• 제목/요약/키워드: RNA aptamer

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In Vitro Selection of RNA Aptamer Specific to Salmonella Typhimurium

  • Han, Seung Ryul;Lee, Seong-Wook
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제23권6호
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    • pp.878-884
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    • 2013

  • Salmonella is a major foodborne pathogen that causes a variety of human diseases. Development of ligands directly and specifically binding to the Salmonella will be crucial for the rapid detection of, and thus for efficient protection from, the virulent bacteria. In this study, we identified a RNA aptamer-based ligand that can specifically recognize Salmonella Typhimurium through SELEX technology. To this end, we isolated and characterized an RNase-resistant RNA aptamer that bound to the OmpC protein of Salmonella Typhimurium with high specificity and affinity ($K_d$ ~ 20 nM). Of note, the selected aptamer was found to specifically bind to Salmonella Typhimurium, but neither to Gram-positive bacteria (Staphylococcus aureus) nor to other Gram-negative bacteria (Escherichia coli O157:H7). This was evinced by aptamer-immobilized ELISA and aptamer-linked precipitation experiments. This Salmonella species-specific aptamer could be useful as a diagnostic ligand against pathogen-caused foodborne sickness.

  • https://doi.org/10.4014/jmb.1212.12033 인용 PDF KSCI

Screening and Characterization of a Novel RNA Aptamer That Specifically Binds to Human Prostatic Acid Phosphatase and Human Prostate Cancer Cells

  • Kong, Hoon Young;Byun, Jonghoe
    • Molecules and Cells
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    • 제38권2호
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    • pp.171-179
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    • 2015

  • Prostatic acid phosphatase (PAP) expression increases proportionally with prostate cancer progression, making it useful in prognosticating intermediate to high-risk prostate cancers. A novel ligand that can specifically bind to PAP would be very helpful for guiding prostate cancer therapy. RNA aptamers bind to target molecules with high specificity and have key advantages such as low immunogenicity and easy synthesis. Here, human PAP-specific aptamers were screened from a 2'-fluoropyrimidine (FY)-modified RNA library by SELEX. The candidate aptamer families were identified within six rounds followed by analysis of their sequences and PAP-specific binding. A gel shift assay was used to identify PAP binding aptamers and the 6N aptamer specifically bound to PAP with a Kd value of 118 nM. RT-PCR and fluorescence labeling analyses revealed that the 6N aptamer bound to PAP-positive mammalian cells, such as PC-3 and LNCaP. IMR-90 negative control cells did not bind the 6N aptamer. Systematic minimization analyses revealed that 50 nucleotide sequences and their two hairpin structures in the 6N 2'-FY RNA aptamer were equally important for PAP binding. Renewed interest in PAP combined with the versatility of RNA aptamers, including conjugation of anti-cancer drugs and nano-imaging probes, could open up a new route for early theragnosis of prostate cancer.

  • https://doi.org/10.14348/molcells.2015.2272 인용 PDF KSCI

C형 간염바이러스(HCV)의 NS5B RNA Replicase에 의해 활성이 유도되는 Hammerhead 리보자임에 의한 HCV 복제 억제 연구 (Inhibition of Hepatitis C Virus (HCV) Replication by Hammerhead Ribozyme Which Activity Can Be Allosterically Regulated by HCV NS5B RNA Replicase)

  • 이창호;이성욱
    • 미생물학회지
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    • 제47권3호
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    • pp.188-193
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    • 2011

  • C형 간염바이러스(hepatitis C virus; HCV) 증식을 효과적이며 특이적으로 제어할 수 있는 유전산물로서, HCV 증식조절인자인 NS5B RNA replicase 존재에 의해 allosteric하게 활성이 유도될 수 있는 HCV internal ribosome entry site (IRES) 표적 hammerhead 리보자임을 개발하였다. 이러한 리보자임은 HCV IRES 염기서열 중 +382 nucleotide 자리를 인지하는 hammerhead 리보자임, NS5B RNA replicase와 특이적으로 결합하는 RNA aptamer 부위, 그리고 aptamer와 NS5B와의 결합에 의해 리보자임 활성을 유도할 수 있도록 구조적 변이를 전달할 수 있는 communication module 부위 등으로 구성되어 있다. 이러한 allosteric 리보자임에 의해 세포 배양에서 HCV의 replicon 복제가 효과적으로 억제됨을 실시간 PCR 분석을 통하여 관찰하였다. 특히, HCV 지놈을 표적하는 리보자임 단독, 또는 HCV NS5B에 대한 RNA aptamer 단독에 의한 HCV 복제 억제능보다 allosteric 리보자임에 의한 HCV 복제 억제능이 더 뛰어났다. 따라서 개발된 allosteric 리보자임은 HCV 증식의 효과적인 증식 억제 선도물질로 활용될 수 있을 것이다.

  • PDF KSCI

RNA aptamer 발현을 통한 CD4+ peripheral blood lymphocytes에서의 인간 면역결핍 바이러스의 증식 억제 (Inhibition of HIV-1 Replication in CD4+ Peripheral Blood Lymphocytes by Intracellular Expression of RNA Aptamer)

  • 이성욱
    • 미생물학회지
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    • 제39권4호
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    • pp.235-241
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    • 2003

  • 제1형 인간 면역결핍 바이러스 (human immunodeficiency virus type 1, HIV-1)의 Rev 단백질에 대하여 야생형보다 10배 더 잘 결합하도록 시험관에서 선택된 RRE40라 명명된 RNA aptamer가 과연 임상적으로 유용한지 알기 위하여 인체의 CD4^+ peripheral blood lymphocytes 세포에서 레트로바이러스 벡터를 이용하여 RRE40 RNA를 발현한 후에 그 세포에서의 HIV-1 증식 현상을 관찰하였다. 그 결과 대조군인 tRNA를 발현하는 유전자가 전달된 세포에 비해 RRE40 RNA를 발현하는 세포에서 보다 더 효과적으로 HIV-1의 증식이 억제되었다. 그러나 바이러스의 증식이 완전히 억제되지는 못 하였고 일시적 또는 감소된 형태로 바이러스 증식이 억제되었다. 이러한 결과는 RRE40 RNA가 decoy로서 세포에서의 HIV-1 증식 억제에 유용함을 시사하지만 RNA decoy를 HIV-1 감염 환자의 치료에 이용하기 위해선 보다 효과적인 유전자 전달방법 및 보다 개선된 RNA decoy의 개발 등이 필요할 것이다.

  • PDF KSCI

대장균 tRNAVal에 결합하는 RNA Aptamer들의 시험관내 선별 (In vitro Selection of RNA Aptamers which Bind to Escherichia coli tRNAVal)

  • 조봉래
    • 대한화학회지
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    • 제46권2호
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    • pp.157-163
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    • 2002

  • $tRNA^{Val}$에 결합하는 RNA 요소들을 확인하기 위해 SELEX 방법을 수행하였다. 양끝에 보존된 primer 서열을 가지고 가운데 무작위의 48-mer 올리고 누클레오티드 영역을 가진 DNA 문고를 T7 RNA 중합효소를 이용하여 전사시켜 얻은 RNA pool을 가지고 $tRNA^{Val}$이 고정된 affinity column을 이용하여 14번의 선별 과정을 거쳐 FNA aptamer들을 선별하였다. 몇몇 aptamer들은 세 가지 rRNA들의 고리 영역에 있는 서열과 유사한 서열을 가졌다: 5S rRNA의 C43GAAC47 서열, 16S rRNA의 G1491AAGU1495와 G1379UUCC1383 서열 그리고 23S rRNA의 C1064UUAG1068, G2110UGUA2114, C2480GACGG2485와 A2600CAGU2604 서열. 이 결과들은 $tRNA^{Val}$가 리보솜에서 5S rRNA, 16S rRNA 및 23S rRNA와 다양하게 상호작용 할 수 있다는 것을 암시한다.

  • https://doi.org/10.5012/jkcs.2002.46.2.157 인용 PDF KSCI