• 제목/요약/키워드: Sequence Matching

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Japanese Hard Ticks (Ixodes nipponensis) Parasitizing on the Endangered Leopard Cat (Prionailurus bengalensis euptilura) in the Republic of Korea

  • Kim, Kyungmin;Kong, Sungsik;Kim, Ye Inn;Borzee, Amael;Bae, Yoonhyuk;Jang, Yikweon
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제34권1호
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    • pp.23-26
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    • 2018
  • Because of the potential negative influence on their hosts, ecto-parasites are of prime importance to numerous species. Ticks are among these, distributed worldwide, and potentially transmitting diseases while sucking blood of diverse hosts. The leopard cat (Prionailurus bengalensis euptilura Elliot, 1871) is the only felid left in the Republic of Korea following widespread anthropogenic disturbances that have resulted in the extinction of both Panthera species: the Siberian tiger(Panthera tigris altaica Temminck, 1844) and Amur leopard (P. pardus orientalis(Schlegel, 1857)). This study identifies ticks collected from a roadkill leopard cat retrieved in Seosan area in the Republic of Korea. Two ticks attached to the facial area of the carcass were identified as Japanese hard ticks, Ixodes nipponensis, based on mitochondrial cytochrome oxidase I. The matching sample was from Japan with 99.7% similarities, and the only available sequence on GenBank. This study reconfirms that I. nipponensis parasitizes the endangered leopard cat P. bengalensis euptilura.

원격지 자동차의 정보 전송을 위한 실시간 신경망 (Real-Time Neural Networks for Information Propagation of Load Vehicles in Remote)

  • 김종만;김원섭;신동용;김형석
    • 대한전기학회:학술대회논문집
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    • 대한전기학회 2003년도 하계학술대회 논문집 D
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    • pp.2130-2133
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    • 2003
  • For real-time recognizing of the load vehicles a new Neural Network algorithm is proposed. The proposed neural network technique is the real time computation method through the inter-node diffusion. In the network, a node corresponds to a state in the quantized input space. Each node is composed of a Processing unit and fixed weights from its neighbor nodes as well as its input terminal. The most reliable algorithm derived for real time recognition of vehicles, is a dynamic programming based algorithm based on sequence matching techniques that would process the data as it arrives and could therefore provide continuously updated neighbor information estimates. Through severa simulation experiments, real time reconstruction nonlinear image information is Processed. 1-D hardware has been composed and various experi with static and dynamic signals have implemented.

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효율적인 비디오 유사도 측정을 위한 휘도 투영모델 (Luminance Projection Model for Efficient Video Similarity Measure)

  • 김상현
    • 융합신호처리학회논문지
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    • 제10권2호
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    • pp.132-135
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    • 2009
  • 비디오 데이터들의 효율적 색인과 검색을 위해서는 비디오 시퀀스의 유사도 측정방법이 매우 중요한 요소이다. 본 논문은 비디오 시퀀스에 대한 효율적인 유사도 측정을 위해 휘도 성분 투사법을 제안한다. 기존의 알고리즘들이 히스토그램, 윤곽선, 움직임등과 같은 특성을 사용한 반면 본 논문에서 제안한 알고리즘은 휘도 성분을 투사하는 방법을 사용하여 비디오 유사도 특성을 효율적으로 나타낼 수 있다. 비디오 데이터의 효율적인 색인과 계산량 감소를 위해 누적된 유사도에 의해 추출된 키프레임들을 이용하여 비디오 시퀀스의 유사도를 구하고 수정된 하우스도르프 거리를 사용하여 키프레임 묶음들의 유사도를 측정하였다. 실험결과 제안한 휘도투시법을 사용한 비디오 색인 기법이 유사도 특성에서 기존의 특성을 사용한 방법에 비해 확연한 정확도 및 성능 차이를 보였다.

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색상분할 및 객체 특징정보의 계층적 적용에 의한 신호등 및 속도 표지판 인식 (Traffic Light and Speed Sign Recognition by using Hierarchical Application of Color Segmentation and Object Feature Information)

  • 이강호;방민영;이규원
    • 정보처리학회논문지B
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    • 제17B권3호
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    • pp.207-214
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    • 2010
  • 본 논문에서는 실제 도로환경의 신호등 및 속도표지판 영역 검출 및 인식 방법을 제안하였다. 밝기정보 및 HIS 컬러모델에기반한 색상정보를 이용하여 신호등을 인식하였다. 또한 HSI 컬러정보로부터 적색강도를 추정함으로써 속도 표지판을 검출하였다. 표지판의 경사여부를 판단하여 시계방향, 반시계방향으로 각각 표지판을 회전시켜 기울기를 보정한 후 인식을 행함으로써 인식률을 제고하였다. 도로환경의 동영상을 대상으로 인식을 행한 결과 신호등과 속도표지판이 혼합된 영상에서도 매우 강건한 인식 결과를 보인다.

Fast Channel Allocation for Ultra-dense D2D-enabled Cellular Network with Interference Constraint in Underlaying Mode

  • Dun, Hui;Ye, Fang;Jiao, Shuhong
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제15권6호
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    • pp.2240-2254
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    • 2021
  • We investigate the channel allocation problem in an ultra-dense device-to-device (D2D) enabled cellular network in underlaying mode where multiple D2D users are forced to share the same channel. Two kinds of low complexity solutions, which just require partial channel state information (CSI) exchange, are devised to resolve the combinatorial optimization problem with the quality of service (QoS) guaranteeing. We begin by sorting the cellular users equipment (CUEs) links in sequence in a matric of interference tolerance for ensuring the SINR requirement. Moreover, the interference quota of CUEs is regarded as one kind of communication resource. Multiple D2D candidates compete for the interference quota to establish spectrum sharing links. Then base station calculates the occupation of interference quota by D2D users with partial CSI such as the interference channel gain of D2D users and the channel gain of D2D themselves, and carries out the channel allocation by setting different access priorities distribution. In this paper, we proposed two novel fast matching algorithms utilize partial information rather than global CSI exchanging, which reduce the computation complexity. Numerical results reveal that, our proposed algorithms achieve outstanding performance than the contrast algorithms including Hungarian algorithm in terms of throughput, fairness and access rate. Specifically, the performance of our proposed channel allocation algorithm is more superior in ultra-dense D2D scenarios.

시공간 정보를 이용한 자막 탐지 및 향상 기법 (A Method for Text Detection and Enhancement using Spatio-Temporal Information)

  • 정종면
    • 한국컴퓨터정보학회논문지
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    • 제14권8호
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    • pp.43-50
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    • 2009
  • 디지털 비디오에서 텍스트 정보는 비디오 데이터의 시청각적인 정보를 보강하고 부가 정보를 제공하기 때문에 방대한 멀티미디어의 내용을 예측할 수 있는 중요한 단서를 제공한다. 본 논문에서 제안된 방법은 주어진 영상열로부터 자막의 획 특징을 이용하여 자막을 탐지하고, 프로젝션을 이용하여 자막의 위치를 찾는다. 찾아진 자막을 포함하는 바운딩박스에 대한 기하학적인 검증을 거친 후, 서로 인접하는 프레임에 있는 바운딩박스 중 공간적으로 동일한 위치의 바운딩박스에 대한 MAD를 이용하여 바운딩박스를 추적하고, 시간적 중복성을 이용하여 바운딩박스 영역의 화질을 향상시킨다. 다양한 비디오에 대한 실험 결과는 제안된 방법의 타당성을 보인다.

SRAP과 SSR 마커를 이용한 국내 육성 팔레놉시스 품종의 유전적 다양성 분석과 품종판별 (Analysis of Genetic Diversity and Identification of Domestic Bred Phalaenopsis Varieties Using SRAP and SSR Markers)

  • 박부희;박용진;김미선;이영란;박필만;이동수;예병우
    • 원예과학기술지
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    • 제31권3호
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    • pp.337-343
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    • 2013
  • 본 연구의 목적은 SSR과 SRAP 마커 시스템을 이용하여 팔레놉시스 14품종 간 유전적 거리를 비교하고, SSR 마커를 이용하여 품종 간 구분을 하기 위한 것이다. 전체적으로 111개의 SSR 프라이머와 30조합의 SRAP primer를 먼저 스크리닝하였다. 국립원예특작과학원에서 보존중인 국내 육성품종을 포함한 14품종의 팔레놉시스에서 12개의 SSR 프라이머와 30조합의 SRAP 프라이머에서 높은 다형성을 보였다. 증폭된 DNA 단편들은 acrylamide gel에서 분리시킨 후 silver staining 방법으로 검출하였다. SSR 마커 55개와 SRAP 419개로, 총 474개의 마커를 획득하였으며 이를 유전적 다양성 분석에 사용하였다. 다형성 밴드들은 MVSP 3.1프로그램을 이용하여 유전적 유사도와 UPGMA clustering 분석을 위해 scoring 되었다. 14 팔레놉시스 품종은 SRAP과 SSR 분석을 통해 각각 0.683과 0.66의 유사도 지수에서 3그룹으로 분류되었다. 또한 SSR 20번과 22번만으로도 이들 육성 품종을 구분할 수 있었다. 이 결과는, SSR 분석은 팔레놉시스 품종간 구분에 효과적이고 SRAP은 염기서열의 정보가 없을 때 유전적 다양성 분석에 유용하다는 것을 보여준다. 이번 연구된 SSR과 SRAP 마커들은 팔레놉시스의 유전자형 판별, 유전자원 보존, 유전적 근연관계를 분석하는데 유용한 기술이 될 것이다.

히스토그램 시퀀스 구성을 위한 공간 지역성 보존 척도 (Spatial Locality Preservation Metric for Constructing Histogram Sequences)

  • 이정곤;김범수;문양세;최미정
    • 정보화연구
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    • 제10권1호
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    • pp.79-91
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    • 2013
  • 본 논문은 히스토그램 시퀀스(histogram sequence)에 저차원 변환을 적용할 때, 어떤 공간 채움 곡선(space filling curve: SFC)의 성능이 가장 좋은지를 판단하는 체계적인 평가방법을 제안한다. 히스토그램 시퀀스는 이미지를 주어진 SFC에 따라 시계열 형태로 표현한 것을 말한다. 히스토그램 시퀀스는 매우 고차원이므로 저장 및 검색이 매우 어렵다. 효율적인 저장 및 검색을 위해서 시계열 저차원 변환의 하한을 사용할 수 있는데, 이 하한의 성능은 SFC의 종류에 따라 큰 영향을 받게 된다. 본 논문에서는 히스토그램 시퀀스를 저차원 변환할 때 어떤 SFC의 성능이 좋은지를 평가하기 위해, "히스토그램 시퀀스에서 엔트리들이 인접하면 이미지에서도 해당 셀들이 인접해야 한다"는 공간지역성(spatial locality)의 개념을 제안한다. 다음으로, 공간 지역성을 정량적으로 평가할 수 있는 공간 지역성 보존 척도(spatial locality preservation metric)를 제안하고, 이를 계산하기 위한 정형적인 방법을 제시한다. 본 논문에서는 공간 지역성 보존 척도 측면에서 총 다섯 가지의 SFC를 평가하고, 이 평가 결과가 실제 이미지 매칭의 저차원 변환 성능 평가와 유사함을 확인한다. 또한, 저차원 변환 기반의 k-NN(k-nearest neighbors) 검색을 실험하여, 공간 지역성 보존 척도가 가장 낮은 힐버트-오더가 k-NN 검색에서도 가장 좋은 성능을 보임을 통해, 제안한 공간 지역성 보존 척도의 유용성을 입증한다.

DNA barcode를 이용한 민어과 수산가공품 진위판별 모니터링 (Food Fraud Monitoring of Commercial Sciaenidae Seafood Product Using DNA Barcode Information)

  • 박은지;조아현;강주영;이한철;박민지;양지영;신지영;김군도;김종오;서용배;김중범
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제35권6호
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    • pp.574-580
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    • 2020
  • 본 연구에서는 민어과 수산물의 표준시료 DNA 염기서열을 분석한 후 DNA barcode 염기서열을 확정하고 검증한 후 시중 유통 중인 민어과 수산가공식품의 위변조 현황을 조사하였다. 표준시료의 미토콘드리아 cytochrome c oxidase subunit I유전자를 증폭한 후 증폭된 PCR 산물의 염기서열을 분석하였다. 분석결과 종 판별에 특이적인 655 bp를 선정하여 DNA barcode 염기서열로 하였다. DNA barcode information과 primer set을 이용한 진위판별 정확성을 확인한 결과 PCR 증폭은 모두 확인되었다. NCBI에 등록된 각각 어류의 유전자 염기서열과 비교하였을 때 참조기 100%, 부세 100%, 보구치 100%, 민어 100%의 상동성을 나타내어 실험에 사용된 DNA barcode information과 primer set의 정확성을 확인하였다. DNA barcode 시험법을 이용해 시중 유통되는 민어과 수산가공품 32건에 대해 조사한 결과 위변조 사례는 나타나지 않았다. 그러나 식품공전에 등재된 보구치 대신 백조기라는 일반명이 사용되고 있어 소비자에게 혼란을 야기하고 있었다. 따라서 수산가공품 원재료 표시에 일반명과 더불어 표준명 또는 학명을 표시하여야 할 것으로 판단되었다.

Identification of a conservative site in the African swine fever virus p54 protein and its preliminary application in a serological assay

  • Xu, Lingyu;Cao, Chenfu;Yang, Zhiyi;Jia, Weixin
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제23권4호
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    • pp.55.1-55.12
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    • 2022
  • Background: ASF was first reported in Kenya in 1910 in 1921. In China, ASF spread to 31 provinces including Henan and Jiangsu within six months after it was first reported on August 3, 2018. The epidemic almost affected the whole China, causing direct economic losses of tens of billions of yuan. Cause great loss to our pig industry. As ELISA is cheap and easy to operate, OIE regards it as the preferred serological method for ASF detection. P54 protein has good antigenicity and is an ideal antigen for detection. Objective: To identify a conservative site in the African swine fever virus (ASFV) p54 protein and perform a Cloth-enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for detecting the ASFV antibody in order to reduce risks posed by using the live virus in diagnostic assays. Method: We used bioinformatics methods to predict the antigen epitope of the ASFV p54 protein in combination with the antigenic index and artificially synthesized the predicted antigen epitope peptides. Using ASFV-positive serum and specific monoclonal antibodies (mAbs), we performed indirect ELISA and blocking ELISA to verify the immunological properties of the predicted epitope polypeptide. Results: The results of our prediction revealed that the possible antigen epitope regions were A23-29, A36-45, A72-94, A114-120, A124-130, and A137-150. The indirect ELISA showed that the peptides A23-29, A36-45, A72-94, A114-120, and A137-150 have good antigenicity. Moreover, the A36-45 polypeptide can react specifically with the mAb secreted by hybridoma cells, and its binding site contains a minimum number of essential amino acids in the sequence 37DIQFINPY44. Conclusions: Our study confirmed a conservative antigenic site in the ASFV p54 protein and its amino acid sequence. A competitive ELISA method for detecting ASFV antibodies was established based on recombinant p54 and matching mAb. Moreover, testing the protein sequence alignment verified that the method can theoretically detect antibodies produced by pigs affected by nearly all ASFVs worldwide.