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cDNA Microarray를 이용한 구강편평세포암종 세포주에서 $Taxol^{(R)}$과 Cyclosporin A로 유도된 유전자 발현양상 (GENE EXPRESSION PATTERNS INDUCED BY $TAXOL^{(R)}$ AND CYCLOSPORIN A IN ORAL SQUAMOUS CELL CARCINOMA CELL LINE USING CDNA MICROARRAY)

  • 김용관;이재훈;김철환
    • Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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    • 제28권3호
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    • pp.202-212
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    • 2006
  • It is well-known that paclitaxel($Taxol^{(R)}$), which is extracted from the pacific and English yew, has been used as a chemotherapeutic agent for ovarian carcinoma and advanced breast carcinoma and Cyclosporin A, which is highly lipophilic cyclic peptide and isolated from a fungus, has been also used as an useful immunosuppressive drug after transplantation and is associated with cellular apoptosis. Since 1953, in which James Watson, Rosalind Franklin and Francis Crick discovered the double helical structure of DNA, a few kinds of techniques for identifying gene expression have been developed. In postgenomic period, many of researchers have used the DNA microarray which is high throughput screening technique to screen large numbers of gene expression simultaneously. In this study, we searched and screened the gene expression in the oral squamous cell carcinoma cell lines treated with $Taxol^{(R)}$, cyclosporin or cyclosporin combined with $Taxol^{(R)}$ using cDNA microarray. The results were as following; 1. It was useful that the appropriate concentration of Cyclosporin A and $Taxol^{(R)}$ used in oral squamous cell carcinoma cell line was under 1${\mu}g/ml$ and 3${\mu}g/ml$. 2. In the experimental group in which $Taxol^{(R)}$ and $Taxol^{(R)}$ + Cyclosporin A were used, the cell growth was extremely decreased. 3. In the group in which Cyclosporin A was used, the MTT assay was rarely decreased which means the activity of succinyl dehydrogenase is remained in mitochondria but in the group in which the mixture of Cyclosporin A and $Taxol^{(R)}$ were used, the MTT assay was extremely decreased. 4. In the each group in which Cyclosporin A(3 ${\mu}g/ml$) and $Taxol^{(R)}$(1 ${\mu}g/ml$) were used, the cell arrest was appeared in $G_2/M$ phase and in the group in which $Taxol^{(R)}$(3 ${\mu}g/ml$) was used, the cell arrest was appeared in both S phase and $G_2/M$ phase. 5. In the oral squamous cell carcinoma cell line treated with $Taxol^{(R)}$, several genes including ANGPTL4, RALBP1 and TXNRD1, associated with apoptosis, SUI1, MAC30, RRAGA and CTGF, related with cell growth, HUS1 and DUSP5, related with cell cycle and proliferation, ATF4 and CEBPG, associated with transcription factor, BTG1 and VEGF, associated with angiogenesis, FDPS, FCER1G, GPA33 and EPHA4 associated with signal transduction and receptor activity and AKR1C2 and UGTA10 related with carcinogenesis were detected in increased levels. The genes that showed increaced expression in the oral squamous cell carcinoma cell line treated with Cyclosporin A were CYR61, SERPINB2, SSR3 and UPA3A which are known as genes associated with cell growth, carcinogenesis, receptor activity and transcription factor. The genes expressed in the HN22 cell line treated with cyclosporin combined with $taxol^{(R)}$ were ALCAM and GTSE1 associated with cancer invasiveness and cell cycle regulation.

참깨 원산지 및 재배지역에 따른 리그난 함량 변이 (Variation of Lignan Content for Sesame Seed Across Origin and Growing Environments)

  • 김성업;오기원;이명희;이병규;배석복;황정동;김명식;백인열;이정동
    • 한국작물학회지
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    • 제59권2호
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    • pp.151-161
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    • 2014
  • 본 연구는 참깨 유전자원 핵심집단과 주요 품종 및 우량계통의 세사민과 세사몰린, 지방 함량변이를 분석하여 리그난 함량이 높은 참깨 품종육성을 위한 기초자료로 활용하고자 하였다. 본 시험에 이용된 참깨 유전자원 143점의 리그난 함량 범위는 2.33 mg/g에서 12.17 mg/g으로 나타났다. 그 중 터키에서 수집된 IT184615은 리그난 함량이 12.17 mg/g으로 가장 높아 리그난 함량 개량을 위한 유전자원으로 활용성이 높은 것으로 판단되었다. 참깨 유전자원을 14개의 수집원산지별, 4개의 종피색(백, 황, 갈, 흑)별, 4개의 SSR마커그룹으로 분류하고 리그난 함량과의 유의성을 검정한 결과 세사민, 세사몰린 함량은 수집원산지, 종피색 간에 유의한 차가 인정되었다. 러시아(10.0 mg/g), 네팔(9.08 mg/g)에서 수집된 유전자원은 다른 국가에서 수집된 유전자원보다 평균 리그난 함량이 높았다. 세사민 함량은 세사몰린 함량과 정의 상관관계가 있어 리그난 함량이 높은 참깨 품종 육성을 위해서는 두 성분을 동시에 높이는 방향으로 선발되어야 할 것으로 판단된다. 참깨 주요 품종과 우량계통의 리그난, 지방 함량의 지역간, 연차간 변이를 분석하여 품질특성에 미치는 환경의 영향을 분석한 결과 리그난과 지방 함량은 지역간, 연차간에 고도로 유의적인 차이가 인정되었고 지역간 변이가 계통 간 변이보다 커서 유전변이보다 환경변이의 변이의 폭이 넓었다. 따라서 리그난, 지방 함량이 높은 참깨 품종 육성을 위해서는 함량이 높은 유전자원을 육종재료로 활용함과 동시에 리그난 축적에 관계되는 재배환경에 관한 연구가 지속적으로 이루어져야 할 것이다.

콩 재조합자식계통을 이용한 콩 종자의 크기와 지방산 조성의 양적 형질 유전자좌 분석 (Analysis of Quantitative Trait Loci (QTLs) for Seed Size and Fatty Acid Composition Using Recombinant Inbred Lines in Soybean)

  • 김현경;김용철;김선태;손병구;최영환;강점순;박영훈;조영손;최인수
    • 생명과학회지
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    • 제20권8호
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    • pp.1186-1192
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    • 2010
  • 콩은 세계 유지작물시장에서 48%을 차지하는 중요한 작물이다. 콩 종실의 크기와 기름함량의 양적 및 질적 개선이 콩 육종에 있어서 가장 중요한 목적중의 하나이다. 이 연구의 목적은 종실의 크기와 지방산조성을 조절하는 양적 형질 유전자좌를 밝히는 것이다. 큰올콩과 익산10호의 교배로부터 F2:10 세대의 재조합자식계통 115계통을 이용하였다. 협의 유전력 검정에서는 백립중이 0.72, 포화지방산(팔미트산 + 스테아릭산)이 0.60, 올레익산이 0.83과 리놀레익산이 0.77 및 리놀렌산이 0.81을 나타내었다. 백립중과 연관된 양적형질유전자좌는 염색체 1번, 3번, 8번, 9번과 16번 및 17번에 7개로 나타났다. 포화지방산은 염색체 17번과 19번에 2개의 독립된 양적 형질 유전자좌가 연관되어 있었다. 올레익산 함량에 대해서는 다섯 개의 독립적인 양적 형질 유전자좌가 염색체 7번, 11번, 14번과 16번 및 19번에서 확인하였다. 리놀레익산 함량에 대한 5개의 양적 형질 유전자좌는 염색체 2번, 11번, 14번과 16번 및 19번에 있었다. 리놀렌산 함량은 3개의 양적형질유전자좌가 염색체 8번과 10번 및 19번에 관련되어 있었다. 그리고 올레익산과, 리놀레익산 및 리놀렌산에 공통적으로 확인되는 주요 양적 형질 유전자좌는 염색체 19번 이었다.

콩 종실 및 생육형질 연관 분자표지 탐색 (QTL Analysis of Seed and Growth Traits using RIL Population in Soybean)

  • 김정순;송미희;이장용;안상낙;구자환
    • 한국작물학회지
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    • 제53권1호
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    • pp.85-92
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    • 2008
  • 신팔달콩2호와 GC83006를 교잡하여 총 118개의 $F_7$ 계통을 육성하였다. 127개의 분자마커를 사용하여 유전자지도를 이용하여 종실 및 생육특성에 대한 QTLs분석을 실시하였으며 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 100립중, 경장, 엽면적 그리고 개화까지 일수는 정규분포를 보였다. 100립중을 제외한 3개의 형질에서 양친의 값을 벗어나는 초월변이 계통이 관찰되었는데, 특히 개화까지의 일수는 개화기가 지연되는 쪽으로 초월변이 계통이 다수 관찰되었다. 2. 100립중, 경장, 엽면적 그리고 개차까지 일수에 대한 QTL분석 결과, 전체 7개의 QTL이 탐지되었다. 100립중에 관여하는 3개의 QTL은 전체변이의 $10.1%\;{\sim}\;12.5%$를 설명하였고, 경장은 전체변이의 22%를 설명하는 1개의 QTL이 탐지되었다. 엽면적은 전체 변이의 10% 및 8.6%를 설명하는 2개의 QTL이 탐지되었으며 개화기 일수는 전체 변이의 41.0%를 설명하는 1개의 QTL이 탐지되었다. 3. 신팔달콩2호와 GC83006의 모용은 각각 회색과 갈색이었으며 모용색은 1개의 유전자가 관여하는 것으로 나타났다. 분석결과 모용색은 연관군 C2에 위치하는 Satt134 마커와 밀접히 연관되어 있었다. 제색은 신팔달콩2호와 GC83006이 각각 흑색과 황색이었으며 후대 중에는 갈색의 배꼽을 갖고 있는 계통도 발견되었다. 종피색은 신팔달콩 2호와 GC83006이 각각 황색과 녹색을 보였으며 후대에서 황색과 녹색 계통이 1 : 1의 분리비를 보여 종피색에는 하나의 유전자가 관여하는 것으로 나타났고, 이 유전자는 연관군 D1a의 마커 Satt077과 밀접한 연관을 보였다.

배추 유전체열구의 현황과 전망 (Korea Brassica Genome Project: Current Status and Prospective)

  • 최수련;박지영;박범석;김호일;임용표
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제33권3호
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    • pp.153-160
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    • 2006
  • 유전체 연구란 목적하는 유전체의 구조를 밝히고 가지고 있는 모든 유전자의 기능 및 진화과정을 망라하여 이해하고자 하는 것이다. 계통발생학상 애기장대와 연관되어 있는 Brassica rapa는 채소, 유지 및 사료로 이용되는 중요한 작물의 하나이다. Brassica rapa의 유전체 연구를 착수하는 데는 적합한 유전학적 재료 및 유전체 재료가 있어야 한다. 우리는 배추 (Brassica rapa spp. pekinensis)를 재료로 하여 표준 mapping 집단을 개발하여, 78계통으로 구성된 DH집단과 약 250 계통으로 구성된 RI집단을 개발하였다. 2가지 제한효소 (HintIII, BamHI)를 이용해 세균인공염색체 (BAC) library (KBrH, KBrB)를 만들었고, 이들은 각각 56,592개와 50,688개의 클론으로 구성되어 있다. 또한 배추의 각기 다른 부위를 이용하여 만든 22가지의 cDNA library를 이용하여 평균 575bp의 길이를 가지는 104,914개의 EST 분석을 실시 하였다. 세계적으로 'Multinational Brassica Genome Project (MBGP)' 조직이 구성되었고 배추의 전 염기서열 분석을 하기로 2003년 결정되었다. 그 첫 단계로 104,914개의 BAC 클론의 BAC-end 염기서열분석이 제안되어 2006년 9월 5개국 공동 프로젝트로 추진하여 완성하게 되었다. 이러한 BAC-end 염기서열분석의 결과는 유전자의 염기서열 해석, 및 풍부하게 존재하는 반복염기서열 DNA를 분석함으로써 배추의 유전체 구조를 이해할 수 있는 실마리를 주었다. BAC 클론의 전체 염기서열분석은, 비록 단편 내에 유전자의 결실이 변화무쌍하게 일어나지만 배추 DNA 단편이 유전체에서 광범위하게 삼중복으로 존재함을 나타냈다. 이러한 BAC-end 염기서열을 아기장대 염기서열에 비교하여 629개의 종자 BAC을 선정하게 되었고, 이들의 염기서열 분석을 완성하였다. MBGP에서는2단계로서 배추의 전 유전체 염기서열 분석을 추진하게 되었고, 유전자지도에 위치한 종자 BAC을 이용하여 인접한 BAC 클론을 찾아 염기서열 분석하는 BAC-to-BAC 방법을 추진하고 있으며 8개국에서 참여하여 현재 염기서열 분석을 추진 중 이다. 최근에 각 국에서는 생물정보학기법을 활용한 염기서열 분석 기반에 대하여 많은 토론이 진행되고 있다. 앞으로 다양한 유전체 정보가 축적됨에 따라 배추의 유전체 구조를 이해하고 농업적으로 적용하고자 하는데 기여를 할 것이다.

벼 도열병 저항성 유전자 Pi45(t)의 균계 특이적 반응과 고밀도지도 작성 (Mapping and Race Specific Reaction of the Resistance Gene Pi45(t) in Rice)

  • 김동민;구홍광;양바오로;한성숙;노재환;안상낙
    • 한국육종학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.42-49
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    • 2011
  • 본 연구는 모로베레칸의 잎도열병 저항성유전자를 탐색하고, 이 저항성유전자와 연관된 분자표지를 탐색하기 위해 수행되었다. 도열병에 이병성인 일품벼와 도열병에 강한 모로베레칸을 교잡하여 육성된 140개 $BC_3F_3$ 계통을 도열병 균계 반응을 통한 저항성 유전자 탐색에 이용하였다. 1. 40개 도열병 균계를 이용하여 양친을 검정한 결과, 모로베레칸은 모든 균계에 대하여 저항성 반응을 보였고, 일품벼는 35개 균계에 이병성 반응을 보였다. 2. 90-089 등 9개 균계를 선발하여 140개 $BC_3F_3$ 계통에 대한 저항성반응을 조사하였다. 실험 결과 88-002, 93-038, 90-089 및 03-018에 대해서는 몇몇 계통을 제외한 대부분의 계통들이 감수성 쪽으로 다소 치우친 경향을 보였다. 90-002, 86-311, 86-228 및 03-018 균계에 대해서는 대부분의 계통들이 저항성 쪽으로 치우친 경향을 보였다. 3. QTL 분석 결과, 7개 균계에 대해서 총 17개의 QTL이 탐색되었는데, 모든 저항성 유전자좌에서 모로베레칸의 대립 유전자가 저항성을 증진시켰다. 특히 4번 염색체 RM3276-RM5709 부근에서 도열병 균계 R90-059, 88-002, 93-038 및 90-089에 대한 저항성 QTL이 군집되어 있었다. 4. 연계재배법을 이용하여 탐지된 내구저항성 유전자 Pi45(t) 유전자좌의 위치에 모로베레칸 단편이 이입된 계통과 일품을 교배하여 목표 유전자좌에서 분리하는 $F_2$ 집단을 육성하고 유전자형을 검정하였다. 목표 유전자좌를 포함하는 염색체 지역에서 재조환이 일어난 개체를 이용하여 내구저항성 검정에 이용된 3개 균계를 접종한 결과, Pi45(t) 유전자좌를 포함하는 계통은 2개의 도열병 균계에 대해 저항성을 보였다. 이 결과는 내구저항성 관련 유전자와 균계 특이적 저항성유전자가 밀접히 연관되어 있던지 혹은 저항성에 동일한 유전자가 관여함을 보여준다. 이들 유전자들의 관계를 밝히기 위해서는 관련 유전자의 분리를 통한 특성 규명이 필요하다.