• 생명과학회지
• /
• 제27권12호
• /
• pp.1494-1499
• /
• 2017

Candida albicans에 의한 구강 감염(캔디다증)은 구강 점막에 빈번하게 발생하며 잘 알려진 질병이다. 구강 캔디다증은 생명을 위협하는 정도의 곰팡이 감염증은 아니나, 특정상황에서 개인에게 심각한 위험을 초래할 수도 있다. 마이크로 RNA는 세포 내에서 다른 타겟 유전자를 저해하는 작은 크기의 RNA 분자이며 단백질을 코딩하지는 않고 번역과정을 억제하는 조절자로서의 역할을 하고 있다. 본 연구는 C. albicans의 마이크로RNA를 처음으로 동정하고 그러한 마이크로RNA가 지닌 기능을 조사하기 위함이다. 이를 위하여 C. albicans의 small RNA를 차세대 염기분석법을 통하여 분석하고 그러한 RNA들의 2차 구조를 생물정보학적 방법으로 조사하였다. 분석한 small RNA들은 마이크로 RNA라고 불리울 수 있는 특징들을 가지고 있었으며, 특별히 높게 발현되고 있는 두개의 마이크로 RNA 정도 크기의 RNA가 CBP1 유전자의 3' 말단 비번역구역(UTR)에서 반대방향으로 발현하는 것을 밝혀 내었다. 우리는 이러한 C. albicans의 RNA가 CBP1 유전자를 타겟으로 하여 조절하는지 알아보기 위해 RNA를 인위적으로 합성한 후 세포 내로 주입하고, 형광형미경으로 도입 사실을 확인하였다. 하지만 4시간과 8시간 후에 CBP1의 발현 변화는 관찰되지 않았다. 따라서, 이러한 결과는 C. albicans가 마이크로RNA에 의한 RNA 간섭(RNAi) 작용이 다른 진핵세포와는 다르게 작용하는 것을 알 수 있다.

• 한국동물학회지
• /
• 제39권1호
• /
• pp.115-121
• /
• 1996

임신중기에서 발기에 이르는 흰쥐의 태반에서 Placental Lactogen I (PL-I), II 그리고 Pit-1 의 유전자 발현 변화를 Northern blot hybridization으로 조사하였다. 그 결과, 임신시기에 따라 PL-I과 PL-II의 mRNA 양과 크기에 변화가 나타났다. 이들 유전자 발현에 미치는 에스트로겐의 영향을 조사하기 위하여, 임신 14일째 쥐의 난소를 제거하고(OVX), 이후 매일 에스트로겐을 투여한 후 (OVX+E), 임신 18일째 태반을 회수하여 PL-I, II 그리고 Pit-1의 유전자 발현을 Northern blot hybridization으로 조사하였다. OVX 군의 경우, PL-I의 mRNA 크기는 1 kb에서 1.3 kb로 PL-II의 mRNA는 0.6kb에서 1 kb로 변화하였다. OVX+E 군에서는 PL-I과 PL-II의 mRNA가 정상대조군과 같은 상태로 환원하였다. 정상대조군에 비하여 OVX와 OVX+E 군에서 PL-I과 PL-II의 mRNA 크기에는 영향을 미치지 못한 반면, mRNA 양은 난소제거시 감소하였다가, 에스트로겐을 투여하면, 부분적으로 회복되는 경향을 보였다. 이러한 본 실험의결과는 에스트로겐이 PL-I과 PL-II의 RNA splicing이나 polyadenylation 등을 포함한 유전자 발현에 영향을 미치며, Pit-1이 이 과정에 개입하는 것을 시사하는 것이다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제29권4호
• /
• pp.234-239
• /
• 2001

천연풍미소재로 정미성 nucleotide 함량이 높은 효모추출물을 만들기 위해서 세포내 RNA 함량이 높은 효모균주 S , cerevisat MTY 62를 선별하여TRh, 당밀과 CSL배지로 발효조 회분배양과 유가배양을 수행하였다. 여러가지 단양한 간헐적 유가배양 중에서 40% 당밀과 20% CSL의농축기질액을 50ml 다섯번 공급하는 간헐적 유가배양 (IFB-IV) 에서 최대 세포농도는 33.8g-DCW/1 RNA 농도는 5221 mg/l RNA 함량은 153 mg-RNA/g DCW 값을 나타내었다. 일정속도의 유가배양에서는 기질 요액(40% molasses, 20% CSL)을 배양 9~13시간에서는 49 ml/h 13~21 이시간에서는 24 ml/h 그 이후로는 18 ml/h 로 기질공급속도를 단계적으로 감소시키는 유가배양 (CFB-III) 에서 42.7g-DCW-1 최대 세포농도를 5545 mg RNA/1의 RNA농도를 보여, 간헐적 및 일정 속도 유가배양 중에서 가장 높은 세포농도와 RNA 농도 값을 나타내었다. 그러나 RNA 함량 면에서는 가장 낮은 130 mg-RNA/g-DCW 값을 보여다. 즉 세포농도가 높을수록 RNA 함량은 감소하는 경향을 나타내었다. 이 상의 두 가지 유가배양에 대해 비증식속도 ($\mu$)에 따른 RNA 함량을 조사한 결과, $\mu$값이 증가할수록 RNA 함량도 증가하였다. 그러나 일정한 $\mu$에서는 일정속도의 기질공급 방식보다 간헐적 기질공급 방식이 더 높은 RNA 함량을 나타내었다.

• 미생물학회지
• /
• 제45권4호
• /
• pp.430-434
• /
• 2009

세균 16S rRNA 유전자 염기서열은 분자계통분류, 진화역사 규명, 미생물 검출 등 다양한 목적으로 이용되어 왔다. 세균 제놈(genome)은 multiple rRNA 오페론을 갖고 있으며, 이들 유전자 염기서열은 일부 변이가 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 Vibrio 속의 16S rRNA 유전자 염기서열을 이용하여 세포 내 16S rRNA의 이질성을 규명하였다. 분석은 GenBank 자료 중에서 제놈 염기서열 annotation이 완료된 V. cholerae, V. harveyi, V. parahaemolyticus, V. splendidus, V. vulnificus를 이용하여 실시하였다. Vibrio 속은 1번 염색체에 7~10개의 16S rRNA 유전자 copy를 갖고 있으며, 이들의 세포 내 유전자 변이는 0.9% 이하 상이성(99.1%이상 DNA 상동성)을 보였다. 2번 염색체에서는 16S rRNA 유전자가 1개 이하로 존재하였다. 유전체내 16S rRNA 유전형은 최소 5개(V. vulnificus #CMCP6)에서 최대 8개(V. parahaemolyticus #RIMD 2210633, V. harveyi #ATCC BAA-1116)로 조사되었다. 본 결과는 Vibrio 속의 16S rRNA 유전자 염기서열이 높은 이질성을 갖는 것을 제시해 준다.

• 미생물학회지
• /
• 제48권2호
• /
• pp.171-174
• /
• 2012

THOC1/Hpr1는 mRNA가 전사되는 동안 mRNP의 포장과 mRNA 방출에 관여하는 진화적으로 잘 보존된 THO 복합체의 한 소단위이다. 분열효모 Schizosaccharomyces pombe에서도 THOC1/Hpr1과 유사한 단백질을 암호화하는 유전자(sphpr1로 명명)를 찾아 그 특성을 조사하였다. 이배체 S. pombe 균주에 하나의 sphpr1 유전자만을 결실시킨 후 4분체 분석을 수행한 결과, 이 유전자는 생장에 필수적이었다. 티아민에 의해 발현이 조절되는 강력한 nmt1 프러모터를 이용하여 sphpr1를 과발현시키더라도 세포의 생장과 mRNA 방출에는 전혀 영향이 없었다. 하지만, sphpr1의 발현을 억제하면 생장이 억제되었으며 poly$(A)^+$ RNA가 핵 안에 축적되었다. 이와 같은 결과들은 sphpr1 유전자가 생장과 mRNA의 핵에서 세포질로의 방출에 관여하고 있음을 시사한다.

• Journal of Microbiology
• /
• 제42권2호
• /
• pp.111-116
• /
• 2004

It is known that Bacillus subtilis glutamyl-tRNA synthetase (GluRS) mischarges E. coli $tRNA_{1}$$^{Gln}$ with glutamate in vitro. It has also been established that the expression of B. subtilis GluRS in Escherichia coli results in the death of the host cell. To ascertain whether E. coli growth inhibition caused by B. subtilis GluRS synthesis is a consequence of Glu-$tRNA_{1}$$^{Gln}$ formation, we constructed an in vivo test system, in which B. subtilis GluRS gene expression is controlled by IPTG. Such a system permits the investigation of factors affecting E. coli growth. Expression of E. coli glutaminyl-tRNA synthetase (GlnRS) also amelio-rated growth inhibition, presumably by competitively preventing $tRNA_{1}$$^{Gln}$ misacylation. However, when amounts of up to 10 mM L-glutamine, the cognate amino acid for acylation of $tRNA_{1}$$^{Gln}$, were added to the growth medium, cell growth was unaffected. Overexpression of the B. subtilis gatCAB gene encoding Glu-$tRNA^{Gln}$ amidotransferase (Glu-AdT) rescued cells from toxic effects caused by the formation of the mis-charging GluRS. This result indicates that B. subtilis Glu-AdT recognizes the mischarged E. coli Glu-$tRNA_{1}$$^{Gln}$, and converts it to the cognate Gln-$tRNA_{1}$$^{Gln}$ species. B. subtilis GluRS-dependent Glu-$tRNA_{1}$$^{Gln}$ formation may cause growth inhibition in the transformed E. coli strain, possibly due to abnormal protein synthesis.

• Fisheries and Aquatic Sciences
• /
• 제13권1호
• /
• pp.56-62
• /
• 2010

To determine whether long double-stranded RNA (dsRNA) induces RNA interference and type I interferon (IFN) responses in fish, long dsRNAs encoding enhanced green fluorescent protein (EGFP), GFPuv, and polyinosinic-polycytidylic acid sequences were co-injected with an EGFP expressing plasmid, into rock bream (Oplegnathus fasciatus). We investigated the EGFP mRNA and protein levels, and the transcriptional responses of dsRNA-dependent protein kinase and Mx1 genes. Long dsRNAs were strong inducers of a type I IFN response in rock bream, resulting in nonspecific suppression of exogenous gene expression. Furthermore, sequence-specific knockdown of exogenous gene expression at the mRNA level was detected at an early phase (24 h). These results suggested that long dsRNA may inhibit exogenous gene expression through an early mRNA interference response and a later type I IFN response in fish.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제24권2호
• /
• pp.287-294
• /
• 2014

The transcription factor E2F1 is active during G1 to S transition and is involved in the cell cycle and progression. A recent study reported that increased E2F1 is associated with DNA damage and tumor development in several tissues using transgenic models. Here, we show that E2F1 expression is regulated by tristetraprolin (TTP) in prostate cancer. Overexpression of TTP decreased the stability of E2F1 mRNA and the expression level of E2F1. In contrast, inhibition of TTP using siRNA increased the E2F1 expression. E2F1 mRNA contains three AREs within the 3'UTR, and TTP destabilized a luciferase mRNA that contained the E2F1 mRNA 3'UTR. Analyses of point mutants of the E2F1 mRNA 3'UTR demonstrated that ARE2 was mostly responsible for the TTP-mediated destabilization of E2F1 mRNA. RNA EMSA revealed that TTP binds directly to the E2F1 mRNA 3'UTR of ARE2. Moreover, treatment with siRNA against TTP increased the proliferation of PC3 human prostate cancer cells. Taken together, these results demonstrate that E2F1 mRNA is a physiological target of TTP and suggests that TTP controls proliferation as well as migration and invasion through the regulation of E2F1 mRNA stability.

• Journal of Microbiology
• /
• 제35권4호
• /
• pp.327-333
• /
• 1997

Although extensively characterized in human cells, no heterogeneous nuclear ribonucleoprotein(hnRNP) has been found in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe which is amenable to genetic studies and more similar to mammals than Saccharomyces cerevisiae is in terms of RNA processing. As a first step to characterize hnRNPs from S. pombe, attempt was made to find human hnRNP A1 homologs from S. pombe. The RNA molecule (A1 winner) containing the consensus high-affinity hnRNP A1 binding site (UAGGGA/U) was synthesized in vitro and used in an ultraviolet(UV) light-induced protein-RNA cross-linking assay. A number of S, pombe proteins bound to the A1 winner RNA. An approximately 50-kDa protein(p50) cross-linked more efficiently to the A1 winner RNA than other proteins. The p50 protein did not cross-link to a nonspecific RNA, but rather to the A1-5’ SS RNA in which the consensus 5’ splice junction sites of S. pombe introns were abolished. This suggests that the p50 protein, however, did not bind to the single-stranded DNA to shich the human hnRNP A1 could bind and be eluted with 0.5M NaCl. Further analysis should reveal more features of this RNA-binding protein.

• Journal of Microbiology
• /
• 제41권3호
• /
• pp.239-247
• /
• 2003

The LRV1-4 capsid protein possesses an endoribonuclease activity that is responsible for the single site-specific cleavage in the 5' untranslated region (UTR) of its own viral RNA genome and the formation of a conserved stem-loop structure (stem-loop IV) in the UTR is essential for the accurate RNA cleavage by the capsid protein. To delineate the nucleotide sequences, which are essential for the correct formation of the stem-loop structure for the accurate RNA cleavage by the viral capsid protein, a wildtype minimal RNA transcript (RNA 5' 249-342) and several synthetic RNA transcripts encoding point-mutations in the stem-loop region were generated in an in vitro transcription system, and used as substrates for the RNA cleavage assay and RNase mapping studies. When the RNA 5' 249-342 transcript was subjected to RNase T1 and A mapping studies, the results showed that the predicted RNA secondary structure in the stem-loop region using FOLD analysis only existed in the presence of Mg$\^$2＋/ ions, suggesting that the metal ion stabilizes the stem-loop structure of the substrate RNA in solution. When point-mutated RNA substrates were used in the RNA cleavage assay and RNase T1 mapping study, the specific nucleotide sequences in the stem-loop region were not required for the accurate RNA cleavage by the viral capsid protein, but the formation of a stem-loop like structure in a region (nucleotides from 267 to 287) stabilized by Mg$\^$2＋/ ions was critical for the accurate RNA cleavage. The RNase T1 mapping and EMSA studies revealed that the Ca$\^$2＋/ and Mn$\^$2＋/ ions, among the reagents tested, could change the mobility of the substrate RNA 5' 249-342 on a gel similarly to that of Mg$\^$2＋/ ions, but only Ca$\^$2＋/ ions identically showed the stabilizing effect of Mg$\^$2＋/ ions on the stem-loop structure, suggesting that binding of the metal ions (Mg$\^$2＋/ or Ca$\^$2＋/) onto the RNA substrate in solution causes change and stabilization of the RNA stem-loop structure, and only the substrate RNA with a rigid stem-loop structure in the essential region can be accurately cleaved by the LRV1-4 viral capsid protein.