• Animal Bioscience
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• 제37권3호
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• pp.522-535
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• 2024

Objective: Transition period is considered from 3 weeks prepartum to 3 weeks postpartum, characterized with dramatic events (endocrine, metabolic, and physiological) leading to occurrence of production diseases (negative energy balance/ketosis, milk fever etc). The objectives of our study were to analyze the periodic concentration of serum beta-hydroxy butyric acid (BHBA), glucose and oxidative markers along with identification, and validation of the putative markers of negative energy balance in buffaloes using in-silico and quantitative real time-polymerase chain reaction (qRT-PCR) assay. Methods: Out of 20 potential markers of ketosis identified by in-silico analysis, two were selected and analyzed by qRT-PCR technique (upregulated; acetyl serotonin o-methyl transferase like and down regulated; guanylate cyclase activator 1B). Additional two sets of genes (carnitine palmotyl transferase A; upregulated and Insulin growth factor; downregulated) that have a role of hepatic fatty acid oxidation to maintain energy demands via gluconeogenesis were also validated. Extracted cDNA (complementary deoxyribonucleic acid) from the blood of the buffaloes were used for validation of selected genes via qRTPCR. Concentrations of BHBA, glucose and oxidative stress markers were identified with their respective optimized protocols. Results: The analysis of qRT-PCR gave similar trends as shown by in-silico analysis throughout the transition period. Significant changes (p<0.05) in the levels of BHBA, glucose and oxidative stress markers throughout this period were observed. This study provides validation from in-silico and qRT-PCR assays for potential markers to be used for earliest diagnosis of negative energy balance in buffaloes. Conclusion: Apart from conventional diagnostic methods, this study improves the understanding of putative biomarkers at the molecular level which helps to unfold their role in normal immune function, fat synthesis/metabolism and oxidative stress pathways. Therefore, provides an opportunity to discover more accurate and sensitive diagnostic aids.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제62권5호
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• pp.406-416
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• 2007

연구배경: 단일염기다형성(Single nucleotide polymorphism, SNP)은 인간의 유전자 서열 1000염기에 1개 빈도로 발견되어 인간은 대략 300만개의 유전자 다형성을 가지고 있다. 이 유전자 다형성의 조합결과로 인간의 개체 간 특성들이 결정되는 것으로 이해되고 있다. 이러한 다형성들의 조합양상에 따라 특이 질환에 대한 유전자 감수성 또한 달라지게 되므로 최근에는 많은 질환들과 유전자 다형성들과의 상관관계를 보는 연구들도 활발하게 진행되고 있다. 이러한 SNP분석은 큰 집단을 대상으로 진행되어 지므로 적은 비용으로 정확하게 그리고 대용량으로 분석할 수 있는 방법이 필요하다. 방 법: 대상 환자 89명의 genomic DNA를 가지고서 promotor상에 위치한 -37과 -524 염기부위에서 유전자 다형성을 보이는 것으로 보고되어져 있는 RRM1(ribonucleotide reductase M1) 유전자를 대상으로 PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)와 real-time PCR(RTPCR, TaqMan probe assay)을 동시에 시행한 후 각각의 결과를 비교 분석하였다. 결 과: 대상 DNA 89예 중 -37에서는 2예(2.17%), -524에서는 15예(16.26%)가 서로 다른 양상을 보였다. 결과 차이를 보인 샘플 17예를 대상으로 직접 염기서열 분석을 시행하여 본 결과, 17예 모두 RT-PCR에서 확인되었던 결과와 일치함을 확인할 수 있었다. 추가 샘플 138예를 대상으로 RT-PCR을 2회 연속 실행하여 genotyping을 해 본 결과 98%이상의 높은 일치율을 보였으며, 그중 10예를 무작위로 골라 직접 염기서열 분석을 시행하여 본 결과, 역시 100%일치, 높은 정확도를 보였고 이는 in-tube assay 방식으로 샘플의 오염을 최소화 할 수 있었으며 72 well based system(Corbett Research)을 이용함으로 1회 유전자 증폭반응을 통해 많은 검체를 한 번에 확인할 수 있어 매우 빠른 검사방법 이었다. 결 론: 큰 집단을 대상으로 다량의 SNP를 분석하기 위한 실험 방법으로는 RT-PCR이 신속하면서도 정확한 결과를 얻을 수 있는 방법으로 사료된다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제41권1호
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• pp.11-23
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• 2009

Chromosomal rearrangements are major pathology in hematological malignancies. The detection of minimal residual disease (MRD) for these gene rearrangements helps in monitoring treatment outcomes and predicting prognosis of patients. Recently, quantification of these gene transcripts based on real-time quantitative polymerase chain reaction (RQ-PCR) has been used as MRD detection. The purpose of this study is to ensure the usefulness of the RQ-PCR technique for detecting MRD in hamatological malignancy patients. The patients had been diagnosed to AML1-ETO positive AML, PML-RARa positive AML and BCR-ABL positive MPN at Chonnam National University Hwasun Hospital from Jan. 2006 to Aug. 2008. The fusion transcript was quntified by RQ-PCR and analyzed in comparison to conventional cytogenetics, FISH and RT-PCR. The fusion gene transcript was quantified by RQ-PCR in 57 samples from 14 patients with AML1-ETO positive AML, 79 samples from 27 patients with PML-RARa positive AML and 108 samples from 36 patients with CML. At diagnosis, the quantitative fusion transcripts for AM1-ETO, PML-RARa and BCR-ABL showed the range of 0.485552651~10.82233683 (mean 3.782217131, SD 2.998052348), 0.005300395~0.29267494 (mean 0.056901315, SD 0.080131381) and 0.1293929~12.94826849 (mean 1.701935665, SD 2.200913158). The increase of AML1-ETO fusion gene transcripts preceded morphologic relapse in two patients. Quantification of fusion gene transcripts by RQ-PCR could detected MRD in samples which were negative by in cytogenetic analysis or FISH. Our findings indicated that quantitative analysis of AML1-ETO, PML-RARa and BCR-ABL transcripts by RQ-PCR might be a useful tool for the monitoring of minimal residual disease in hematological malignancies.

• Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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• 제34권6호
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• pp.588-593
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• 2008

There are increasing reports regarding regeneration of the defected tissues using tissue engineering technique. In this technique, multipotential stem cells are essential. There are many potential sources of adult stem cells, such as bone marrow, umbilical cord blood, fat, muscle, dental tissues and skin. Among them, skin is highly accessible and easily obtained with a minimum of donor site complications. Moreover, skin is an abundant adult stem cell sources and has the potential for self-replication and immune privilege. In this study, we isolated skin-derived precursor cells (SKPs) from the ear of adult miniature pigs. In these SKPs, the expression of transcriptional factors, Oct-4, Sox-2, and Nanog were detected by RT-PCR. In vitro osteogenesis and adipogenesis were observed at 3 weeks after transdifferentiations as assayed by positive von Kossa and Oil-red O staining, respectively. In addition, expression of osteocalcin and osteonectin in the osteogenic differentiation medium and $PPAR{\gamma}2$ and aP2 in the adipogenic differentiation medium were detected by RT-PCR. In vitro neurogenesis of porcine SKPs was observed during 24 and 72 hours after treatment of neurogenic differentiation medium. The results of this study suggest that SKPs demonstrate the properties of pluripotence or multipotence and multi-lineage differentiation. This indicates that autogenous SKPs are a reliable and useful source of adult stem cells for regenerative medicine.

• The Plant Pathology Journal
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• 제36권1호
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• pp.76-86
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• 2020

Cucumber mosaic virus (CMV) is damaging to the growth and quality of lettuce crops in Lanzhou, China. Recently, however, for the first time an isolate of lettuce necrotic yellows virus (LNYV) has been detected in lettuce crops in China, and there is concern that this virus may also pose a threat to lettuce production in China. Consequently, there is a need to develop a rapid and efficient detection method to accurately identify LNYV and CMV infections and help limit their spread. Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assays were developed to detect the nucleoprotein (N) and coat protein (CP) genes of LNYV and CMV, respectively. RT-LAMP amplification products were visually assessed in reaction tubes separately using green fluorescence and gel electrophoresis. The assays successfully detected both viruses in infected plants without cross reactivity recorded from either CMV or LNYV or four other related plant viruses. Optimum LAMP reactions were conducted in betaine-free media with 6 mM Mg²⁺ at 65℃ for LNYV and 60℃ for 60 min for CMV, respectively. The detection limit was 3.5 pg/ml and 20 fg/ml using RT-LAMP for LNYV and CMV plasmids, respectively. Detection sensitivity for both RT-LAMP assays was greater by a factor of 100 compared to the conventional reverse transcription polymerase chain reaction assays. This rapid, specific, and sensitive technique should be more widely applied due to its low cost and minimal equipment requirements.

• The Plant Pathology Journal
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• 제36권3호
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• pp.267-279
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• 2020

Fig mosaic is a viral disease (FMD) that spreads in Palestinian common fig (Ficus carica L.) orchards. Recognizing the economic value of fig plants and the harmful nature of FMD, the disease poses a significant threat to the economy of the fig production in Palestine. We applied the reverse transcription and amplification (RT-PCR) and PCR technique to leaf samples of 77 trees and 14 seedlings of 17 fig cultivars. The samples were collected from orchards in the main fig-growing provinces of the Palestinian West Bank, to assess the prevalence of viruses associated with FMD, and confirm a possible link of symptoms with viruses detected. Four viruses were detected: Fig mosaic virus (FMV), Fig badnavirus-1 (FBV-1), Fig leaf mottle-associated virus 2 (FLMaV-2), and Fig fleck-associated virus (FFkaV). FMV and FBV-1 were found in all tested fig plants (100%), while FLMaV-2 and FFkaV were detected in 61.5% and 33% of the fig samples, respectively. The high incidence of FBV-1 in the newly propagated symptomatic and symptomless seedlings from different cultivars may be an indication that FBV-1 is integrated into the genome of the fig in a cultivar nondiscriminatory manner. Very weak or no association was detected between FMD symptoms severity in the 17 Palestinian fig cultivars with the various viruses' combinations observed (i.e., number of the viruses infecting the plant). These results support the notion that FMD symptom severity expression is likely to be controlled by a combination of FMV infection, cultivars, and environmental factors, rather than the number of viruses infecting the plant.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제34권1호
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• pp.19-31
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• 2007

목 적: 자궁내막증은 자궁내부에 존재하여야 할 자금내막조직이 자궁 외에 존재하는 질환으로 그 발생기전은 아직 명확하게 밝혀져 있지 않다. 이에 저자들은 자궁내막증 환자와 정상 대조군의 자궁내막조직 간의 유전자 발현의 차이가 자궁내막증의 발병과 관련이 있을 것이라는 가정 하에 DNA microarray 기술을 도입하여 연구를 시행하였다. 연구방법: 2002년 1월부터 2002년 12월까지의 기간 동안 본원 산부인과에서 자궁내막증 환자와 자궁내막증 이외의 다른 부인과적 질환으로 수술을 시행한 환자들을 대상으로 채취한 자궁내막 조직으로 KNU 4.8K cDNA chip을 이용하여 유전자 발현을 비교 연구하였다. 유전자칩으로 자궁내막증 조직에서 발현의 증감을 보였던 유전자 중에서 8종의 유전자를 대상으르 RT-PCR이나 real time RT-PCR 법을 통하여 그 발현 양상을 검증하였다. 결 과: 자궁내막증에 이환된 여성의 자궁내막조직에서 대조군에 비하여 높게 발현되고 있는 것으로 나타난 유전자들은 ATP synthase H transporting F1 (ATP5B), eukaryotic translation elongation factor 1, isocitrate dehydrogenase 1 (NADP+), mitochondrial ribosomal protein L3, ATP synthase H+ trarsporting (ATP5C1), LPS induced TNF-$\alpha$ factor 등으로 세포의 에너지 생성과 대사과정 및 신호전달에 관여하는 유전자들이었다. 한편 자궁내막중 환자의 자궁내막조직에서 대조군에 비하여 낮게 발현된 유전자들은 insulin like growth factor II associated protein, EGF-containing fibulin-like EMP1, matrix Gla protein, TGF beta-induced, TGF beta receptor 1(activin A receptor type II-like kinase), cystallin alpha B, fibulin 5, tissue inhibitor of metalloproteinase 3, collage type XII, alpha 1, tissue inhibitor of metalloproteinase 1, decorin 등으로 세포외기질의 구성 및 기능에 관련이 있었다. 결 론: 이상의 DNA mirroarry 및 RT-PCR을 통해 얻어진 결과에서 자궁내막증의 자궁내막조직에서 대조군에 비하여 유전자들의 발현에 차이가 있음을 확인하였다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제12권8호
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• pp.3541-3546
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• 2011

자식작용은 난자 세포질의 단백질 고분자 물질과 세포 소기관 분해를 위해서 세포질 리소좀 통로에 유전적으로 작용하고 있으며 ATP합성과 단백질 재활용에 관여하고 있다. 이러한 자식작용은 난자 발달 과정에서 매우 중요하지만 세포질 내 자식작용의 동적 발달 과정의 근원적인 기전은 잘 알려지지 않고 있다. 따라서 본 연구에서는 초기 난자 발달 과정의 자식작용을 이해하기 위해서 쥐 난자 체외 성숙 과정에서 자식작용과 관련된 유전자들의 유전적 발현 수준을 분석하였다. Real Time RT-PCR 기법을 이용하여 유전자 Atg2a, Atg3, Atg4b, Atg5, Atg6, Atg7, Atg9a, 그리고 Wipi3 같은 모계에서 유전된 ATGs 군들의 유전자들은 수정난 유전체 활성화(ZGA) 이전 단계인 1세포기에서 높게 발현되었고, 그 후 이들 유전자들의 발현은 배반포 단계와 2세포기 4세포기 단계에서는 감소함을 알 수 있었다. Dram과 Atg9b 유전자들은 배반포와 1세포기 단계에서 발현됨으로서 모계 유전자이면서 ZGA에 의해서 발현되는 유전자임을 알 수 있었다. 한편 UIKI의 유전자 발현은 착상 전 단계에서 일정하게 나타남을 알 수 있었다. 하지만 Atg4d 유전자의 경우 4세포기에서부터 배 반포 단계까지 높게 나타남을 알 수 있었다. 이러한 결과로부터 생쥐 난자 발달 과정에서 자식작용과 관련된 유전자들은 초기 난자 발달과정에서 중요한 역할 과정임을 알 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제23권2호
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• pp.267-272
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• 2013

본 연구는 바이러스에 감염된 감귤나무로부터 열처리와 경정접목을 병행 처리하여 바이러스를 제거코자 수행하였다. '세토카' 교잡종을 포함한 6품종을 재료로서 사용하였으며 이를 조사된 모든 개체에서는 외관적으로 바이러스 감염 증상이 관찰되지 않았으나 TAS-ELISA 검정을 통해 전원 CTV에 감염되어 있음이 확인되었다. '세토카'를 대상으로 특정 온도 시험을 수행한 결과, 주 야간 $40^{\circ}C$ 온도 조건에서 높은 비율로 바이러스가 제거되었다. 항혈청법으로 할 수 있었으며, 그 처리에서 획득된 무균의 신초를 이용하여 기내 파종된 탱자 대목에 경정 접목하였다. 경정 접목된 모든 개체에서는 바이러스 병징이 발견되지 않았고 TAS-ELISA와 SDV 크로마토법에 의해서도 무균이 확인되었다. CTV, SDV와 CTLV를 대상으로 한 RT-PCR 검사를 통해서도 극소량의 바이러스조차 발견되지 않았다. 따라서, 열처리와 경정접목을 통해 '세토카', '삼다조생', '풍광', '부지화' 및 '에히메카시 다이28고' 품종에서 총 11개의 무균의 식물체를 획득하였다.

• 동의생리병리학회지
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• 제23권1호
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• pp.63-75
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• 2009

The aim of this study was to elucidate the antimelanogenic effect of Dokhwalkisaeng-tang(Duohujisheng-tang) in B16F10 melanoma cells. Dokhwalkisaeng-tang(DKT) was used to develop the effective prescription of inhibition of melanin production. We determined inhibitory effects of DKT on melanin-release, melanin production, and tyrosinase activity in B16F10 melanoma cells. And to explicate the action-mechanism of DKT, melanin-related gene expressions were determined using RT-PCR and real time RT PCR technique in B16F10 melanoma cells. DKT inhibited melanin-release, melanin production in B16F10 melanoma cells considerably. DKT inhibited tyrosinase activity in vitro and in B16F10 melanoma cells. DKT inhibited the expression of tyrosinase, TRP-1, TRP-2 in B16F10 melanoma cells. DKT inhibited the expression of PKA, PKC, MMP-2 and MITF in B16F10 melanoma cells. On the other hand, DKT increased the expression of ERK-1, ERK-2, AKT-1 in B16F10 melanoma cells. From these results, we propose that DKT may have effect on the antimelanogenesis.