• 자연과학논문집
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• 제11권1호
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• pp.95-98
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• 1999

$CO_2$ gas 처리가 배추 자가불화합성 타파에 미치는 영향을 조사하고자 배추 inbred line의 암술에서 mRNA를 분리하여 DD-PCR을 수행하였다. $CO_2$ gas를 처리한 암술에서 분리한 mRNA와 처리하지 않은 꽃에서 분리한 암술 mRNA 발현과의 특이적인 차이를 DD-PCR로 조사한 결과 세 가지 각기 다른 anchor primer에 대해 모두 18개의 특이적 증폭 DNA fragment를 얻을 수 있었다. 이 결과로 미루어 보아 $CO_2$ gas 처리에 의한 암술 mRNA발현의 변화가 배추 자가불화합성 타파에 영향을 미치는 것으로 생각된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권12호
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• pp.1887-1894
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• 2007

In this paper, a rapid and reliable gene-targeted species-specific polymerase chain reaction (PCR) technique based on a two-step process was established to identify bifidobacteria in dairy products. The first step was the PCR assay for genus Bifidobacterium with genus specific primers followed by the second step, which identified the species level with species-specific primer mixtures. Ten specific primer pairs, designed from nucleotide sequences of the 16-23S rRNA region, were developed for the Bifidobacterium species including B. angulatum, B. animalis, B. bifidum, B. breve, B. catenulatum, B. infantis, B. longum, B. minimum, B. subtile, and B. thermophilum. This technique was applied to the identification of Bifidobacterium species isolated from 6 probiotic products, and four different Bifidobacterium spp. (B. bifidum, B. longum, B. infantis, and B. breve) were identified. The findings indicated that the 16S-23S rDNA gene-targeted species-specific PCR technique is a simple and reliable method for identification of bifidobacteria in probiotic products. PCR combined with Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) for identification of the bifidobacteria was also evaluated and compared with the gene-targeted species-specific technique. Results indicated that for fermented milk products consistency was found for both species-specific PCR and PCR-DGGE in detecting species. However, in some lyophilized products, the bands corresponding to these species were not visualized in the DGGE profile but the specific PCR gave a positive result.

• Food Science and Biotechnology
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• 제17권6호
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• pp.1171-1177
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• 2008

This study was undertaken to classify Enterobacter sakazakii isolates from 13 powdered infant formula products, 25 powdered weaning diet products, and 33 weaning diet ingredients on polymerse chain reaction (PCR) methods. The numbers of the isolates from 1 powdered infant formula product, 7 powdered weaning diet products, and 6 weaning diet ingredients were 1, 14, and 8, respectively. The contaminated ingredients were 1 rice powder, 2 millet powders, 2 vegetable powders, and 1 fruit and vegetable premix. PCR with the primer of repetitive extragenic palindromic element (REP-PCR) and random amplification of polymorphic DNA(RAPD) were effective in discriminating among the isolates, but tRNA-PCR and PCR with the primer of l6S-23S internal transcribed spacer (ITS-PCR) were not. Some of E. sakazakii isolates from vegetable powders, fruit and vegetable premix, and millets powders were classified into the clonal groups based on the DNA patterns in the REP-PCR and RAPD analysis. A close genetic relationship among the isolates from some of the powdered weaning diet products and the rice powder was also detected in the cluster analysis based on the DNA patterns in RAPD.

• 산업식품공학
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• 제21권2호
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• pp.174-179
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• 2017

For preliminary molecular typing, PCR-based fingerprinting using random amplified polymorphic DNA (RAPD) is the method of choice. In this study, 14 bacterial strains were isolated from different Korean food sources, identified using 16S rRNA gene sequencing, and characterized through RAPD-PCR. Two PCR primers (239 and KAY3) generated a total of 130 RAPD bands, 14 distinct PCR profiles, 10 polymorphic bands, one monomorphic band, and four unique bands. Dendrogram-based analysis with primer 239 showed that all 14 strains could be divided into seven clades out of which clade VII had the maximum of seven. In contrast, dendrogram analysis with the primer KAY3 divided the 14 L. citreum strains into four clades out of which clade IV consisted of a maximum of 10 strains out of 14. This research identified and characterized bacterial populations associated with different Korean foods. The proposed RAPD-PCR method, based on sequence amplification, could easily identify and discriminate the lactic acid bacteria species at the strain-specific level and could be used as a highly reliable genomic fingerprinting tool.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.170-176
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• 2009

제주도에 서식하는 2종의 해양 해면, Dictyonella sp.와 Spirastrella abata의 공생세균 군집구조를 16S rDNA-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis) 방법에 의해 분석하였다. 해면으로부터 total genomic DNA를 추출하여 GC clamp가 추가된 세균에 특이적인 341f primer와 518r primer를 이용하여 16S rRNA gene의 V3 부위를 증폭한 후 DGGE 전기 영동하고 재증폭하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과 Dictyonella sp.에서 8개, Spirastrella abata에서 7개의 band를 확인할 수 있었다. 공통된 주요 band가 없는 패턴을 나타내었으며, DGGE band로부터 DNA를 추출하여 부분 염기서열을 분석한 결과, NCBI에 등록된 서열들과 93%~98%의 유사도를 나타내었다. Dictyonella sp.의 주요 해면 공생세균은 uncultured Gammaproteobacteria, Spirastrella abata의 경우 uncultured Alphaproteobacteria, Firmicutes에 각각 포함되어 해면 종에 따른 숙주 특이적 분포를 보이는 것으로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.19-25
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• 2006

치아우식중의 원인균 중 하나인 Streptococcus mutans를 종 수준에서 동정할 수 있는 중합효소연쇄반응 프라이머를 개발하기 위하여 본 연구를 시행하였다. 표준균주인 S. mutans ATCC $25175^T$및 본 연구에서 이용된 S. mutans 균주들의 16S rRNA 유전자 핵산염기서열을 바탕으로 S. mutans 종-특이 중합효소연쇄반응 프라이머(ChDC-SmF2와 ChDC-SmR2)를 설계 및 제작하였다. 프라이머의 특이도는 S. mutans 11균주와 구강 내 존재하는 12세 균 종(22균주)을 대상으로 실시하였다. 프라이머의 민감도는표준균주인 S. mutans ATCC $25175^T$의 유전체 DNA를 추출하여 실시하였다. 프라이머의 특이도 실험결과 10균주의 S. mutans 유전체 DNA에서만 종-특이 중합효소 연쇄반응 산물이 증폭되었고, 다른세균종의 유전체 DNA에서는 증폭되지 않았다. 또한 감수성 실험 결과 본 연구에서 사용된 프라이머는 direct PCR에 의해 S. mutans ATCC $25175T\^T$ 유전체 DNA 100 pg까지 검출 할 수 있었다. 또한 27F와 1492R 프라이머로 16S rDNA를 먼저 증폭한 다음, 이 증폭물 10배 회식한 것을 표적으로 해서 nested PCR을 시행한 결과 S. mutans ATCC $25175^T$ 유전체 DNA를 2 fg까지 검출할 수 있었다. 이상의 결과를 종합할 때, ChDC-SmF2와 ChDC-SmR2 프라이머들은 S. mutans 균주 유전체 DNA에 대한 높은 민감도를 가지고 있으며, 종-특이적으로 동정 및 검출하는 데 이용될 수 있을 것으로 생각된다.

• 원예과학기술지
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• 제18권4호
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• pp.513-517
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• 2000

우리나라 난 재배 농가에서 많이 재배하고 있는 호접란 대만 수입묘의 바이러스 감염 정도를 검정하기 위하여 플라스크묘 상태의 실생 번식 식물체를 공시하여 역전사 중합효소 연쇄반응(RT-PCR) 기술에 의해 CymMV와 ORSV의 감염 여부를 검정하였다. 호접란 식물체의 잎에서 조즙액을 추출하여 RT-PCR을 위한 total RNA로 사용하였다. $42^{\circ}C$에서 45분간 반응시켜 cDNA를 합성하였으며, $96^{\circ}C$에서 2분간 template를 예비 변성시킨 후, $96^{\circ}C$에서 30초간 template 변성, $60^{\circ}C$에서 30초간 primer 부착 및 $72^{\circ}C$에서 1분간 DNA 합성을 1cycle로 하여 총 36cycle을 반응시키고, $72^{\circ}C$에서 10분간 안정화하는 조건으로 one-step RT-PCR을 수행하였다. 바이러스 검정 결과 정도의 차이는 있으나, 40개 시료 모두 CymMV에 감염되어 있었으며, ORSV에 감염된 식물체는 없었다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제5권3호
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• pp.180-185
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• 2005

목적: 정상세포와는 달리 종양세포에서만 비교적 특이적으로 발현되는 것을 tumor specific antigens이라고 하며 대표적인 것은 악성흑색종에서 처음 발견된 MAGE (melanoma antigen)가 있다. 위암조직에서의 MAGE subtype의 발현율은 약 $20{\sim}40%$ 정도로 알려져 있는데 진행성 위암은 전체적으로 예후가 불량하기 때문에 면역치료법과 같은 새로운 치료법을 고려해 볼 수 있다. 본 연구에서는 술 후에 얻은 정상 및 암 조직에서의 MAGE의 발현정도를 각 subtypes에 공통으로 존재하는 유전자를 Primers로 이용하여 조사하였다. 대상 및 방법: 내시경에서 진행성 암으로 진단된 후 수술받은 환자 53명을 대상으로 하였으며, 수술 중 절제된 위에서 정상조직과 암 조직을 얻어 $-70^{\circ}C$에서 보관하였다. 환자는 남자가 35명, 여자가 18명이었고 이들의 평균 연령은 57세였다. 보관된 조직에서 m-RNA를 분리한 후 RT-PCR과 nested PCR로 MAGE의 발현여부를 알아보았다. 기존에 알려진 MAGE gene의 subtypes에 공통으로 존재하는 oligonucleotides를 일차 primers로 이용하여 증폭시켰다. 그 후 또 다른 primers를 이용한 nested RT-PCR을 시행하여 각 조직에서의 발현율을 조사하였다. 결과: 위암환자에서 53예의 암조직 중 13개(24.5%)에서 MAGE gene이 양성으로 나왔고 정상조직에서는 MAGE gene이 모두 음성이었다. 위암의 조직형, ABO type, CEA, CA19-9와 cancer의 위치와는 상관관계가 없었다. 결론: 위암환자의 $20{\sim}30%$에서 MAGE gene이 발현되었으며, 이에 MAGE gene을 이용한 면역치료법의 시도가 필요 할 것으로 생각한다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제22권2호
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• pp.125-130
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• 2006

An isolate of Peanut stunt virus (PSV) isolated from black locust tree (Robinia pseudo-acacia L.) showing severe mosaic and malformation symptoms, was designated as PSV-Rp. PSV-Rp was characterized by the tests of host range, physical properties, RNA and coat protein composition and RT-PCR analysis. Nucleotide sequences of the cucumoviruses CP genes were also used for identification and differentiation of PSV-Rp. Six plant species were used in the host range test of PSV-Rp. PSV-Rp could be differentiated from each Cucumovirus strain used as a control by symptoms of the plants. The physical properties of PSV-Rp virus were TIP $65^{\circ}C$, DEP $10^{-3}$, and LIP $2{\sim}3$ days. In dsRNA analysis, PSV-Rp consisted of four dsRNAs, but satellite RNA was not detected. Analysis of the coat proteins by SDS-PAGE showed one major protein band of about 31 kDa. RT-PCR using a part of Cucumovirus RNA3 specific primer amplified ${\sim}950bp$ DNA fragments from the crude sap of virus-infected black locust leaves. RFLP analysis of the RT-PCR product could differential PSV-RP from CMV The nucleotide sequence identity between the PSV-Rp CP and the TAV-P CP genes and the PS-V-RP CP and CMV-Y CP genes were 61.6% and 40.5%, respectively. On the other hand, the nucleotide sequence identity of the PSV-Rp CP gene was $70.9%{\sim}73.4%$ in comparison with those of PSV subgroup I (PSV-ER and PSV-J) and 67.3% with that of PSV subgroup II(PSV-W). Especially, the nucleotide sequence identity of PSV-Rp CP gene and that of PSV-Mi that was proposed recently as the type member of a novel PSV subgroup III was 92.4%.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제28권2호
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• pp.188-193
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• 2013

Aphanizomenon flos-aquae는 시아노박테리아 일종이며 anatoxin-a, saxitoxin, neosaxitoxin 등의 독소를 생산할 수 있어 국내에서는 식품원료로 사용이 금지되어있다. 전통적으로 시아노박테리아는 사상체 넓이, 세포 크기, 분열방법, 세포형태, 가스주머니의 존재유무 등의 형태학적 특징에 의한 분류가 가능하다. 그러나 가스주머니 혹은 무성포자와 같은 특징은 주변 환경 또는 생장조건에 따라 차이가 있으며 경우에 따라 소실되기도 한다. 따라서 PCR에 의한 Aph. flos-aquae를 함유하는 기능식품을 검출할 수 있는 분석법을 개발하였다. 프라이머를 설계하기 위하여 유전자은행(www.ncbi.nlm.nih.gov)에 등록되어있는 Aph. flos-aquae, 스피루리나의 16S rRNA 염기서열을 이용하였으며, 비교 및 분석에는 BioEdit ver. 7.0.9.0 프로그램을 사용하였다. 최종적으로 클로렐라, 스피루리나, 녹차, 시금치로부터 Aph. flos-aquae를 검출할 수 있는 AFA-F1/AFA-R1(363 bp) 프라이머를 최종 선정하였다. 그리고 상기 프라이머는 Aph. flos-aquae가 각각 1% 함유 되도록 제조된 클로렐라, 스피루리나 제품에서 모두 혼입여부의 확인이 가능함을 확인하였다.