• Journal of Plant Biotechnology
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• 제44권3호
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• pp.235-242
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• 2017

Cudrania tricuspidata Bureau is a widely-used, medicinal, perennial and woody plant. Obtaining information about the genetic diversity of plant populations is highly important with regard toconservation and germplasm utilization. Although C. tricuspidata is an important medicinal plant species registered in South Korea, no molecular markers are currently available to distinguish Korean-specific ecotypes from other ecotypes from different countries. In this study, we developed single nucleotide polymorphism (SNP) markers derived from the chloroplast and nuclear genomic sequences, which serve to to identify distinct Korean-specific ecotypes of C. tricuspidata via amplification refractory mutation system (ARMS)-PCR and high resolution melting (HRM) curve analyses. We performed molecular authentication of twelve C. tricuspidata ecotypes from different regions using DNA sequences in the maturaseK (MatK) chloroplast intergenic region and nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) regions. The SNP markers developed in this study are useful for rapidly identifying specific C. tricuspidata ecotypes from different regions.

• 한국자원식물학회지
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• 제27권3호
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• pp.249-255
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• 2014

The rice belonging to Oryza sativa is not only has significant economic importance, for it is the major source of nutrition for about 3 billion all around the world. But also plays a vital role as a model organism, because it has a number of advantages to be a model plant, such as efficient transformation system and small genome size. Many methods and techniques have been conducted to attempt to distinguish different Oryza sativa species, such as amplified fragment length polymorphism (AFLP), random amplified polymorphic DNA (RAPD), simple sequence repeat (SSR) and so on. However, studies using sequence analysis of internal transcribed spacer (ITS), a region of ribosomal RNA has not been reported until now. This study was undertaken with an aim to understand the phylogenetic relationships among sixteen isolates of Oryza sativa collected from abroad and fifteen isolates collected from Korea, using ribosomal RNA (rRNA) internal transcribed spacer (ITS) sequences to compare the phylogeny relationships among different Oryza sativa species. The size variation obtained among sequenced nuclear ribosomal DNA (nrDNA) ITS region ranged from 515bp to 1000bp. The highest interspecific genetic distance (GD) was found between Sfejare 45 (FR12) and Anapuruna (FR15). Taebong isolate showed the least dissimilarity of the ITS region sequence with other thirty isolates. This consequence will help us further understanding molecular diversification in intra-species population and their phylogenetic analysis.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권4호
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• pp.569-575
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• 2006

The 530 stem-loop is a 46 nucleotide stem-loop structure found in all small-subunit ribosomal RNAs. Phylogenetic and mutational studies by others suggest the requirement for Watson-Crick interactions between the nucleotides 505-507 and 524-526 (530 pseudoknot), which are highly conserved. To examine the nature and functional significance of these interactions, a random mutagenesis experiment was conducted in which the nucleotides in the proposed pseudoknot were simultaneously mutated and functional mutants were selected and analyzed. Genetic analysis revealed that the particular nucleotide present at each position except 524 was not exclusively critical to the selection of functional mutants. It also indicated that basepairing interactions between the positions 505-507 and 524-526 were required for ribosomal function, and much weaker base-pairing interactions than those of the wild-type also allowed high ribosomal function. Our results support the hypothesis that the 530 pseudoknot structure may undergo a 'conformational switch' between folded and unfolded states during certain stages of the protein synthesis process by interacting with other ligands present in its environment.

• 한국균학회지
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• 제23권4호통권75호
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• pp.318-324
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• 1995

Trichoderma속과 관련군의 진화학적 유연관계를 18S 리보좀 RNA 부분염기배열 (1419-1623)에 의하여 결정하였다. 계통수는 3개로 대별되었다 (Saccharomyces cerevisiae-Geotrichum klebahnii-Alternaria mali group, Neurospora crassa-Aspergillus-Penicillium-Chrysosporium pannorum-Scopulariopsis sp. group, Trichoderma group). Trichoderma속은 계통적으로 오래전에 Saccharomyces cerevisiae, Aspergillus, Penicillium groups과 분화되어 독자적인 진화경로를 거쳐온 것으로 믿어진다.

• BMB Reports
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• 제54권9호
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• pp.439-450
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• 2021

Translating ribosomes accompany co-translational regulation of nascent polypeptide chains, including subcellular targeting, protein folding, and covalent modifications. Ribosome-associated quality control (RQC) is a co-translational surveillance mechanism triggered by ribosomal collisions, an indication of atypical translation. The ribosome-associated E3 ligase ZNF598 ubiquitinates small subunit proteins at the stalled ribosomes. A series of RQC factors are then recruited to dissociate and triage aberrant translation intermediates. Regulatory ribosomal stalling may occur on endogenous transcripts for quality gene expression, whereas ribosomal collisions are more globally induced by ribotoxic stressors such as translation inhibitors, ribotoxins, and UV radiation. The latter are sensed by ribosome-associated kinases GCN2 and ZAKα, activating integrated stress response (ISR) and ribotoxic stress response (RSR), respectively. Hierarchical crosstalks among RQC, ISR, and RSR pathways are readily detectable since the collided ribosome is their common substrate for activation. Given the strong implications of RQC factors in neuronal physiology and neurological disorders, the interplay between RQC and ribosome-associated stress signaling may sustain proteostasis, adaptively determine cell fate, and contribute to neural pathogenesis. The elucidation of underlying molecular principles in relevant human diseases should thus provide unexplored therapeutic opportunities.

• Mycobiology
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• 제50권2호
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• pp.132-141
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• 2022

Amylomyces rouxii is commonly found as amylolytic fungi in tapai fermentation. However, its diversity is rarely reported despite being often used for food production in Southeast Asia. This research aims to analyze the genetic diversity and the distribution pattern of A. rouxii from Ragi tapai in Java Island, Indonesia. We isolated the fungus from samples obtained from Ragi tapai producing centers in Bandung, Sumedang, Muntilan, Blora, Yogyakarta, and Bondowoso. The obtained isolates were molecularly identified based on the ribosomal regions ITS1/ITS2 and D1/D2, then analyzed for phylogenetic tree reconstruction, genetic distance, genetic variation, and haplotype networking. Six isolates showed specific morphological traits of A. rouxii. However, phylogenetic tree reconstruction on the ribosomal genes showed that the isolates were grouped into two different clades related to two species. Clade A included BDG, SMD, and MTL isolates related to A. rouxii, whereas clade B included YOG, BLR, and BDS isolates related to Mucor indicus. The genetic distances between clades for ITS1/ITS2 and D1/D2 were 0.6145 and 0.1556, respectively. In conclusion, we confirmed the genetic diversity of molds from Ragi tapai in Java Island and showed that the isolates are not only related to A. rouxii as reported before.

• 대한수의학회지
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• 제38권4호
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• pp.909-917
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• 1998

한국과 일본의 서로 다른 지역으로부터 소의 Theileria 분리주에 있어서 6가지 type(A부터 E 그리고 H)과 subtype(B1)의 small subunit ribosomal RNA(SSUrRNA) 유전자를 밝혔다. 이들 유전자 염기서열을 비교하여 본 바 염기서열의 위치 212~231, 261~270 그리고 632~690으로 3군데의 hypervariable region이 관찰되었다. SSUrRNA 유전자 염기서열 type A는 한국의 전북 분리주(KCB), 충남 분리주(KCN), 제주 분리주(KCJ)그리고 실험실 보관주(KLS)와 일본의 Shintoku 분리주(JHS)인 5개의 분리주에서 나타났으며, 이 염기서열은 Kenya의 Marula 분리주인 Theileria buffeli의 SSUrRNA 유전자(GenBank accession number Z15106)와 일치하였다. 한국의 경북 분리주(KKB)에서는 type B만이 관찰되었으나 그 외의 분리주에서는 2 type 이상의 유전자 염기서열이 관찰되었다. KCB와 JHS 분리주에서는 type A와 B, 강원 분리주(KKW)에서는 type B와 H, KCN 분리 주에서는 type A, C 및 D 그리고 KCJ 분리주에서는 type A, B, E 및 subtype B1이 관찰되었다. 한국과 일본 소의 Theileria 분리주에 있어서 여러 type의 SSUrRNA 유전자 염기서열이 나타나는 것으로 보아 혼함감염이 되어 있는 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제23권6호
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• pp.770-778
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• 2013

본 연구에서는 광양만 해수의 세균군집 다양성의 계절적인 변화를 분석하기 위해 2011년 2월, 5월, 7월, 10월의 4계절에 총 336 균주를 분리하였다. 분리된 미생물의 16S rRNA를 제한효소 Hae III를 이용하여 Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis 를 실시하여 절편 양상을 군집화 시키고, 다양성 지수를 계산하였다. 80%의 유사도 수준에서 40개의 단일 계통형을 포함한 총 101개의 계통형을 얻을 수 있었다. 각 계통형을 대표할 수 있는 139개 균주를 선택하여 16S rRNA 염기서열을 결정한 후 유전자서열을 비교한 결과, 이들 균주는 Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes 및 Firmicutes를 포함한 4개의 문에 속하였다. 모든 계절에 Proteobacteria 문이 최 우점하였고, 겨울과 봄, 가을에는 Bacteroidetes 문, 여름에는 Actinobacteria 문이 차 우점하였다. 과(family) 수준에서는 겨울과 봄에는 Flavobacteriaceae가 우점하였고, 여름과 가을에는 Pseudoalteromonadaceae가 우점하였다. 모든 계절에 Altererythrobacter, Loktanella, Pseudoalteromonas, Vibrio 속(genus)이 관찰되었다. 미생물 군집의 다양성은 가을에 가장 높았으며, 다음으로 봄, 겨울, 여름 순서였다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제21권7호
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• pp.312-320
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• 2020

본 연구의 목적은 Ribosomal Database Project에서 공적으로 활용 가능한 16S rRNA 유전자 시퀀스들의 메타분석을 통해 반추위 고세균의 계통발생 다양성을 조사하는 것이다. 총 8,416개의 시퀀스가 Ribosomal Database Project(출시버전 11, 업데이트 5)로부터 회수되었고, taxonomy tree를 구축하는데 사용되었다. Species 수준의 OTUs가 97% sequence 유사성 기준으로 QIIME 프로그램을 사용하여 분석되었다. 총 8,416개의 시퀀스 중에서 8,412개의 시퀀스는 총 3개의 문으로 분류되었고, 나머지 4개의 시퀀스는 어떤 알려진 문으로 분류되지 못했다. Euryarchaeota는 가장 우점하는 문으로, 전체 고세균 시퀀스의 99.8%를 차지하였다. 이 중에서 차례로 Methanobrevibacter가 65.4%, Methanosphaera가 10.4%, Methanomassillicoccus가 10.4%, Methanomicrobium가 7.9%, Methanobacterium가 1.9%, Methanimicrococcus가 0.5%, Methanosarcina가 0.1%, Methanoculleus가 0.1%를 차지하였다. V2와 V3 영역으로 자른 7,544개의 시퀀스는 493개의 OTUs로 분류되었다. 총 493 OTUs 중에서 단지 17개만 우점하였고, 총 7,544 시퀀스 중 1% 이상을 차지하였다. 본 연구는 반추동물로 부터 메탄발생에 크게 기여하는 반추위 우점 메탄생성균 분석에 대한 향후 연구를 인도하는데 도움을 주고, 사료나 가축품종이 달라져도 이러한 메탄생성균을 억제하는 메탄저감제를 개발하는데 도움을 줄 것이다.

• 환경생물
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• 제32권4호
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• pp.382-388
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• 2014

최근 뱀장어 양식장에서 사육 중이던 동남아산 뱀장어에 몸통 근육의 요철현상을 나타내면서 폐사를 일으키는 질병이 발생하였다. 병어의 몸통 근육 내 환부는 흰색 또는 황색으로 변해있었다. 병리조직학적인 변화는 근조직내에 수많은 포자와 크고 작은 시스트들이 변형된 근육근섬유 내에 관찰되었다. 병어의 근육 환부를 취하여 PCR을 실시하여 H. anguillarum이 가지는 특정 유전자인 Small subunit ribosomal RNA (SSU-rRNA)를 증폭하였다. 좀 더 정확한 동정을 위해 PCR product를 Cloning 후 Sequencing하여 서열들을 분석한 결과 H. anguillarum의 Small subunit ribosomal RNA (Gene bank accession number: AB623036) 서열과 일치하게 나타남을 확인할 수 있었다. primer 18F과 1537R의 PCR product는 약 1366 bp 길이가 일치하였으며, V1과 1392R를 이용한 PCR product는 1200 bp가 일치하게 나타났다. 또한 H1과 H2의 PCR product의 경우는 800 bp 정도 일치하였으며 이의 서열은 나머지 2개의 product가 공통적으로 가지고 있는 서열이었다. 이를 토대로 본 연구에서는 동남아산 뱀장어에 감염된 포자충은 H. anguillarum임을 동정할 수 있었다.