• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권8호
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• pp.1441-1448
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• 2017

Antibacterial compounds are widely used in the treatment of human and animal diseases. The overuse of antibiotics has led to a rapid rise in the prevalence of drug-resistant bacteria, making the development of new antibacterial compounds essential. This study focused on developing a fast and easy method for identifying marine bacteria that produce antibiotic compounds. Eight randomly selected marine target bacterial species (Agrococcus terreus, Bacillus algicola, Mesoflavibacter zeaxanthinifaciens, Pseudoalteromonas flavipulchra, P. peptidolytica, P. piscicida, P. rubra, and Zunongwangia atlantica) were tested for production of antibacterial compounds against four strains of test bacteria (B. cereus, B. subtilis, Halomonas smyrnensis, and Vibrio alginolyticus). Colony picking was used as the primary screening method. Clear zones were observed around colonies of P. flavipulchra, P. peptidolytica, P. piscicida, and P. rubra tested against B. cereus, B. subtilis, and H. smyrnensis. The efficiency of colony scraping and broth culture methods for antimicrobial compound extraction was also compared using a disk diffusion assay. P. peptidolytica, P. piscicida, and P. rubra showed antagonistic activity against H. smyrnensis, B. cereus, and B. subtilis, respectively, only in the colony scraping method. Our results show that colony picking and colony scraping are effective, quick, and easy methods of screening for antibacterial compound-producing bacteria.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권11호
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• pp.1933-1942
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• 2016

A novel ${\alpha}-glucoside$ hydrolase (named PspAG97A) from glycoside hydrolase family 97 (GH97) was cloned from the deep-sea bacterium Pseudoalteromonas sp. K8, which was screened from the sediment of Kongsfjorden. Sequence analysis showed that PspAG97A belonged to GH97, and shared 41% sequence identity with the characterized ${\alpha}-glucoside$ BtGH97a. PspAG97A possessed three key catalytically related glutamate residues. Mutation of the glutamate residues indicated that PspAG97A belonged to the inverting subfamily of GH97. PspAG97A showed significant reversibility against changes in salt concentration. It exhibited halophilic ability and improved thermostability in NaCl solution, with maximal activity at 1.0 M NaCl/KCl, and retained more than 80% activity at NaCl concentrations ranging from 0.8 to 2.0 M for over 50 h. Furthermore, PspAG97A hydrolyzed not only ${\alpha}-1,4-glucosidic$ linkage, but also ${\alpha}-1,6-$ and ${\alpha}-1,2-glucosidic$ linkages. Interestingly, PspAG97A possessed high catalytic efficiency for long-chain substrates with ${\alpha}-1,6-linkage$. These characteristics are clearly different from other known ${\alpha}-glucoside$ hydrolases in GH97, implying that PspAG97A is a unique ${\alpha}-glucoside$ hydrolase of GH97.

• 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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• 제28권5호
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• pp.12-24
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• 2023

The Songji lagoon is brackish environment with a mixture of saline and fresh water, and the interaction of groundwater-lagoon water creates a physicochemical gradient. Although some studies have been conducted on the hydrological and geochemical characteristics of the Songji lagoon, microbial ecological studies have not yet been conducted. In this study, we investigated the effect of groundwater and surface water interaction on water quality as well as microbial community changes in the Songji Lagoon using 16S rRNA gene sequencing. Hydrochemical analyses show that samples were classified as 5 hydrochemical facies (HF) and hydrochemical facies evolution (HFE) revealed the intrusion phase was more dominant (57.9%) than the freshening phase (42.1%). Higher microbial diversity was found in freshwater in comparison to saline water samples. The microbial community at the phylum level shows the most dominance of Proteobacteria with an average of 37.3%, followed by Bacteroidota, Actinobacteria, and Patescibacteria. Heat map analyses of the top 18 genera showed that samples were clustered into 5 groups based on type, and Pseudoalteromonas could be used potential indicator for seawater intrusion.

• 미생물학회지
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• 제54권1호
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• pp.60-68
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• 2018

남극 해양세균 Pseudoalteromonas arctica PAMC 21717로부터 저온활성 alkaline protease (Pro21717)를 부분정제하였다. Pro21717 효소 추출액은 skim milk를 포함하는 zymogram gel 상에서 약 37 kDa (낮은 활성)과 74 kDa (높은 활성) 위치에서 두 개의 뚜렷한 투명밴드(clear zone)를 형성하였다. 단백질 분해활성을 나타내는 두 개의 효소단백질은 동일한 N-말단 아미노산 서열을 가지고 있었으며, 하나의 유전자에서 발현된 미성숙 단백질(precursor)이 37 kDa 크기의 단백질분해효소로 성숙화과정을 거친 후 74 kDa 크기로 이량체화됨으로써 좀 더 높은 활성을 가지는 것으로 판단된다. Pro21717은 $0-40^{\circ}C$ (최고활성 온도 $40^{\circ}C$) 온도 범위에서 단백질분해활성을 나타내었고 pH 5.0-10.0 (최적 pH 9.0) 범위에서 효소활성을 유지하였다. 주목할만한 특성으로써, Pro21717은 $40^{\circ}C$에서의 최고 효소활성(100%) 대비, $0^{\circ}C$와 $10^{\circ}C$에서 각각 30%와 45%의 높은 저온활성을 나타내었다. 또한 다양한 합성 펩타이드류에 대해 분해활성을 나타내는 Pro21717은 $Cu^{2+}$에 의해 활성이 증가하였으며, 시판용 세탁세제(commercial detergent formulation)에 포함되어 있는 다양한 종류의 계면활성제, 화학성분, 금속이온에 의해 활성이 감소되지 않았다. 전반적으로 저온활성 Pro21717은 글로벌 상업용효소 생산회사 Novozymes이 시판하고 있는 중온성 효소 Subtilisin Carlsberg (trademark Alcalase)에 버금가는 유용한 효소학적 특성이 있는 동시에 상대적으로 더 높은 저온활성을 보여주고 있다. 위의 실험결과들은, Pro21717은 $15^{\circ}C$ 이하의 차가운 수돗물에서도 세척력을 유지하는 새로운 세탁세제 효소첨가제로서의 개발 가능성을 보여주고 있다.

• 미생물학회지
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• 제51권4호
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• pp.382-388
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• 2015

단백질가수분해효소를 생산하는 11개의 세균들은 유기 생물체의 외부 표면 서식하며, inorganic materials는 제주도 조간대로부터 수집되었다. 시료들은 냉동 상태로 실험실로 옮겨졌으며, 멸균 해수와 1% skim milk가 들어가 있는 Zobell plates에서 배양시켰다. 다음 clear zone이 나타난 11개의 균주들은 단백질분해효소를 생성하는 세균으로서 선택되었으며, 각각의 균주들은 16S rDNA을 기반으로 동정하였다. 분석결과, Psedoalteromonas속 해양 세균 JJM125, JJM129, YG47과 YG49, Microbulbifer속 JJM122, Vibrio속 YG51, YG52, YG62, YG63, Firmicutes문과 Bacillaceae강에 속하는 JJM129, YG65로 나타났다. 따라서, 본 연구에서는 단백질분해가수효소를 생성하는 세균들을 다양한 생명 공학 응용프로그램과 함께 새로운 다양성의 개발 및 이용이 가능할 것이다.

• 한국어류학회지
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• 제29권1호
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• pp.62-68
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• 2017

본 연구에서는 명태 양식 기술 개발 과정 중 수산생물 병원체의 영향을 알아보고자 사육수 내 총 세균수 변화, 분포와 명태에 대한 영향을 분석하였으며, 성장 단계별 명태의 병원체(세균, 기생충 및 바이러스) 조사 및 비정상 개체 발생에 대한 원인 구명을 수행하였다. 자어 단계에서 사육수의 평균 세균수는 $2.11{\times}10^3cfu/mL$로 나타났으며, 비브리오균이 52%로 가장 높게 분포하였다. 치어 및 미성어 단계에서 사육수의 세균수는 $3.43{\times}10^3cfu/mL$(슈도모나스균 90% 분포) 그리고 성어 단계에서는 $3.2{\times}10^2cfu/mL$(슈도모나스 52%)로 나타났다. 명태 사육수 세균총의 변화는 먹이생물의 종류, 공급 및 잔류량에 의해 영향을 받는 것으로 판단된다. 외관상 건강한 개체에서는 대량 폐사를 일으킬 수 있는 세균, 바이러스가 검출되지 않았으나, 일부 안구돌출, 턱 주변 조직 출혈을 보이는 비정상 개체에서 아가미 새변의 기포 형성, 각막 조직 및 맥락막 주변 조직 괴사가 관찰되었다. 특히, 병변 부위에서 검출된 세균(P. fluorescens, Vibrio sp., V. pelagius, Planococcus maritumus 그리고 Pseudoalteromonas sp.)이 사육수에도 동일하게 분포하였으며, 사육 과정 중 외상 발생 이후 2차 세균 감염이 발생할 수 있음을 시사한다. 명태의 안정적인 양식 산업화를 위한 요소로 기초 질병 데이터 구축과 더불어 지속적인 질병관리가 필요하다.