• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제34권4호
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• pp.259-266
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• 1996

형태학적 제3군 가시아메바의 taxonomic validity는 아직 확실하지 않다. 이번 연구에서 제3군에 속하는 6종의 가시 아메바 즉 A. culbertsoni A. healyi A. palestinensis. A. pustulosa, A. royreba 및 A. lenticulata의 type strain들의 동위효소. 미토콘트리아 DNA 및 small subunit(ssu) rDNA의 Restriction Fragment Length Polymorphism(RFLP) 양상을 비교하여 이들의 taxonomic validity를 검토하였다. 미토콘드리아 DNA의 RFLP 양상은 분리주간에 서로 심한 차이를 보였다. A. palestinensis와 A. pustulosc는 거의 동일한 rDNA RFLP(추정 염기 치환율 2.6%) 및 동위효소의 양상을 보여 A. palestinensis와 A. pustulosc는 같은 종으로 판단되었다. 그외의 종들은 서로 아주 다양한 rDNA RFLP 및 동위효소의 양상을 나타내어 독립종으로 인정되었다.

• Journal of Microbiology
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• 제40권4호
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• pp.282-288
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• 2002

Since culture of Helicobacter pylori is relatively insensitive and cumbersome, molecular detection and typing of H. pylori isolates are gaining importance for strain differentiation. In the present study genomic DNA of 42 gastric biopsies and H. pylori isolates from corresponding patients were analyzed and compared by PCR-based RFLP assay. The 1,132-bp product representing an internal portion of ureC gene of H. pylori was amplified by PCR and digested with restriction enzymes HindⅢ, AiuⅠ and PvuⅠ. The HindⅢ, AluⅠ and PvuⅠ digestion produced 4, 7, and 2 distinguishable RFLP patterns respectively from 42-H. pylori isolates. By combining all three restriction enzyme digestions, 15 RFLP patterns were observed. However, when PCR products from 42 gastric biopsy specimens were digested by restriction enzymes HindⅢ, AluⅠ and PvuⅠ, we observed 5, 8 and 2 RFLP patterns, respectively. Patterns from 34 of 42 gastric biopsy specimens matched those of corresponding H. pylori isolates from respective patients. Patterns from the remaining eight biopsy specimens differed and appeared to represent infection with two H. pylori strains. The patterns of one strain from each of these biopsies was identical to that of the isolate from corresponding patients and the second pattern presumably represented the co-infecting strain. From the study, it appears that PCR-based RFLP analysis is a useful primary tool to detect and is distinguish H. pylori strains from gastric biopsy specimens and is superior to culture techniques in the diagnosis of infection with multiple strains of H. pylori.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제34권1호
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• pp.79-86
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• 1996

형태적으로 Aconaqmoebcusteuon리로 동정된 한국토양분리주 KA/S2의 일부 특성을 파악하여 A. castellanii로 알려진 4가지 reference 주(Castellani, Neff, fna 및 Chang주) 와 비교하였다 K4/s2주의 mitochondria(Mt) DNARFLP와 isoelectricforusing(IEF)로 분석한 동위효소 양상은 California 토양에서 분리된 Neff주의 그것과 동일하였으나 고 외의 주들 사이에는 심한 다양성이 과찰되었다. Chang주의 형태 및 전 단백질 양상은 다른 주에 비해 독특하였다. Aconamoeba app. 분리주의 동정 및 특성 파악에 Mt DNA RFLP 분석이 매우 유용할을 확인하였다. Aconamoebacasteunil의 우리말 학명을 카스텔라니가시아메바로 제안한다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제48권3호
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• pp.308-314
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• 2000

연구배경 : RFLP를 이용한 결핵균의 유전자 분석은 결핵의 분자 역학적 연구에 유용하게 이용되고 있다. Pvu-II 효소를 이용한 RFLP 방법의 표준화로 RFLP 양상의 국제적인 비교가 가능해졌고, 극동아시아에서 RFLP 양상이 유사한 결핵균주의 군이 발견되었다. 저자들은 서울대병원에서 수집된 결핵균의 RFLP 양상을 분석하고 다른 극동아시아의 균주들과 비교하였다. 방 법 : 1998년 서울대병원에 입원했거나 외래 방문한 환자의 객담에서 분리하여 배양된 50개의 결핵균주를 대상으로 하였다. 결핵균주에서 DNA를 추출한 뒤, Pvu-II로 소화시키고, IS6110에 대한 DNA probe를 이용하여 Southern blot을 시행하였다. 이들의 RFLP 양상을 비교하여 유사성이 있는 균주들을 같은 군으로 분류하였고, RFLP의 다양성의 정도와 각 군 간의 임상적인 차이가 있는지 알아보고자 하였다. 결 과 : 50개의 결핵균 균주 중에서 6예의 Beijing family를 확인하였고, 다른 9개의 균주가 한 군으로 분류되었다. 이들 균주 군간에 나이, 성별, 지역, 약제 내성, 기관지 결핵 동반 여부, 기저질환 유무 등의 임상상에서는 차이를 보이지 않았다. 결 론 : 서울대병원에서 분리된 결핵균주의 RFLP 양상에서 서로 유사한 군이 존재함을 확인할 수 있었다. 그러나, 이들이 임상적으로는 큰 의미를 갖지 못하는 것으로 보인다.

• Journal of Microbiology
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• 제41권4호
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• pp.312-319
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• 2003

In an attempt to develop a method for rapid and accurate identification of six Vibrio species that are clinically important and most frequently detected in Korea, 16S rDNA restriction fragment length polymorphism (RFLP) of Vibrio type strains, as well as environmental isolates obtained from the Korean coastal area, was analyzed using ten restriction endonucleases. Digestion of the 16S rDNA fragments amplified by polymerase chain reaction (PCR) with the enzymes gave rise to 2~6 restriction patterns for each digestion for 47 Vibrio strains and isolates. An additional 2~3 restriction patterns were observed for five reference species, including Escherichia coli, Aeromonas hydrophila, A. salmonicida, Photobacterium phosphoreum, and Plesiomonas shigelloides. A genetic distance tree based on RFLP of the bacterial species correlated well with that based on 16S rDNA sequences. The very small 16S rDNA sequence difference (0.1%) between V. alginolyticus and V. parahaemolyticus was resolved clearly by RFLP with a genetic distance of more than 2%. RFLP variation within a species was also detected in the cases of V. parahaemolyticus, V. proteolyticus, and V. vulnificus. According to the RFLP analysis, six Vibrio and five reference species were assigned to 12 genotypes. Using three restriction endonucleases to analyze RFLP proved sufficient to identify the six pathogenic Vibrio species.

• 한국유기농업학회지
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• 제27권3호
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• pp.353-363
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• 2019

To identify four cyst nematodes (Heterodera schachtii, H. trifolii, H. glycines, H. sojae) that are economically important plant-parasitic nematodes in Korea, restriction fragment length polymorphism (RFLP) by 8 endonucleases (PstI, VspI, AlwI, RsaI, MvaI, EcoRI, Eco72I, Hinf I) was performed based on sequence difference of mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene. As a result, species-specific DNA band patterns by RsaI endonuclease were observed in H. schachtii. The specific patterns was in H. trifolii by 3 endonucleases (VspI, AlwI, Hinf I), and was in H. glycines by Hinf I. While, H. sojae was not digested by 4 endonuclease (VspI, AlwI, RsaI, Hinf I). This study showed that four cyst nematodes could be distinguished using RFLP by 4 endonucleases (RsaI, VspI, AlwI, Hinf I) based on the sequence difference of COI gene.

• 미생물학회지
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• 제29권3호
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• pp.189-194
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• 1991

The degree of the genetic variations among Clostridium thermocellum ATCC 27405 and the wild type strains was investigated by the mehtod of GC ratio, DNA-DNA hybridization and RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) patterns by ribosomal RNA and M13 probe. GC ratio and KNA homology values of th three isolates were approximately equal to those of ATCC type strain. The RFLP patterns by the rRNA and M13 probe showed some differences among C. thermocellum ATCC 27405, wild type strains and Clostridium thermohydrosulfuricum ATCC 33223, indicating that the two probes can be useful in subspecies- and apecies-identification.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제35권4호
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• pp.271-276
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• 1997

메타고니무스속 흡충의 형태학적인 차이점은 잘 알려져 있으나 이러한 미세한 형태학적 차이로 종을 분류할 수 있을 지에 대해서는 의문시되어 왔다. 이 연구는 비교적 유전자 염기서열이 잘 보존되어 있 어 종간 또는 strain간의 차이를 밝힐 수 있는 리보솜리보핵산 유전자 중 ITSI 유전자와 사립체 COI 유전자를 중합효소반응으로 증폭시킨 후 제한효소로 소화시켜 나타나는 밴드의 차이를 관찰하였다 요 코가와흡충 (M. yokogawai)의 피 낭유충은 삼척산 은어에서 , 미야타흡충 (Metagonim Miyata type) 은 충주산 피라미에서, 타카하시홉충 (M. tnkqhqsrii)은 충주산 붕어에서 분리하여 사용하였다. 세 종류 충체에서 얻은 ml 유전자 증폭산물은 제한효소 Rsc I, Ak I 및 Msp I에 의해 서로 다른 크기의 밴드 로 소화되었다. 세 종류 충체의 사립체 COI 유전자 증폭산물도 Rsc I과 AIu I에 의해 서로 다른 양상으로 잘라졌다. 추정 유전자 차이 (estimated genetic divergence)는 미야타홉충과 요코가와흡충이 0.034880, 요코가와흡충과 타카하시홉충이 0.018179, 미야타흡충과 타카하시흡충이 0.028098 이었다. 이 결과로 보면 미야타흡충은 별개의 종으로 볼 수 있으며,다른 충체보다 이른 시기에 진화하였음 을 알 수 있다.

• 대한의생명과학회지
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• 제19권3호
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• pp.213-223
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• 2013

The objectives of this study are to develop a molecular diagnosis to differentiate serotypes and mating-types of C. neoformans/C. gattii complex isolates from pigeon droppings in Korea and to elucidate molecular epidemiology of the isolates. Phenotypes and genotypes of C. neoformans/C. gattii complex isolates were identified by biochemical properties and PCR using specific CNLAC1 gene, respectively. To classify serotypes and mating-types of C. neoformans/C. gattii complex isolates, the five reference strains and thirty-three isolates in Korea were investigated by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis using CNLAC1 gene for varieties, by random amplified polymorphic DNA (RAPD) for serotyping, and by PCR using specific primer sets for mating typing. All isolates in Korea were belonged to C. neoformans var. grubii (serotype A) by RFLP and RAPD patterns which showed high sensitivity and specificity. Therefore, RFLP and RFLP were available to differentiate varieties and serotypes of C. neoformans. Amplification patterns of the five reference strains by specific PCR for mating typing were differentiable, and all isolates were classified into $MAT{\alpha}$. All C. neoformans environmental isolates in Korea were Cr. neoformans serotype A and $MAT{\alpha}$ which is a more virulent pathogen. This study suggests that RFLP and RAPD are rapid and correct molecular diagnosis tools for epidemiology of C. neoformans/C. gattii complex isolates.

• 미생물학회지
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• 제36권4호
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• pp.249-253
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• 2000

Cyanobacteria의 광합성 보조색소인 phycocyanin의 PC operon(cpc gene)을 PCR로 증폭하고, 제한효소로 처리하여 RFLP pattern을 비교하였다. Intergenic spacer sequence를 포함한 cpc gene은 실험에 사용한 cyanobacteria 균주 모두에게 증폭되었으며, 산물의 size는 약 700 bp였다. PCR산물을 5종의 제한효소로 처리한 결과 AluI, MspI, HaeIII는 같은 속내으ㅐ 균주간에 동일한 pattern을 나타내어 속 구분이 가능하였으며 CfoI은 Anabeana와 Synechocystis속의 균주간에 구별되는 양상을 나타내어 속내 균주 구별에 유용하였다. Restriction enzyme profile에 의한 phenogram에서 Anabeana, Chlorogloea, Synechyhocystis는 각각 하나의 cluster를 형성하여 cyanobacteria의 분류에 PC-IGS의 RFLP pattern이 유용함을 알 수 있었다.