• 한국산학기술학회논문지
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• 제8권5호
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• pp.1122-1127
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• 2007

일정한 스펙트럼 민감도와 낮은 스펙트럼 왜곡을 보이고 선형 보간이 용이하다는 장점을 갖는 LSP 파라미터는 음성코덱(codec)이나 인식기에서 음성신호를 분석하여 전송형이나 저장형 파라미터로 변환되어, 주로 저전송률 음성부호화기에 사용된다. 그러나 LPC 계수를 LSP로 변환하는 방법이 복잡하여 계산시간이 많이 소요된다는 단점이 있다. 기존의 LSP 변환 방법 중 음성 부호화기에서 주로 사용하는 real root 방법은 근을 구하기 위해 주파수 영역을 순차적으로 검색하기 때문에 계산시간이 많이 소요되는 단점을 갖는다. 본 논문에서 제안하는 알고리즘은 LSP분포 특성에 따라 검색구간의 순서와 검색간격을 달리하며, 제1 포만트와 제2 포만트의 연관성을 고려하여 검색구간을 조절한다. 기존의 real root 방법과 제안한 방법을 비교한 결과 검색시간이 평균 48.13% 단축되었다.

• 미생물학회지
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• 제54권3호
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• pp.299-301
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• 2018

Microbulbifer agarilyticus GP101은 소라(Turbo cornutus)의 내장에서 분리되었으며 해조류 유래 다당류인 한천, 알긴산, ${\kappa}$-카라기난을 분해하는 특징이 있다. GP101 균주의 유전체는 4,255,625 bp 크기로 3,458개의 코딩 서열을 포함하며 55.4%의 GC 함량을 가진다. BLASTP 분석 결과 7개의 agarase, 5개의 alginate lyase, 10개의 glucanase, 4개의 chitinase, 2개의 xylanases, 1개의 ${\kappa}$-carrageenase, 1개의 laminarinase의 존재를 확인하였다. M. agarilyticus GP101의 유전체 정보는 다당류의 생물전환 공정에 이용할 수 있는 유전 정보를 제공할 수 있을 것이다.

• 한국균학회지
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• 제26권3호통권86호
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• pp.314-320
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• 1998

mRNA의 differential display방법에 의해 여름느타리 자실체의 상처 또는 자외선 처리시 발현되는 약 0.4kb의 cDNA 단편을 분리하였다. 이 cDNA 단편의 염기서열 분석결과 세포분열 촉진에 관여하는 cdc2-related protein kinase gene과 상당부분 유사성을 보였으며 RT-PCR 방법을 이용한 분리 유전자의 발현 실험을 통해 이 유전자가 정상 생장 환경에서는 갓, 대, 균사 등 모든 부위에서 기본적인 발현상태를 유지하고 있으며 기계적 상처 또는 자외선 처리에 의해 그 발현이 증폭됨을 확인하였다. 이러한 결과를 통해 향후 분리된 유전자의 연구를 통한 버섯 병 방어 관련 신호 전달 체계 분석에 대한 가능성을 검토해 보았다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권2호
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• pp.119-124
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• 2010

약 7,000 여개의 단일유전자질환이 보고되어 있지만 보고된 질환의 절반도 아직 원인 유전자가 밝혀지지 못한 상황이다. 그리고 기존에 밝혀진 원인 유전자의 돌연변이형들은 대부분 단백질을 코딩하는 부위의 돌연변이에 의하여 발생하고 있어서 인간 유전체에서 단백질을 코딩하는 엑손 부위만을 선별적으로 분리하여 염기서열을 분석하는 엑솜 염기서열 분석 방법은 희귀한 유전질환의 신규 원인 유전자 발굴을 위한 매우 효과적인 유전 분석법이 될 것이다. 엑솜은 전체 유전체의 약 1.5% 정도를 차지하고 있어서 매우 경제적으로 분석이 가능하다. 그리고 엑솜 염기서열 분석 방법은 엑솜 부위를 선별하는 기술과 대용량 염기서열 분석기술로 수행된다. Freeman-Sheldon 증후군의 원인 유전자를 엑솜 염기서열 분석 방법으로 발굴한 이후로 단일유전자질환의 원인 유전자 발굴을 위한 표준 분석법으로 엑솜 염기서열 분석방법이 사용되고 있다. 향후에는 엑솜 염기서열 분석 방법이 다양한 복합질병의 유전분석에도 활용되어 개인 맞춤의학의 실현을 앞당기는데 크게 기여할 것으로 기대된다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제15D권2호
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• pp.179-186
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• 2008

위치 기반 장치의 발전과, GIS 기능의 확장 그리고 위치 정보기술들의 정확성과 가용성이 증가함에 따라서 위치 기반 서비스들의 새로운 영역에 대한 새로운 가능성이 나타나게 되었다. 데이터의 시간과 공간 형태에 따라서 정의되는 Relationship에 기인하여 시공간 데이터 마이닝 영역에서 공간에 대한 지식 검색이 증가할 경우 매우 큰 문제에 직면한다. 이 논문에서는 모바일 환경에서 시공간 패턴 마이닝을 위한 알고리즘들을 제안한다. 이동 패턴들은 All_MOP와 Max_MOP 두 개의 알고리즘을 활용하여 생성된다. 이 알고리즘들은 먼저 모든 빈발 패턴들을 탐사한 후 오직 최대의 빈발 패턴만을 탐사한다. 아울러, 제안한 기법과 기존의 DFS_MINE 기법의 수행 시간 비교를 통하여 제안한 기법이 수행시간에서 다소 우수한 것을 나타낸다. 이러한 제안접근법은 관광 서비스, 교통 서비스 등과 같은 위치 기반 서비스 등에 활용할 수 있다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제11D권4호
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• pp.845-854
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• 2004

모티프 데이터베이스는 새롭게 등장하는 원시 단백질 서열의 기능 및 구조 예측에 사용된다. 이러한 모티프 데이터베이스들은 원시 단백질 서열의 빠른 성장과 더불어 급속한 이용 증가 추세를 보이고 있으며, 최근에 이르러 모티프 자원 통합에 관한 연구가 진행되고 있다. 그러나 이러한 모티프 데이터베이스들은 각기 개별적인 메소드로 개발되었기 때문에 각기 다른 형식의 검색 결과를 제공한다. 이러한 문제 해결을 위한 데이터베이스 통합에서는 데이터베이스 자동 갱신 문제, 복잡한 질의 처리 문제, 중복된 데이터베이스 엔트리 핸들링 문제, XML 지원 문제 등을 지니고 있다. 이 논문에서는 기존 문제점들을 해결하기 위하여 데이터베이스 자원 통합 방법론을 제안하였고, 통합된 데이터베이스의 주기적 갱신 방안과 XML로의 변환에 관하여 기술하였다. 아울러 구축된 통합 데이터베이스와 사례 데이터베이스를 비교 평가하였다.

• Genomics & Informatics
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• 제18권4호
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• pp.43.1-43.13
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• 2020

The coronavirus disease 2019 is a contagious disease and had caused havoc throughout the world by creating widespread mortality and morbidity. The unavailability of vaccines and proper antiviral drugs encourages the researchers to identify potential antiviral drugs to be used against the virus. The presence of RNA binding domain in the nucleocapsid (N) protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) could be a potential drug target, which serves multiple critical functions during the viral life cycle, especially the viral replication. Since vaccine development might take some time, the identification of a drug compound targeting viral replication might offer a solution for treatment. The study analyzed the phylogenetic relationship of N protein sequence divergence with other 49 coronavirus species and also identified the conserved regions according to protein families through conserved domain search. Good structural binding affinities of a few natural and/or synthetic phytocompounds or drugs against N protein were determined using the molecular docking approaches. The analyzed compounds presented the higher numbers of hydrogen bonds of selected chemicals supporting the drug-ability of these compounds. Among them, the established antiviral drug glycyrrhizic acid and the phytochemical theaflavin can be considered as possible drug compounds against target N protein of SARS-CoV-2 as they showed lower binding affinities. The findings of this study might lead to the development of a drug for the SARS-CoV-2 mediated disease and offer solution to treatment of SARS-CoV-2 infection.

• 농업과학연구
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• 제45권4호
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• pp.583-590
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• 2018

Genus Typha L. (Typhaceae; Cattail in common) is one of the hydrophytic plants found in semi-aquatic regions. About nine to 18 species of the genus exist all over the world. In Korea, the most commonly found cattail species are T. laxmanni and T. angustifolia. The aim of this study was to prepare a cDNA library and sequences and analyze expressed sequence tags (ESTs) from these species, T. laxmanni and T. angustifolia. In the case of T. laxmanni, we observed that 715 out of 742 ESTs had high quality sequences, whereas the remaining 27 ESTs were low quality sequences. In this study, we identified 77 contigs, 393 unassembled clones and 65.7% singletons. Furthermore, in the case of T. angustifolia, we recorded 992 high quality EST sequences, and by excluding 28 low quality sequences from among them, we retrieved 120 contigs, 348 unassembled clones and 48.9% singletons. The basic local alignment search tool (BLAST) and Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) database results enabled us to identify the functional categories, i.e., molecular function (16.5%), biological process (22.2%) and cellular components (61.3%). In addition, between these two species, the no hits and anonymous genes were 4.2% and 11.7% and 6.2% and 11.2% in T. laxmanni and T. angustifolia, respectively, based on the BLAST results. The study concluded that they have certain species-specific genes. Hence, the results of this study on these two species could be a valuable resource for further studies.

• 컴퓨터교육학회논문지
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• 제21권6호
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• pp.39-47
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• 2018

이 연구는 사다리타기 게임에서 등장하는 사다리 모양에 따른 이산구조를 순열과 조합적 사고, 알고리즘적 구현을 통하여 최소생성사다리를 생성하는 방법과 컴퓨팅 사고력과의 관련성을 탐구하는 내용을 다루었다. 먼저 연구자는 사다리 모양의 세로판과 가로판의 조합에 따라서 생성되는 순열 중에서 역순열에 대응하는 사다리(최소생성사다리)를 필터링 기법과 새로 개선한 알고리즘을 고안하여 Mathematica 프로젝트로 진행하였다. 그 결과 최소생성사다리를 생성원(generator)으로 하는 새로운 그래프를 Mathematica로 창출하여 YC그래프라 이름 붙였으며 그에 대한 속성을 조사하였다. YC그래프는 이전 차원의 그래프를 내포하는 재귀적 구조와 다층 구조를 가졌으며 간선대칭의 특징을 보여주었다. 또한 계산복잡도가 증가함에 따라 세로판 5개, 가로판 10개 사다리부터 층별로 최소생성사다리를 생성하도록 탐색 공간을 분할하는 알고리즘을 적용하였다. 이 과정에서 자료의 시각화, 추상화 및 병렬처리 알고리즘 구현을 통한 컴퓨팅 사고력이 새로운 YC그래프의 창출 및 구조 분석에 기여한 것으로 나타났다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제23권4호
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• pp.401-406
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• 2019

본 논문에서는 XML 형태의 논문이나 보고서로 작성된 문서를 분석하는 시스템을 제안한다. 논문이나 보고서에서 지정한 키워드를 추출하고 이를 사용자에게 보여준 뒤 사용자가 해당 문서 내에서 검색을 원하는 키워드를 입력하면 각 키워드들을 포함하고 있는 문단들을 추출한다. 시스템은 사용자가 입력한 키워드들의 빈도수를 확인하고 가중치를 계산한 뒤 가중치가 가장 낮은 키워드만을 포함한 문단들을 제거한다. 또한, 정제된 문단들을 10개의 영역으로 나눈 뒤 영역별 문단들의 중요도를 계산하고 각 영역들의 중요도를 비교하여 가장 높은 중요도를 갖는 주요 영역을 사용자에게 알려준다. 이러한 특징들로 인해 제안하는 시스템을 활용할 경우 기존의 문서 분석 시스템을 활용하여 논문이나 보고서를 분석하는 것보다 압축률이 높은 형태로 주요 문단들을 제공받을 수 있다. 이로 인해 문서를 이해하는데 필요한 시간을 줄일 수 있을 것으로 사료된다.