• 제목/요약/키워드: Repeatability

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A triplex real-time PCR assay for simultaneous and differential detection of Bordetella bronchiseptica, Mycoplasma cynos, and Mycoplasma canis in respiratory diseased dogs

  • Gyu-Tae Jeon;Jong-Min Kim;Jeong-Hyun Park;Hye-Ryung Kim;Ji-Su Baek;Hyo-Ji Lee;Yeun-Kyung Shin;Oh-Kyu Kwon;Hae-Eun Kang;Soong-Koo Kim;Jung-Hwa Kim;Young-Hwan Kim;Choi-Kyu Park
    • 한국동물위생학회지
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    • 제46권1호
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    • pp.15-27
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    • 2023
  • Bordetella (B.) bronchiseptica, Mycoplasma (M.) cynos, and M. canis are the major bacterial pathogens that cause canine infectious respiratory disease complex (CIRDC). In this study, we developed a triplex real-time polymerase chain reaction (tqPCR) assay for the differential detection of these bacteria in a single reaction. The assay specifically amplified three bacterial genes with a detection limit of below 10 copies/reaction. The assay showed high repeatability and reproducibility, with coefficients of intra- and inter-assay variations of less than 1%. The diagnostic results of the assay using 94 clinical samples from household dogs with CIRDC clinical signs, the prevalence of B. bronchiseptica, M. cynos, and M. canis was 22.3%, 18.1%, and 20.2%, respectively, indicating that the diagnostic sensitivity was comparable to those of previously reported qPCR assays. The dual infection rate of B. bronchiseptica and M. cynos, B. bronchiseptica and M. canis, and M. cynos and M. canis was 5.3%, 7.4%, and 3.1%, respectively. Moreover, the triple infection rate of B. bronchiseptica, M. cynos, and M. canis was 2.1%. These results indicate that coinfections with B. bronchiseptica, M. cynos, and M. canis have frequently occurred in the Korean dog population. The newly developed tqPCR assay in the present study will be a useful tool for etiological and epidemiological studies on these three CIRDC-associated bacterial pathogens. The prevalence and coinfection data revealed through this study will contribute to expanding knowledge on the epidemiology of CIRDC in the recent Korean dog population.

비누화 및 액체크로마토그래프를 활용한 고상 건강기능식품 중 라이코펜 분석법 개발 (A simple method to determine lycopene in solid supplementary food preparations using saponification and liquid chromatography)

  • 김영민;신예빈;권민경;김진환;김지성;이동규;강명주;최용석
    • 분석과학
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    • 제36권3호
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    • pp.105-112
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    • 2023
  • 라이코펜은 카로티노이드의 일종으로 심혈관계 위험인자, 혈중지질, 혈압 등을 낮추는 효과를 가지는 것으로 알려져 있어, 액상 내용물이 충진된 연질캡슐, 고상 내용물이 충진된 경질캡슐을 포함하는 다양한 제형의 라이코펜 건강기능식품이 유통되고 있다. 그러나, 최근 본 연구진은 현 건강기능식품공전 중 라이코펜 시험법의 고상 건강기능식품 적용에 한계가 있음을 확인하였다. 따라서, 본 논문에 비누화 반응 및 액체크로마토그래프에 기반한 신규 고상 건강기능식품 중 라이코펜 시험법의 개발을 보고하는 바이다. 신규 개발 시험법은 식품의약품안전평가원 가이드라인에 의거하여 밸리데이션 되었고, 모든 항목 결과가 가이드라인 기준을 만족함(특이성, 직선성 r2≥0.991, 정량한계 0.0149 mg/mL, 정확도(회수율) 92.70~97.18 %, 반복성(회수율의 상대표준편차) 0.85~1.59 %, 재현성(실험실 간 회수율의 상대표준편차) 3.70 %)을 확인하였다. 또한 인증표준물질을 활용한 적용성 평가에서도 높은 정확도(98.81~101.59 %)가 관찰되어, 신규 시험법의 개발이 성공적이었음을 재확인하였다. 따라서, 신규 개발 시험법은 향후 고상 라이코펜 건강기능식품 관리에 활용되어 국내 건강식품안전관리에 기여할 수 있을 것으로 판단된다.

Development of a real-time polymerase chain reaction assay for reliable detection of a novel porcine circovirus 4 with an endogenous internal positive control

  • Kim, Hye-Ryung;Park, Jonghyun;Park, Ji-Hoon;Kim, Jong-Min;Baek, Ji-Su;Kim, Da-Young;Lyoo, Young S.;Park, Choi-Kyu
    • 한국동물위생학회지
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    • 제45권1호
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    • pp.1-11
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    • 2022
  • A novel porcine circovirus 4 (PCV4) was recently identified in Chinese and Korean pig herds. Although several conventional polymerase chain reaction (cPCR) and real-time PCR (qPCR) assays were used for PCV4 detection, more sensitive and reliable qPCR assay is needed that can simultaneously detect PCV4 and internal positive control (IPC) to avoid false-negative results. In the present study, a duplex qPCR (dqPCR) assay was developed using primers/probe sets targeting the PCV4 Cap gene and pig (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) GAPDH gene as an IPC. The developed dqPCR assay was specifically detected PCV4 but not other PCVs and porcine pathogens, indicating that the newly designed primers/probe set is specific to the PCV4 Cap gene. Furthermore, GAPDH was stably amplified by the dqPCR in all tested viral and clinical samples containing pig cellular materials, indicating the high reliability of the dqPCR assay. The limit of detection of the assay 5 copies of the target PCV4 genes, but the sensitivity of the assay was higher than that of the previously described assays. The assay demonstrated high repeatability and reproducibility, with coefficients of intra-assay and inter-assay variation of less than 1.0%. Clinical evaluation using 102 diseased pig samples from 18 pig farms showed that PCV4 circulated in the Korean pig population. The detection rate of PCV4 obtained using the newly developed dqPCR was 26.5% (27/102), which was higher than that obtained using the previously described cPCR and TaqMan probe-based qPCR and similar to that obtained using the previously described SYBR Green-based qPCR. The dqPCR assay with IPC is highly specific, sensitive, and reliable for detecting PCV4 from clinical samples, and it will be useful for etiological diagnosis, epidemiological study, and control of the PCV4 infections.

얼굴과 배경의 방향에 따른 시선 단서 효과 (The gaze cueing effect depending on the orientations of the face and its background)

  • 홍리정;김민식
    • 인지과학
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    • 제34권2호
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    • pp.85-110
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    • 2023
  • 타인의 시선 방향과 시각적 표적이 나타나는 위치가 일치할 때 표적에 대한 탐지가 빠르고, 정확해지는 것을 시선 단서 효과(gaze cueing effect)라 한다. 시선 단서는 얼굴의 방향(orientation)에 의해 영향 받을 수 있는데, 얼굴이 똑바로(upright) 제시될 때는 강력한 시선 단서 효과가 나타나지만 얼굴이 180° 회전되어 거꾸로(inverted) 제시될 때는 일부 연구에서만 유의한 시선 단서 효과가 보고되었다(예, Tipples, 2005). 본 연구는 얼굴의 위아래가 거꾸로 제시될 때 시선이 주의를 유도하는 단서로 작동할 수 있는지 재확인하고, 얼굴의 방향 뿐 아니라 배경의 방향, 시선 단서와 표적 간의 시간 간격(SOA) 등 시선 단서에 영향을 미칠 수 있는 변인들을 체계적으로 조작하여 시선 단서의 효과를 살펴보고자 하였다. 실험 결과, 선행 연구와 달리 거꾸로 된 얼굴에서도 유의한 시선 단서 효과가 관찰되었으며, 이러한 결과는 배경이 없거나(실험 1), 배경이 있을 때(실험 2와 3) 모두 일관되게 관찰되었으며, 얼굴과 배경의 방향 간 상호작용은 유의하지 않았다. 또한 SOA가 짧을 때(150 ms) 모든 얼굴과 배경 방향 조건에서 유의한 시선 단서 효과가 관찰되었으나, SOA가 길 때는(1000 ms) 시선 단서 효과가 유의하지 않았다. 본 연구는 거꾸로 된 얼굴에서도 비교적 짧은 SOA 조건의 경우(150 ms) 유의한 시선 단서 효과가 일관적으로 관찰됨을 보여줌으로써 과거 거꾸로 된 얼굴에서 유의한 시선 단서 효과를 얻지 못했던 일부 연구 결과의 신뢰도와 반복 관찰 가능성에 의문을 제기함은 물론, 얼굴과 배경의 다양한 방향에서도 시선이 향하는 방향으로 주의가 유도될 수 있음을 보여주는 추가적 증거를 제공했다는 점에서 의미가 있다.

천연가스 분석의 불확도 평가 및 품질 보증을 위한 연구 (A study on quality assurance and evaluation of uncertainty for the analysis of natural gas)

  • 우진춘;김용두;배현길;이강진;허재영
    • 분석과학
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    • 제19권6호
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    • pp.490-497
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    • 2006
  • 액화 천연가스(LNG) 공정 분석 결과의 불확도 요인을 평가하였다. 평가된 불확도 요인은 측정 반복성, 사용된 GC의 비 직선성, 사용된 표준가스의 불확도, 시료 채취 방법에 따른 농도 변화 그리고 교정 후의 기기 변동이었으며, 이 중에서 중요한 불확도 요인은 사용된 GC의 비 직선성, 사용된 표준가스의 불확도 그리고 교정 후의 기기 변동이었다. 주요 성분인 메탄 및 에탄의 경우, 각각 $90.0{\pm}0.9%mol/mol$(확장불확도, 95% 신뢰 수준) 및 $6.26{\pm}0.08%mol/mol$(확장불확도, 95% 신뢰 수준)이었다. 가스 성분원소별로 각 불확도 요소의 기여 정도는 차이가 있었고, 메탄 분석의 경우 사용된 GC의 비 직선성의 상대 표준불확도가 0.28%, 사용된 표준가스의 상대 표준불확도가 0.25%, 그리고 교정 후의 기기 변동에 의한 상대 표준불확도가 0.24%이었다.

판유리 시료에서 동위원소 및 미량원소 분석법 (Natural isotopes and trace element analyses in glass samples)

  • 민지숙;허상철;김재균;김은호;김동욱;정희선
    • 분석과학
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    • 제20권3호
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    • pp.219-226
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    • 2007
  • 유리 같은 미세 증거물은 전이(transfer)의 결과로서 법과학 실험실에 자주 제시되는 증거물의 일종이다. 이들 시료에서 미량 원소 분석의 반복성과 재현성을 검토하였다. 미세 증거물의 유출원을 규명하기 위하여 LA-ICP-MS를 사용하여 분산 분석이 이루어졌다. 짝지음비교가 모든 시료에 대하여 이루어졌고 각 시료는 이동식별을 위하여 총 [n(n-1)/2] (n :시료의 수) 쌍이 비교 되었다. 이번 실험의 목적은 법과학 시료의 다원소분석에 대한 LA-ICP-MS의 이용 가능성을 검토하는 것이다. 유리의 경우, 2개의 제조 공장으로 부터의 12개 시료를 수집하여 분석에 사용하였다. 유리에서 미량원소 분석용 표준품 NIST 612를 사용하여 31개 원소를 분석하고 분산분석(ANOVA)이 수행되었다. 원소들은 정밀도와 시료간 분산값을 고려 하여 4개의 그룹으로 나뉘어 졌다. 11개의 원소(209Bi, 90Zr, 121Sb, 178Hf, 59Co, 238U, 208Pb, 140Ce, 118Sn, 49Ti, 137Ba)가 선택 되었고 137Ba 만으로 66개의 가능한 pair들 중 6개를 구별(p<0.05)하지 못하였으나, 49Ti과 137Ba의 두 원소를 사용할 경우 모든 시료들이 구별 가능 한 것으로 나타났다(p<0.05). 결론적으로 LA-ICP-MS에 의한 다원소 분석은 법과학 시료의 이동 식별에 잠재력있는 분석기법이라 하겠다.

방출셀을 이용한 액상건축자재 오염물질 방출시험방법 정립에 관한 연구 (Study on establishment of emission cell test method for liquid phase building materials)

  • 임정연;장성기;서수연
    • 분석과학
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    • 제22권3호
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    • pp.191-200
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    • 2009
  • 이 연구는 소형방출챔버와 방출셀을 이용한 총휘발성유기화합물(TVOC) 방출시험결과의 상관성을 규명하여 방출셀을 이용한 액상 건축자재 오염물질 방출시험 방법을 정립하고 활용방안을 제시하기 위한 기초 자료를 확보하고자 수행되었다. 소형방출챔버와 방출셀을 이용한 액상 건축자재 방출시험을 실시하기 위해 방출시험 적합성 여부를 판단하고 최적조건을 확립하기 위하여 방출시험장치, 분석기기에 대한 성능평가를 실시하였다. 방출시험 장치인 소형방출챔버와 방출셀의 배경농도 청정도, 기밀도, 회수율, 분석장치인 열탈착장치 회수율 및 GC/MS 기기재현성, 방법검출한계(MDL) 등을 평가한 결과 방출시험장치와 분석기기의 조건은 안정적이고 재현성과 감도가 양호하여 액상 건축자재에서 방출되는 오염물질에 대한 측정 분석조건이 최적화되었음을 확인할 수 있었다. 페인트, 접착제, 실란트로 구성된 40개의 액상 건축자재를 대상으로 소형방출챔버와 방출셀을 이용하여 오염물질 방출시험을 실시한 결과 방출되는 총휘발성유기화합물의 농도는 소형 방출챔버와 방출셀에서 모두 대수정규분포(log normal distribution)하였으며 시험방법차이에 따른 방출량 분포의 차이는 크지 않았다. 또한 방출셀을 이용하여 오염물질 방출시험을 실시하였을 때, 소형방출챔버를 이용하였을 때보다 약 1.35~1.41배 높은 방출량을 나타내었으며 상관계수(r)가 약 0.91~0.97의 범위를 보여 높은 상관성이 있는 것으로 확인되었다.

HPLC-MS/MS에 의한 감초의 liquiritin과 glycyrrhizin의 분석 (Qunatitative analysis of liquiritin and glycyrrhizin in glycyrrhizae radix by HPLC-MS/MS)

  • 유영법;김미정;황대선;하혜경;마진열;신현규
    • 분석과학
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    • 제20권4호
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    • pp.331-338
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    • 2007
  • 한약과 기능성식품으로 널리 활용되는 감초의 지표물질인 glycyrrhizin과 liquiritin을 HPLC-MS/MS 로 정성, 정량분석을 실시하였다. 두 가지 지표성분 모두 positive ion mode에서 검출이 가능하였고, precursor ion과 product ion을 조합한 multiple-reaction monitoring (MRM) mode에서 liquiritin은 m/z $436.2{\rightarrow}257.0$로 관찰되었고, glycyrrhizin은 m/z $823.4{\rightarrow}453.4$ 로 각각 검지되었다. 감초 물 추출물을 분무건조기로 건조한 분말에서 glycyrrhizin의 경우 5.8%, liquiritin의 경우 2.3% 각각 함유되어 있었다. 회수율은 103-113%였고, 일간, 일내 정밀도 실험에서 상대표준편차는 0.95-1.8% 였다. 본 실험 조건에서 liquiritin과 glycyrrhizin의 검출한계는 각각 0.4 ng/mL과 0.01 ng/mL 이었다.

Genetic parameters of milk and lactation curve traits of dairy cattle from research farms in Thailand

  • Pangmao, Santi;Thomson, Peter C.;Khatkar, Mehar S.
    • Animal Bioscience
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    • 제35권10호
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    • pp.1499-1511
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    • 2022
  • Objective: This study was aimed to estimate the genetic parameters, including genetic and phenotypic correlations, of milk yield, lactation curve traits and milk composition of Thai dairy cattle from three government research farms. Methods: The data of 25,789 test-day milk yield and milk composition records of 1,468 cattle from lactation 1 to 3 of Holstein Friesian (HF) and crossbred HF dairy cattle calved between 1990 and 2015 from three government research farms in Thailand were analysed. 305-day milk yield was estimated by the Wood model and a test interval method. The Wood model was used for estimating cumulative 305-day milk yield, peak milk yield, days to peak milk yield and persistency. Genetic parameters were estimated using linear mixed models with herd, breed group, year and season of calving as fixed effects, and animals linked to a pedigree as random effects, together with a residual error. Univariate models were used to estimate variance components, heritability, estimated breeding values (EBVs) and repeatability of each trait, while pairwise bivariate models were used to estimate covariance components and correlations between traits in the same lactation and in the same trait across lactations. Results: The heritability of 305-day milk yield, peak milk yield and protein percentage have moderate to high estimates ranging from 0.19 to 0.45 while days to peak milk yield, persistency and fat percentage have low heritability ranging from 0.08 to 0.14 in lactation 1 cows. Further, heritability of most traits considered was higher in lactation 1 compared with lactations 2 and 3. For cows in lactation 1, high genetic correlations were found between 305-day milk yield and peak milk yield (0.86±0.07) and days to peak milk yield and persistency (0.99±0.02) while estimates of genetic correlations between the remaining traits were imprecise due to the high standard errors. The genetic correlations within the traits across lactation were high. There was no consistent trend of EBVs for most traits in the first lactation over the study period. Conclusion: Both the Wood model and test interval method can be used for milk yield estimates in these herds. However, the Wood model has advantages over the test interval method as it can be fitted using fewer test-day records and the estimated model parameters can be used to derive estimates of other lactation curve parameters. Milk yield, peak milk yield and protein percentage can be improved by a selection and mating program while days to peak milk yield, persistency and fat percentage can be improved by including into a selection index.

Development and evaluation of a triplex real-time quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction for rapid and differential detection of three feline respiratory viral pathogens

  • Ji-Su Baek;Jong-Min Kim;Hye-Ryung Kim;Ji-Hoon Park;Yeun-Kyung Shin;Hae-Eun Kang;Jung-Hoon Kwon;Won-Jae Lee;Min Jang;Sang-Kwon Lee;Ho-Seong Cho;Yeonsu Oh;Oh-Deog Kwon;Choi-Kyu Park
    • 한국동물위생학회지
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    • 제46권4호
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    • pp.269-281
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    • 2023
  • In this study, a new triplex real-time quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (tqRT-PCR) assay was developed for the rapid and differential detection of three feline viral pathogens including feline calicivirus (FCV), feline herpesvirus 1 (FHV-1), and influenza A virus (IAV) in a single reaction. The assay specifically amplified three targeted viral genes with a detection limit of below 10 copies/reaction. The assay showed high repeatability and reproducibility, with intra- and inter-assay coefficients of variation of less than 1%. Based on the diagnostic results of the assay using 120 clinical samples obtained from cats with feline respiratory disease complex (FRDC)-suspected signs, the prevalence of FCV, FHV-1, or IAV was 43.3%, 22.5%, or 0%, respectively, indicating that the diagnostic sensitivity was comparable or superior to those of previously reported monoplex qRT-PCR/qPCR assays. The dual infection rate for FCV and FHV-1 was 8.3%. These results indicate that FCV and FHV-1 are widespread and that co-infection with FCV and FHV-1 frequently occur in the Korean cat population. The developed tqRT-PCR assay will serve as a promising tool for etiological and epidemiological studies of these three bacterial pathogens, and the prevalence data for three feline viruses obtained in this study will contribute to expanding knowledge about the epidemiology of FRDC in the current Korean cat population.