• Journal of Crop Science and Biotechnology
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• 제11권1호
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• pp.39-44
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• 2008

Korean cultivated bramble, which is known as Bokbunja-ddal-gi is regarded to be originated from Korea native Rubus coreanus. However, little scientific evidence and significant morphological differences between Korean cultivated bramble(KCB) and R. coreanus throw doubt on the ancestry of KCB. This study was carried out to obtain phylogenetic information on KCB by comparing its nuclear genomic background with those of R. coreanus, black(R. occidentalis) and red(R. idaeus) raspberry, blackberry(R. lanciniatus) and R. crataegifolius. A total of 99 random amplified polymorphic DNA(RAPD) markers were generated and used for phylogenetic analysis of 76 Rubus accessions. Accessions of each species were grouped into each distinct subclade by the RAPD markers at a similarity coefficient of about 0.59. The KCB subclade formed a clade with R. occidentalis and R. crataegifolius subclades at a similarity coefficient of 0.47. The R. coreanus subclade formed a clade with R. idaeus, R. lanciniatus and R. crataegifolius subclades at a similar similarity coefficient. Only one KCB accession from Hoengsung was included in R. coreanus subclade. The accession shows leaf and flower characteristics different from the rest of the KCB accessions. The phylogenetic relationship inferred from the RAPD markers suggests that the nuclear genomic background of KCB accessions which show morphological similarity to black raspberry is more closely related to black raspberry than to R. coreanus. This brings about the need for close scientific evaluations on the ancestry of KCB at both morphological and molecular levels.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제6권1호
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• pp.13-19
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• 2003

Genomic DNA from the muscle of marsh clam (Corbicula leana) from Gochang, Muan and a Chinese site was extracted to identify genetic differences and similarity by randomly amplified polymorphic DNAs-polymerase chain reaction (RAPD- PCR). Out of 20 primers, seven primers produced amplified fragments which were consistently polymorphic. A total of 1,246 amplified products were produced of which 530 were polymorphic $(42.5\%)$. The number of polymorphic bands produced per primer varied from 40 to 122 with an average of 75.7 in marsh clam from Gochang. 3.28 of the 23.0 polymorphic bands per lane were found to be polymorphic. Also, about $4.34\%$ of total polymorphic bands were specific to marsh clam from Gochang. The major common bands of 0.28 kb generated by primer OPB-15 (GGAGGGTGTT) were present in every individuals, which were polymorphic. This common bands in every individuals should be diagnostic of specific strains, species and/or their relatedness. Primer OPB-19 (ACCCCCGAAG) produced the highest number of 12 specific bands. The intra-population variation was revealed in the band patterns identified by this primer. The random primer OPB-12 (CCTTGACGCA) yielded the amplified fragments which were consistently polymorphic between the marsh clams from Gochang and from Muan. This primer produced a total of 77 polymorphic bands: 31 bands from Gochang, 14 from Muan and 32 from the Chinese populations. An average of polymorphic bands were 1.8 from Gochang and 2.5 from the Chinese populations. This value obtained from the Chinese population was higher than those from the two domestic populations. Generally, the RAPD polymorphism generated by these primers may be useful as a genetic marker for strain or population identification of marsh clam.

• Plant Resources
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• 제6권3호
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• pp.195-204
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• 2003

Genetic diversity of 45 tea accessions from Korea, Japan, China and Taiwan was investigated by using RAPD analysis. Out of the eighty primers screened, twenty primers generated 99 polymorphic bands with a polymorphic rate 87.0%. The size of the amplified fragments ranged from about 3,138 bp to 520 bp. By cluster analysis, all of the 45 accessions can be grouped into five groups. Over 90% of the 32 Korean accessions belonged to group II, III, IV and V. Moreover, newly developed Korean cultivars (accession no. 13, 14 and 15) belonged to very different group compared with any other Korean accessions. Among the Korean accessions, the minimum genetic similarity 0.500 was obtained between accession no. 17 and 37 and the largest genetic similarity 0.912 between no. 20 and 21.

• 생명과학회지
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• 제29권2호
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• pp.152-157
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• 2019

김(Porphyra yezoensis)은 김속의 홍조류이다. RAPD (random amplified polymorphic DNA) 마커를 이용하여 한국 내 네 집단의 표현형과 유전적 다양성을 조사하였다. 전체적으로 20 시발체로 김에서 55분절이 관찰되었다. 이들 밴드 중 30개(54.5%)는 다형성을 나타내었다. OPA-18-02 밴드는 낙동 김 집단에서만 증폭되었다. OPA-20-02 밴드는 서천 김 집단에서만 증폭되었다. 이 두 밴드는 특별한 집단을 구별해주는 특이밴드로 판정되었다. 대립유전자좌위의 수(Ae)는 1.161에서 1.293로 평균은 1.366였다. 서천 김 집단이 가장 높은 다형성을 나타내었다(0.163). 다른 집단과 격리되고 조간대에 위치한 낙동 김 집단은 가장 낮은 다형성을 나타내었다(0.092). 샤논의 표현형 다양성(I)은 서천 김 집단이 가장 높았다(0.238). 전체 유전적 다양도($H_T$)는 0.132(OPA-02)에서 0.420(OPA-19)로 나타났다. 대립유전자좌위에서 유전적 다양성($H_S$)은 0.059(OPA-18)에서 0.339(OPA-19)였다. 대립유전자좌위에 근거에서 전체 유전적 다양도에서 집단 간 차이($G_{ST}$)는 0.012(OPA-11)에서 0.762(OPA-18)이였으며 평균은 0.415였다. 이는 전체 변이의 약 42%는 집단 간에서 발견된다는 것을 의미한다. 종 내 다양도의 58.5%는 집단 내에 있었다. 유전자 흐름(Nm)은 0.705로 낮았다.

• 한국초지조사료학회지
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• 제18권2호
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• pp.143-150
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• 1998

Six field bean (GI-vcine soza S and Z ) plants were examined for their genetic polymorphisms and intraspecific variations using randomly amplified polymorphic DNA(RAPD) markers. In RAPD analysis of 5 random primers (Rp-1, Rp2, Rp-3, Rp-4, Rp-5), 30 of total 155 bands obtained kom 5 primers were polymorphic and sizes of polymirphic band ranged between 0.5 and 3.0 kb. Number of bands amplyfied per primer was varied from 2 to 11 and average number was 6.0. Genetic variation of intraspecies in the samples of six region was ranged behveen 11 to 25 percent, and genetic similarity among intraspecies was ranged from 0.69 to 0.78. In pairwise genetic similarity test of six field bean plants, Mun and Hoj showed highest coefficient of genetic similarity as 0.67, whereas Sin and Hoj was lowest as 0.45. According to the genetic similarity, the level of intraspecific variation is higher than that of regional distance in GI-vcine soza.

• Mycobiology
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• 제38권2호
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• pp.89-96
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• 2010

This study evaluated the optimal vegetative growth conditions and molecular phylogenetic relationships of eleven strains of Agrocybe cylindracea collected from different ecological regions of Korea, China and Taiwan. The optimal temperature and pH for mycelial growth were observed at $25^{\circ}C$ and 6. Potato dextrose agar and Hennerberg were the favorable media for vegetative growth, whereas glucose tryptone was unfavorable. Dextrin, maltose, and fructose were the most effective carbon sources. The most suitable nitrogen sources were arginine and glycine, whereas methionine, alanine, histidine, and urea were least effective for the mycelial propagation of A. cylindracea. The internal transcribed spacer (ITS) regions of rDNA were amplified using PCR. The sequence of ITS2 was more variable than that of ITS1, while the 5.8S sequences were identical. The reciprocal homologies of the ITS sequences ranged from 98 to 100%. The strains were also analyzed by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) using 20 arbitrary primers. Fifteen primers efficiently amplified the genomic DNA. The average number of polymorphic bands observed per primer was 3.8. The numbers of amplified bands varied based on the primers and strains, with polymorphic fragments ranging from 0.1 to 2.9 kb. The results of RAPD analysis were similar to the ITS region sequences. The results revealed that RAPD and ITS techniques were well suited for detecting the genetic diversity of all A. cylindracea strains tested.

• 생명과학회지
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• 제20권10호
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• pp.1538-1543
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• 2010

본 연구는 우리나라 겨자 17집단에 대한 유전적 다양도와 집단구조를 조사하였다. 60개의 다형성 좌위와 18개 단형성 좌위가 발견되었다. 다형성 밴드의 비율은 전남 진도 집단이 가장 높았으며 재배종이 가장 낮았다. 대립유전자좌위의 수는 1.221이였으며 유효한 대립유전자좌위의 수는 1.167이였다. 이 종의 전형적인 집단은 작고 격리되어 낮은 유전적 다양도를 가지고 있었다. 전체 다양도는 0.347이였으며 집단 내 다양도는 0.141이였다. 집단간분화를 나타내는 척도는 0.589였다. 아는 58.9%의 다양도가 집단간에 있음을 시사한다. 세대 간 이주하는 개체수는 0.617로 낮았다. RAPD는 겨자 집단을 구분하는데 유익하였다.

• 생명과학회지
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• 제22권4호
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• pp.466-471
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• 2012

참가리비($Patinopecten$ $yessoensis$) 60개체를 채집하여 유전적 다양성과 집단구조를 조사하였다. 임의 유전 다형성 DNA (RAPD)로 109개 유전자형과 79개 다형성 좌위(72.8%)를 발견하였다. 전체 유전적 다양도($H_T$)와 집단내 변이($H_S$)는 각각 0.254와 0.178였다. 유전자 좌위에 근거하여 집단 간 분화 정도($G_{ST}$)는 0.299였다. 이는 전체변이의 약 70.1%가 집단 내에 존재하고 있음을 시사한다. 참가리비 세 나라 집단에서 한 집단에 국한되는 대립유전자 좌위와 한 개체에만 발현된 밴드가 발견되었다. RAPD 마커는 한국, 중국, 일본에 분포하는 참가리비를 구분하는데 매우 효과적이었다. 또한 참가리비의 집단 내, 집단 간 유전적 다양성에 대한 통찰은 동물 유전자원의 수진 전략과 양식에 유익할 것으로 사료된다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제37권1호
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• pp.31-37
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• 1998

연초에 채집하여 Blackman(1987)의 기주선호성과 형태적인 특징을 이용하여 분류한 방법에 의해 두가지 타입을 (M. persicae Sulzer와 M. nicotianae Blackman)으로 구분된 무시성충 복숭아 혹진딧물 8 클론의 유전적 특성을 분석을 위하여 RAPD-PCR방법을 이용하였다. 사용된 random primer(10-mer) 100개 중에서 20개의 primer을 선발하였는데 GC content가 70, 80, 90%인 primer에서 각각 26.9%, 50.5% 및 66.^%로 GC content가 높아질수록 PCR결과 band의 양상이 좋게 나타났다. simple matching coefficient를 구하여 matrix를 작성해 본 결과 유사계수(similarity coefficient)의 범위는 0.414~0.808사이이었다. 복숭아혹진딧물 clone 간에 유사계수가 가장 높은 것은 PG2와 PG3 클론으로 0.808로 나타났으며, DBR클론을 기준으로 하여 볼 때 PG2 클론간의 유사계수를 0.414로 유사도가 가장 낮았다. 유사계수를 이용하여 8가지 클론의 진딧물들에 대한 유전적 근연관RP를 살펴보면 M. persicae typer에 속하는 PG1, PG2, PG3 클론들과 M. nicotianae type에 속하는 RED 클론이 유사도 0.643에서 한그룹, M. nicotianae type에 속하는 GR1, GR2, BRN크론들이 유사도 0.636에서 유연관계가 있었으며 그리고 M. persicae type에 the하는 DBR클론 등 세 개의 그룹으로 구분되었다. 따라서 연초에서 발생한 복숭아혹진딧물 형태형 2종 (M. persicae와 M. nicotianae)에 대하여 RAPD 기법을 이용하여 분석해본 결과 뚜렷한 유전적 유연관계는 발견하지 못하였다.

• 생명과학회지
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• 제18권4호
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• pp.435-440
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• 2008

RAPD 분석을 이용하여 지황 육성 계통과 지역 수집종 들을 구분할 수 있는 분자표지자를 선발하고, 집단 간, 집단 내 유전적 다양성을 평가하기 위하여 본 실험을 수행하였다. 총 20개의 임의 primer를 이용하여 PCR 한결과, 육성 계통과 수집종 들을 구별할 수 있는 OPA-1 등 10개의 재현성과 다형성이 좋은 프라이머 들을 선발하였다. 특히 OPA-10, OPA-11 및 OPA-19는 고려지황과 지황1호를 다른 계통 및 수집종 들과 구별할 수 있었으며, 이들 프라이머를 이용하여 0.9 kb, 1.2 kb, 1.3 kb 및 1.4 kb등의 육성계통 특이적인 DNA 밴드들을 확보할 수 있었다. 한편 이들의 결과를 토대로 통계처리에 의한 유전분석 결과, 고려지황, 지황1호 및 일본지황은 집단 내 유사도가 높아 다른 집단들과 구별되었다. 결론적으로, RAPD 분석을 통한 결과는 지황의 유전적 다양성 이해와 특정 계통을 다른 계통 및 수집종 들과 구분할 수 있는 방법으로 이용될 수 있다.