• Mycobiology
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• 제31권1호
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• pp.32-35
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• 2003

Restriction enzyme-mediated integration(REMI) was used to transform uracil auxotrophs of Pleurotus ostreatus to prototrophy. When protoplasts of Pleurotus ostreatus were treated by the reaction mixture containing 10 units of BamHI, the frequency of REMI was about 64 transformants per 1 ${\mu}g$ of DNA. This efficiency was increased by 14.2 times compared with that of the conventional PEG transformation. The optimal condition for REMI of P. ostreatus was achieved when 1 ${\mu}g$ of linearized pTRura3-2 DNA was added into $1{\times}10^7$ protoplasts along with 10 units BamHI. Southern blot analysis revealed that about 50% of transformants examined were caused by REMI event and 30% carried single copy insertion at the genome. This suggested that the REMI method might be a useful tool for efficient transformation and tagging mutagenesis of P. ostreatus.

• 지구물리와물리탐사
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• 제9권1호
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• pp.108-113
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• 2006

일반적인 물리탐사기법은 도심지 내에서 구조물, 전도성 지하매설물, 차량 등 인공 잡음으로 인하여 그 적용성에 많은 제약을 받는다. 특히 이 과업은 철도가 운행 중인 철로 하부의 지반 정보의 획득을 목적으로 하는데, 이를 위한 일반적인 물리탐사 적용이 어려웠으며 그 대안으로 선형배열 상시진동 탄성파탐사를 적용하였다. 상시진동 탐사(mircotremor survey)기법에는 철로를 운행하는 기차와 주변 도로의 차량에 의한 진동이 오히려 양호한 송신원으로 활용 될 수 있다. 선형배열 상시진동 탐사기법에서는 일반적인 굴절법 장비를 이용하여 일상적인 진동을 기록하고, 파동장의 변환을 수행하여 표면파의 분산곡선을 얻는다. 이후 발췌한 분산곡선에 대한 반복적인 수치모델링을 통하여 전단파 속도를 구한다. 이 과업에서는 기존 철로를 따라 하부의 터널심도까지의 전단파 속도를 전체 터널구간에 대하여 얻기 위하여 40 m 간격으로 선형배열을 이동하면서 자료를 획득하였다. 측선상의 시추를 통하여 회수한 코어를 이용한 실내시험을 통한 RMR 의 구성요소 중 하나인 일축압축강도와 전단파 속도와의 높은 상관관계를 확인하여 RMR이 전단파 속도와 연관성이 있음을 유추할 수 있었다. 시추공에서 수행한 SPS 검층에서 획득한 전단파 속도와 RMR의 비교한 결과 전단파 속도와 RMR이 높은 상관관계에 있음을 확인할 수 있었다. 상시진동 탐사기법을 통하여 획득한 전단파 속도 역시 RMR과의 양호한 상관관계를 나타냄을 알 수 있었다. 이러한 상관관계를 이용하여 도심지 철도터널 전체 구간에서 터널 설계시 필수적인 암반분류를 위한 RMR 추정이 가능하였다.

• 식물병연구
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• 제19권4호
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• pp.254-258
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• 2013

후자린산(FA)는 Fusarium 속 균이 생성하는 독소로서 다른 곰팡이독소보다 독성은 낮으나 다른 독소와 중복 오염시 전체 독성을 증진시키는 것으로 알려졌다. 현재까지 FA 생합성 관련 효소나 유전자가 Fusarium oxysporum에서 밝혀지지 않았기 때문에 본 연구에서는 관련 생합성 유전자의 발굴을 위해 제한효소를 통한 무작위 삽입 형질전환방법인 REMI를 이용하여 FA 생성 F. oxysporum 균주의 생합성유전자의 결손을 시도하였다. F. oxysporum 균주 2주를 대상으로 REMI를 시도한 결과, 평균 3.2주 ($1{\mu}g$ DNA 당)의 효율로 7,100주 이상의 형질전환체를 육성하였다. FA 미생성 형질전환체를 스크리닝 하기 위해 FA가 함유된 배양액에서 다양한 식물종자의 발아여부를 조사한 결과, 11종의 종자 중 가장 감수성인 배추종자를 선발하였다. 각 형질전환체는 Czapek-Dox broth에서 3주간 배양한 후 배양여액을 배추종자의 발아여부 검정에 사용하였다. 검정결과 총 5,000여 주의 REMI 형질전환체 중 53주의 배양여액에서 종자가 발아하지 않아, 이들을 FA 미(저) 생성 추정 형질전환체로 선발하였다. 이중 26주의 FA 생성량을 HPLC로 분석한 결과, 2주의 형질전환체에서 모균주 생성량의 1% 이하의 FA가 검출되었다. 이 중 형질전환체 1주로부터 REMI 벡터 삽입 부위 게놈 DNA의 염기서열(252 bp)을 확보하였으며, 이 부위는 F. fujikuroi의 미동정 게놈부위와 93% 유사성이 있음을 확인하였다. 이 부위의 FA생성 관련성 증명을 위해서는 추후 연구가 필요하다.

• 한국지구물리탐사학회:학술대회논문집
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• 한국지구물리탐사학회 2005년도 공동학술대회 논문집
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• pp.157-164
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• 2005

일반적인 물리탐사기법은 도심지내에서 구조물, 전도성 지장물, 차량 등 인공 잡음으로 인하여 그 적용성에 많은 제약을 받는다. 전철이 운행하는 철로 하부에 대한 탐사 역시 전선 및 열차진동이 일반 물리탐사 적용을 제한한다. 본 과업에서는 그 대안으로 선형배열 상시진동탄성파탐사를 적용하였다. 상시진동탐사(mircotremor survey)기법에는 철로를 운행하는 기차와 주변 도로위의 차량에 의한 진동이 오히려 양호한 송신원으로 활용 될 수 있다. 선형배열 상시진동탐사기법에서는 일반적인 굴절법 장비를 이용하여 일상적인 진동을 기록하고, 파동장의 변환을 수행하여 표면파의 분산곡선을 얻는다. 이후 발췌한 분산곡선에 대한 반복적인 수치모델링을 통하여 전단파속도를 구한다. 본 과업에서는 기존 철로를 따라 하부의 터널심도까지의 전단파속도를 전체 터널구간에 대하여 얻기 위하여 40m간격으로 선형배열을 이동하면서 자료를 획득하였다. 측선상의 시추공에서 수행한 SPS검층을 통하여 획득한 전단파속도와 RMR의 비교한 결과 전단파 속도와 RMR이 높은 상관관계에 있음을 확인할 수 있었으며, 상시진동탐사기법을 통하여 획득한 전단파속도 역시 RMR과의 양호한 상관관계를 나타냄을 알 수 있었다. 이러한 상관관계를 이용하여 도심지 철도터널 전체 구간에서 암반분류를 위한 RMR 추정이 가능하였다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.85.2-86
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• 2003

Fusarium graminearum is an important pathogen of cereal crops in many areas of the world causing head blight and ear rot of small grains. In addition to serious economic losses, this fungus produces mycotoxins, such as trichothecenes and zearalenone on diseased crops and has been a potential threat to human and animal health. To massively identify pathogenesis-related genes from F. graminearum, two representative strains (SCKO4 from rice and Z03643 from wheat) were mutagenized using restriction enzyme-mediated integration (REMI). In total, 20,DOD REMI transformants have been collected from the two strains. So far, 63 mutants for several traits involved in disease development such as virulence, mycotoxin production, and sporulation have been selected from 3,000 REMI transformants. Now, selected mutants of interest have being genetically analyzed using a newly developed outcross method (See Jungkwan Lee et al poster). In addition, cloning and characterization of genomic DNA regions flanking the insertional site in the genome of the mutants are in progress.

• The Plant Pathology Journal
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• 제22권3호
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• pp.215-221
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• 2006

Gibberella zeae (anamorph: Fusarium graminearum) is an important pathogen of cereal crops. This fungus produces a broad range of secondary metabolites, including polyketides such as aurofusarin (a red pigment) and zearalenone (an estrogenic mycotoxin), which are important mycological characteristics of this species. A screen of G. zeae insertional mutants, generated using a restriction enzyme-mediated integration (REMI) procedure, led to the isolation of a mutant (Z43R606) that produced neither aurofusarin nor zearalenone yet showed normal female fertility and virulence on host plants. Outcrossing analysis confirmed that both the albino and zearalenone-deficient mutations are linked to the insertional vector in Z43R606. Molecular characterization of Z43R606 revealed a deletion of at least 220 kb of the genome at the vector insertion site, including the gene clusters required for the biosynthesis of aurofusarin and zearalenone, respectively. A re-creation of the insertional event of Z43R606 in the wild-type strain demonstrated that the 220-kb deletion is responsible for the phenotypic changes in Z43R606 and that a large region of genomic DNA can be efficiently deleted in G. zeae by double homologous recombination. The results showed that 52 putative genes located in the deleted genomic region are not essential for phenotypes other than the production of both aurofusarin and zearalenone. This is the first report of the molecular characterization of a large genomic deletion in G. zeae mediated by the REMI procedure.

• Journal of Microbiology
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• 제43권5호
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• pp.417-423
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• 2005

In this study, the nematode-trapping fungus, Monacrosporium sphaeroides, was transformed with a plasmid harboring the hygromycin B phosphotransferase gene, via restriction enzyme-mediated integration (REMI). Frequencies of up to 94 transformants ${\mu}g^{-1}$ per linearized plasmid DNA were obtained by optimizing the PEG concentration, as well as the category and quantity of the added restriction enzyme. $90\%$ of the transformants were determined to be stable for drug resistance when 20 randomly selected transformants were tested. Southern analyses revealed that the transforming DNA was integrated into the M. sphaeroides genome either with or without rearrangement. Five mitotic stable mutant strains were obtained using this approach, all of which had been altered with regard to sporulation capacity and pathogenicity toward nematodes. Southern blot analyses of the five mutants revealed that foreign plasmid DNA had integrated into the genome. Three of the mutants, Tms2316, Tms3583 and Tms1536, exhibited integration at a single location, whereas the remaining two, Tms32 and Tms1913, manifested integration at double or multiple locations. Our results suggest that the transformation of M. sphaeroides via REMI will facilitate insertional mutagenesis, the functional analysis of a variety of genes, and the tagging or cloning of genes of interest.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2005년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.217.2-217
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• 2005

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2005년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.224.3-224
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• 2005

• 한국지구과학회지
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• 제33권7호
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• pp.596-607
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• 2012

R-Z 관계식은 레이더 강우추정의 정확도를 결정하는 중요한 요소이다. 본 연구에서는 캐나다 궤벡주의 셍레미에서 홍수를 야기한 폭우사례에서 관측된 우적계 및 레이더 자료를 이용하여 레이더 강우추정 시 우적계 자료에서 도출된 R-Z 관계식의 효과를 분석하였다. 이를 위하여 맥길 S-밴드 레이더에서 시간 분해능 2.5분과 공간 분해능 $1^{\circ}{\times}250m$로 관측된 레이더 반사도를 사용하였다. 레이더 반사도 자료에서는 폭우를 동반한 강우세포가 셍레미를 통과한 것으로 관측되었지만 우량계 관측망에서는 낮은 공간 분해능으로 인하여 이 세포가 관측되지 않았다. 셍레미에서 30분과 1시간 최대 누적 강우량은 각각 39 mm와 42 mm였다. 강우사례 동안 두 개의 우적계(POSS; Precipitation Occurrence Sensor System)가 사용되었다. 하나의 우적계는 레이더 반사도와 우적계 반사도를 비교하여 레이더 반사도를 보정하고 다른 우적계는 R-Z 관계식을 유도하는데 사용되었다. 기후학적 R-Z 관계식을 사용하였을 때 보다 반사도에 의존적인 우적계에서 유도된 관계식을 사용하였을 때 강우 추정 오차가 크게 줄었다. 일 누적 강우량에 대하여 편차는 +12%에서 -2%, 평균제곱근오차가 16%에서 10%로 줄었다. 우적계에서 도출된 R-Z 관계식으로 추정된 레이더 강우장을 이용하였을 때 홍수사례에 대하여 강우 발생 시간 및 강우량이 잘 일치하였다.