• 제목/요약/키워드: SL1 Structure

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The SL1 Stem-Loop Structure at the 5′-End of Potato virus X RNA Is Required for Efficient Binding to Host Proteins and forViral Infectivity

  • Kwon, Sun-Jung;Kim, Kook-Hyung
    • Molecules and Cells
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    • 제21권1호
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    • pp.63-75
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    • 2006
  • The 5′-region of Potato virus X (PVX) RNA, which contains an AC-rich, single-stranded region and stem-loop structure 1 (SL1), affects RNA replication and assembly. Using Systemic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX) and the electrophoretic mobility shift assay, we demonstrate that SL1 interacts specifically with tobacco protoplast protein extracts (S100). The 36 nucleotides that correspond to the top region of SL1, which comprises stem C, loop C, stem D, and the tetra loop (TL), were randomized and bound to the S100. Remarkably, the wild-type (wt) sequence was selected in the second round, and the number of wt sequences increased as selection proceeded. All of the selected clones from the fifth round contained the wt sequence. Secondary structure predictions (mFOLD) of the recovered sequences revealed relatively stable stem-loop structures that resembled SL1, although the nucleotide sequences therein were different. Moreover, many of the clones selected in the fourth round conserved the TL and C-C mismatch, which suggests the importance of these elements in host protein binding. The SELEX clone that closely resembled the wt SL1 structure with the TL and C-C mismatch was able to replicate and cause systemic symptoms in plants, while most of the other winners replicated poorly only on inoculated leaves. The RNA replication level on protoplasts was also similarly affected. Taken together, these results indicate that the SL1 of PVX interacts with host protein(s) that play important roles related to virus replication.

Tertiary Structure of PreSl(21-47) of Hepatitis B Virus Studied by NMR Spectroscopy

  • Kyeunghee Yu;Cho, Eun-Wie;Shin, Song-Yub;Kim, Kol-Lyong;Kim, Yangmee
    • 한국자기공명학회논문지
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    • 제4권1호
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    • pp.41-49
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    • 2000
  • To design more efficient peptide antagonist against the HBV, preSl(21-47) which carries the HBV receptor binding site for hepatocytes was synthesized and the solution structure of preSl(21-47) was investigated using CD spectroscopy and NMR spectroscopy in membrane-mimicking environments. According to CD spectra, preSl(21-47) has a random structure in aqueous solution, while conformational change was induced by addition of TFE and SDS micelle. Tertiary structures as determined by NMR spectroscopy shows that preSl(21-47) has a very flexible structure even in SDS micelle.

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Application of multi dimensional NMR experiments to VBS RNAs of Yeast Saccaromyces cerevisiae virus

  • Chaejoon Cheong;Cheong, Hae-Kap;Yoo, Jun-Seok
    • 한국자기공명학회논문지
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    • 제5권1호
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    • pp.29-36
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    • 2001
  • The structures of two VBS (viral binding site) RNAs, SL1 and SL2, of Yeast Saccharomyces cerevisiae vims have been studied by 2D and 3D NMR experiments. VBSs play a crucial role in viral particle binding to the plus strand and packaging of the RNA. The secondary structures of the two VBS RNAs share a common feature of the stem-internal loop-stem-hairpin loop structure although the size of the internal loops of SL1 and SL2 differs. 2D experiments were sufficient for fill assignments of SL1. However, isotope labeling of the sample and multidimensional experiments were required for 28-nucleotide-long SL2 due to the spectral overlap. Several 3D HCCH experiments have accomplished full assignment of SL2 RNA.

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Envelope-Function Equation and Motion of Wave Packet in a Semiconductor Superlattice Structure

  • Kim, Byoung-Whi;Jun, Young-Il;Jung, Hee-Bum
    • ETRI Journal
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    • 제21권1호
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    • pp.1-27
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    • 1999
  • We present a new description of envelope-function equation of the superlattice (SL). The SL wave function and corresponding effective-mass equation are formulated in terms of a linear combination of Bloch states of the constituent material with smaller band gap. In this envelope-function formalism, we review the fundamental concept on the motion of a wave packet in the SL structure subjected to steady and uniform electric fields F. The review confirms that the average of SL crystal momentums K = ($k_x,k_y,q$), where ($K_x,k_y$) are bulk inplane wave vectors and q SL wave vector, included in a wave packet satisfies the equation of motion = $_0+Ft/h$; and that the velocity and acceleration theorems provide the same type of group velocity and definition of the effective mass tensor, respectively, as in the Bulk. Finally, Schlosser and Marcus's method for the band theory of metals has been by Altarelli to include the interface-matching condition in the variational calculation for the SL structure in the multi-band envelope-function approximation. We re-examine this procedure more thoroughly and present variational equations in both general and reduced forms for SLs, which agrees in form with the proposed envelope-function formalism. As an illustration of the application of the present work and also for a brief investigation of effects of band-parameter difference on the subband energy structure, we calculate by the proposed variational method energies of non-strained $GaAs/Al_{0.32}Ga_{0.68}As$ and strained $In_{0.63}Ga_{0.37}As/In_{0.73}Ga_{0.27}As_{0.58}P_{0.42}SLs$ with well/barrier widths of $60{\AA}/500{\AA}$ and 30${\AA}/30{\AA}$, respectively.

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토마토 'Micro-Tom' 과실의 eugenol synthase 유전자 클로닝, 단백질의 3차 구조 및 생리화학적 특성 예측 (Molecular Cloning of cDNA Encoding a Putative Eugenol Synthase in Tomato (Solanum lycopersicum 'Micro-Tom') and Prediction of 3D Structure and Physiochemical Properties)

  • 강승원;서상규;이태호;이긍표
    • 농업생명과학연구
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    • 제46권4호
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    • pp.9-20
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    • 2012
  • Eugenol은 많은 식물에서 eugenol synthase에 의해 생합성되는 phenylpropene 계통의 휘발성 화합물이다. 그러나, 토마토 과실에서의 특징은 밝혀져 있지 않다. 이에 따라 토마토 'Micro-Tom'으로부터 RACE 기법을 이용하여 완전장 cDNA를 클로닝 하여, SlEGS라 명명하였다. SlEGS의 open reading frame은 921bp로, 307개의 아미노산 서열을 갖는 단백질로 번역되었다. BLAST 결과에 따라 SlEGS는 PhEGS1 및 CbEGS2와 각 67.1, 69.4%의 높은 상동성을 갖는 것으로 나타났다. CLC genomics workbench 프로그램을 이용하여 SlEGS의 아미노산 구성을 분석하였고, Swiss-PDB viewer 프로그램에서 homology modeling 기법으로 SlEGS의 3차원 단백질 구조를 구축한 후 ProSA-web 툴로 3차원 구조의 안정성을 확인 하였다. 또한 ExPASy의 ProtParam 툴을 이용하여 SlEGS의 생리화학적 특성을 분석 하였다. SlEGS의 추정 분자량은 33.93kDA이고 등전점(pI)은 5.85로 산성인 것으로 나타났다. 이와 더불어 SlEGS의 흡광 계수(EC), 불안정성 지수(II), alipathic 지수(AI), GRAVY값 등의 생리화학적 특성에 대한 분석을 실시 하였다.

참보라색우무에서 추출한 항균물질의 구조 및 특성 (Structures and some Properties of the Antimicrobial Compounds in the Red Alga, Symphyocladia latiuscula)

  • 임치원;이종수;조영제
    • 한국수산과학회지
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    • 제33권4호
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    • pp.280-287
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    • 2000
  • 참보라색우무는 우리나라 연근해에서 쉽게 채취할 수 있는 미이용 해조류로서 해조류에서 새로운 천연항균성물질을 개발하기 위한 기초자료를 얻을 목적으로 항균성물질을 각종 칼럼을 통하여 분리정제하였으며, MS, NMR spectrum에 의하여 구조를 확인하였고, X선회절분석으로 결정구조를 해석하였다. 또한 이들 물질이 가지는 몇가지 특성을 조사하였다. 참보라색우무 670 g 중에서 최종적으로 세 개의 항균성물질(SL-l, SL-2, SL-3)이 각각 85 mg, 135 mg, 27.7 mg을 얻었다. SL-1 및 SL-2는 MS 및 NMR에 의하여 2,3,6-tribromof,5-dihydroxybenzyl alcohol (MW, 374) ,2,3,6-trib romo4,5-dihydroxybenzyl methyl ether (MW, 388)이였으며, 특히 SL-2를 벤젠-디에틸 에테르 용매중에서 결정화하여 X선 결정 해석에 의하여서도 구조가 확인되었다. 한편 SL-3는 SL-2와 MS 및 carbon NMR spectrum에서 잘 일치하였으나 proton NMR에서 signal의 패턴이 약간 달라 SL-2의 어떤 이성질체라고 추정되었다. 참보라색우무 항균성물질의 마우스에 대한 치사독성은 SL-1은 3 mg, SL-2는 5 mg까지는 별다른 영향을 미치지 않았으며, PhIP 및 MeIQx에 대한 돌연변이원성 억제효과는 SL-1은 $200 {\mu}g/ml$의 농도에서는 $17.8 {\%}$$17.7 {\%}$에 미치지 않았으나SL-2는 $250 {\mu}g/ml$의 농도에서는 높은 억제효과를 나타내어 새로운 보존료로서의 이용가능성을 제시하였다.

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서해 중부 해역에 출현하는 미끈망둑, Luciogobius guttatus (Gobiidae)의 생식생태와 개체군 동태 (Reproductive Biology and Population Dynamics of Luciogobius guttatus (Pisces: Gobiidae) in the Southwestern of Korea)

  • 김병기;김지혜;한경남
    • 한국어류학회지
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    • 제27권3호
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    • pp.217-227
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    • 2015
  • 미끈망둑의 생식생태와 개체군 동태를 조사하였다. GSI값은 3월부터 5월까지 높게 나타났다. 포란수는 3.1~4.0 cm (SL)에서 241개, 5.1~5.7 cm (SL)에서 716개의 범위를 보였다. 체장과 포란수의 관계식은 $F=11.242SL^{2.464}$ ($R^2=0.65$)이고, 포란수는 크기와 함께 증가하였다. 50% 군성숙체장은 2.6 cm로 나타났다. 산란기는 4~5월이었다. 성장 매개변수의 추정은 von Bertalanffy growth function (VBGF) 모델을 이용하였다 ($L_{\infty}=63.00mm$ TL, $K=0.85yr^{-1}$). 가입유형은 1년에 1회로 나타났다. 성장 비교지수 (${\phi}$)는 3.53으로 나타났다. 자연사망계수 (M)는 $1.00yr^{-1}$로 추정되었다.

Molecular Cloning and Structural Analysis of the Antibacterial Gene from the Common Cutworm, Spodoptera litura

  • Nam, Duk-Hwa;Tae, Gun-Sik
    • BMB Reports
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    • 제31권6호
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    • pp.536-541
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    • 1998
  • The cDNA clone encoding the antibacterial peptide (SL-1) was isolated from the fat body of the common cutworm, Spodoptera litura, immunized with E. coli K12. The primary structure analysis revealed that its deduced amino acid sequence showed the characteristics of the cecropin family antibacterial peptides and that the amino acid residues highly conserved in the antibacterial peptides from moths and flies were also conserved, implying that SL-1 was a cecropin-like, and especially cecropin B-like, peptide. The predicted secondary structure of the mature SL-1 consists of three domains: (i) an amphiphilic ${\alpha}$-helical domain (Ile-4 to Gly-18); (ii) the hinge region (Gly-23 and Pro-24); and (iii) a hydrophobic domain (Ala-25 to IIe-38).

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석류 종자유로부터 얻어진 Conjugated Linolenic Acid를 함유한 기능성 고체지의 효소적 합성 및 이화학적 특성 연구 (Enzymatic synthesis of structured lipids containing conjugated linolenic acids extracted from pomegranate seed oil and their physicochemical characteristics)

  • 이구;신정아;이기택
    • 농업과학연구
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    • 제39권3호
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    • pp.395-405
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    • 2012
  • 기능성 지방산인 CLnA를 다량 함유하고 있는 석류 종자유로부터 합성된 가수분해물과 고체지인 팜 스테아린을 기질로 사용하여 Lipozyme TL IM 효소를 촉매로 하여, 기능성 고체지들을 무용매 반응(NH-SL)과 n-hexane 반응(H-SL)조건에서 합성하였다. 합성은 기질 비율 1:6 몰(w/w, PS:HPSO)로, 각 12, 24, 72 hr 동안 반응하여 이루어졌다. 합성 후 반응물은 탈산과정을 수행한 후 각 기능성 고체지들의 이화학적 특성을 살펴보았다. 총 지방산 조성분석결과, 반응시간이 증가함에 따라 NH-SL에서 CLnA의 함량은 34.38%, 37.68%, 40.63%의 함량으로 유의적 차이를 보이며 증가하는 경향을 나타내었다(p<0.05). H-SL에서 CLnA의 함량은 36.81%, 41.19%, 45.83%으로 유의적 차이를 보이며 증가하였다(p<0.05). TAG 조성분석 결과, 기능성 재구성지질들(NH-SL, H-SL)에는 LnLnLn(PN=36), LnLnL(PN=38), LnLL과 LnLnP(PN=40), LLL(PN=42), PLP(PN=46), OOLn과 PLO, POP, PPS(PN=48), LOO, POS(PN=50) 등으로 구성되어 있었다. 반응시간이 길어짐에 따라 NH-SL의 경우 LnLnLn의 함량이 1.63%에서 11.54%로 증가하였고, H-SL의 경우 5.89%에서 18.45%로 증가하였다. 또한 주된 TAG 조성인 LnLnP의 경우 각각 23.15~33.77%(NH-SL)와 28.76~36.44%(H-SL)으로 높은 함량을 나타내었다. 합성한 석류종자유 가수분해물의 산가는 200.46이었으며, 합성 후 탈산한 기능성 고체지들의 산가는 1.05~1.41로 낮았다. 또한 불포화도를 나타내는 요오드가 측정결과, 무용매 반응과 용매 반응 모두에서 반응시간이 길어짐에 따라 요오드가가 점차로 증가하였다. 이러한 결과는 반응시간이 길어짐에 따라 CLnA의 함량이 높아졌기 때문에 IV가 점차로 높아지는 결과를 얻은 것으로 사료된다. 기능성 고체지들의 total tocopherol 함량 측정결과, 반응시간이 길어짐에 따라 NH-SL의 경우 3.37~2.13 mg/100 g으로 다소 감소하였으며, H-SL의 경우 3.89~2.51 mg/100 g으로 감소하는 경향을 나타내었다. 또한, 기능성 고체지들의 SFI 측정결과, H-SL의 경우 $10^{\circ}C$에서 NH-SL보다 고체지 함량이 낮았으며, $25^{\circ}C$에서는 거의 액체 상태를 유지하였다. 이는 융점이 낮으며 불포화지방산인 CLnA의 함량이 비교적 높았기 때문인 것으로 사료된다. 따라서 마가린과 같은 적절한 spreadability를 부여하기 위해서는 무용매 반응(NH-SL)에서 12 hr과 24 hr 반응을 통하여 생성된 기능성 고체지들이 적합할 것으로 예측되었다. 72 hr 동안 반응하여 생성된 기능성 고체지들(NH-SL, H-SL)의 경우, $3.86{\AA}$에서 낮은 강도를 나타내어, 주로 ${\beta}$'의 결정형을 이루고 있음을 확인하였다.

핫 캐리어 신뢰성 개선을 위한 새로운 LDD 구조에 대한 연구 (A Study on New LDD Structure for Improvements of Hot Carrier Reliability)

  • 서용진;김상용;이우선;장의구
    • 한국전기전자재료학회논문지
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    • 제15권1호
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    • pp.1-6
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    • 2002
  • The hot carried degradation in a metal oxide semiconductor device has been one of the most serious concerns for MOS-ULSI. In this paper, three types of LDD(lightly doped drain) structure for suppression of hot carried degradation, such as decreasing of performance due to spacer-induced degradation and increase of series resistance will be investigated. in this study, LDD-nMOSFETs used had three different drain structure, (1) conventional surface type LDD(SL), (2) Buried type LDD(BL), (3) Surface implantation type LDD(SI). As experimental results, the surface implantation the LDD structure showed that improved hot carrier lifetime to comparison with conventional surface and buried type LDD structures.