• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권6호
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• pp.993-1001
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• 2007

The technique of serological analysis of antigens by recombinant cDNA expression library (SEREX) uses autologous patient sera as a screening probe to isolate tumor-associated antigens for various tumor types. Isolation of tumor-associated antigens that are specifically reactive with patient sera, but not with normal sera, is important to avoid false-positive and autoimmunogenic antigens for the cancer immunotherapy. Here, we describe a selection methodology to isolate patient sera-specific antigens from a yeast surface-expressed cDNA library constructed from 15 patient lung tissues with non-small cell lung cancer (NSCLC). Several rounds of positive selection using patient sera alone as a screening probe isolated clones exhibiting comparable reactivity with both patient and normal sera. However, the combination of negative selection with allogeneic normal sera to remove antigens reactive with normal sera and subsequent positive selection with patient sera efficiently enriched patient sera-specific antigens. Using the selection methodology described here, we isolated 3 known and 5 unknown proteins, which have not been isolated previously, but and potentially associated with NSCLC.

• 대한수의학회지
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• 제32권3호
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• pp.389-398
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• 1992

Molecular cloning was carried out on the Danish strain of bovine viral diarrhea virus(BVDV) to construct strategy for the diagnostic tools and effective vaccine of BVD afterwards. A recombinant DNA clone(No. 29) was established successfully from cDNA for viral RNA tailed with adenine homopolymer at 3'-end. $^{32}P$-labeled DNA probes of 300~1,800bp fragments, originating from the clone 29, directed specific DNA-RNA hybridization results with BVDV RNA. Recombinant DNA of the clone 29 was about 5,200bp representing 41.6% of the full length of Danish strain's RNA, and restriction sites were recognized for EcoR I, Sst I, Hin d III and Pst I restriction enzymes in the DNA fragment.

• 한국응용곤충학회지
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• 제36권1호
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• pp.96-104
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• 1997

DNA 다형성을 이용한 누에 유전자 해석기술을 개발하기 위하여 광식성 누에 계통 J111과 비광식성계통 $C_3$의 DNA를 분리하여 유전자 은행을 제작하였다. 누에 유전자 은행은 genomic DNA를 EcoRI로 절단한후 pUC18에 ligation 시켜 DH5$\alpha$ E. coli에 형질전환 시켰다. 형질전환 후 얻어진 colony는 15개 누에 품종의 genomic DNA에 hybridization하였을 때 누에의 품종에 관계없이 highly repetitive, moderately repetitive 및 single 혹은 low copy number 로 구분되었다. RFLP마커에 적합한 single 및 low-copy number band만을 형성하는 colony probe을 신속하게 선발하고자 colony또는 genomic DNA로 hybridization하였다. Single 및 low-copy number의 특성을 가진 219개의 clone을 선발하여 Hind III등 8종의 제한효소별로 처리한 genomic DNA를 이용하여 다형성을 검정하여 J111과 $C_3$ 계통간 다형성을 보인 46개의 clone을 선발하였다. 선발된 clone의 일부를 J111과 $C_3$를 교배하여 얻은 $F_2$의 blot에 hybridization 결과 RFLP clone들이 양친검정에 이용가능하여 누에 RFLP 연관 지도 작성의 기반을 조성하게 되었다.

• 식물조직배양학회지
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• 제24권2호
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• pp.93-97
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• 1997

Linoleic acid를 linolenic acid로 전환시키는 지방산불포화효소의 유전자(fad3)를 유채의 fad3 DNA probe를 이용한 plaque hybridization방법으로 $\lambda$ZAPII Arabidopsis thaliana cDNA expression library로부터 분리하였으며 1.8 kb-EcoRI DNA조각을 지니는 lambda clone을 pGEM7으로 subcloning하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과로부터의 아미노산서열분석에 의하면 fad3 유전자는 open reading frame이 386개의 아미노산으로 이루어졌으며 44,075 Da의 분자량이 예측되고 있다. 엽록체의 $\omega$-3 지방산불포화효소(fad7)와 endoplasmic reticulum의 지방산불포화효소(fad2)와의 비교시 각각 70%와 58%의 유사성이 나타났다. 특히 82-151의 아미노산서열과 276-333의 아미노산지역은 보존성이 높았으며 이는 불포화지방산효소의 기능에 필수적인 지역으로 보여진다. 한편 대장균을 이용한 IPTG에 의한 Fad3단백질의 유도생성은 대장균의 생육에 독성효과를 나타내는 것으로 나타났다.

• 한국육종학회지
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• 제41권4호
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• pp.468-473
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• 2009

본 연구에서는 양파와 파간 종간교잡 F1의 불임성의 한 요인으로 여겨지는 염색체 이상과 교잡식물체의 염색체의 조성을 밝혀 향후 종간교잡을 이용한 양파의 형질개량과정에 종간교잡 육종의 효율성을 높이고자 하였다. 종간교잡식물체의 감수분열 염색체를 관찰한 결과 중기에 7쌍의 2가염색체와 2개의 1가염색체가 관찰되었다. 체세포 염색체수는 16개로 양파, 파의 염색체 수와 같았으며 GISH한 결과 파와 양파의 염색체가 각각 8개씩 확인되었다. 5S, 45S, TSD DNA를 probe로 하여 양파, 파, 종간잡종의 염색체의 signal을 관찰한 결과 5S와 45S rDNA는 는 3종 모두에서 1쌍의 염색체에서 나타났는데 5S의 경우 염색체의 subcentromeric 에서 45S는 부수체 염색체에서 관찰되었다. TSD DNA는 염색체의 telomeric 부위에서 관찰되었으나 양파의 경우 2쌍은 염색체의 말단부와 중심체 부분에서 signal이 관찰되었고 종간교잡 세포에서도 2쌍이 관찰되어 양파에서 유래된 염색체임이 확인되었다.

• 한국전기전자재료학회논문지
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• 제17권7호
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• pp.729-737
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• 2004

In this paper, a DNA chip with a microelectrode array was fabricated using microfabrication technology. Several probe DNAs consisting of mercaptohexyl moiety at their 5 end were immobilized on the gold electrodes by DNA arrayer. Then target DNAs were hybridized and reacted with Hoechst 33258, which is a DNA minor groove binder and electrochemically active dye. Linear sweep voltammetry or cyclic voltammetry showed a difference between target DNA and control DNA in the anodic peak current values. It was derived from Hoechst 33258 concentrated at the electrode surface through association with formed hybrid. It suggested that this DNA chip could recognize the sequence specific genes.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2002년도 가을 학술발표논문집 Vol.29 No.2 (2)
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• pp.367-369
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• 2002

DNA 칩에서 사용되는 프로브를 가장 효과적으로 설계하기 위해서는 상보결합을 위한 1차구조뿐만이 아니라 열역학적인 움직임과 함께 2차구조가 고려되어야만 한다. 그러나 핵산의 기능에 큰 영향을 미치는 2차구조에 대한 연구는 일찍부터 진행되어 왔지만, 상대적으로 DNA에 대한 연구는 크게 미흡한 것이 현실이다. 이에 우리는 유전자 알고리즘을 이용한 핵산의 이차구조 예측을 통해서 보다 효과적인 프로브의 설계를 위한 방법을 고안했다.

• 미생물학회지
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• 제32권4호
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• pp.264-270
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• 1994

세균의 RNA 중합효소에서 여러 ${\sigma}$ 인자들 간에 보존된 아미노산 서열중 2.3 부위와 4.2 부위의 아미노산 서열로부터 유 n하여 두가지의 PCR primer를 제작하였다. 이들을 이용하여 PCR을 수행하였을 때, E. coli와 Streptomyces coelicolor의 DNA로부터 예상되었던 480 bp 정도의 DNA가 증폭되는 것을 관찰하였다. E. coli DNA에서 증폭된 DNA를 클로닝하여 염기서열을 결정한 결과 E. coli의 rpoS 유전자로부터 유래하였음을 알았다. 이를 탐침으로 S. coelicolor에서 genomic DNA hybridization을 수행하였을 때, PvuII 절편 두가지 (3.5 kb, 2.0 kb) 와 SalI 절편 두가지(3.4kb, 1.5 kb)에 탐침이 결합하는 것을 관찰하였다. 3.5 kb의 pvuII 절편을 sublibrary로부터 클로닝하고, 탐침이 결합하는 1.0kb의 BamHI/HincII 절편의 염기서열을 분석하였다. 부분적으로 결정된 염기서열을 BLAST 프로그램을 이용하여 GenBank와 EMBL, PDB 등의 data library의 유전자들과 비교하여 본 결과Streptomyces속의 ${\sigma}$인자들을 비롯한 Synechococcus종, Anabaena종, Pseudomonas aeruginosa, Stigmatella aurantica 등의 주된 ${\sigma}$ 인자와 높은 유사성을 보였다. 현재까지 1.2 부위와 4 부위에 해당하는 부분의 염기서열을 결정하였는데, 이 부분은 S. coelicolor에서 알려진 다섯가지의 ${\sigma}$ 인자 유전자 중 hrdA와 가장 높은 유사성을 보이며, 아미노산의 유사성이 1.2부위에서는 88%, 4 부위에서는 75%인 것으로 나타났다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.130-130
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• 2003

Gummy stem blight pathogen is very difficult not only to monitor the inoculum levels prior to host infection, and also it is destructive and hard to control in field condition. We have applied RAPD technique to elucidate the genetic diversity of the genomic DNA of Didymella bryoniae and also to generate specific diagnostic DNA probe useful for identification and detection. The 40 primers produced clear bands consistently from the genomic DNA of twenty isolates of Didymella bryoniae, and two hundred seventy-three amplified fragments were produced with 40 primers. The combined data from 273 bands was analyzed by a cluster analysis using UPGMA method with an arithmetic average program of NTSYS-PC (Version 1.80) to generate a dendrogram. At the distance level of 0.7, two major RAPD groups were differentiated among 20 strains. RAPD group (RG) I included 8 isolates from watermelon except one isolate from melon. RAPD group (RG) IV included 12 isolates from squash, cucumber, watermelon and melon.. In amplification experiment with SCAR specific primer RG1F-RG1R resulted in a single band of 650bp fragment only for 8 isolates out of 20 isolates that should be designated as RAPD Group 1. However, same set of experiment done with RGIIF-RGIIR did not result in any amplified product.. Our attempts to detect intraspecific diversity of ITS region of rDNA by amplifying ITS region and 17s rDNA region for 20 isolates and restriction digestion of amplified fragment with 12 enzymes did not reveal polymorphic band. In order to develop RAPD markers for RGIV specific primer, a candidate PCR fragment( ≒1.4kb) was purified and Southern hybridized to the amplified fragment RGIV isolates. This promising candidate probe recognized only RGIV isolates

• Journal of Nutrition and Health
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• 제35권10호
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• pp.1053-1059
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• 2002

In post-genome period, the technique for identifying gene expression has been changed to high throughput screening. In the field of molecular nutrition, the need for this technique to clarify molecular function of the specific nutrient is essential. In this study, we have tested the zinc-regulated gene expression in zinc-deficient U937 cells, using cDNA microarray which is the cutting-edge technique to screen large numbers of gene expression simultaneously. The study result can be used for the preliminary gene screening data for clarifying, using monocyte U937 cell line, molecular Zn aspect in atherosclerosis. U937 cells were cultured in Zn-adequate (control, 12 $\mu$M Zn) or Zn-deficient (experimental, 0 $\mu$M Zn) ESMI media during 2 days, respectively. Cells were harvested and RNA was extracted. Total RNA was reverse-transcriptinized and synthesized cDNA probe labeled with Cy-3. fluorescent labeled cDNA probe was applied to microarray slide for hybridization slide, and after then, the slide was scanned using fluorescence scanner. ‘Highly expressed genes’ in Zn-deficient U937 cells, comparing to Zn-adequate group, are mainly about the genes for motility protein, immune system protein, oncogene and tumor suppressor and ‘Less highly expressed genes’ are about the genes for transcription, apoptosis associated protein, cell cycle, and several basic transcription factors. The results of this preliminary study imply the effectiveness of cDNA microarray for expression profiling of a singly nutrient deficiency, specially Zn. Furthur study, using tailored-cDNA array and capillary endothelial cell lines, would be beneficial to clarify molecular Zn function, more in detail.