• 제목/요약/키워드: Sequence of 16S rDNA.

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음식물 쓰레기 분해에 대한 고온성 미생물의 영향 (Effect of Thermophilic Bacteria on Degradation of Food Wastes)

  • 이외수;정지현;박유미;설경조;김사열
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제34권4호
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    • pp.363-367
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    • 2006
  • Food wastes were decomposed into the Mugri (Isung Engineering, Korea), a food waste reduction machine, with adding sawdust of cryptomeria. Degradation effects were better when the machine worked at over 45$^{\circ}C$ than those at the lower temperature. Thermophilic bacteria were isolated from cryptomeria sawdust and the food waste products degraded by the machine. The isolates from cryptomeria sawdust were classified into 3 genera (Acinetobacter baumannii, Enterobacter sp. and Erwinia cypripedii) and almost all the isolates from the degraded products were partially identified as Bacillus sp. by 16S rDNA sequence analysis. The isolated thermophilic bacteria showed degradative enzyme activities. In the case of addition of the 30 thermophilic bacteria into the machine, degradation rate of food wastes was almost twice as high with increasing process temperature up to 6$^{\circ}C$.

Overexpression and characterization of thermostable chitinase from Bacillus atrophaeus SC081 in Escherichia coli

  • Cho, Eun-Kyung;Choi, In-Soon;Choi, Young-Ju
    • BMB Reports
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    • 제44권3호
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    • pp.193-198
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    • 2011
  • The chitinase-producing strain SC081 was isolated from Korean traditional soy sauce and identified as Bacillus atrophaeus based on a phylogenetic analysis of the 16S rDNA sequence and a phenotypic analysis. A gene encoding chitinase from B. atrophaeus SC081 was cloned in Escherichia coli and was named SCChi-1 (GQ360078). The SCChi-1 nucleotide sequences were composed of 1788 base pairs and 596 amino acids, which were 92.6, 89.6, 89.3, and 78.9% identical to those of Bacillus subtilis (ABG57262), Bacillus pumilus (ABI15082), Bacillus amyloliquefaciens (ABO15008), and Bacillus licheniformis (ACF40833), respectively. A recombinant SCChi-1 containing a hexahistidine tag at the amino-terminus was constructed, overexpressed, and purified in E. coli to characterize SCChi-1. $H_6SCChi$-1 revealed a hydrolytic band on zymograms containing 0.1% glycol chitin and showed the highest lytic activity on colloidal chitin and acidic chitosan. The optimal temperature and pH for chitinolytic activity were $50^{\circ}C$ and pH 8.0, respectively.

Advances in Soil Microbial Ecology and the Ecocollections

  • Whang Kyung-Sook
    • 한국미생물학회:학술대회논문집
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    • 한국미생물학회 2002년도 추계학술대회
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    • pp.81-85
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    • 2002
  • Oligotrophic bacteria isolated from forest soil showed a specific community consisting of various taxonomic groups compared with those in other soil or aquatic habitats. Based on the cell shape, the isolates were divided into four groups: regular rod, curved/spiral rod, irregular rod, and prosthecate bacteria. The cellular fatty acids 60 oligotrophic isolates were analyzed. At the dendrogram based on cellular fatty acid composition, four clusters(I-IV) were separated at a euclidian distance of about 50. Based on the 16S rDNA sequence analysis, the two representative strains(MH256 and MA828) of cluster 3 showed the close relation to genera, Xathomonas/Stenotrophomonas, but were not included in these genera. The isolates with Q-10 were also studied. They are corresponded to the two large groups in Proteobacteria alpha subdivision. One was incorporated in the genus Bradyrhizobium cluster, which also includes Agromonas, a genus for oligotrophic bacteria. The strains of the other group showed high similarity to the genus Agrobacterium. We attempted to screening of bioactive compounds from oligotrophs which was isolated from forest soil. The active compounds were analyzed by mass and NMR spectrum, one of them identified as crisamicin A. Another one designated as SAPH is a new compound. The results indicate that there were possibilities for finding new compounds from the rare microorganisms such as oligotrophs.

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First report of Aeromonas veronii infection in farmed Israeli carp Cyprinus carpio in Korea

  • Yu, Jin-Ha;Han, Jung-Jo;Kim, Hyoung-Jun;Kang, Sun-Gu;Park, Sung-Woo
    • 한국어병학회지
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    • 제23권2호
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    • pp.165-176
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    • 2010
  • In May 2007, mass mortality of Israeli carp, Cyprinus carpio L., was occured on a pond farm located in Jeollabukdo Province, Korea. The mortality rates reached up to 2% of the total fish in the farm per day. Typical clinical signs were abdominal distension, reddish foci on the skin, enteritis, liver congestion and enlarged spleen and kidney. On the basis of biochemical characteristics and 16S rDNA sequence, the causative bacteria isolated from affected carp were identified as Aeromonas veronii. Histologically, degeneration of hepatocytes and congestion in sinusoids were observed in the liver. Spleen showed hemorrhage and the destruction of the sheathed tissues. In kidney, necrotized renal tubules and glomerular destructions were observed. Intestinal tissues revealed necrotized and severe hemorrhage. Mass hemorrhage was observed in muscles. This is the first report that A. veronii caused mortality in cultured Israeli carp in Korea.

Isolation and Identification of Biofilm-Forming Marine Bacteria on Glass Surfaces in Dae-Ho Dike, Korea

  • Kwon, Kae-Kyoung;Lee, Hyun-Sang;Jung, Sung-Young;Yim, Joung-Han;Lee, Jung-Hyun;Lee, Hong-Kum
    • Journal of Microbiology
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    • 제40권4호
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    • pp.260-266
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    • 2002
  • Bacterial strains were isolated from biofilms formed on glass slides submerged in seawater in Dae-Ho Dike. Eight strains showing fast attaching ability were selected and identified. Their exopolysaccharide (EPS)-producing ability and EPS properties were characterized. Based on Microlog System, 4 among the 8 strains were identified as Micrococcus luteus and the rest were Bacillus thuringiensis, Bacillus megaterium,, Staphylococcus saprophyticus and Agrobacterium vitis. A, vitis was reidentified as Sulfitobacter pontiacus based on 16S rDNA sequence data. The amount of water-soluble EPS produced by the 8 strains ranged from 0.114 to 1.329 g$.$l$\^$-1/ and the productivity was negatively correlated with the cell biomass. The molecular weight of the produced EPS ranged from 0.38 to 25.19$\times$10$\^$4/ Da. Glucose and galactose were ubiquitous sugar components. Mannose, ribose, and xylose were also major sugar components. The molecular weight and composition of the EPS showed strain-specific variation.

Sphingomonas sp. HS362에 의한 Phenanthrene 분해특성 (Characterization of Phenanthrene Degradation by Sphingomonas sp. HS362)

  • 김수화;홍승복;강희정;안진철;정재훈;손승렬
    • 미생물학회지
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    • 제41권3호
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    • pp.201-207
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    • 2005
  • 유류에 의해 오염된 토양으로부터 난분해성 물질인 phenanthrene을 유일한 탄소원과 에너지원으로 이용하며 성장하는 균주들을 분리한 후, 그중에서 분해능이 가장 우수한 균주를 선별하여 HS362라고 명명하였다. HS362는 생화학적 검사로는 Sphingomonas paucimobilis와, 16S rDNA 염기서열 분석으로는 Sphingomonas CF06과 가장 유사한 것으로 나타났고, 지방산분석 결과도 그람음성 간균인 Sphingomonas 속으로 판명되었으므로 Sphingomonas sp. HS362라고 명명하였다. 이 균은 500 ppm의 phenanthrene을 단일 탄소원으로 첨가한 경우, 10일 만에 $98{\%}$ 이상을 분해하였고,3000 ppm의 phenanthrene이 첨가된 경우에도 10일 만에 약$30{\%}$ 이상을 분해하는우수한 균임이 확인되었다. 또한 이 균은PAH들(Polycyclic aromatic hydrocarbons) 중에서 phenanthrene 이외에도 분자량이 적은 indole, naphthalene은 분해할 수 있는 반면에, 분자량이 큰 pyrene, fluoranthene은 분해하지 못하였다. Spitingomonas sp. HS362에 의한 phenanthrene 분해는$30^{\circ}C$, pH $4{\~}8$, NaCl $1{\%}$ 이하의 농도인 조건하에서 배양했을 때 가장 우수했으며, 특히 전분과 SDS, Tween 85, Triton X-100와 같은 계면활성제를 첨가해 주었을 때 분해가 증진되었다. 또한, 전배양을 통해서 phenanthrene의 분해가 증진되는 것을 볼 때에 분해효소가 유도되는 것으로 추측할 수 있었다. Spltingomonas sp. HS362는 5개의 plasmid를 가지고 있는데, 그중에서 plasmid p4를 잃었을 때에는phenanthrene을 분해하지 못하는 것으로 보아plasmid p4가 phenanthrene분해와 밀접한 관련이 있는 것으로 보인다.

김치에서 분리한 Lactococcus lactis W-44에 의한 감귤발효물의 양식 넙치 성장에 미치는 영향 (Effect of Citrus Fermented by Lactococcus lactis W-44 Isolated from Kimchi on Growth of Cultured Flounder, Paralichthys olivaceus)

  • 김민수;문상욱;이영돈;김세재;김영진;이준원;이정희;이정숙;김보연;안종석;안순철
    • 미생물학회지
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    • 제43권2호
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    • pp.124-129
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    • 2007
  • 젖산균을 접종하여 감귤 분쇄액을 발효시켜 얻은 감귤발효물의 어류양식 사료 첨가제로의 가능성을 넙치(Paralichthys olivaceus) 양식에서 검토하였다. 김치에서 항균활성이 우수한 젖산균 W-44를 분리한 후 16S rDNA 염기서열 분식을 통하여 Lactococcus lactis W-44로 동정하였다. L. lactis W-44를 이용하여 감귤 분쇄액 발효를 수행한 결과, 생리활성이 우수한 무배당체 flavonoids인 naringenin, hesperitin의 함량이 각각 약 10과 6배 증가함을 확인하였다. L. lactis W-44를 이용하여 발효된 감귤발효액을 양식넙치의 사료첨가제로 투여한 결과, 감귤발효액을 투여하지 않은 대조구의 평균 전장 및 체중 증가율과 현격한 차이가 있었다. 또한 0.2% (v/v)의 감귤발효액을 투여한 실험군에서 넙치의 성장이 가장 우수한 것으로 나타났다. 이러한 결과로부터 젖산균의 감귤발효산물을 넙치 양식에서 기능성 사료첨가제로 사용할 수 있는 가능성을 확인하였다.

저산미의 두유 커드를 생성하는 젖산균의 동정과 발효 특성 (Identification and Fermentation Characteristics of Lactic Acid Bacteria that Produce Soy Curd With Low Sour Taste)

  • 김수인;정민기;이승민;강문선;성종환;이영근·;김한수;정헌식;김동섭
    • 산업식품공학
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    • 제21권3호
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    • pp.242-248
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    • 2017
  • 많은 선행연구에서 젖산균 발효 두유 커드의 우수성이 입증이 되었지만 젖산균으로 발효된 두유 커드의 높은 산도는 관능성을 저해하는 주요 요인으로 작용하여 제품의 개발로 이어지기 쉽지 않았다. 본 실험에서는 두유 커드 발효 시 관능성을 높일 수 있는 젖산균을 김치로부터 분리하여 선별된 균주를 이용한 저산도 두유 커드를 제조하였다. 최종 선별된 젖산균은의 16S rDNA 염기서열 분석을 통하여 Pediococcus inopinatus로 동정되었고 P. inopinatus Y2로 명명하였다. P. inopinatus Y2는 $30^{\circ}C$에서 배양 시 가장 빠르게 대수기에 이르는 것으로 나타났으며 $25^{\circ}C$에서 24 시간 발효 시 10.73 log CFU/mL의 최대 생균수를 보였다. P. inopinatus Y2에 의해 발효된 두유 커드의 관능검사 결과 L. sakei strain No. 383, Leu. mesenteroides strain No. 4395에 의해 발효된 두유 커드보다 전반적인 기호도가 높은 것으로 나타났는데 이러한 결과를 토대로 P. inopinatus Y2로 발효된 두유 커드는 식품 개발에 이용할 수 있을 것이라 사료된다.

멸치액젓으로부터 분리한 Bacillus subtilis JM-3의 단백질 분해활성과 혈전 용해 활성에 관한 연구 (Studies on Proteolytic and Fibrinolytic Activity of Bacillus subtilis JM-3 Isolated from Anchovy Sauce)

  • 이상수;김상무;박욱연;김희연;신일식
    • 한국식품과학회지
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    • 제34권2호
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    • pp.283-289
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    • 2002
  • 속성 발효 및 기능성 멸치액젓의 제조에 사용할 수 있는 미생물 starter의 개발을 목적으로 1, 3 그리고 5년 숙성한 멸치액젓으로부터 단백질 분해활성 및 혈전 용해 활성 우수한 균주를 분리, 동정하였고, 분리균주들 중 단백질 분해활성과 혈전 용해 활성 가장 강하였던 B. subtilis JM-3의 최적 성장 조건과 단백질 분해효소 및 혈전 용해효소 최적 생산조건들을 조사하였으며, 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 1, 3 그리고 5년 숙성한 멸치액젓으로부터 단백질 분해활성과 혈전 용해 활성 가지는 3균주를 분리하였으며, 분리균주 JM-1, JM-2 그리고 JM-3는 모두 Bacillus subtilis로 동정되었다. 분리균주들 중 가장 강력한 단백질 분해활성과 혈전 용해 활성 나타낸 B. subtilis JM-3의 최적 성장조건은 $40^{\circ}C$, pH 5.0 그리고 NaCl를 첨가하지 않았을 때 성장이 가장 좋은 것으로 나타났다. B. subtilis JM-3의 단백질 분해효소 및 혈전 용해효소 최적 생산 조건은 최적 성장 조건과 일치하는 것으로 나타났다. 또한 멸치액젓의 일반적인 염농도인 NaCl 20% 첨가구에서도 식염 무첨가구의 약 60%의 활성을 나타내어 B. subtilis JM-3의 멸치액젓의 starter로서의 충분한 이용 가능성을 나타내었다.

양송이 배지로부터 분리한 Bacillus licheniformis CY-24의 섬유소분해 효소의 특성 (Characteristics of Fibrinolytic Enzymes of Bacillus licheniformis CY-24 Isolated from Button Mushroom Compost)

  • 민경진;박혜성;이은지;이찬중
    • 한국균학회지
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    • 제49권2호
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    • pp.199-209
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    • 2021
  • 본 연구는 양송이 배지의 관행 발효기술을 개선하고자 실험을 실시하였다. 양송이 볏짚 배지 발효단계에서 우점하는 Bacillus strain CY-24 균주를 순수분리하여 16S rDNA 염기서열을 통한 동정 결과 Bacillus licheniformis로 밝혀졌다. B. licheniformis 최적 생육 온도는 30℃, 최적 생육 pH는 6.0에서 가장 생육이 활발한 것을 확인하였으며, B. licheniformis CY-24 균주는 glycerol, glycogen, L-arabinose, D-ribose, D-xylose, D-galactose, D-glucose, D-fructose, D-mannose 등의 탄소원을 잘 활용하였고, 효소활성 측정 결과 esterase, leucine arylamidase, acid phosphatase, β-glucosidase 등에서 양성반응을 나타내었다. CMCase 활성 온도는 50℃, PGase는 60℃에서 가장 효과가 극대화되었으며, CMCase, PGase 두 효소는 60℃ 이상에서도 안정성이 유지되는 것을 확인하였다. 금속이온의 촉매 효과는 CoCl2 1mM에서 가장 활성이 높은 것으로 나타났다. B. licheniformis CY-24의 효소학적 특성은 매우 우수하였으며, 양송이 재배에 사용되는 배지를 생산하는 과정에 효소의 작용은 볏짚의 발효 촉진과 연화 작용에 밀접한 관계가 있으므로 유용생물자원으로써 발효기술에 대한 기초자료로 이용될 수 있을 것으로 판단된다. 추후 다양한 미생물과 버섯균의 상호작용에 대한 면밀한 연구가 이루어진다면 유용한 자원으로 이용 될 수 있을 것으로 생각된다.