• 대한통합의학회지
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• 제10권2호
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• pp.37-47
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• 2022

Purpose : We aimed to investigate the effects of nutritional foods on sarcopenia prevention and physical function among the elderly living in rural communities during the COVID-19 pandemic by providing customized nutrition. Methods : This study was conducted in the rural community of SCC. Participants (n=24, over age 65) were randomly assigned into a Protein group (n=12) and a Vitamin group (n=12). The protein group was given 23 g/d of protein (whey, soybean, BCAA) for 8 weeks and the Vitamin group 23 g/d of vitamin (B, C, D, E and mixed minerals such as calcium, magnesium, zinc) for 8 weeks. All participants had their body composition such as height, weight, skeletal muscle mass, body mass index, and body fat percentage, measured using bioelectrical impedance analysis (BIA) and physical function assessed using grip strength and the short physical performance battery (SPPB). Results : At the end of the intervention, there was a significant increase in skeletal muscle mass (p<.01) in the Protein group (p=.002, 4.92 %) compared to the baseline: it increased by 2.33 %. The Vitamin group had a significant increase in body fat percentage after the intervention (p=.001, 15.35 %) compared to the baseline: body fat percentage decreased by 4.49 %. There were no significant differences in left and right Grip strength/Weight, SPPB, 4-m gait speed, chair stand test, and sense of balance in both groups. Conclusion : The findings from this study suggest that 8 weeks of protein intake have a significant effect on skeletal muscle mass and body fat percentage. Protein intake helped promoting the health of the elderly in rural community during the COVID-19 pandemic. It will assist creating a foundation for providing customized nutrition for the elderly in rural community in the future.

• 생명과학회지
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• 제14권5호
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• pp.752-760
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• 2004

Nitrogenase 촉매에서 Fe-단백질을 포함하는 [4Fe-4S] 클라스터의 기능은 기질의 결합과 환원 자리를 포함하는 MoFe-단백질로 핵산 의존 전자 주개로 작용하는 것이다. 이러한 방법의 Fe-단백질의 기능은 Mofe-단백질과 상호작용을 위해 적합한 구조를 갖추며 전자 전달을 위한 추진력을 제공하기 위해 산화 환원 퍼텐셜을 변화시키는 능력에 의존한다. Nitrogenase Fe-단백질에 MgADP가 결합한 (혹은 떨어진) 구조적 정보는 핵산 결합 자리로부터 MoFe-단백질과의 결합력을 조절하기 위한 장거리 상호작용 메커니즘을 제시한다. 스위치 I과 II의 두 가지 경로가 뉴클레오티드의 신호전달 메커니즘을 담당한다. MgADP가 결합된 Fe-단백질의 구조는 Fe 단백질이 핵산과 결합할 때 관찰되는 [4Fe-4S] 클라스터의 생물리학적 특성 변화의 기초를 제공한다. 스위치, I과 II의 핵산 의존 신호전달 경로에서 특정 아미노산이 치환된 nitrogenase Fe-단백질의 구조들이 X-선 회절법에 의해서 결정되었다. 이들 경로는 아미노산 치환 연구, 구조 분석, 유사한 핵산 의존 신호전달 경로에 이용된 다른 단백질 등에 의해서도 분석되었다. 이들 경로가 거대분자 착물 형성과 분자간 전자 전달을 위한 MgADP 결합과 가수분해의 신호전달 경로로의 타당성이 조사되었다. 이러한 결과는 nitrogenase Fe 단백질과 MoFe-단백질 착물에서 Fe-단백질의 변이와 상호작용의 생물리학적 및 생화학적 특성을 위한 기초적 자료를 제공할 것이다.

• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제19권3호
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• pp.156-163
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• 2014

We investigated the effects of a high-protein diet and resveratrol supplementation on immune cells changes induced by abdominal irradiation in rats. Female Wistar rats were divided into 5 groups: 1) control diet, 2) control diet with irradiation 3) 30% high-protein diet with irradiation, 4) normal diet with resveratrol supplementation and irradiation, and 5) 30% high-protein diet with resveratrol supplementation and irradiation. We measured blood protein and albumin concentrations, lipid profiles, white blood cell (WBC) counts, proinflammatory cytokine production, and splenocyte proliferation in rats that had been treated with a 17.5 Gy dose of radiation 30 days prior. A high-protein diet affected plasma total cholesterol and very low density lipoprotein-cholesterol levels, which were increased by the radiation treatment. In addition, the lymphocyte percentage and immunoglobulin M (IgM) concentration were increased, and the neutrophil percentage was decreased in rats fed a high-protein diet. Resveratrol supplementation decreased the triglyceride (TG) level, but increased the IgM concentration and splenocyte proliferation. Proinflammatory cytokine production was lower in rats fed a high-protein diet supplemented with resveratrol than in rats fed a control diet. The results of the present study indicate that high-protein diets, with or without resveratrol supplementation, might assist with recovery from radiation-induced inflammation by modulating immune cell percentages and cytokine production.

• Animal cells and systems
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• 제7권1호
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• pp.81-87
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• 2003

While screening proteins that interact with DnaA protein, the initiator protein for Escherichia coil chromosomal DNA replication, we found a 52-kD sized protein which bound to DnaA protein in a salt-dependent manner. This protein was identified as trigger factor, a ribosome-associated peptidyl-prolyl- cisltrans isomerase with chaperone activity. Trigger factor was overproduced and purified to near homogeneity, and its effect on the function of DnaA protein was examined, Enhanced binding of DnaA protein to DnaA box with no apparent supershift in the gel-shift experiments suggested that trigger factor, by virtue of its chaperone activity, exerts a change on DnaA protein thus increasing its binding affinity for DnaA box.

• Genomics & Informatics
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• 제19권4호
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• pp.43.1-43.12
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• 2021

Campylobacter jejuni is one of the most prevalent organisms associated with foodborne illness across the globe causing campylobacteriosis and gastritis. Many proteins of C. jejuni are still unidentified. The purpose of this study was to determine the structure and function of a non-annotated hypothetical protein (HP) from C. jejuni. A number of properties like physiochemical characteristics, 3D structure, and functional annotation of the HP (accession No. CAG2129885.1) were predicted using various bioinformatics tools followed by further validation and quality assessment. Moreover, the protein-protein interactions and active site were obtained from the STRING and CASTp server, respectively. The hypothesized protein possesses various characteristics including an acidic pH, thermal stability, water solubility, and cytoplasmic distribution. While alpha-helix and random coil structures are the most prominent structural components of this protein, most of it is formed of helices and coils. Along with expected quality, the 3D model has been found to be novel. This study has identified the potential role of the HP in 2-methylcitric acid cycle and propionate catabolism. Furthermore, protein-protein interactions revealed several significant functional partners. The in-silico characterization of this protein will assist to understand its molecular mechanism of action better. The methodology of this study would also serve as the basis for additional research into proteomic and genomic data for functional potential identification.

• Molecules and Cells
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• 제37권1호
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• pp.74-80
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• 2014

The peroxisome is an intracellular organelle that responds dynamically to environmental changes. Various model organisms have been used to study the roles of peroxisomal proteins in maintaining cellular homeostasis. By taking advantage of the zebrafish model whose early stage of embryogenesis is dependent on yolk components, we examined the developmental roles of the D-bifunctional protein (Dbp), an essential enzyme in the peroxisomal ${\beta}$-oxidation. The knockdown of dbp in zebrafish phenocopied clinical manifestations of its deficiency in human, including defective craniofacial morphogenesis, growth retardation, and abnormal neuronal development. Overexpression of murine Dbp rescued the morphological phenotypes induced by dbp knockdown, indicative of conserved roles of Dbp during zebrafish and mammalian development. Knockdown of dbp impaired normal development of blood, blood vessels, and most strikingly, endoderm-derived organs including the liver and pancreas - a phenotype not reported elsewhere in connection with peroxisome dysfunction. Taken together, our results demonstrate for the first time that zebrafish might be a useful model animal to study the role of peroxisomes during vertebrate development.

• 생명과학회지
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• 제14권6호
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• pp.991-996
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• 2004

본 논문은 인터넷 상에 산재해 있는 활용 가능한 다양한 모티프 및 도메인 관련 리소스들을 통합화 함으로써 체계적이고 효율적인 모티프 및 도메인 검색을 할 수 있는 통합 시스템 개발에 대해 다루고 있다. 이러한 시스템을 개발하기 위해 산재해 있는 모티프 및 도메인 관련 개별 데이터베이스의 핵심 부분만을 취합하여 로컬 데이터베이스화하고, 해당 데이터베이스에서 사용되는 개별 분석 도구들을 로컬 서버에 설치하였다. 그리고 다양한 유틸리티 및 CGI 프로그램 등을 통해서 이들 데이터베이스와 분석 도구들을 상호연동시켰고, 단일 웹 인터페이스를 통해 전체적으로 통합하였다. 본 연구에서 개발한 모티프 및 도메인 통합 검색 시스템을 활용한다면, 최종 사용자들은 인터넷 상을 서핑하는데 많은 시간을 낭비하지 않고, 원스톱(one-stop) 서비스를 통해 본인이 하고자 하는 정확한 모티프 및 도메인 검색을 할 수 있어 보다 효율적이고 정확한 단백질 기능분석을 행 할 수 있을 것이다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제18D권2호
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• pp.89-100
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• 2011

인간 유전체에 존재하는 유전적 구조 변이(genetic structural variation) 중 하나인 유전체 단위반복변이(Copy Number Variation, CNV)은 유전자의 기능 발현과 밀접한 관련이 있다. 특히 특정 유전 질병이 있는 사람들을 대상으로 CNV와 유전자발현의 관계를 밝히는 연구가 계속 진행되고 있지만, 정상인 유전체에 대한 CNV의 기능적 분석은 아직 활발히 이루어지고 있지 않다. 본 논문에서는 다수의 정상인 샘플에서 찾아낸 공통된 CNV에 대하여 유전자들과의 기능적 관계를 유전자의 분자적 위치와 상관없이 밝힐 수 있는 분석 방법을 제시한다. 이를 위해 서로 다른 이질적인 생물학데이터를 통합하는 방법을 제시하고 공통된 CNV와 유전자와의 연관성을 분자적 위치와 상관없이 계산할 수 있는 새로운 방법을 제시한다. 제안된 방법의 유의성을 보이기 위해서 유전자 온톨로지 (Gene Ontology) 데이터베이스를 이용한 다양한 검증 실험들을 수행하였다. 실험결과 새롭게 제안된 연관성 측정방법은 유의성이 있으며 공통된 CNV와 강한 연관성을 갖는 유전적 기능의 후보들을 시스템적으로 제시할 수 있는 것으로 나타났다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권9호
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• pp.1261-1267
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• 2003

We have investigated whether HspBP1, a Hsp70 binding protein, could have effect on the assembly of the bovine progesterone receptor (bPR) with a chaperone complex consisting of bovine Hsp90 (bHsp90), bovine Hsp70 (bHsp70), Hop, Ydj-1, and p23. The bPR, isolated in its native conformation, loses its function to interact with progesterone hormone in the absence of this protein complex. However, in the presence of bHsp90, bHsp70, Hop, p23 and Ydj-1, its function could be restored in vitro. Our findings here indicate that the inclusion of HspBP1 to five-protein system prevented the proper assembly of progesterone receptor-chaperone complex and induce the loss of bPR ability to interact with hormone. Immunoprecipitation assays of bPR with HspBP1 show that the presence of HspBP1 did not have any effect on the assembly of Ydj-1 and bHsp70 with the progesterone receptor. However, further assembly of Hsp90, Hop and p23 was completely prevented and the function of the bPR was lost. In vitro competition and protein folding assays indicated that the binding of HspBP1 to bHsp70 prevented the ternary complex formation of bHsp70, bHsp90, and Hop. These results indicate that HspBP1 is a negative regulator of the assembly of Hsp90, Hop and Hsp70, and thus, prevent the proper maturation of unliganded bPR with chaperones assembly system.

• 정보처리학회논문지B
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• 제13B권3호
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• pp.323-328
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• 2006

단백질 분석에 사용하는 이차원 젤 영상에서 단백질은 반점으로 나타난다. 같은 세포에서 추출한 두 젤 영상을 비교하면 같은 단백질은 비슷한 위치의 반점으로 나타난다. 정상 세포와 암 세포의 젤 영상을 비교하면 달라진 단백질을 알 수 있으므로 이는 신약개발의 중요한 정보가 된다. 젤 영상은 생물학적 실험 방법으로 만들어지므로 반점의 위치가 일정하지 않아 자동으로 정합하기 매우 어렵고, 이 문제는 NP-hard임이 밝혀졌다. NP-hard 문제를 푸는 방법으로 신경회로망이 널리 쓰이므로 그 중 젤 영상 정합에 적당한 홉필드 신경망으로 문제를 해결하였다. 두 젤 영상의 반점의 위치와 거리를 매개변수로 하는 에너지 함수를 정의하였고, 이 에너지 함수가 최소로 되는 두 반점이 같은 단백질이라 판정한다. 에너지 함수는 검토중인 반점뿐만 아니라 이웃한 반점도 함께 검사하도록 하여 단순한 거리 개념만이 아니라 전체 반점의 형태를 반영하도록 하였다.