The genetic diversity among Korean cyanobacteria was assessed by restriction fragment length polymorphism(RFLP) analysis of PCR products from the phycocyanin locus. Strains of all the genera tested were successfully amplified, and the size of amplified fragments was approximately 700bp. The restriction patterns generated by AluI, MspI, and HaeIII were conserved for strains within each of genera studied and were specific to the genus level. Intrageneric delineation of strains was revealed by the enzyme, CfoI for members of genera Anabeana and Synechocystis. Phenogram derived from the different RFLP patterns revealed a coherent cluster among Anabeana, Chlorogloea, and Synechocystis strains. PC-RFLP methods provided useful tools for classification of cyanobacteria.
Krawczyk, Beata;Leibner-Ciszak, Justyna;Stojowska, Karolina;Kur, Jozef
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.21
no.12
/
pp.1336-1344
/
2011
This study details and examines a novel ligation-mediated polymerase chain reaction (LM-PCR) method. Named the LM-PCR/Shifter, it relies on the use of a Class IIS restriction enzyme giving restriction fragments with different 4-base, 5' overhangs, this being the Shifter, and the ligation of appropriate oligonucleotide adapters. A sequence of 4-base, 5' overhangs of the adapter and a 4-base sequence of the 3' end of the primer(s) determine a subset of the genomic restriction fragments, which are amplified by PCR. The method permits the differentiation of bacterial species strains on the basis of the different DNA band patterns obtained after electrophoresis in polyacrylamide gels stained with ethidium bromide and visualized in UV light. The usefulness of the LM-PCR/Shifter method for genotyping is analyzed by a comparison with the restriction endonuclease analysis of chromosomal DNA by the pulsed-field gel electrophoresis (REA-PFGE) and PCR melting profile (PCR MP) methods for isolates of clinical origin. The clustering of the LM-PCR/Shifter fingerprinting data matched those of the REA-PFGE and PCR MP methods. We found that the LM-PCR/Shifter is rapid, and offers good discriminatory power and excellent reproducibility, making it a method that may be effectively applied in epidemiological studies.
This paper dealt with plasmid DNA profile in 98 Salmonella(S) isolated from pigs and cattle sources in Taegu, Gyeongbook and Gyeongnam during the period from 1984 to 1987. Also we were studied for restriction enzyme analysis of the plasmid DNA, and mouse infection, Sereny test and normal setum resistance test in guinea pig for S typhimurium and S enteritidis harbored or cured 60 megadalton(Md) plasmid and 36 Md plasmid, respectively. Of the 13 Salmonella isolated from cattle, 7 Salmonella harbored one or more plasmids and molecular sizes of the large plasmids were 60 Md for S typhimurium and 36 Md for S enteritidis. Of the 85 Salmonella isolated from pigs, 47 Salmonella were confirmed as being one or more plasmids, and all the S typimurium stains harbored 60 Md plasmid. In enzyme digestion with 8 types of restriction endonuclease for 60 Md plasmid DNA of S typhimurium, cleavage patterns were varied to enzymes, and the DNA was segmented into 4 to 15 fragments. In restriction enzyme analysis of 36 Md plasmid DNA obtained from four strains of S. enteritidis, the DNA showed the same cleavage patterns obtained with Eco RI, Hind III and Bam H I, and was segmented into 3 to 5 fragments. In virulence for mice by measuring the 50% lethal dose ($LD_{50}$), the $LD_{50}$ values obtained for 60 Md virulence-associated plasmid harbored strains of S typhimurium and 36 Md virulence-associated plasmid of S enteritidis were up to $10^4$-fold lower than the values obtained for the plasmid-cured strains of the same serotype. Only the plasmid harbored strains were resistant to the bactericidal activity of 90% guinea pig serum, and only they gave positive responses in sereny test. We suggested that their plasmid DNA might be associated with virulence for mice.
An isolate of Cucumber mosaic virus (CMV), called as Lag-CMV, was identified from Lagenaria leucantha var. gourda showing mosaic symptom, and its properties was compared to Fny-CMV (subgroup IA) and As-CMV (subgroup IB) by host reaction in several indicator plants, dsRNA analysis, RT-PCR analysis, restriction enzyme profile of the PCR products and nucleotide sequence of coat protein gene. Lag-CMV was similar to As-CMV used as a control CMV by the induced chlorotic spot on inoculated leaves and mosaic symptoms on upper leaves of N. tabacum. cv. Xanthi nc. In the cucumber and zucchini squash, Lag-CMV and As-CMV induced a mild mosaic symptoms than that of Fny-CMV. Size and shapes of local lesions on Chenophodium amaranticolor and Vigna unguiculata induced by Lag-CMV was similar those by Fny-CMV or As-CMV. In experiments of dsRNA profiles and RT-PCR analysis of coat protein gene, Lag-CMV was come within subgroup I CMV. Moreover, restriction enzyme analysis using EcoRI, SalI, MspI, XhoI, and HindIII of the RTPCR products and nucleotide sequence analysis of the coat protein gene showed that Lag-CMV belong to a member of CMV subgroup IB of the same to As-CMV.
A new strain of Cucumber mosaic virus (CMV) from easter lily (Lilium longiflorum), Ly2-CMV, was identified and compared to the well-characterized Mf-CMV (subgroupⅠ) and LS-CMV (subgroupⅡ) by host reaction in several indicator plants, dsRNA analysis, serological property, RT-PCR analysis, restriction enzyme profile of the PCR products and nucleotide sequence of coat protein (CP) gene. Remarkable differences in symptoms of Ly2-CMV were found between Mf-CMV or LS-CMV in tobacco plants and Datura stramoinium. Ly2-CMV induced small necrotic ringspots on the inoculated leaves of Nicotiana tabacum cvs. Xanthi nc and Burley 21 and D. stramonium, and failed to infect these species systemically. Of the indicator plants tested, N. benthamiana only reacted with systemic infection by inoculation of Lr2-CMV. In experiments of dsRNA analysis, serology and RT-PCR of CP gene, Ly2-CMV was come within subgroupⅠ CMV. However, restriction enzyme analysis of the PCR products using MspⅠ showed that Ly2-CMV was distinct to Mf-CMV. The CP gene of Ly2-CMV contains 657 nucleotides, and the nucleotide sequence is similar to that of Mf-CMV. There is also a high degree of conservation between their putative gene products in Ly2-CMV and Mf-CMV, with five amino acid changes in the 218 amino acids of the CPs.
An isolate of Cucumber mosaic virus (CMV), designated as Cas-CMV, was isolated from Chinese aster (Callistephus chinensis) showing severe mosaic symptom, and its properties was compared to the well-characterized Fny-CMV (subgroup IA) and As-CMV (subgroup IB) by host reaction in several indicator plants, dsRNA analysis, RT-PCR analysis, and restriction enzyme profile of the PCR products. Cas-CMV differed markedly in their host reaction to Fny-CMV or As-CMV in Cucurbita pepo cv. Black beauty. In the zucchini squash, all strains induced chlorotic spot on inoculated leaves and mosaic symptoms on upper leaves. However, symptoms induced by Cas-CMV were developed lethal necrosis on the young plants 15 to 20 days after inoculation. In experiments of dsRNA analysis and RT-PCR analysis, properties of Cas-CMV was come within subgroup I CMV. Moreover, restriction enzyme analysis using HindIII of the RT-PCR products showed that Cas-CMV belong to a member of CMV subgroup IA.
Kim, Won-yong;Chang, Young-hyo;Park, Kyoung-yoon;Kim, Chul-joong;Shin, Kwang-soon;Park, Yong-ha
Korean Journal of Veterinary Research
/
v.35
no.3
/
pp.537-542
/
1995
In this study, we aim to find the presence of virulence-related plasmid in Salmonella isolates from poultry, and the difference between S pullorum and S gallinarum on the plasmid profile and antibiotics resistance. We used seventeen isolates of Salmonella spp that were isolated from poultry. Thirteen isolates, S typhimurium(ST), S pullorum(SP) and S gallinarum(SG), contained virulence-related plasmids. These are 95Kd plasmid in ST and 85Kd plasmid in SP and SG. Three(1/4 of ST, 1/1 of SE, and 1/9 of SP) isolates have no detectable plasmids. The isolates of ST have relatively variable plasmid profile but the isolates of S pullorum except No 12(additional 3.0Kb plasmid) have common 85K6, 8.1Kb, 4.0Kb and 2.3Kb plasmid and two of three isolates of S gallinarum have common 85Kb, 4.0Kb and 2.3Kb plasmid but the rest has only 85Kb plasmid. Interestingly, all of the isolates of SP have 8.1Kb plasmid, and same size of plasmid is also found in one of ST isolates. All of the isolates have the resistance to penicillin, chloramphenicol, rifampicin, streptomycin, sulfamethazine and some isolates show the resistance to ampicillin and tetracycline. There is no relatedness between plasmid profile and antibiotics resistance and no differences between SP and SG in antibiotics resistance. Therefore further differentiation of each isolates by restriction enzyme assay and, if possible, charaterization of each plasmid, especially, 8.1Kb plasmid in SP and ST, may be necessary.
A total of 28 Salmonella enterica serovar Typhimurium isolated from diseased pigs and swine carcasses between 2001 and 2003 were characterized by the antimicrobial resistance profiles, PCR for detection of S. Typhimurium DT104 and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) with the restriction enzyme XbaI. All but one isolate presented multidrug resistance (MDR) to more than two antibiotics tested. A total of 11 resistance profiles were observed, and two phenotypes, ST and ASSuTG, were the most common among them. Two isolates were found to be S. Typhimurium DT104 isolates by PCR, and their resistance profile did not show the DT104 typical resistance type ACSSuT, but ACSSuTGK instead. PFGE identified 11 banding patterns in dendrogram, and three main clusters (designated A to C) were represented. Interestingly, sixteen of 19S. Typhimurium isolates belonging to cluster B showed an identical band pattern.
As evidence that can be obtained at the crime scene, the importance of micro-evidences has been recognized in recent years with the development modern molecular-level analytical techniques. These micro-evidences include substances useful for personal identification such as DNA, but it is difficult to collect only the evidences showing individual characteristics every time at the crime scene. Therefore, development of new research approaches for the discovery and application of micro-evidence candidates is in increasing demand. For this purpose, skin microbial communities of bacteria inhabiting the palms of 16 people were collected and terminal-restriction enzyme fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis was carried out to examine the potential for the application in personal identification. As a result, 16 different electropherograms were obtained, and various taxa including Staphylococcus and Bacillus were shown to produce different T-RF profiles among individuals. These results were analyzed with the factors affecting the microbiota such as sex and working environment of individuals.
Rho Sam Woong;Lee Gi Seog;Choi Gi Soon;Na Young In;Hong Moo Chang;Shin Min Kyu;Min Byung il;Bae Hyun Su
Journal of Physiology & Pathology in Korean Medicine
/
v.18
no.4
/
pp.1041-1054
/
2004
Electroacupuncture (EA) has been reported to increase pain threshold, and to enhance the NK cell activity by up-regulation of IFN-γ and endogenous β-endolphin. For the purpose of understanding the molecular mechanism of EA stimulation, we analyzed the gene expression profile of rat hypothalamus, treated on Zusanli (ST36) with EA, in comparison with control group by oligonucleotide chip microarray (Affymetrix GeneChip Rat Neurobiology U34 Array) and real-time RT-PCR. Sprague-Dawley (S-D) male rats were stimulated at the Zusanli (ST36) acupoint in restriction holder. Simultaneously the control group was given only holder stress without EA stimulation. In order to prove the appropriateness of EA treatment, we measured spleen NK cell activity with standard 51Cr release assay. NK cell activity of EA group was significantly increased comparing to control group. The microarray and PCR results show that EA treatment up-regulates expression of genes associated with 1) nerve growth such as NGF induced factor A and VGF, 2) signal transduction such as 5HT3 receptor subunit, AMPA receptor binding protein and Na-dependent neurotransmitter transporter, and 3) anti-oxidation such as superoxide dismutase and glutathione S-transferase. In addition, the activity of the anti-oxidative enzyme, SOD of hypothalamus, liver and RBC was enhanced compared to that of control. The list of differentially expressed genes may implicate further insight on the mechanism of acupuncture effects.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.