• The Plant Pathology Journal
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• 제39권4호
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• pp.309-318
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• 2023

Huanglongbing (HLB) is one of the most destructive diseases in citrus, which imperils the sustainability of citriculture worldwide. The presumed causal agent of HLB, 'Candidatus Liberibacter asiaticus' (CLas) is a non-culturable phloem-limited α-proteobacterium transmitted by Asian citrus psyllids (ACP, Diaphorina citri Kuwayama). A widely adopted method for HLB diagnosis is based on quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR). Although HLB diagnostic qPCR provides high sensitivity and good reproducibility, it is limited by time-consuming DNA preparation from plant tissue or ACP and the requirement of proper lab instruments including a thermal cycler to conduct qPCR. In an attempt to develop a quick assay that can be deployed in the field for CLas detection, we developed a real-time loop-mediated isothermal amplification (rt-LAMP) assay by targeting the CLas five copy nrdB gene. The rt-LAMP assay using various plant sample types and psyllids successfully detected the nrdB target as low as ~2.6 Log10 copies. Although the rt-LAMP assay was less sensitive than laboratory-based qPCR (detection limit ~10 copies), the data obtained with citrus leaf and bark and ACP showed that the rt-LAMP assay has >96% CLas detection rate, compared to that of laboratory-based qPCR. However, the CLas detection rate in fibrous roots was significantly decreased compared to qPCR due to low CLas titer in some root DNA sample. We also demonstrated that the rt-LAMP assay can be used with a crude leaf DNA extract which is fully deployable in the field for quick and reliable HLB screening.

• 한국소프트웨어감정평가학회 논문지
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• 제13권2호
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• pp.9-17
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• 2017

소프트웨어 개발 단계에 오픈소스 소프트웨어를 활용함으로써 발생할 수 있는 라이선스 위반 문제 등의 이유로 소프트웨어 컴플라이언스는 반드시 행해져야하는 작업 중 하나이다. 하지만 다수의 개발자가 참여한 규모있는 소프트웨어를 분석한다는 것은 많은 시간과 높은 난이도를 요구한다. 이와 같은 문제점을 개선할 수 있는 방안 중 하나인 SPDX 문서는 소프트웨어 패키지에 대한 메타데이터를 규격화한 문서이다. 해당 규격이 활성화된다면 소프트웨어 패키지의 정보 분석 작업이 간소화될 뿐만 아니라 오픈소스 소프트웨어의 건전한 유통에도 기여할 수 있을 것이다. 본 연구에서는 오픈소스 소프트웨어의 라이선스 정보를 포함하고 있는 SPDX 문서를 특정 중앙서버에 의존하지 않고 분산화 된 장부의 기록물로 공유하고, 사용자에게 목적과 자격 요건에 따라 SPDX 라이프사이클 서비스를 제공하는 블록체인 기반의 SPDX 유통 플랫폼을 개발하였다. 또한 블록체인 기반의 SPDX 유통 플랫폼의 활성화에 기여하는 것을 목적으로 통합개발환경용 SPDX 문서 생성 플러그인을 개발하였다.

• Journal of Astronomy and Space Sciences
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• 제19권2호
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• pp.141-150
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• 2002

전리층은 우주환경의 변화에 매우 중요한 역할을 하고 있다. 특히 전기전도도 분포에 관한 정보는 자기권-전리층 상호작용을 이해하는데 필수적이다. 이러한 요구에 부응해서 전기전도도를 구하려는 다양한 시도가 있었다. 본 연구에서는 SuperDARN(Super Dual Auroral Radar Network) 레이더망 중 Goose Bay 및 Stokkseyri 레이더에서 관측한 전기장과 Greenland의 서부해안에 설치된 지자기 관측소에서 동시에 얻은 지상 지자기 기록을 이용하여 전기전도도를 추정하였다. 또한 전리층을 흐르는 전류를 무한판상으로 가정하고 Biot-Savart 및 Ohm의 법칙을 적용하여 Hall 및 Pedersen 전기전도도를 추정하였다. 예상한대로 Hall 전기전도도는 오로라 제트전류대의 중심을 따라 상당히 강화됨을 알 수 있었다. 그러나 Pedersen 전기전도도는 광범위한 지역에 서 음의 값이 나타났다. 이러한 문제를 보완하기 위해서 지자기 변화 성분인 ${\Delta}D$에 연자기력선 전류의 효과를 고려하였다. 그 결과 이전에 음으로 나타난 지역이 상당히 감소되었다. 따라서 지상 지자기 변화 자료와 레이더에서 관측된 전기장을 이용해서 전기전도도를 구하는 경우 연자기력선 전류의 효과를 고려해야 한다.

• 한국건설관리학회논문집
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• 제16권5호
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• pp.54-64
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• 2015

모듈러 건축공법은 공장 생산, 운송, 현장설치 프로세스를 통해 기존 현장중심 건축공법에 비해 품질향상 및 공기단축이 가능한 특징을 가지고 있다. 특히 모듈러 유닛의 제작과 시공이 분리되어 수행되기 때문에 다수의 프로젝트가 동시에 수행될 경우 각 프로젝트에 따라 생산해야하는 모듈의 크기, 수량, 납기일, 생산 유형 및 과정을 고려하는 SCM(Supply Chain Management) 관점의 공장 생산 공정 계획 수립이 필요하다. 그러나 현재 모듈러 유닛 공장 생산 계획은 개별 프로젝트 중심으로 수립되고 있어 다중 모듈러 건축 프로젝트 수행 시 모듈러 유닛 제작공장의 한정된 자원과 설치 현장별 프로젝트 요구조건들을 동시에 고려한 공장 생산계획을 도출하는데 한계가 있다. 따라서 본 연구에서는 다양한 변수 간 상호 연계성 및 제약조건으로 공정 계획 최적화 결과 도출이 가능한 유전자 알고리즘 방법을 통해 모듈러 유닛 제작공장의 한정된 자원과 설치 현장별 요구사항이 반영된 모듈러 유닛 공장 생산 공정계획 최적화 수립 모델을 제시하며 이를 사례분석을 통해 검증하였다. 연구 결과, 기존 다중프로젝트의 공장생산계획에 비해 평균 7.9%의 현장설치 공기단축 및 43%의 최대 야적장 이용률 감소가 가능하였다. 향후 본 연구 내용을 바탕으로 제약 조건 범위 확장 및 생산성 데이터 추가가 될 경우 다중 모듈러 건축 프로젝트의 모듈러 유닛 공장 생산 계획 수립과 현장시공프로세스 구축을 동시에 지원할 수 있는 기초 자료로 활용될 수 있다.

• Neonatal Medicine
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• 제17권2호
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• pp.254-261
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• 2010

신생아에서의 미토콘드리아 질환은 임상 증상이 다양하고 비특이적이라 진단이 어렵고, 치명적으로 생존율이 낮기 때문에 이에 대한 연구는 미비하다. 본 연구에서는 신생아기에 미토콘드리아 질환 소견으로 치료한 3례를 보고하였다. 증례 1은 갑작스럽게 발생한 강직성 경련, 의식 소실 및 심한 대사성 산증과다기관 기능 부전으로 미토콘드리아 병증이 의심되었다. 혈장내 젖산/피루브산염 비가 55.6, 아미노산 검사에서는 알라닌 2,237 nmol/ml로 증가되었다. 증례 2에서는 급성 부신기능부전과 급성 신부전으로 복막 투석을 하였으나 대사성 산증이 지속되었다. 혈장 내 젖산/피루브산염 비가 23.9였고, 근 조직을 이용한 효소 분석에서 1번 복합체의 호흡 사슬 결함이 진단되었다. 증례 3은 출생 후 2개월간 반복되는 대사성 산증과 기면, 수유 곤란 소견을 보였다. 혈장 내 젖산/피루브산염 비가 19.4로 정상 범위의 경계에 있었으나 뇌척수액 검사상 젖산/피루브산염 비가 57로 현저하게 증가된 소견을 보였고, 뇌 자기 공명 분광경 검사에서 lactate peak 소견을 보였다. 근 조직을 이용한 효소 분석에서 2번 복합체의 호흡 사슬 결함이 진단되었다. 세증례 모두에서 미토콘드리아 질환 소견으로 비타민, 조효소 Q10 및 L-카르니틴을 투여하였다.

• BMB Reports
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• 제35권3호
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• pp.330-336
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• 2002

The lgtB genes that encode $\beta$-1,4-galactosyltransferases from Neisseria meningitidis ATCC 13102 and gonorrhoeae ATCC 31151 were isolated by a polymerase chain reaction using the pfu DNA polymerase. They were expressed under the control of lac and T7 promoters in Escherichia coli M15 and BL21 (DE3). Although the genes were efficiently expressed in E. coli M15 at $37^{\circ}C$ (33 kDa), most of the $\beta$-1,4-galactosyltransferases that were produced were insoluble and proteolysed into enzymatically inactive polypeptides that lacked C-terminal residues (29.5 kDa and 28 kDa) during the purification steps. When the temperature of the cell growth was lowered to $25^{\circ}C$, however, the solubility of the $\beta$-1,4-galactosyltransferases increased substantially. A stable N-terminal his-tagged recombinant enzyme preparation could be achieved with E. coli BL21 (DE3) that expressed lgtB. Therefore, the cloned $\beta$-1,4-galactosyltransferases were expressed under the control of the T7 promoter in E. coli BL21 (DE3), mostly to the soluble form at $25^{\circ}C$. The proteins were easily purified to homogeneity by column chromatography using Ni-NTA resin, and were found to be active. The galactosyltransferases exhibited pH optimum at 6.5-7.0, and had an essential requirement for the $Mn^{+2}$ ions for its action. The $Mg^{+2}$ and $Ca{+2}$ ions showed about half of the galactosyltransferase activities with the $Mn^{+2}$ ion. In the presence of the $Fe^{+2}$ ion, partial activation was observed with the $\beta$-1,4-galactosyltransferase from N. meningitidis(64% of the enzyme activity with the $Mn^{+2}$$Ni^{+2}$, $Zn^{+2}$, and $Cu^{+2}$ ions could not activate the $\beta$-1,4-galactosyltransferase activity. The inhibited enzyme activity with the $Ni^{+2}$ ion was partially recovered with the $Mn^{+2}$$Fe^{+2}$, $Zn^{+2}$, and $Cu^{+2}$ ions, the $Mn^{+2}$$\beta$-1,4-galactosyltransferase activity was 1.5-fold stimulated with the non-ionic detergent Triton X-100 (0.1-5%).

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제25권4호
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• pp.376-387
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• 2010

식품으로부터 식중독세균을 검출하는 대부분의 전통적인 방법들은 분리하고자 하는 미생물에 적합한 선택배지에 의존할 수밖에 없다. 이러한 선택배지들은 높은 경제성에도 불구하고 오래 걸려 때를 놓치게 되는 소요 시간이 항상 걸림돌로 작용하고 있으며, 하나의 선택배지로 한의 균만을 선택적으로 분리해 내는 등의 단점이 있다. 이러한 단점을 최소화하기 위하여 IMS 등 면역학적 또는 분자생물학적 기법들을 접목시키고 있고, 증균에서 분리와 확인을 동시에 할 수 있는 package 형태의 제품들이 시판되고 있다. 또한 이러한 제품 중 일부는 국제표준기구로부터 인증을 받았고 대부분 chromogenic 기질을 함유한 선택배지들이 포함되어 있을 만큼 신뢰도가 높다고 할 수 있다. 그러나 선택배지 자체만은 이들 단점을 해결할 수 없어 항체를 활용한 신속, 간편하고 환경친화적인 ELISA법, 검출장비가 불필요하여 가장 신속, 간편하게 현장에서 사용하도록 기술을 향상시킨 paper-strip kit나 ELISA 분석 시 직면하는 시료의 matrix effect를 최소화할 수 있다는 장점을 지닌 형광면역분석법(fluoroimmunoassay)등 새로운 기술이 용도에 맞게 다양하게 개발되고 있다. 또한 동시진단 능력이 우수한 현장 진단형 시스템이 개발될 경우, 향후 신 시장 창출, 바이오칩 기술발전, 식중독균을 포함한 위해 미생물의 동시진단 및 역학조사 등에 지대한 기여를 할 것으로 판단된다. 식품에서 식품위해미생물 검출에 있어서 가장 이상적인 방법은 검출 과정이 간단하고 경제적이며 정확하여야 한다는 것이다. 또한 정량적 결과 산출이 가능하여야 하고, 자동화된 방법으로 전환이 가능하여야 산업에 적용될 수 있다는 것인데, 이러한 이상적인 검출방법은 현재까지 존재하지 않는다. 다만, 여러 방법들이 각각의 장점을 갖고 있을 뿐이다. 즉, 현실적 대안은 현재까지 개발된 각각의 방법을 목적과 대상에 따라 시의적절하게 병용 사용하여야 한다는 것이다.

• 한국시뮬레이션학회논문지
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• 제24권4호
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• pp.1-9
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• 2015

원자력 분야에서 안전관련(safety-related) 소프트웨어의 활용이 점차 확대됨에 따라서, 그에 상응하는 소프트웨어 안전과 신뢰도 향상을 위한 방안 연구가 지난 10여년 전부터 활발히 진행되고 있다. 원전 계측제어시스템(MMIS)은 원자력 발전소의 두뇌와 신경망에 해당하는 기능을 수행하고 있고 첨단 디지털 장비들로 구성된다. 따라서 원전 계측제어시스템의 소프트웨어 오류는 원자력 발전소 운전에 지장을 초래할 수 있고, 오동작으로 인한 발전소 정지로 경제적 손실을 초래할 수 있다. 소프트웨어 확인 및 검증(verification and validation, V&V)은 소프트웨어 품질을 향상시킬 수 있는 소프트웨어 공학의 분야로 알려져 있고, 원자력 산업계에서는 소프트웨어 생명주기에 따른 철저한 V&V 활동을 이행하고 준수할 것을 법규로 규정하고 있다. V&V 활동은 소프트웨어 전 생명주기에 따라 분석과 시험 활동들의 조합으로 다른 품질관련 공학 업무를 보완하는 역할을 한다. 본 논문에서는 명세 평가, 요건 추적, 소스코드 리뷰, 및 소프트웨어 시험을 통한 최적화된 안전관련 소프트웨어 V&V 방법론에 기반한 소프트웨어 품질 향상 방안과 단계별로 적합한 도구를 활용하여 효율성을 확보할 수 있는 방안을 제시하고자 한다. 제안된 방법론은 실제 신한울 1,2호기 원자력발전소 MMIS 시스템에 적용되어 입증되었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권2호
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• pp.257-264
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• 2019

Objective: Dairy cattle nutrient requirement systems acknowledge amino acid (AAs) requirements in aggregate as metabolizable protein (MP) and assume fixed efficiencies of MP used for milk protein. Regulation of mammary protein synthesis may be associated with AA input and milk protein output. The aim of this study was to evaluate the effect of nanoemulsified methionine and cysteine on the in-vitro expression of milk protein (casein) in bovine mammary epithelial cells (MAC-T cells). Methods: Methionine and cysteine were nonionized using Lipoid S 75 by high-speed homogenizer. The nanoemulsified AA particle size and polydispersity index were determined by dynamic light scattering correlation spectroscopy using a high-performance particle sizer instrument. 3-(4,5-Dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide assay was performed to determine the cytotoxicity effect of AAs with and without nanoionization at various concentrations (100 to $500{\mu}g/mL$) in mammary epithelial cells. MAC-T cells were subjected to 100% of free AA and nanoemulsified AA concentration in Dulbecco's modified Eagle medium/nutrient mixture F-12 (DMEM/F12) for the analysis of milk protein (casein) expression by the quantitative reverse transcription polymerase chain reaction method. Results: The AA-treated cells showed that cell viability tended to decrease (80%) in proportion to the concentration before nanogenesis, but cell viability increased as much as 90% after nanogenesis. The analysis of the expression of genetic markers related to milk protein indicated that; ${\alpha}_{s2}$-casein increased 2-fold, ${\kappa}$-casein increased 5-fold, and the amount of unchanged ${\beta}$-casein expression was nearly doubled in the nanoemulsified methionine-treated group when compared with the free-nanoemulsified methionine-supplemented group. On the contrary, the non-emulsified cysteine-administered group showed higher expression of genetic markers related to milk protein ${\alpha}_{s2}$-casein, ${\kappa}$-casein, and ${\beta}$-casein, but all the genetic markers related to milk protein decreased significantly after nanoemulsification. Conclusion: Detailed knowledge of factors, such nanogenesis of methionine, associated with increasing cysteine and decreasing production of genetic markers related to milk protein (casein) will help guide future recommendations to producers for maximizing milk yield with a high level of milk protein casein.

• 한국동물위생학회지
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• 제42권1호
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• pp.31-37
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• 2019

There have been a total tenth FMD outbreaks in Korea and for the first time, type O and A were detected simultaneously in 2017, which led to difficulties in FMD control. For the effective prevention of FMD, the importance of discrimination of serotypes became greater. Therefore, the most urgent requirement in case of FMD outbreak is differential diagnosis of serotypes. In this study, we developed a PNA probe-mediated multiplex real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) assay using the peptide nucleic acid (PNA) probe, which is known to be stable to nucleotide mutation and that could specifically detect the all FMDV serotype A, FMDVA Yeoncheon strain which was occurred in Korea in 2017, and FMDV A viruses shown 96% similarity with FMDVA/Yeoncheon strain, at the same time. Therefore, It is believed that the newly introduced FMDVA will be effectively diagnosed using the PNA probe multiplex RT-PCR developed in this study, and ultimately contribute to the prevention of FMD.