• 한국콘텐츠학회논문지
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• 제8권10호
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• pp.11-19
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• 2008

본 논문에서는 폐암의 발생에 관여하는 유전자 데이터인 SNP 데이터의 중요도 평가와 SVM 학습법을 이용하여 폐암 감수성을 예측하는 방법을 제안한다. 학습에 사용될 폐암 관련 양성 데이터에 비하여 음성 데이터의 수가 훨씬 많은 이유로 각 양성 데이터에 대하여 같은 성별과 적은 나이 차를 갖는 음성 데이터를 찾아서 쌍이 되도록 한다. 또한 각 SNP가 발병 예측에 미칠 영향력을 계산하는 수식을 도입하여 각 SNP의 중요도를 평가하고 SNP를 중요도에 따라 서열화 한다. 실험에서는 학습에 사용되는 순위별 SNP 개수에 따라 변화되는 예측률을 관측하였고, LOOCV 테스트 결과 제안된 방법은 실험 데이터에 대하여 최대 65.0%의 예측 정확도를 보였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권3호
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• pp.328-333
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• 2007

Carboxypeptidase E (CPE) plays an important role in the regulation of the body fat content. Therefore, it has been suggested as candidate gene for traits related to meat quality in beef cattle. This study was conducted to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the CPE gene and to investigate association of SNP marker with carcass and meat quality traits in Korean cattle. Three SNPs were identified in the intron 4 (A309G SNP and C445T SNP) and exon 5 (C601T SNP) of the CPE gene by sequence analyses of CPE cDNA and genomic DNA samples. The sequences have been deposited in GenBank database with accession numbers AY970664 and AY970663. Genotyping of the gene-specific SNP marker was carried out using the PCR-RFLP with restriction enzymes DdeI for C445T SNP and NlaIII for C601T SNP. The frequencies of C and T alleles were 0.43 and 0.57 for C445T SNP and 0.42 and 0.58 for C601T SNP, respectively. Statistical analysis indicated that the C445T SNP showed a significant effect (p<0.05) on marbling score (MS) and breeding value of backfat thickness (BF-EBV), respectively. Animals with the CT genotype showed higher marbling score and backfat thickness than those with the TT genotype. This marker also showed a significant dominance effect for the MS and BF-EBV (p<0.05). However, no significant associations were observed between C601T SNP genotypes and all traits examined. The results suggest that the CPE gene may be used as a marker for carcass traits in Korean cattle.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제20권1호
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• pp.171-178
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• 2009

제한된 분할방법은 어떤 개체의 표현형을 가장 많이 설명할 수 있는 multilocus 유전자형들의 분할된 그룹을 찾는 것이며 연속형 데이터에 적합하다. 또한 이 방법은 인간의 여러 질병에 영향을 주는 유전자를 찾는 방법으로 주로 이용된다. 그러나 본 연구에서는 제한된 분할 방법을 인간의 질병뿐만 아니라 가축의 경제형질에도 적용할 수 있는 것을 보이기 위해 한우의 여러 경제형질인 등심단면적, 도체중과 일당증체량에 영향을 주는 유전자를 규명해 보았다. 그 결과 모든 경제형질에 영향을 주는 유전자로는 SNP (19_1)$^*$SNP (28_2)의 상호작용이 가장 좋은 SNP로 선정되었다. 따라서 이 유전자 SNP (19_1)$^*$SNP (28_2)가 한우의 경제형질에 가장 많은 영향을 준다는 것을 규명하였으며 제한된 분할 방법이 가축의 경제형질에도 적용할 수 있다는 것을 보였다.

• 대한수의학회지
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• 제62권3호
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• pp.22.1-22.4
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• 2022

This study reports the efficacy of the vasodilator sodium nitroprusside (SNP), for treatment of acute cardiogenic pulmonary edema in dogs. For this study, the patients were divided into the SNP only treatment group, the SNP, furosemide and dobutamine treatment group, and non-SNP treatment group. Seven dogs, 6 dogs and 2 dogs were favorable responders in SNP only group, group with SNP, furosemide and dobutamine and non-SNP treatment group, each. The results of this study suggest that SNP can be an effective alternative therapy for dogs with acute cardiogenic pulmonary edema.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제33권8호
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• pp.554-561
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• 2006

최근, SoC 설계연구가 활발히 진행되고 있으며, 하나의 시스템에 보다 많은 수의 IP가 포함되고 있다. 많은 IP 간의 효율적인 통신과 재사용율을 높이기 위해 다양한 프로토콜과 버스 구조들이 연구되고 있다. 기존의 공유 버스 구조의 문제점을 해결하기 위해 제안된 SNP(SoC Network Protocol) 와 SNA(SoC Network Architecture)는 각각 peer-to-peer 방식의 프로토콜과 버스 구조이다. 한편 AMBA AHB 는 대규모 SoC 시스템에 다소 부적절한 구조를 가짐에도 불구하고 산업 표준으로 자리매김 해왔다. 따라서 기존의 많은 IP들이 AMBA 인터페이스를 가지고 있으나 SNP 와는 프로토콜과 완벽하게 호환되지 않는 문제점을 가지고 있다. 기존의 IP 들의 인터페이스를 SNP 로 바꾸기 전까지는 새로 제안된 버스 구조에서도 AMBA AHB 와의 호환성을 완전히 배제할 수가 없다. 본 논문에서는 기존의 SNP 가 확장된 XSNP(extended SNP) 스펙과 SNA 기반 시스템에서 이를 지원하는 SNA 컴포넌트를 제안한다. AMBA AHB 와 SNP 사이의 프로토콜 변환을 지원하기 위해서 기존 SNP 의 페이즈를 1 비트 확장하여 새로운 8 개의 페이즈를 추가하였다. 따라서 AMBA 호환 가능한 IP 는 SNP 를 통해 성능 감쇠 없이 AHB-to-XSNP 변환기를 통해 통신할 수 있다. 또한 이러한 확장 방법은 AMBA AHB 뿐 아니라 SNP 와 다른 버스 프로토콜 사이의 신호 변환에도 이용하여 SNP 의 유연성과 성능을 향상시킬 수 있다. 제안된 구조의 검증 / 평가를 위해 다양한 시뮬레이션을 수행하였으며, AMBA AHB 와의 호환성에 있어 문제가 없다는 것을 검증하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제34권3호
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• pp.213-221
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• 2007

분리된 무 자엽 조직에 산화질소 (nitric oxide: NO) 공여체인 sodium nitroprusside (SNP) 처리 시 농도 의존방식으로 부정근의 발달을 증진시켰다. 그러나 이러한 NO 증진 효과는 세포외 칼슘 chelator인 0.5 mM EGTA 또는 세포막 칼슘채널 차단제인 0.1 mM $LaCl_3$를 각각 $50\;{\mu}M$ SNP와 함께 혼합처리 시 반전되었다. 또한, 뿌리 발생에서 중심적 역할을 수행하는 것으로 알려진 guaiacol peroxidase (GPX)와 syringaldazine peroxidase (SPX)의 활성도가 SNP 단독 처리된 자엽에서 부정근이 형성되는 동안 현저히 증가하였다. 그러나, SNP와 $LaCl_3$ 혼합처리 시 SNP에 의해 유도된 GPX와 SPX 활성도 증가가 거의 증류수 대조구 수준으로 억제되었다. calmodulin의 anatagonist인 trifuoperazine 역시 SNP로 처리된 자엽에서 부정근 형성을 억제하여 발생된 뿌리의 개수와 길이를 감소시켰으며 동시에 GPX와 SPX를 불활성화 하였다. 결론적으로, 이들 결과는 칼슘이 GPX와 SPX 활성도 조절을 통해 부정근 유도를 이끄는 NO 반응에 포함되어 있음을 나타내는 것이다.

• 한국양봉학회지
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• 제32권4호
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• pp.281-293
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• 2017

Sacbrood virus (SBV) is one of the main pathogenic RNA viruses of honeybee. SBV is found worldwide and many local strains have been reported, such as kSBV, cSBV, and wSBV. In this study, SBV-specific DNA fragments were cloned and sequenced by reverse-transcription PCR from 4 populations of A. mellifera, 4 sequences from 1 population belonged to the 2134D51 genotype (349 nucleotides, nt) and 12 sequences from 3 populations belonged to the 2100D0 genotype (400 nt) among the 16 determined sequences. A total of 87 points of mismatches were found by comparison with the most similar sequences in GenBank. Seventeen single-nucleotide polymorphisms (SNP) were detected, and 6 SNP-patterns in the 2100D0 genotype and 2 SNP-patterns in the 2134D51 genotype were identified based on SNP positions. In SNP-pattern 2, 10 SNPs were detected, but only 2 SNPs were found in SNP-pattern7. Meanwhile, one SNP-pattern was found from one RNA-sample, multi SNP-patterns were detected from other RNA-samples. Large numbers of SNP variants indicate that vast numbers of point-mutations on SBV have occurred since SBV invaded Korea and that SNP smay have been introduced individually over time. Thorough analysis of SNP variants will not only define the local infection-route, but also the relationships between SNP-pattern and SBV-pathogenic abilities.

• 한국축산식품학회:학술대회논문집
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• 한국축산식품학회 2006년도 정기총회 및 제37차 춘계 국제학술발표대회
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• pp.117-121
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• 2006

본 연구는 한우의 도체 품질을 결정하는 육질 등급 판정 항목이자 경제적으로 매우 중요한 근내지방도, 배최장근 단면적 및 등지방두께에 대한 개체별 유전능력 차이를 조기에 식별하는 선발 기술을 개발하기 위해 세포내 지방산 농도 및 다양한 세포 및 지질대사를 조절하는 지 방산결합 단백질(H-FABP) 유전자의 전체 염기서열을 분석하여 SNP를 검출하고, SNP marker가 한우의 도체 및 육질 형질에 미치는 영향에 대하여 분석하고자 수행하였다. 염기 서열 분석 결과 총 6개의 SNP를 검출하였고, 이들 중 4개의 주요 SNP를 선발하여 PCR-RFLP기법으로 genotyping하고, 각 SNP marker가 한우 도체 및 육질 형질에 미치는 영향을 통계분석 하였다. H-FABP의 C3523T SNP marker가 한우의 배최장근 단면적 및 등지방 두께에 유의적인 영향을 미쳤다(p<0.05). 따라서, 본 연구를 통해 개발된 한우 H-FABP 유전자의 특정 SNP marker는 배최장근 단면적은 넓고 등지방두께는 얇은 우수한 고급육을 생산하는 한우의 조기 식별 및 육질진단에 매우 유용한 SNP분자 표지로 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제40권1호
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• pp.43-52
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• 2024

Cadmium (Cd) is non-essential heavy metal that negatively affects plant metabolism. Nitric oxide (NO) is an increasingly important molecule for plant metabolism that makes signaling. In this study, it was aimed to investigate the alleviating effect of sodium nitroprusside (SNP) application as NO donor in white poplar (Populus alba) under Cd stress conditions. SNP and without SNP treatments increased the Cd accumulation in root tissue. While photosynthetic pigments (Chl a, Chl b, Chl a+b, and carotenoid) content decreased by only Cd application, SNP+Cd application decreased the rate of photosynthetic pigments reduction. When the results of Cd and Cd+SNP applications were evaluated for mineral (Fe, Zn, Mn and Cu) uptake, it was found that the positive effect of SNP was heterogeneously affected. Depending on SNP application, it was found that malondialdehyde (MDA) amount decreased in leaf in 100 µM Cd applications while hydrogen peroxide (H₂O₂) amount decreased in 100 and 500 µM Cd applications. When antioxidant enzyme activities were examined, it was found that catalase (CAT) and ascorbate peroxidase (APX) enzyme activities increased with 100 µM SNP applications under all Cd applications. As a result, it was found that SNP application under Cd stress generally supports physiological processes positively in white poplar, suggesting that NO molecule plays important alleviating roles in plant metabolism.

• 한국가금학회지
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• 제41권1호
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• pp.29-37
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• 2014

닭을 구분하는데 있어 가장 눈에 띠는 것이 모색이며, 모색 관련 유전자인 MC1R, MITF, TYRP1의 SNP에 따른 유전자형을 확인하고, 각 품종별로 구별이 가능한 SNP 마커를 개발하고자 하는데, 본 연구의 목적이 있다. 마커들을 조합으로 haplotype을 보았을 때, MC1R 유전자의 SNP 조합에서 CGG type일 경우, 재래닭 만을 특별히 구별할 수 있었으며, TAG, TGG, TAA type일 경우에는 아라카나 만을 구별할 수 있었고, CAA type의 경우, 레그혼 만을 특이적으로 구별할 수 있었다. TYRP1 유전자의 SNP 조합에서는 TTTCA, CCTCA type의 경우, 레그혼 만을 구별할 수 있으며, CTTTA type의 경우, 오골계 만을 특이적으로 구별할 수 있었다. MC1R 유전자의 SNP 조합으로 재래닭, 레그혼, 아라카나를 구별할 수 있었고, TYRP1 유전자의 각각의 SNP 및 조합으로 4가지 품종 모두 구별할 수 있었다. 이렇게 품종 간의 유전적 다형성에 대한 연구가 더 많이 진행된다면, 단순 모색만으로 품종을 구별하기보다는 분자생물학적으로 품종 간의 차이를 이해할 수 있게 될 것이라고 생각된다.