• 제목/요약/키워드: SRSV

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원주지역 설사 환자에서 분리한 Small Round Structured Viruses (SRSV) 염기서열 분석 (Sequence Analysis of Small Round Structured Viruses (SRSV) Isolated from a Diarrheal Patient in Wonju)

  • 지영미;김기순;천두성;박정구;강영화;정윤석;고운영;신영화;윤재득
    • 대한바이러스학회지
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    • 제29권4호
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    • pp.247-259
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    • 1999
  • Small round structured viruses (SRSV) are the major ethological agents which can cause outbreaks of non-bacterial gastroenteritis or food poisoning both in children and adults. The classification of family Caliciviridae to which SRSV belong, is based on the genome encoding three open reading frames. The rotavirus is another major pathogen which causes diarrhea in young children. We examined stool specimens obtained from diarrheal patients in Wonju from which bacterial pathogens were not found. To detect causative viruses from stool specimens of patients, reverse transcription (RT)-polymerase chain reaction (PCR) or nested PCR using rotavirus or SRSV specific primers was performed. In this study, RT-nested PCR procedure which can amplify a 330 bp fragment derived from RNA dependent RNA polymerase (RDRP) region within ORF1 was applied for the detection of SRSV. For the detection of rotaviruses, a 877 bp fragment from the VP4 region of rotavirus genome was amplified. As a result, rotavirus was not detected while SRSV sequences were detected from one out of five specimens. The nucleotide and amino acid sequences of the Wonju isolate were compared with other 6 Korean isolates which have been isolated and sequenced in our laboratory. Sequence analysis revealed that the Wonju isolate was rather distinct from other Korean isolates: the Wonju isolate was closer to genogroup I of SRSV while other 6 Korean isolates belonged to genogroup II.

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1998-2000년 부산지역 소화기계 바이러스의 탐색 (Detection of Alimentary Tract Viruses in Busan: 1998-2000)

  • 조경순;김영희
    • 미생물학회지
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    • 제37권4호
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    • pp.289-293
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    • 2001
  • 감염성 바이러스의 발생은 세계적인 현상으로 어린이는 물론 성인의 건강을 위협하고 있는 설정이다. 1998년-2000년 사이에 부산지역 바이러스성 전염병 유행예측사업의 과정에서 소화기계 바이러스가 탐색되었다. 의심되는 환자의 대변 및 뇌척수액, 인후가검물에서 세포배양, Latex 응집반응, 간접면역형광항체법, 전자현미경 관찰 등을 행하여 바이러스를 확인하였다. 총 검체 중에서 바이러스의 확인 율은 12.5% 이었다. 이 과정을 통하여 3 사례의 장 adenovirus 및 , 23 사례의 echovirus, 31 사례의 coxsackievirus, 36 사례의 rotavirus, 45 사례의 small round structued virus (SRSV), 7 사례의 poliovirus가 확인되었다. 확인된 주요 혈청형으로는 장 adenovirus 41형 및 echovirus 6, 9, 11, 25, 30형, coxsackievirus B2, B3, B4, B6 형 등이 탐색되었다. 각 바이러스의 월별 발생별로는 SRSV는 12월에서는 다음해 4월 사이, echovirus와 coxsackievirus는 4월에서 10월 사이에, rotavirus는 1월에서 4월사이에 각각 분리 율이 높았다. 전자현미경 관찰에서는 30-80 nm의 작은 크기의 바이러스들이 확인되었다.

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원위치 중합효소 연쇄반응에서 증폭산물의 세포내 보존을 위한 방법들 (Methods of in situ PCR to Retain the Amplification Products Inside the Cells)

  • 이재영
    • 미생물학회지
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    • 제37권4호
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    • pp.294-298
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    • 2001
  • 감염성 바이러스의 발생은 세계적인 현상으로 어린이는 물론 성인의 건강을 위협하고 있는 실정이다. 1998년 -2000년 사이에 부산지역 바이러스성 전염병 유행예측사업의 과정에서 소화기계 바이러스가 탐색되었다. 의심되는 환자의 대변 및 뇌척수액, 인후가검물에서 세포배양, Latex 응집반응, 간접면역형광항체법, 전자현미경 관찰 등을 행하여 바이러스를 확인하였다. 총 검체 중에서 바이러스의 확인 율은 12.5% 이었다. 이 과정을 통하여 3 사례의 장 adenovirus 및, 23 사례의 echovirus, 31 사례의 coxsackievirus, 36 사례의 rotavirus, 45 사례의 small round structured virus (SRSV), 7 사례의 poliovirus가 확인되었다. 확인된 주요 혈청형으로는 장 adenovirus 41형 및 echovirus 6, 9, 11, 25, 30형, coxsackievirus B2, B3, B4, B6 형 등이 탐색되었다. 각 바이러스의 월별 발생별로는 SRSV는 12월에서 다음해 4월 사이, echovirus와 coxsackievirus는 4월에서 10월 사이에, rotavirus는 1월에서 4월 사이에 각각 분리 율이 높았다. 전자현미경 관찰에서는 30-80 nm의 작은 크기의 바이러스들이 확인되었다.

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Epidemiological Aspects of Pathogenic Microbial Foodborne Disease Outbreaks in Korea and Japan, 1999-2004

  • Bang, Hyeong-Ae;Lee, Myeong-Jin;Kim, Young-Hwan;Lee, Won-Chang;Rhim, Kook-Hwan
    • 한국환경보건학회지
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    • 제33권3호
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    • pp.184-189
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    • 2007
  • Pathogenic microbial foodborne disease outbreaks (PMFBDOs) have increased in many countries, the boom in food service establishment is not matched by effective food safety and control. In this study, we investigated the current state and the epidemic aspects of FBDOs in Korea and Japan. In Korea, the average prevalence rate of foodborne disease (FBD) was 15.0 per 100,000 population and cases per outbreak of FBD was 57.0. During the same period in Japan, the prevalence rate showed an average of 24.9, and the cases per outbreak were 16. When both prevalence rate and cases per outbreak were compared, the prevalence rate in Japan was much higher than that in Korea (p<0.01). However, average cases per outbreak of FBD in Japan were much lower than those in Korea (p<0.01). In Korea, outbreaks of FBDs were more common in spring (p<0.01), while in Japan, more frequent in summer and winter (p<0.01). Outbreaks of FBD occurred largely through restaurant and school foods (32.0% and 27.5%) in Korea. In Japan, the proportion of the outbreak cases in the restaurant and home were 23.7% and 12.1%, and cases of unknown causes of FBDs were 48.2%, respectively. Bacteria were the major causes of infection in both countries. The prevalence of PMFBDOs by Salmonella spp. Vibrio parahemolyticus and Staphylococcus aureus were much higher in Korea, while those by Camphylobacter spp. and SRSV were more common in Japan. The causes by virus were more frequent in Japan (13.7%) than in Korea (7.7%). The prevalence of FBDs in Korea and Japan showed characteristic differences, especially in the PMFBDOs due to such factors as geography, climate, culture, diet and food management.

클라우드 자원 브로커에서 확장성 있는 가상 머신 할당 기법을 이용한 비용 적응형 작업 스케쥴링 알고리즘 (A Cost-Efficient Job Scheduling Algorithm in Cloud Resource Broker with Scalable VM Allocation Scheme)

  • ;김성환;강동기;김병상;윤찬현
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제1권3호
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    • pp.137-148
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    • 2012
  • 사용자들은 자신의 작업을 처리하기 위해 자신에게만 한정된 가상 컴퓨팅 자원을 클라우드 서비스 제공자로부터 할당 받아 타 사용자로부터 독립된 환경에서 작업을 처리하게 된다. 이를 자동화된 방법으로 최적화를 대신 수행해주기 위한 모델로 브로커 미들웨어가 제시되었고 마감시간을 만족하는 이내에서 자원 이용률을 높이는 접근법으로 필요 가상 머신의 숫자를 줄여 비용을 절약한다. 이를 다루는 많은 논문들에서 작업 스케줄링은 기존 사용자들간의 독립을 보장하여 하나의 가상 머신이 하나의 작업에 한정된 가상 머신에서 처리하는 방식으로 다루어지고 있다. 하지만 기존의 SRSV 방식에서는 높은 정도의 다중 프로그래밍 작업이 아닐 경우 시스템을 효율적으로 사용하지 못한다. 이에 본 논문에서는 해당 자원을 마감시간과 스래싱(thrashing), 문맥 전환(context switching)에 따른 성능 저하를 고려한 상태에서 다중 프로그래밍 정도를 높여 낭비되는 자원을 최소화하여 비용을 절약하려고 한다. 실험 결과를 통해 제안하는 방법이 제약조건 이내에서 기존의 방식에 비해 좀 더 좋은 가격 대비 성능을 가지는 것을 보인다.