• 제목/요약/키워드: RNA 1

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제주 연안의 괭생이모자반(Sargassum horneri)에서 분리된 세균의 계통학적 다양성 및 군집 구조 분석 (Phylogenetic Diversity and Community Structure of Microbiome Isolated from Sargassum Horneri off the Jeju Island Coast)

  • 문경미;박소현;허문수
    • 생명과학회지
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    • 제28권10호
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    • pp.1179-1185
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    • 2018
  • 최근 괭생이모자반(Sargassum horneri)은 제주의 해안가와 해변, 연근해 양식장 등 매년 대량으로 속출되어 인근 양식업자 및 주민에게 막대한 피해를 주고 있는 추세이다. 본 연구에서는 제주 인근 연안으로 흘러 들어온 괭생이 모자반에 서식하고 있는 미생물의 다양성을 탐색하고 동정을 통한 미생물의 기능을 파악함으로써 생태학적 문제에 관한 기초자료를 제공하고자 하였다. Proteobacteria는 분리 된 균주 중 88%를 차지한 우점문으로 ${\alpha}-proteobacteria$강은 6속 10종으로 Pseudorhodobacter속이 40%를 차지하고 Paracoccus속 20%, Rhizobium, Albirhodobacter, Skermanella 및 Novosphingobium 속은 각각 10%를 차지했다. ${\beta}-proteobactera$강은 5속 10종으로 Hydrogenophaga속이 50%, Azoarcus 20%, 나머지 Oxalicibacterium, Duganella, Xenophilus속은 각각 10%를 차지했다. ${\gamma}-proteobacteria$강은 13속 57종으로 Proteobacteria문에서 74%로 우점강을 차지했고, Shewanella는 23%, Pseudomonas속 12%, Cobetia 19%, Rahnella, Vibrio 및 Serratia속은 4%, 나머지 Rheinheimera, Raoultella, Pantoea, Acinetobacter, Moraxella 및 Psychrobacter속은 2%를 차지했다. Actinobacteria는 1속 2종으로 Gordonia와 Nocardioides속이 각각 50%를 나타냈다. Bacteroidetes문은 3속 5종으로 Lacihabitans, Mariniflexile속은 33%, 나머지 Dyadobacter, Cellulophaga와 Ferruginibacter속은 11%를 차지했다.

우분 적용을 위한 Bacillus subtilis SRCM 101269의 분리 및 특성 연구 (Characteristic study and isolation of Bacillus subtilis SRCM 101269 for application of cow manure)

  • 전새봄;오현화;엄태붕;조재영;양희종;정도연
    • 미생물학회지
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    • 제52권1호
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    • pp.74-83
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    • 2016
  • 안전성이 확보되고 amo 유전자가 있는 토종미생물 Bacillus subtilis SRCM 101269는 전통발효식품으로부터 분리하였으며, cellulase, xylanase 생성능, 동정, 악취저감화능 등을 조사하여 우분 적용을 위한 특성 연구를 진행하였다. 가축분뇨 악취제어 관련 우분 적용 결과, 발효 6일 경과 후 대조구에 비해 2배 이상 암모니아 가스가 감소하였고 9일 경과 후 10 ppm 미만으로 농도가 감소하였다. 우분에 계분과 기타 목질성분이 첨가된 혼합분의 경우 발효 3일 후부터 일정 농도로 암모니아 가스가 유지되는데 반해, B. subtilis SRCM 101269를 접종한 시료에서만 발효시간의 경과에 따라 암모니아 가스가 감소하였으며, 황화수소의 농도 또한 9일이 경과한 시료에서 65 ppm으로 감소됨이 확인되었다. 발효 경과에 따른 아질산염과 황산염의 시료 내 변화량을 측정한 결과 우분에서의 아질산염은 변화가 없었으나, 혼합분에서는 대조구에 비교하여 증가하였다. 황산염의 경우 우분에서는 발효초기보다 감소하였으나 대조구와 비교하여 큰 차이를 보이지 않았고, 혼합분에서는 변화가 없는 것으로 분석되었다. 최종적으로 앞선 연구들을 토대로 B. subtilis SRCM 101269 균주의 우분퇴비 생산의 산업적 활용이 가능함을 확인하였다.

필용방감길탕이 기도 뮤신의 분비, 생성, 유전자 발현 및 점액 과다 분비에 미치는 영향 (Effect of Piryongbanggamgil-tang on Airway Mucin Secretion, Production, Gene Expression and Hypersecretion of Mucus)

  • 김윤영;민상연;김장현
    • 대한한방소아과학회지
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    • 제28권2호
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    • pp.56-71
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    • 2014
  • Objectives In this study, the author tried to investigate whether piryongbang-gamgil-tang (PGGT) significantly affect in vitro airway mucin secretion, PMA- or EGF- or TNF-${\alpha}$-induced MUC5AC mucin production / gene expression from human airway epithelial cells and increase in airway epithelial mucosubstances and hyperplasia of tracheal goblet cells of rats. Materials and Methods For in vitro experiment, confluent RTSE cells were chased for 30 min in the presence of PGGT to assess the effect of PGGT on mucin secretion by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Also, effect of PGGT on PMA- or EGFor TNF-${\alpha}$-induced MUC5AC mucin production and gene expression from human airway epithelial cells (NCI-H292) were investigated. Confluent NCI-H292 cells were pretreated for 30 min in the presence of PGGT and treated with PMA (10 ng/ml) or EGF (25 ng/ml) or TNF-${\alpha}$ (0.2 nM) for 24 hrs, to assess both effect of PGGT on PMA- or EGF- or TNF-${\alpha}$-induced MUC5AC mucin production by ELISA and gene expression by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). For in vivo experiment, the author induced hypersecretion of airway mucus and goblet cell hyperplasia by exposure of rats to $SO_2$ during 3 weeks. Effect of orally-administered PGGT during 2 weeks on increase in airway epithelial mucosubstances from tracheal goblet cells of rats and hyperplasia of goblet cells were assesed by using histopathological analysis after staining the epithelial tissue with alcian blue. Possible cytotoxicities of PGGT in vitro were assessed by examining LDH release from RTSE cells and the rate of survival and proliferation of NCI-H292 cells. In vivo liver and kidney toxicities of PGGT were evaluated by measuring serum GOT/GPT activities and serum BUN/creatinine concentrations of rats after administering PGGT orally. Results (1) PGGT did not affect in vitro mucin secretion from cultured RTSE cells. (2) PGGT significantly inhibited PMA-, EGF-, and TNF-${\alpha}$-induced MUC5AC mucin productions and the expression levels of MUC5AC mRNA from NCI-H292 cells. (3) PGGT decreased the amount of intraepithelial mucosubstances and showed the tendency of expectorating airway mucus already produced. (4) PGGT increased LDH release from RTSE cells. However, PGGT did not show in vivo liver and kidney toxicities and cytotoxicity to NCI-H292 cells. Conclusion The result from this study suggests that PGGT can regulate the production and gene expression of airway mucin observed in diverse respiratory diseases accompanied by mucus hypersecretion and do not show in vivo toxicity to liver and kidney functions after oral administration. Effect of PGGT with their components should be further studied using animal experimental models that reflect the diverse pathophysiology of respiratory diseases through future investigations.

누룩으로부터 분리된 전분대사 효모 Saccharomycopsis fibuligera 균주의 생육특성 (Characterization of Starch-Utilizing Yeast Saccharomycopsis fibuligera Isolated from Nuruk)

  • 최다혜;박은희;김명동
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제42권4호
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    • pp.407-412
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    • 2014
  • 누룩으로부터 MBY1276, 1280, 1282, 1320, 1322, 1324 및 MBY 1327로 각각 명명된 전분을 분해하는 효모균주를 분리하였다. 이들 균주는 18S rRNA 영역의 ITS 단편 및 26S rDNA 영역의 D1/D2 단편의 염기서열 해석 및 탄소원 대사특성 분석을 통하여 S. fibuligera로 동정하였다. 상주지역에서 수집된 누룩으로부터 분리된 MBY1320 균주는 대조구 균주인 S. fibuligera KCTC7806 및 누룩으로부터 분리된 다른 S. fibuligera 균주에 비해 고온에서 상대적으로 높은 비성장속도를 나타내었다. 전분을 분해하는데 필요한 효소인 ${\alpha}$-amylase 및 glucoamylase 효소활성을 측정한 결과 MBY1320 균주의 ${\alpha}$-amylase 효소활성은 대조구 균주보다 낮지만 glucoamylase 효소활성은 고온에서 상대적으로 우수한 것으로 나타났다. 효소활성 분석결과는 MBY1320 균주가 표준균주 및 다른 S. fibuligera 균주와 비교하여 고온에서 상대적으로 높은 비성장속도를 나타내는 것을 뒷받침하는 결과로 판단되었다. 가용성 전분을 이용한 회분식 배양 결과 MBY1320 균주는 표준균주 보다 $42^{\circ}C$에서 우수한 성장속도 및 에탄올 생산속도를 나타내었다. 본 연구를 통하여 기존에 보고된 S. fibuligera 균주보다 고온에서 glucoamylase 효소활성 및 비성장속도가 우수한 S. fibuligera 균주를 보고하는 바이다.

백서 태자 두개관세포에서 Ti-8Ta-3Nb 합금의 생체적합성 (Biocompatibility of Ti-8Ta-3Nb alloy with fetal rat calvarial cells)

  • 조인구;최득철;김영준;이경구;이도재
    • Journal of Periodontal and Implant Science
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    • 제36권4호
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    • pp.849-861
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    • 2006
  • 타이타늄은 기계적 특성이 우수하고 생체적합성이 뛰어나 의료용 장비의 주 재료로 사용되고 있으며 타이타늄 보다 기계적 특성이 더 우수한 타이타늄 합금들(주로 Ti-6Al-4V와 Ti-6Al-7Nb 합금)도 개발되어 치과와 의료용 임플란트로 사용되고 있다. 그러나 타이타늄 합금 성분들 중 알루미늄 (aluminum)과 바나디움(vanadium)은 인체에 노출되면 세포손상과 신경계에 문제를 일으킬 수 있다. 따라서 인체에 독성이 없으면서 기계적 성질과 생체적합성이 우수한 타이타늄 합금의 개발이 필요하다. 최근 인체에 독성이 없는 성분들이 함유된 새로운 ${\beta}$ - 형태의 타이타늄 합금들이 개발되고 있는데, ${\beta}$ - 타이타늄 합금은 그 기계적 성질이 기존의 ${\alpha}+{\beta}$ 타이타늄 합금에 비해 우수하다고 알려져 있다. 최근 새로운 ${\beta}$ - 타이타늄 합금이 전남대학교 부설 타이타늄 연구소에서 개발되었다. 이 연구는 새로 개발된 ${\beta}$ - 타이타늄 합금의 생채 적합성을 세포 증식도, 알카리 인산 분해 효소 활성과 유전자 증폭을 통해 알아보고자 하였다. 그 결과는 다음과 같다; 1. Titanium-6aluminum-4vanadium (Ti-6Al-4V) 합금 표면애서의 세포 증식율은 Titanium-Titanium8Tantalum-3Niobium (Ti-8Ta-3Nb) 합금과 순수 타이타늄 표면에 비해 유의하게 낮았다(p<0.00l). Ti-8Ta-3Nb 합금 표면에서의 증식도는 순수 타이타늄 표면과 유사하였다. 2. Ti-8Ta-3Nb 합금과 순수 타이타늄에서 배양된 세포이 알카리 인산 분해 효소의 활성도는 Ti-6Al-4V 합금에서의 것보다 유의하게 높았다 (p<0.001). 3. 유전자 증폭 분석 결과, Ti-8Ta-3Nb 합금과 순수 타이타늄에서 collagen type I과 bone sialoprotein mRNA 가 유사한 수준으로 발현되었다. 이상의 결과는 생체 적합성 측면에서 Ti-8Ta-3Nb 합금과 순수 타이타늄의 차이가 없음을 보여주며 따라서 Ti-8Ta-3Nb 합금이 의학 및 치의학 영역에서 새로운 임프란트 재료로 사용될 수 있음을 의미한다.

ATM Signaling Pathway Is Implicated in the SMYD3-mediated Proliferation and Migration of Gastric Cancer Cells

  • Wang, Lei;Wang, Qiu-Tong;Liu, Yu-Peng;Dong, Qing-Qing;Hu, Hai-Jie;Miao, Zhi;Li, Shuang;Liu, Yong;Zhou, Hao;Zhang, Tong-Cun;Ma, Wen-Jian;Luo, Xue-Gang
    • Journal of Gastric Cancer
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    • 제17권4호
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    • pp.295-305
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    • 2017
  • Purpose: We previously found that the histone methyltransferase suppressor of variegation, enhancer of zeste, trithorax and myeloid-nervy-deformed epidermal autoregulatory factor-1 domain-containing protein 3 (SMYD3) is a potential independent predictive factor or prognostic factor for overall survival in gastric cancer patients, but its roles seem to differ from those in other cancers. Therefore, in this study, the detailed functions of SMYD3 in cell proliferation and migration in gastric cancer were examined. Materials and Methods: SMYD3 was overexpressed or suppressed by transfection with an expression plasmid or siRNA, and a wound healing migration assay and Transwell assay were performed to detect the migration and invasion ability of gastric cancer cells. Additionally, an MTT assay and clonogenic assay were performed to evaluate cell proliferation, and a cell cycle analysis was performed by propidium iodide staining. Furthermore, the expression of genes implicated in the ataxia telangiectasia mutated (ATM) pathway and proteins involved in cell cycle regulation were detected by polymerase chain reaction and western blot analyses. Results: Compared with control cells, gastric cancer cells transfected with si-SMYD3 showed lower migration and invasion abilities (P<0.05), and the absence of SMYD3 halted cells in G2/M phase and activated the ATM pathway. Furthermore, the opposite patterns were observed when SMYD3 was elevated in normal gastric cells. Conclusions: To the best of our knowledge, this study provides the first evidence that the absence of SMYD3 could inhibit the migration, invasion, and proliferation of gastric cancer cells and halt cells in G2/M phase via the ATM-CHK2/p53-Cdc25C pathway. These findings indicated that SMYD3 plays crucial roles in the proliferation, migration, and invasion of gastric cancer cells and may be a useful therapeutic target in human gastric carcinomas.

아라키돈산과 철 유도성 산화적 스트레스에 대한 금앵자(金櫻子) 열수 추출물의 간세포 보호 효능 (Water Extract of Rosa laevigata Michx. Protects Hepatocytes from Arachidonic Acid and Iron-mediated Oxidative Stress)

  • 고해리;제갈경환;송시연;김난이;강지원;변성희;김영우;조일제;김상찬
    • 대한본초학회지
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    • 제30권6호
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    • pp.7-15
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    • 2015
  • Objectives : Rosa laevigata Michx. has been used for the treatment of renal disease in traditional Korean medicine. In this study, we investigated cytoprotective effect of R. laevigata water extract (RLE) against oxidative stress induced by arachidonic acid (AA) + iron.Methods : To evaluate the protective effects of RLE against AA + iron-induced oxidative stress in HepG2 cell, cell viability and changes on apoptosis-related proteins were assessed by MTT and immunoblot analyses. The effects of RLE on reduced glutathione level, production of reactive oxygen species and mitochondrial membrane potential were also monitored. Furthermore, to verify underlying molecular mechanism, NF-E2-related factor 2 (Nrf2) was examined by immunoblot analysis. Additionally, Nrf2 transactivation and its downstream target genes expression were also determined by reporter gene and realtime RT-PCR analyses.Results : RLE pretreatment (30-300 μg/ml) prevented cells from AA + iron-mediated cell death in a concentration dependent manner. In addition, 100 μg/ml RLE inhibited AA + iron-induced glutathione depletion, reactive oxygen species production and mitochondrial dysfunction. RLE accumulated nuclear Nrf2 and also transactivated Nrf2, which was evidenced by antioxidant response element- and glutathione S-transferase A2-driven luciferase activities and mRNA level of glutamate-cysteine ligase catalytic subunit, NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 and sestrin 2. Moreover, protective effect of RLE against AA + iron was abolished in Nrf2 knockout cells.Conclusions : These results indicate that RLE has the ability to protect hepatocyte against oxidative stress through Nrf2 activation.

상아모세포의 조건배지를 이용한 백악모세포의 분화와 석회화 조절 (Regulation of cementoblast differentiation and mineralization using conditioned media of odontoblast)

  • 문상원;김혜선;송혜정;최홍규;박종태;김흥중;장현선;박주철
    • Journal of Periodontal and Implant Science
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    • 제36권2호
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    • pp.385-396
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    • 2006
  • For the regeneration of periodontal tissues, the microenvironment for new attachment of connective tissue fibers should be provided, At this point of view, cementum formation in root surface plays a key role for this new attachment. This study was performed to figure out which factor promotes differentiation of cementoblast Considering anatomical structure of tooth, we selected the cells which may affect the differentiation of cementoblast - Ameloblast, OD11&MDPC23 for odontoblasts, NIH3T3 for fibroblsts and MG63 for osteoblasts. And OCCM30 was selected for cementoblast cell line. Then, the cell lines were cultured respectively and transferred the conditioned media to OCCM30. To evaluate the result, Alizarin red S stain was proceeded for evaluation of mineralization. The subjected mRNA genes are bone sialoprotein(BSP), alkaline phosphate(ALP) , osteocalcin(OC), type I collagen(Col I), osteonectin(SPARC ; secreted protein acidic and rich in cysteine). Expression of the gene were analysed by RT-PCR, The results were as follows: 1. For alizarin red S staining, control OCCM30 didn't show any mineralized red nodules until 14 days. But red nodules started to appear from about 4 days in MDPC-OCCM30 & OD11-OCCM30. 2. For results of RT-PCR, ESP mRNAs of control-OCCM30 and others were expressed from 14 days, but in MDPC23-OCCM30 & OD11-OCCM30 from 4 days. Like this, the gene expression of MDPC23-OCCM30 & OD11-OCCM30 were detected much earlier than others. 3. For confirmation of odontoblast effect on cementoblast, conditioned media of osteoblasts(MG63) which is mineralized by producing matrix vesicles didn't affect on the mineralized nodule formation of cementoblasts(OCCM30). This suggest the possibility that cementoblast mineralization is regulated by specific factor in dentin matrix protein rather than matrix vesicles. Therefore, we proved that the dentin/odontoblast promotes differentiation/mineralization of cementoblasts. This new approach might hole promise as diverse possibilities for the regeneration of tissues after periodontal disease.

Effect of microgrooves and fibronectin conjugation on the osteoblast marker gene expression and differentiation

  • Park, Su-Jung;Leesungbok, Richard;Ahn, Su-Jin;Im, Byung-Jin;Lee, Do Yun;Jee, Yu-Jin;Yoon, Joon-Ho;Cui, Taixing;Lee, Sang Cheon;Lee, Suk Won
    • The Journal of Advanced Prosthodontics
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    • 제7권6호
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    • pp.496-505
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    • 2015
  • PURPOSE. To determine the effect of fibronectin (FN)-conjugated, microgrooved titanium (Ti) on osteoblast differentiation and gene expression in human bone marrow-derived mesenchymal stem cells (MSCs). MATERIALS AND METHODS. Photolithography was used to fabricate the microgrooved Ti, and amine functionalization (silanization) was used to immobilize fibronectin on the titanium surfaces. Osteoblast differentiation and osteoblast marker gene expression were analyzed by means of alkaline phosphatase activity assay, extracellular calcium deposition assay, and quantitative real-time PCR. RESULTS. The conjugation of fibronectin on Ti significantly increased osteoblast differentiation in MSCs compared with non-conjugated Ti substrates. On the extracellular calcium deposition assays of MSCs at 21 days, an approximately two-fold increase in calcium concentration was observed on the etched 60-${\mu}m$-wide/10-${\mu}m$-deep microgrooved surface with fibronectin (E60/10FN) compared with the same surface without fibronectin (E60/10), and a more than four-fold increase in calcium concentration was observed on E60/10FN compared with the non-etched control (NE0) and etched control (E0) surfaces. Through a series of analyses to determine the expression of osteoblast marker genes, a significant increase in all the marker genes except type I collagen ${\alpha}1$ mRNA was seen with E60/10FN more than with any of the other groups, as compared with NE0. CONCLUSION. The FN-conjugated, microgrooved Ti substrate can provide an effective surface to promote osteoblast differentiation and osteoblast marker gene expression in MSCs.

Triturus pyrrhogaster 에서 再生되는 水晶體纖維 細胞中 膜構造에 관한 電子顯微鏡的 觀察 (An Electron Microscopic Observation of Some Membrane Structures of Lens Fibers of Regenerating Lens in Triturus pyrrhogaster)

  • Sung, Hwan-Soon;Sung, Hwan-Sang
    • 한국동물학회지
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    • 제11권1호
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    • pp.5-12
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    • 1968
  • 有尾兩棲類중 Triturus pyrrhogaster에서 人爲的으로 水晶體를 摘出하면, 虹彩의 瞳孔周緣上部中央의 色素上皮가 水晶體로 metaplasia 하는 것은 옛적부터 알려진 事實이다. 이 過程에는 色素上皮의 脫色增殖과 水晶體原基(水晶體胞)의 形成이 보이며 그 後의 水晶體形成은 正常發生의 그것과 全혀 같은 樣相으로 進行한다. 虹彩色素上皮의 細胞가 水晶體의 細胞로 變하는 過程에 대하여서는 벌써 Eguchi, Karasaki 等에 依하여 subcellular level의 解析 報告되었다. Eguchi(1964)의 報告에 依하면 細胞構成要素中 endoplasmic reticulum(ER) 및 mitochondria의 變化가 特히 興味를 끈다. ER 는 脫色이 完了된 細胞에서 核外膜의 泡狀變形에 依하여 形成된 事實로서 觀察되었으며, mitochondria 의 形態 크기 數의 變化도 顯著하였다. 本硏究는 ER 와 mitochondria를 問題의 焦點으로하여 活潑히 伸長되고있는 水晶體纖維細胞中 이 兩者의 細胞構造가 어떤 消長을 나타내는가를 電子顯微鏡으로서 調査한 것이다. 水晶體纖維는 立方狀의 水晶體上皮細胞가 水晶體의 後壁(網膜側)에서 伸長分化한 것인데 ER는 그의 基部 特히 核의 周邊에서만이 顯著한 發達을 나타내고 있었다. 또한 核外膜 은 顯著한 泡狀變化로서 近處의 ER에 連結되어 있었다. 核周邊의 ER는 一般的으로 reticular 構造를 나타내지 않고 큰 cisternae 空間을 가졌다. 그것은 外圍에 있는 粗面構成에 附着시키고 있었다. 一方 小型의 胞狀構造는 細胞質內에 散在 하고있었는데 여기에도 ribosome의 附着이 間或 觀察되는 까닭에 亦是 ER의 一斷面이라고 推定되었다. 纖維細胞의 核에서 먼 伸張端(apical portion)에 있는 ER의 構造는 漸次 沈滯하여 胞狀이 보였다. mitochondria에 對하여서도 ER와 같이 基部核周邊에 發達이 顯著하였다. ER의 周邊에도 密集하여 存在하며 間或 ER의 膜構造와 mitochondria의 外膜이 密接한 것도 觀察되었다. 이와같은 境遇의 ribosome은 polysome狀으로 되어서 緻密하게 散在하여 核의 周邊部에서 水晶體 protein의 合成이 旺盛하게 集行되고 있는 것이라고 推察될만한 微細構造上의 關係를 나타내고 있었다. 纖維의 伸張端近處의 mitochondria는 多少變形되어, 空胞化가 甚하며 때로는 mierin 狀重層膜構造를 連結시키며 大小多數의 胞狀構造와도 共存하고 있었다. 또 細胞間隔에도 이와같은 構造의 樣狀이 認定되는 것도 間或 있었다. 以上 水晶體纖維細胞의 核周邊部에 있어서 ER, mitochondria의 顯著한 發達像은, 核內 RNA 合成의 上昇에서 보이는 polysome의 增加에 뒷받침되는 硏究다. 卽 水晶體蛋白質의 合成에 큰 役割을 나타내는 것이라고 생각된다. 纖維가 伸張하는데 따라서 이들 膜構造는 漸次 細胞의 伸張端에서 退化를 始作하여 消失하는 像을 보이고 있으며 細胞의 退化消失에서도 確認되었다.

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