The NF-${\kappa}B$ system of transcription factors plays a crucial role in inflammatory diseases, making it an important drug target. We combined quantitative structure activity relationships for predicting the activity of new compounds and quantitative dynamic models for the NF-${\kappa}B$ network with intracellular concentration models. GFA-MLR QSAR analysis was employed to determine the optimal QSAR equation. To validate the predictability of the $IKK{\beta}$ QSAR model for an external set of inhibitors, a set of ordinary differential equations and mass action kinetics were used for modeling the NF-${\kappa}B$ dynamic system. The reaction parameters were obtained from previously reported research. In the IKKb QSAR model, good cross-validated $q^2$ (0.782) and conventional $r^2$ (0.808) values demonstrated the correlation between the descriptors and each of their activities and reliably predicted the $IKK{\beta}$ activities. Using a developed simulation model of the NF-${\kappa}B$ signaling pathway, we demonstrated differences in $I{\kappa}B$ mRNA expression between normal and different inhibitory states. When the inhibition efficiency increased, inhibitor 1 (PS-1145) led to long-term oscillations. The combined computational modeling and NF-${\kappa}B$ dynamic simulations can be used to understand the inhibition mechanisms and thereby result in the design of mechanism-based inhibitors.
익형주위 착빙 현상과 관련한 기존 연구는 수치적으로 예측된 결빙형상과 실험 결과를 정성적으로 비교하는데 그쳐, 해석 결과의 정확도에 대한 판단과 외기 조건 변화에 따른 결빙형상의 체계적 분석에 한계가 있었다. 이에 본 논문에서는 실린더와 익형의 결빙 형상을 가용한 실험 및 타 수치해석 결과와 비교, 검증하고 정량적으로 분석하는 연구를 수행하였다. 먼저, 개발된 코드로부터 획득한 결빙형상을 얼음의 최대두께와 얼음의 진행방향, 얼음의 분포, 얼음의 면적을 기준으로 나타낸 후 이를 정량적으로 분석하였다. 정량적 분석을 통해 유사한 결빙 형상을 직관적으로 비교할 수 있었다. 개발한 수치해석 코드는 아랫면에서의 결빙 면적, 얼음의 두께를 작게 예측하였다. 이를 개선하기 위하여 보다 정밀한 유동장 계산을 통해 획득한 입자의 궤적이 요구된다.
Fura-2 analogs are ratiometric fluoroprobes that are widely used for the quantitative measurement of [$Ca^{2+}$]. However, the dye usage is intrinsically limited, as the dyes require ultraviolet (UV) excitation, which can also generate great interference, mainly from nicotinamide adenine dinucleotide (NADH) autofluorescence. Specifically, this limitation causes serious problems for the quantitative measurement of mitochondrial [$Ca^{2+}$], as no available ratiometric dyes are excited in the visible range. Thus, NADH interference cannot be avoided during quantitative measurement of [$Ca^{2+}$] because the majority of NADH is located in the mitochondria. The emission intensity ratio of two different excitation wavelengths must be constant when the fluorescent dye concentration is the same. In accordance with this principle, we developed a novel online method that corrected NADH and Fura-2-FF interference. We simultaneously measured multiple parameters, including NADH, [$Ca^{2+}$], and pH/mitochondrial membrane potential; Fura-2-FF for mitochondrial [$Ca^{2+}$] and TMRE for ${\Psi}_m$ or carboxy-SNARF-1 for pH were used. With this novel method, we found that the resting mitochondrial [$Ca^{2+}$] concentration was $1.03{\mu}M$. This $1{\mu}M$ cytosolic $Ca^{2+}$ could theoretically increase to more than 100 mM in mitochondria. However, the mitochondrial [$Ca^{2+}$] increase was limited to ${\sim}30{\mu}M$ in the presence of $1{\mu}M$ cytosolic $Ca^{2+}$. Our method solved the problem of NADH signal contamination during the use of Fura-2 analogs, and therefore the method may be useful when NADH interference is expected.
해저면 영상을 취득하기 위해 측면주사소나나 다중빔측심기 외에도 합성개구소나가 상용화되어 널리 사용되고 있으며 국내에서도 예인형 시스템 개발 등 관련 연구가 진행 중에 있다. 고해상도의 합성개구소나 영상을 얻기 위해서는 이를 탑재하고 있는 플랫폼의 운동을 정확하게 추정하는 것이 필요하며 이를 위해 정밀한 수중항법 시스템이 요구되고 있다. 본 논문에서는 합성개구소나를 탑재하고 있는 플랫폼의 운동 특성에 따라 소나 영상의 왜곡이 얼마나 발생하는지 정량적으로 분석함으로써 요구되는 항법 정확도와 항법센서의 정밀도를 설정하는데 있어서 기준이 되는 자료를 제공하고자 한다. 총 다섯가지의 운동을 고려하고 있으며 정량적 분석을 위해 정규화된 평균 제곱근 오차를 정의한다. 각 운동 특성의 변수값 변화에 따른 오차 분석 수치해석을 통해 yaw and sway 운동이 가장 큰 영상 왜곡을 야기하며 pitch and heave 운동의 영향은 크지 않음을 확인하였다.
김은 한국에서 가장 경제성이 높은 양식 해조류이다. 그러나 최근 김 양식장에서 발생하는 황백화 현상으로 인해 엽체의 변색과 탈락이 자주 유발되어 수산업에 큰 피해를 유발하고 있다. 이 연구는 영양염 부족에 의한 김 황백화를 간단하고 빠르게 평가할 수 있는 방법을 개발하기 위한 목적으로 수행되었다. 10일 동안 빈영양 해수에서 배양한 방사무늬김 엽체의 색도를 정량화하기 위해 색차계를 사용하였다. 색차계로 측정한 명도(L), 적색강도(a)와 노란색강도(b) 값들로 방사무늬김의 황백화를 평가하였다. 방사무늬김 엽체의 액포는 4일차부터 관측되었으며, 6일차부터 액포가 증대하였다. 색차계의 L, a와 b값은 배양시간에 따라 유의한 차이를 보였다. 명도(L)는 시간의 경과에 따라 어두움에서 점차 밝아졌다. 노란색강도 (b) 값은 시간에 따라 증가하였으나, 적색강도(a) 값은 감소하였다. 색차계의 a/b 비와 적색강도(a) 값은 방사무늬김의 색도 차이를 구분하는 주요한 요인이었다. 황백화된 방사무늬김은 명도 (L) 70 이상, 적색강도(a) 2.6 이하와 노란색강도(b) 15.0 이상의 정량적인 값으로 구분되었다. 이 연구결과 색차계는 김 황백화의 정도를 손쉽고 빠르게 진단할 수 있는 유용한 도구로 이용할 수 있음을 밝혔다.
Jin Young Kim;Yoo Jin Hong;Kyunghwa Han;Hye-Jeong Lee;Jin Hur;Young Jin Kim;Byoung Wook Choi
Korean Journal of Radiology
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제22권6호
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pp.880-889
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2021
Objective: This study aimed to investigate the regional amyloid burden and myocardial deformation using T1 mapping and strain values in patients with cardiac amyloidosis (CA) according to late gadolinium enhancement (LGE) patterns. Materials and Methods: Forty patients with CA were divided into 2 groups per LGE pattern, and 15 healthy subjects were enrolled. Global and regional native T1 and T2 mapping, extracellular volume (ECV), and cardiac magnetic resonance (CMR)-feature tracking strain values were compared in an intergroup and interregional manner. Results: Of the patients with CA, 32 had diffuse global LGE (group 2), and 8 had focal patchy or no LGE (group 1). Global native T1, T2, and ECV were significantly higher in groups 1 and 2 than in the control group (native T1: 1384.4 ms vs. 1466.8 ms vs. 1230.5 ms; T2: 53.8 ms vs. 54.2 ms vs. 48.9 ms; and ECV: 36.9% vs. 51.4% vs. 26.0%, respectively; all, p < 0.001). Basal ECV (53.7%) was significantly higher than the mid and apical ECVs (50.1% and 50.0%, respectively; p < 0.001) in group 2. Basal and mid peak radial strains (PRSs) and peak circumferential strains (PCSs) were significantly lower than the apical PRS and PCS, respectively (PRS, 15.6% vs. 16.7% vs. 26.9%; and PCS, -9.7% vs. -10.9% vs. -15.0%; all, p < 0.001). Basal ECV and basal strain (2-dimensional PRS) in group 2 showed a significant negative correlation (r = -0.623, p < 0.001). Group 1 showed no regional ECV differences (basal, 37.0%; mid, 35.9%; and apical, 38.3%; p = 0.184). Conclusion: Quantitative T1 mapping parameters such as native T1 and ECV may help diagnose early CA. ECV, in particular, can reflect regional differences in the amyloid deposition in patients with advanced CA, and increased basal ECV is related to decreased basal strain. Therefore, quantitative CMR parameters may help diagnose CA and determine its severity in patients with or without LGE.
나무의 가지 구조와 생리학 사이의 중요한 관계를 고려할 때 가지 구조를 이해하는 것은 수종의 분류나 3D 나무 모델링과 같은 분야에 중요하다. 지상형 라이다는 나무의 구조를 자세히 포착하고 정량적 구조 모델은 지상형 라이다로부터 얻어진 포인트 클라우드에서 가지의 반경과 길이의 계산을 가능하게 한다. 선행 연구에서는 반경 비율이나 길이 비율 등 가지의 구조를 나타내는 인자의 대푯값으로 평균 또는 중앙값에 의존하거나 줄기와 1분기 가지의 관계만을 다루었다. 본 연구는 가시칠엽수, 은행나무, 왕벚나무에서 부모와 자식 가지 사이의 반경 비율, 길이 비율 및 분지각 세 가지 인자에 대해 3분기 가지까지 인자들의 추정 분포를 살펴보고 추정 분포들을 분기별, 종별로 비교하는 것을 목표로 한다. 인자들에 적합한 분포를 알아보기 위해 인자들을 여러 확률 분포로 추정해 보았고, 평균 Kolmogorov-Smirnov 통계량에 의거해 각각 그 수치가 반경의 경우 0.048, 길이의 경우 0.061, 각도의 경우 0.050으로 감마 분포가 최적의 분포로 선택되었다. 추정된 분포 내에서 최빈값과 평균값, 최빈값과 중앙값 사이의 차이를 정규화 한 평균은 반경에 경우 11.2% 및 7.5%, 길이에 경우 17.0% 및 11.5%, 분지각의 경우 8.2% 및 5.5%로 상당한 차이를 보였다. 추정된 분포 사이에서 분기별, 종별 비교 분석을 수행했으며, 그 결과 인자들로부터 추정된 분포는 분기와 종에 따라 다양한 분포 양상을 보였다. 본 연구는 이러한 인자들의 확률 분포를 조사하는 것이 가지 구조에 대해 더 상세한 묘사를 제공할 수 있음 시사한다. 또한 가지 구조의 포괄적인 이해를 위해 더 높은 분기의 가지를 조사하는 것의 중요성을 강조한다.
대수학습의 초기부터 사용되고 있는 문자기호 중 한 문자내 부정성(변수)과 고정성(상수)을 동시에 내포하고 있는 매개변수개념은 그 모호성 때문에 소극적 암묵적으로 다루어지고 있다. 본 연구의 목적은 우리나라 대수 학습에서 매개변수에 대한 학생들의 인식 및 오류 양상을 살펴봄으로써 매개변수개념의 지도에 대한 시사점을 살펴보고자한다. 이를 위해, 학생들이 매개변수에 대해 어떻게 인식하고 있는지를 초보적인 학습자와 예비교사들을 대상으로 설문지 조사로부터 수집된 자료를 분석함으로써 그 결과를 제시하고, 그 결과에 대한 논점을 바탕으로 현 대수교육에 시사점을 제공하고자 하였다. 실제로, 본 연구자는 A중학교 2학년 한 교실의 35명의 학생들과 B대학교 학부과정에 있는 예비교사 73명을 대상으로 문자기호에 관한 동일한 설문지를 실시하여 그 결과에 대해 혼합적 방법으로 분석하였다. 두 집단의 문자기호에 관한 인식양상을 분석한 결과, 매개변수개념의 이해에 관한 여러 가지 어려움이 확인되었다. 특히, 문자기호의 인식의 동질성에 관한 통계적 처리결과 두 집단 간의 문자기호의 인식양상은 뚜렷하게 변화되지 않는다는 것이 확인되었다.
Ah Young Park;Myoungae Kwon;Ok Hee Woo;Kyu Ran Cho;Eun Kyung Park;Sang Hoon Cha;Sung Eun Song;Ju-Han Lee;JaeHyung Cha;Gil Soo Son;Bo Kyoung Seo
Korean Journal of Radiology
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제20권5호
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pp.759-772
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2019
Objective: To investigate the value of ultrasound (US) microflow assessment in distinguishing malignant from benign solid breast masses as well as the association between US parameters and histologic microvessel density (MVD). Materials and Methods: Ninety-eight breast masses (57 benign and 41 malignant) were examined using Superb Microvascular Imaging (SMI) and contrast-enhanced US (CEUS) before biopsy. Two radiologists evaluated the quantitative and qualitative vascular parameters on SMI (vascular index, morphology, distribution, and penetration) and CEUS (time-intensity curve analysis and enhancement characteristics). US parameters were compared between benign and malignant masses and the diagnostic performance was compared between SMI and CEUS. Subgroup analysis was performed according to lesion size. The effect of vascular parameters on downgrading Breast Imaging Reporting and Data System (BI-RADS) category 4A masses was evaluated. The association between histologic MVD and US parameters was analyzed. Results: Malignant masses were associated with a higher vascular index (15.1 ± 7.3 vs. 5.9 ± 5.6), complex vessel morphology (82.9% vs. 42.1%), central vascularity (95.1% vs. 59.6%), penetrating vessels (80.5% vs. 31.6%) on SMI (all, p < 0.001), as well as higher peak intensity (37.1 ± 25.7 vs. 17.0 ± 15.8, p < 0.001), slope (10.6 ± 11.2 vs. 3.9 ± 4.2, p = 0.001), area (1035.7 ± 726.9 vs. 458.2 ± 410.2, p < 0.001), hyperenhancement (95.1% vs. 70.2%, p = 0.005), centripetal enhancement (70.7% vs. 45.6%, p = 0.023), penetrating vessels (65.9% vs. 22.8%, p < 0.001), and perfusion defects (31.7% vs. 3.5%, p < 0.001) on CEUS (p ≤ 0.023). The areas under the receiver operating characteristic curve (AUCs) of SMI and CEUS were 0.853 and 0.841, respectively (p = 0.803). In 19 masses measuring < 10 mm, central vascularity on SMI was associated with malignancy (100% vs. 38.5%, p = 0.018). Considering all benign SMI parameters on the BI-RADS assessment, unnecessary biopsies could be avoided in 12 category 4A masses with improved AUCs (0.500 vs. 0.605, p < 0.001). US vascular parameters associated with malignancy showed higher MVD (p ≤ 0.016). MVD was higher in malignant masses than in benign masses, and malignant masses negative for estrogen receptor or positive for Ki67 had higher MVD (p < 0.05). Conclusion: US microflow assessment using SMI and CEUS is valuable in distinguishing malignant from benign solid breast masses, and US vascular parameters are associated with histologic MVD.
The effect of induction temperature on fermentation parameters has been investigated extensively using Escherichia coli M5248[pNKM21], a producer of recombinant human interleukin-2 (rhIL-2). In this recombinant microorganism, the gene expression of rhIL-2 is regulated by the cI857 repressor and $P_L$ promoter system. The recombinant fermentation parameters studied in this work include the cell growth, protein synthesis, cell viability, plasmid stability, $\beta$-lactamase activity, and rhIL-2 productivity. Interrelationships of such fermentation parameters have been analyzed through a quantitative assessment of the experimental data set obtained at eight different culture conditions. While the expression of rhIL-2 gene was repressed at culture temperatures below $34^\circ{C}$ with little effect on other fermentation parameters, under the conditions of rhIL-2 production $>(36~44^\circ{C})$ the cell growth, plasmid stability, and $\beta$-lactamase activity were, as induction temperature was increased, more profoundly reduced. Although the rhIL-2 content in the insoluble protein fraction was maximum at $40^\circ{C}$, total rhIL-2 production in the culture volume was found to be highest at the induction temperature of $36^\circ{C}$. This was in contrast to the previously known optimum induction temperature of the P$_{L}$ promoter system $>(40~42^\circ{C})$.Explanations for such a discrepancy have been proposed based on a product formation kinetics, and their implications have been discussed in detail.l.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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