface by an approximate factor of two and slightly overestimated the dose rates on the cask's top and side surfaces for fuel gamma and hardware gamma sources because of the impact of multigroup approximation. The fine-group MAVRIC calculations improved to a certain extent and the addition of continuous-energy treatment to the Monte Carlo code in the latest MAVRIC sequence greatly reduced these discrepancies. For the two continuous-energy calculations of ADVANTG/MCNP and MAVRIC, a remaining difference of approximately 30% between the neutron dose rates on the cask's side surface resulted from inconsistent use of thermal scattering treatment of hydrogen in concrete.